テレビ版をベースにじわじわとストーリーがずれて行く感じが面白い。とりわけ3号機パイロットの選定が物語の分岐を大きなものとしている。
具体的には、テレビ版ではリツコの決定により、（快方へと向かわない）妹をネルフ本部附属病院へ転院することを条件としてトウジが担ったが、『破』ではミサトの権限によりアスカが務めており、トウジの妹は無事退院（妹はのち『Q』ではヴィレ所属となる）、2号機はマリによって獣化第二形態に。
また、エヴァ各回の中でも随一の人間的な側面を見せるレイの姿が、『Q』との高低差を否が応でも感じさせられる。
