突然特別な力を手にして、混乱しつつも興奮するエヴァは、ついハメを外してしまうが、運よく出会った若者たちに助けられる。

JCと楽しい時間を過ごした後、仲間たちとハイテク企業の派手なパーティーに出かけるエヴァ。メアリーは、シスターを襲った黒幕を暴こうと奔走する。

ヘイローの持つ不思議な力について少しずつ学び始めるエヴァは、十字剣修道会から厳しい洗礼を受け、打ちひしがれる。

自由に生きようとするエヴァだが、養護施設で虐げられていた日々を思い出し複雑な気分に陥る。戦闘服に身を包み、危険な任務を行うシスター戦士たち。

シスター・リリスと対決するメアリー。意を決したエヴァが、JCに打ち明け話をする。ジリアン・サルヴィウス博士が教会にくぎを刺す。

メアリーに恐ろしい現状を突きつけられたエヴァは、その後も容赦ない試練を与えられ、多くの者たちが苦難を背負っている現実を知る。

答えを求めて、科学の力を借りようとするエヴァ。十字剣修道会内でいざこざが起こるよう仕向けるドゥレッティ枢機卿(すうききょう)。

シスター戦士の1人が姿を現し、みんなを驚かせる。秘密を知ったエヴァと仲間たちは、悪事を企む者から聖遺物を取り戻すための戦いに挑む。

1000年もの間隠されていた地下墓地に潜入するため、バチカンに忍び込むエヴァ。だが、この任務は、奇跡の後押しが必要なほど困難なものだった...。

墓地で見たものにショックを受けたエヴァは、ヘイローの真実を探ろうとするが、何に耳を貸し、誰を信じてよいのかわからなくなり途方に暮れる。