宇宙世紀0079——スペースコロニー“サイド３”はジオン公国を名乗り、地球連邦に独立戦争を挑んできた。人類の半数以上を死に至らしめた戦争は、今や膠着状態に陥っていた。そんな状況下で連邦側のコロニー“サイド７”に怪しい動きを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は、モビルスーツ“ザク”３機を偵察に差しむける。連邦軍はそこで“ガンダム”を中心とする新鋭モビルスーツの開発と運用テストを行っていたのだ。興奮した新兵のジーンは軍功を焦って暴走し、独断で砲撃を開始した。サイド７の少年アムロ・レイは、他の民間人ともども戦火に巻き込まれてしまうが、そこで父の開発するガンダムのマニュアルを偶然拾う。隣人のフラウ・ボゥの家族たちが一瞬で死に至ったのを見たアムロは、ガンダムの操縦席に乗りこんで起動する！ガンダムでザクに立ち向かったアムロは、まったくの素人ながらビーム・サーベルで２機のザクを破壊することに成功。だが、シャアはムサイ艦からミサイルを発射し、サイド７を破壊し続けるのであった。

アムロの活躍でザクは撃退されたものの、避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースは、廃墟と化しつつあるコロニーから待避せざるを得なくなっていた。パオロ艦長以下、熟練した正規軍人たちの大半は死傷し、生き残った少年少女たちが協力して脱出の準備を進める。一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド７内部へ潜入していた。セイラ・マスに見とがめられ、彼女に妹の面影をみて驚愕するシャア。パオロ艦長からガンダムを任されて作業中だったアムロは、逃亡するシャアを追って宇宙へと出る。続いて宇宙へと出港したホワイトベースのモニターには、接近する異常な機体が映っていた。その速度は通常の機体の３倍！　「赤い彗星」と異名をとるシャアのザクだった。シャアはガンダムに銃撃を浴びせてその実力を見せつけるが、アムロはガンダムで懸命に応戦する。ビーム・ライフルの一撃でザクを仕留めたガンダムの威力に戦慄したシャアは後退する。だが、艦に戻ったアムロにブライトは厳しい言葉を浴びせる。生き延びるための懸命な戦いが始まっていた。

ホワイトベースは、連邦軍の小惑星基地ルナツーへ進路をとった。そのころ、新型モビルスーツの機密入手をあきらめないシャア少佐は、パプア補給艦から増援物資を受け取ろうとしていた。だが、ホワイトベースの士官候補生ブライト・ノアは、その瞬間こそが反撃のチャンスだと判断し、ガンダムとコア・ファイターを出撃させる。当初アムロはブライトに反発を感じたものの、素人とは思えぬ的確なガンダムの操縦で、素人編成の奇襲攻撃を成功へと導いていく。攻撃を受けてシャア少佐はザクで出撃、“赤い彗星”の名に恥じない猛攻をかけてガンダムを追いつめていく。しかし、アムロの本当の目的はシャアを引きつけておくことだった。ハヤトとカイのガンタンクはその隙にパプアを砲撃し、撃沈に成功した。艦を失ったガデム艦長は、シャアの制止を振りきって旧式のザクで戦いを挑むが、ガンダムの敵ではなく戦死してしまう。あまりの損失の大きさと、敵の戦法の未熟さのギャップに困惑を隠せないシャア。そして初めての作戦に成功をおさめたホワイトベースは、ルナツーへと向かった。

ルナツー内へ到着したホワイトベース。だが、ブライトやアムロたちを待っていたのは、ワッケイン司令による厳罰措置であった。連邦軍の最重要機密に触れた少年たちは牢獄へと幽閉され、ガンダム他の新兵器も封印されてしまった。一方、シャア少佐は部下とノーマルスーツでルナツーへ潜入する作戦を決行。ホワイトベースには警戒厳重で近づけないため、機雷の爆破で戦艦マゼランを転倒させて港を封鎖する。連邦軍兵士たちは想定外の攻撃を受けて大混乱に陥る。牢の電子ロックが解除され、アムロはブライトと協力して脱出し、反逆罪を覚悟の上でガンダムを再起動しようと試みる。あくまでも軍規に忠実なワッケイン司令と対立するブライト。パオロ艦長の助言で、ようやくガンダムの出撃が認められ、シャアのザク部隊との戦いが始まった。マゼランを砲撃で排除し、出港するホワイトベース。部下を失ったシャアは撤退したものの、そのときすでにパオロ艦長は息を引きとっていた。艦長の宇宙葬が執り行われ、使命を引き継いだブライトは艦の進路を一路地球へと向けるのであった……。

ホワイトベースは南米の連邦軍本部??ジャブローを目ざすべく、宇宙からの地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。重力に引かれるまま落下すれば、機体は赤熱して燃え尽きる——この危険なタイミングを狙って、シャア少佐はザク部隊で前代未聞の攻撃を仕掛けてきた。随伴していたサラミスの突入カプセルは被弾し、戦闘不能になって収容されてしまう。護衛のため出撃したアムロのガンダムは、新装備ガンダム・ハンマーで１機のザクを倒した。だが別のザクとの戦闘は長引き、オーバータイムは敵味方ともに帰還不能なポイントへと追い込んでいく。ついに機体は灼熱の大気に包まれ、ザクは溶解してパイロットのクラウンごと空中分解を遂げた。ガンダムも同じ運命をたどるのか？　その時、アムロはマニュアル中に大気圏突破の手段を発見した。耐熱フィルムと冷却シフトによって機体温度は低下し、ガンダムはホワイトベースへ無事に収容された。だが、降りたった北米大陸はジオン公国軍の制空権内。倒せない場合はコースを変えるという、シャアの二重の策略は成功したのだった。

北米大陸を制圧したジオン公国軍のガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が、荒野へ追いこまれたホワイトベースに襲いかかる。指揮官はザビ家の末子ガルマ・ザビだ。アムロは疲れた身体で出撃、ガンタンクの地対空砲撃で空襲を牽制しようと試みるが、敵は戦車マゼラ・アタックによる地上部隊も繰り出してきた。ブライトはアムロにガンダムに乗り換え、巧妙な敵包囲網を突破するよう懇願する。刻々変化する戦況と、口々に身勝手な意見や命令を言う周囲にいらだつアムロは、ようやく自分なりに納得して出撃する。だが、そこは有重力下の慣れない戦場だった。敵はモビルスーツ部隊まで加え、ガンダムは敵の集中攻撃にさらされることになった。混濁する意識の中でアムロはついに決起し、ガンダムを敵のまっただ中に突入させる。その執念に影響されたハヤトたちも応戦し、形勢は逆転した。歓迎する子どもたちを前に、アムロは自室に戻って泥のように眠ってしまう。そして、ガンダムの実力を思い知ったガルマはガンダム奪取を決意するが、協力を約束するシャアの眼は怪しく光るのであった。

敵偵察機の監視下におかれて孤立したホワイトベース。ブライトはコア・ファイターを弾道軌道に乗せて射出し、敵陣を飛び越すことで連邦軍本部と直接連絡をつけようと計画した。アムロが着々と準備を進める一方で、地球上に降りられぬことに焦った避難民の老人たちは、子どもたちを人質にとって暴動を起こした。だが、アムロは自分のやるべきことをするだけだとフラウに告げ、格納庫へと向かう。猛スピードで射出されたコア・ファイター。目的を察知したシャアもコムサイで迎撃に出る。アムロは急加速に耐えられず失神し、撃墜寸前に意識を取り戻したものの、敵編隊が迫ったために作戦は中止された。帰還途上のアムロは、さらにガンダムへの換装と自由落下中の空中戦という無謀な依頼を受ける。対するシャアも、ザクで巧みな空中攻撃を仕掛けてきた。戦闘終了後、敵は多用途モビルスーツの形態のひとつに過ぎないとガルマから知らされ、驚愕するシャア。帰還したアムロはやりきれなさのあまり避難民を怒鳴るが、そこに真摯さを見た老人たちは人質を解放して去っていくのであった。

ホワイトベースはグレート・キャニオンを通過し、セント・アンジェに近づいていく。亡き夫の故郷がそこにあるというペルシアとコーリーの母子をはじめ、避難民の一部がそこで地上に降りたいと願い出た。それを口実にして、ブライトは追っ手のジオン公国軍へ一時休戦を申し出る。避難民を乗せたガンペリーは不時着を装って煙を吹き、密かにアムロのガンダム積んだまま地上へ降下することに成功した。ブライトの巧妙な作戦がスタートしたのだ。だが、偵察機ルッグンのバムロがペルシア母子を助けるために救命カプセルを投下しようと引き返してきた。発見されたガンダムはやむなくルッグンを撃墜。やがて休戦は終わり、カイのガンキャノンが地上へ降下して敵を引きつける。シャアが作戦に気づいたときには既に遅く、湖の背後からガンダムが挟撃するという作戦は成功した。あまりの失態に頭を抱えるガルマ。そしてペルシアに傷の手当てを受けたバムロは、彼女に事実を告げる。この荒野こそが、１年前までセント・アンジェのあった場所だと……。あまりのことに泣き崩れるペルシアであった。

たび重なる出撃に、アムロは心身ともに疲弊しきっていた。ささいな感情のすれ違いが積み重なり、ついに命令を拒絶して自室に閉じこもってしまうアムロ。一方、姉キシリアへの体面を気にしたガルマは、戦局を打開しようと自ら戦闘機ドップの編隊を率いて、ホワイトベース討伐に出ていた。苦戦を強いられるガンキャノンとガンタンク。ブライトは任務拒否するアムロに活を入れようと平手打ちをするが、かえってアムロを逆上させる結果を招き、互いに激しい口論となってしまう。だが、ブライトの発したシャアという名前に反応し、フラウ・ボゥの言葉で自分が男であることを自覚したアムロは、ついに奮起した。砲火の中へと出たガンダムは、アムロの操縦によってジャンプ力とロケットノズルを駆使して空中戦を開始した。混乱したドップを次々と撃墜したガンダムはガルマ機の翼を切り落とすが、深追いしようとしたところをミデア輸送機に制止された。連邦軍輸送部隊のマチルダ中尉がホワイトベースの補給に来たのであった。完全に孤立したわけではないと知ったアムロたちは、一時の安堵を覚えるのであった。

ジオン公国軍が占領した北米大陸。接収されたニューヤーク市官邸では、政財界の要人を集めてパーティーが開催されていた。前市長エッシェンバッハの娘イセリナと、現地の恋をはぐくむガルマの姿を、シャアは冷ややかな目で見つめる。市内にホワイトベースが潜伏したと報告を受けたガルマは、将来を誓ったイセリナのためにもガウ攻撃空母で指揮をとり、絨緞爆撃でいぶり出そうと試みる。成果があがらず焦りをつのらせるガルマのためにと、シャアはザクによる地上攻撃を申し出て、ガンダムとの交戦を開始した。だが、それはシャアによる恐るべき陰謀の幕開けであった。雨天野球場に潜伏中の“木馬”を発見したシャアは、ガンダムが囮であると気づきながらガルマをその進路へと誘導する。ガウの背後から一斉砲火を浴びて驚愕するガルマ。シャアは高らかに笑いながら、これが謀殺であることを彼に告げた。執念でガウを“木馬”にぶつけようと試みたガルマだったが、途中で機体は無惨に爆破四散した。その悲報はイセリナとガルマの父デギン公王に衝撃を与える。新たな悲劇の幕があがろうとしていた……。

ジオン公国の首都ズム・シティでは、ガルマの死を知ったザビ家の一族が前線から駆けつけ、集結していた。若き息子の死をただ悼むデギン公王に対し、あくまでこれを戦争に利用しようとするギレン総帥。一方、亡きガルマの執務室を訪問したイセリナは元部下のダロタ少尉に懇願し、ガウ攻撃空母によるホワイトベース追撃に同道することになった。ガンダムはガンキャノンとガウの翼に飛び乗って攻撃を開始し、封印を解いたビーム・ジャベリンで破壊する。しかし、シャアのルッグン偵察機による爆撃でホワイトベースは推力を失い、砂漠へ緊急着陸する事態に陥った。乱戦の中で活躍を続けるガンダムの姿を見たイセリナは、ガルマの死への怨みをこめてガウの操縦桿を握り、ガンダムにぶつけようと試みる。ガンダムは機能停止し、点検のために外に出たアムロにイセリナは銃口を向けた。自分が“仇”と呼ばれたことで衝撃を受けるアムロ。だが、彼女はトリガーを引くことなく息をひきとった。埋葬しながら、アムロは見ず知らずの人間に“仇”と呼ばれてしまう戦争の実相に悩むのであった。

ジオン公国ではギレン総帥がガルマの国葬を大々的に執り行おうとしていた。同時に歴戦の猛将ランバ・ラルが戦艦ザンジバルで地球へ降下する。その任務はホワイトベースの討伐だ。一方、アムロは神経をすり減らしてしまい、イセリナに“仇”と呼ばれたことを虚ろに回想する。ホワイトベースを発見したランバ・ラルは、同伴してきた女性ハモンに軽くキスをすると、新型モビルスーツ“グフ”に乗って地上へ出撃した。リュウに無理やりガンダムのコクピットに押し込まれたアムロは、ブライトの命令で強制的に戦場へ射出された。その虚脱状態は、突然襲いかかってきたグフのヒート・ロッドの衝撃で断ち切られる。ガルマの仇であるガンダムに対し、一騎討ちを仕掛けるランバ・ラル。ザクとの大きな性能差を見せつけたグフではあったが、援護射撃を受けたことでザンジバルに帰還し、一時後退した。帰還したアムロは、中継放送によってガルマの国葬とギレン・ザビの演説を目撃する。自分の戦うべき相手が個人や兵器ではなく、国家という巨大なものであることを知るアムロであった……。

ホワイトベースは海岸に停泊し、クルーもつかの間の休息をとっていた。近くに故郷があるアムロは、コア・ファイターで立ち寄ろうとする。そこには宇宙暮らしを嫌い一人暮しを続ける母が待つはずだった。だが、自宅には荒れた連邦軍兵士が上がりこみ、周辺にも戦火の爪痕が深く刻みこまれていた。ようやく避難民キャンプで母と感動の再会を果たしたアムロは、見回りのジオン兵をやり過ごすため病人になりすます。一方、哨戒に出たリュウのコア・ファイターはジオン軍偵察機と交戦になり、ブライトはアムロへの緊急コールを命じた。だが、その呼出音はジオン兵の注意をアムロに引きつけさせてしまった。自己防衛のために、母ともみあうジオン兵をやむを得ず銃撃するアムロだったが、その行為は母に叱責されてしまった。断絶を感じたアムロはコア・ファイターでガンダムに空中換装し、ジオン軍の基地を徹底的に叩くが、それさえも単なる消耗戦にすぎなかった。戦いを終えて、ともに暮らそうという母の申し出を拒んだアムロは、仲間の待つホワイトベースへと戻っていくのだった……。

パトロール部隊に所属するジオン軍のクワラン曹長たちは、連邦軍のモビルスーツを倒して手柄をたて、母国へ帰還しようと若手独自の作戦をたてていた。一方、補給を続けるマチルダ中尉は、連邦軍レビル将軍の意図をブライトに伝える。欧州の大作戦が控えているため、当面はデータ収集を兼ねて独自に動けという破格の指示だった。翌朝、パトロール網を超えようとしたマチルダのミデア輸送機は襲撃を受けた。護衛に出たガンダムのおかげでマチルダは脱出に成功するが、それはクワランたちの思うつぼだった。小型のワッパはガンダムに接近し、次々に爆弾を取りつけていく。シールドが爆発したことで仕掛けに気づいたアムロは帰投し、犠牲を最小限にするため、周囲が遠く見守る中で爆弾を解除しようと孤軍奮闘する。最後の爆弾はガンダムと地面の間にあった。時限装置が作動する寸前、見かねた仲間たちが飛び出して力を合わせてすべての爆弾を取り外すことに成功した。敵も必死だと知ったクワランたちは、現地人になりすましてその果敢な行動をしたクルーたちの顔を見に来るのであった。

連邦空軍からの緊急信号を受けて、訓練中のアムロはコア・ファイターで近くの島へと向かった。不時着した戦闘機の中にシートに縛りつけられた瀕死のパイロットを発見したアムロは、応急手当を施す。すると兵士に敵意を抱く３人の子どもが現れ、ドアンと呼ばれる男がザクで近づいてきた。コア・ファイターで抗戦を試みるアムロだたが、ザクに撃墜されて傷ついてしまう。目ざめたアムロの側には、ロランと名乗る少女がいた。最初は彼女にも反発を感じたアムロだったが、次第にドアンに興味を抱いていく。実はドアンはジオン軍の脱走兵であった。追っ手におびえながら子どもたちを育て、防衛用の武器を奪っていたのだ。接近するジオン軍をホワイトベースがキャッチし、帰還に成功したアムロはガンダムで再出撃する。それを制止し、ザク同士の格闘戦をアムロに見せつけるドアン。子どもたちの親を殺して以来、彼は罪の意識に囚われていたのだ。ザクは倒せても、追撃の影に悩むドアンを見て、アムロはドアンのザクを投げつけ海中へと沈める。それは彼に染みついた戦いの匂いを消すためであった……。

中央アジアを西へ進むホワイトベースに、レビル将軍の密使から地球連邦軍本部のオデッサ・デーが５日後に迫ったと連絡が入った。キシリア配下のマ・クベ部隊を叩く大作戦の開始日である。だが、食料庫から塩が乏しくなったホワイトベースは、シルクロードの塩水湖へ迂回を余儀なくされていた。すでに移動した湖に呆然とするコック長のタムラ。その間隙をついて、ランバ・ラル隊がモビルスーツを展開して接近した。格納庫へ向かったアムロたちは、ガンダムを起動して無断出撃するセイラに驚く。シミュレーションで操縦はマスターしていたものの、初の実戦で思うように任せず当惑するセイラ。ラルの部下コズンはその不慣れな様子を見逃さず、ガンダムを捉えようと格闘戦をしかけた。アムロの乗るガンキャノンの支援でアコースのザクは破壊され、コズンもザクごと捕獲されてラル隊は撤退した。ブライトに独房入りを命じられたセイラは、すきを見て捕虜コズンと接触する。兄と思われるシャアの安否確認こそが、セイラ出撃の動機だったのだ。やがてホワイトベースの前には新たな塩水湖が姿を現した。

確保したザクからデータを取り、戦闘シミュレーションに余念がないアムロ。ミライの入浴中にキッカが破壊した水道を修理するなど、日常的にその才能は頼りにされ始めていた。捕虜となったコズンは隠し持った爆薬で独房の鍵を破壊して脱出するが、同行するはずのセイラが大声を出したため、窮地に陥った。同時に前方からミサイルが飛来し、アムロにガンダム出撃が命じられる。だが、慢心したアムロは独断で乗機をガンタンクに変更してしまった。通信室からラル隊へ情報提供を敢行するコズン。アムロの前にはラルのグフが出現し、戦力差に後退を余儀なくされていた。オムルの発射したバズーカの爆風に巻き込まれ、ついに落命してしまうコズン。アムロはガンダムに換装し、シミュレーション準拠の戦いを試みるが、実戦は厳しく、援護を受けてかろうじて脱出に成功する有様だった。戦いが終わり、パイロットとしてアムロは不適格者ではないかと疑念を抱いたブライトはミライに相談する。偶然その会話を聞いたアムロは激しいショックを受け、ガンダムで艦を発進、闇の中へと脱走してしまった……。

ジオン軍月面グラナダ基地のキシリア・ザビ少将は、資源発掘担当のマ・クベ大佐に会う目的で戦艦グワジンに乗り地球に向かった。脱走者は死刑と知り、慌てたフラウ・ボゥは、アムロを連れ戻そうとバギーで追うが、説得はすれ違いに終わる。逃亡を続けるアムロは、マ・クベとキシリアのいる鉱山基地を発見。これこそオデッサ・デーの目標だと思いこんだアムロは、ガンダムによる攻撃を開始した。奇襲を受けたキシリアは、巨大兵器アッザムのテストを兼ねてマ・クベと出撃する。重火器に翻弄されたガンダムに対し、続けて金属粉リーダーが散布される。籠のように囲んだワイヤーが放熱磁場を形成すると、付着したリーダーは一瞬のうちに４千度もの熱を生成した。敵の出力が弱ったすきに、ビーム・ジャベリンで逆転に成功するガンダム。モビルスーツの実力を思い知ったキシリアは、機密保持のため鉱山基地を自爆させて待避した。勝利に喜ぶアムロだったが、実は百以上もあるジオン軍の採掘基地のひとつに過ぎないと気づき、愕然とのだった。ブライトたちもまた、この襲撃がジオン軍にガードを固めさせたと苦慮していた。

砂漠をひとり放浪するアムロ。ようやく落ち着いたレストランに、ランバ・ラルが兵を率いて入ってきた。同行の女性ハモンは、アムロの鋭い眼光に好意を抱いて食事を余分にオーダーしたが、アムロは理由がないと謝絶する。その対応にランバ・ラルも好感を持ち始めたとき、連邦軍の制服を着たフラウ・ボゥが歩哨に捕らえられた。アムロの知りあいと判明し、店内は緊張に包まれる。だが、ラルはケープの中で密かに銃を構えた少年の勇気に敬意を表して放免する。同時にバイク兵にあとをつけさせ、木馬の居場所をつかむ周到なラル。行動を起こしたラル隊に気づいたアムロは、隠したガンダムを起動して急行した。ガンダムの堂々たる戦いぶりにパイロットが只者でないと見破ったラルは、実力のすべてを賭けてガンダムと斬り結ぶ。激闘の末、互いの顔を認めあうアムロとラル。少年が戦場に出ていると知って驚くラルだったが、捨てゼリフを残しつつ脱出に成功した。戻ったアムロは、独房に入れられて絶叫するが、やがてラルに勝ちたいという決意が、彼の表情を変えるのであった。

オデッサ・デーが近づき、ホワイトベースに不安な空気が充満していた。ランバ・ラルは必ず攻撃してくると予言し、艦を降りるとまで言うアムロの不敵な態度に、思わず殴りかかるリュウ。ブライトの方も、ジオンに投降しなかったアムロを理解しようと努力していた。だが、そんな関係に不満を抱いたハヤトやカイたち４人はバギーで逃亡し、後を追って説得を試みたのは、やはりリュウであった。新型モビルスーツ“ドム”の補給は滞り、ランバ・ラルはゲリラ屋本来のやり方に戻って小型戦車キュイに乗って白兵戦を挑んできた。強敵と思いこんでいたラルたちは、突入したホワイトベース艦内が少年兵ばかりで、子どももいることに戸惑いを隠せない。混乱の中、セイラと鉢合わせしたラルは、立ちすくんでしまう。その一瞬の迷いが命取りとなった。リュウと相打ちになり作戦失敗を認めたラルは、アムロのガンダムに向かって爆弾を抱えて自決、壮絶な最後を見せつける。ガンダムの攻撃でギャロップは破壊されたものの、リュウは瀕死の重傷を負ってしまった……。

ラル亡き後、ハモンはタチ中尉ら16名の仲間とともに使命を完遂することで、その想いに応えようと決意した。アムロとの戦闘を予感しながら、出撃するハモン。こじれた人間関係を心配したリュウは、重傷の身でありながらブライトや独房のアムロのもとへ赴き、関係修復を試みる。ホワイトベースに接近したハモンたちは、乏しい兵力で弱い部分を一点突破する「キリの戦法」を開始した。ようやくアムロは牢から出されたが、ラルの白兵戦は随所に被害を残していた。ガンダムへの換装を成功させたアムロは、接近するカーゴの自爆を察知し、前進阻止を試みる。カーゴを押し返そうと動けなくなったガンダムの背中に、ハモンはマゼラ・トップの砲口をつけて直接射撃を行った。絶体絶命の危機に陥ったアムロ。そこに一機のコア・ファイターが飛来し、マゼラ・トップに体当たりを行って爆発した。間一髪、危地から脱したアムロだったが、爆発した機体にリュウが乗っていた事を知り動転する。リュウはすべてをかけてホワイトベースと仲間を救ったが、衝撃を受けたクルーたちは夕陽に泣き崩れるのであった……。

点在するマ・クベの鉱山基地を撃破しつつ、ヨーロッパへ進むホワイトベース。ようやく連帯感の生まれた少年たちは、着実な戦果をあげるようになっていた。しかし、過労に耐えきれなくなったブライトは、高熱を発して倒れてしまう。一方のマ・クベ大佐はジュダックから連邦軍の情報を得ていたが、予想以上の被害にいらだち、連邦軍の内通者エルランへ戦力を押さえるよう指示する。リフトジェットを使い、ホワイトベース接近に成功したマ・クベの兵たちは、ミノフスキー粒子射出口とＥＣＭ発信機を爆破する。無防備になったホワイトベースはドップ編隊の接近を許してしまった。しかし、ブライトに代わって不慣れな指揮をとるミライは、状況把握と経験の不足から、戦闘に大混乱を招いてしまう。懸命にガンダムへの空中換装を成功させたアムロはグフの地上部隊を倒すが、ホワイトベースは刻一刻とマ・クベの罠にはまっていく。地上から強力なメガ粒子砲のビームが襲いかかり、大破したホワイトベースは不時着を余儀なくされた。飛行不能を確認したミライは、レビル将軍に援軍を要請する……。

オデッサ作戦を目前に、不安な面持ちで補給を待つミライに対し、ブライトは艦長代理を正式に依頼して引継ぎのメモを渡していた。そのころレビル将軍は、オデッサ作戦遂行を繰り上げるため、ヨーロッパ前線基地に到着していた。ホワイトベースを高く評価したレビルは、エンジン修理と同時にガンダムのパワーアップ用メカを送り届け、テストを兼ねて実戦投入することをマチルダに指示する。この情報はエルラン中将を通じてマ・クベの知るところとなり、ミデア輸送隊はド・ダイＹＳに乗ったグフ三機編隊に待ち伏せされてしまう。ＳＯＳを察知したセイラは、ミライの指示を待たずに出撃を命じた。あこがれのマチルダ救助にはりきるアムロだったが、ミデアを破壊したグフは今度はガンダムに狙いを定めた。ヒート・ロッドの攻撃で激しく傷つき、苦戦するガンダム。マチルダが懸命に守りぬいたＧファイターが、その危機に駆けつけた。格段の機動力を得たガンダムは上空に飛び、ようやくグフの撃退に成功した。ミライは指揮官代理としての働きを認められ、少年たちも誇らしげにマチルダを出迎えるのであった。

月面グラナダのキシリアは、貴重な資源を供給し続けたマ・クベの危機に際し、新型モビルスーツ“ドム”と黒い三連星を送るよう指示を出していた。補給部隊のマチルダ中尉はホワイトベースの少年たちに大人気となり、カイの提案で記念写真が撮影された。あこがれの人の写真を手に入れたアムロは、舞いあがってしまう。一方、レビル将軍はルウム戦役時に彼を捕らえた黒い三連星の参戦を聞き、オデッサ作戦開始の繰り上げを命じる。情報の早さに驚くエルラン。セキ技術大佐の指揮で修理が進む中、アムロはマチルダに補給部隊に入った理由を尋ねた。戦争という破壊の中で、ものをつくることができるからという回答に、アムロは感銘を受ける。黒い三連星のドムがホワイトベースに迫り、Ｇアーマーのパイロットに指名されたセイラは、とまどいながらもガンダムと出撃した。三連星のドムはジェットストリーム・アタックを仕掛けてアムロを翻弄する。アムロは敵の意表をつく攻撃でマッシュのドムを葬ったが、この戦いでマチルダが犠牲となった。追悼の場で、アムロは心の中にマチルダの名を絶叫する……。

黒い三連星の仲間マッシュの死を悼むガイアとオルテガ。Ｇファイターをテストしていたアムロは、連邦軍の小型機がジオン軍から離陸する光景を発見して驚いた。後を追ったアムロは移動司令部ビッグ・トレーに着艦し、スパイの存在をエルラン中将に告げる。本性を現したエルランはアムロに銃を向けるが、駆けつけた連邦軍兵士に身柄を拘束された。ついにオデッサ作戦は発動され、両軍とも持てる物量を最大限に投入して激戦を繰りひろげる。ホワイトベースも黒い三連星の猛攻を受けていた。Ｇメカの中からガンダムが姿を現すと、ドムは仇討ちとばかりに襲いかかる。裏切り阻止で窮地に陥ったマ・クベは、切り札として南極条約で禁止されている水素爆弾の使用をほのめかして恫喝した。進軍を止めないレビル将軍に対し、ミサイルはついに発射されてしまう。交戦中のアムロに緊急阻止が指示され、ガンダムはビーム・サーベルで弾頭部分を切り落とし、連邦軍を窮地から救った。かくしてオデッサの戦いは連邦軍の勝利に終わり、ホワイトベースの少年たちは、連邦軍のレビル将軍と親しく握手を交わすのであった。

南米ジャブローの地球連邦軍本部に向かう前に、ホワイトベースは北アイルランドの補給基地ベルファストで修理を受けることになった。スパイの少女ミハルからその情報を受け取ったのは、赤い彗星のシャアであった。キシリア配下となり、潜水艦中心のマッド・アングラー隊を率いて活動を開始していたのだ。アムロたちは、軍の最重要機密に触れた者が連邦軍人にならなければ、一生涯刑務所に入る可能性があるとレビル将軍から通告を受ける。続けてレビルは、ガンダムの活躍が呼び水となってジオン軍の動きが活発化し、近く戦場に多様なモビルスーツが出現し、中にはモビルアーマーと呼ばれるものも含まれると予告した。それとタイミングを合わせるように、潜水艦ユーコンから水陸両用モビルスーツ“ゴッグ”が発進、上陸して激しい交戦を開始した。アムロはガンダムの新兵器ハイパー・ハンマー、Ｇブルで立ち向かうが、ゴッグの分厚い装甲に苦戦を強いられる。海中でようやくゴッグの撃破に成功するガンダム。自分のプライドを傷つけた木馬と白いモビルスーツの出現に、シャアはほくそ笑むのであった……。

新兵器Ｇパーツのプレゼンテーションを行うアムロ。その最中にカイは席を外した。軍人になることを嫌ったカイは、艦を降りることを決意したのだ。行くあてもなく街に出たカイは、以前基地で声をかけてきた少女ミハルと再会した。彼女の自宅で幼い弟と妹のために懸命なミハルを見て事情を察知したカイは、それとなくホワイトベースに関する情報を流してやる。ミハルはさっそくマッド・アングラー隊に連絡をとった。だが木馬の行き先に関心のあるシャアは、ゴッグと新型水陸両用モビルスーツ“ズゴック”を出撃させ、混乱に乗じてミハルに潜入するよう命じた。水中からの攻撃に苦戦するガンダムとガンキャノン。ミハルの家から去ってはみたものの、カイはホワイトベースの苦戦が気になり、いたたまれなくなってバイクで駆けつける。カラハのズゴックと激しい水中戦を展開するガンダム。妹弟と別れたミハルは、その間に艦に入っていく。カイのガンタンクは絶妙なタイミングで浮上したズゴックを砲撃、ガンダムの勝利を導いた。カイは復帰し、女スパイを乗せたままホワイトベースは南米へ出港していく。

ミハルはホワイトベースの進路を探ろうと艦内を偵察中に、カイに発見されてしまった。ミハルを自室にかくまって情報を教えるカイだったが、その直後にシャア配下のフラナガン・ブーンが漁業組合員に変装し、ジェット機で着艦してきた。すみやかにミハルと接触し、撤収するブーン。カイはミハルの存在を明るみに出せないため、どうすることもできなかった。シャアと合流したブーンは、新鋭モビルアーマー“グラブロ”に乗り込み、ズゴック２機を曳航して海中からのホワイトベース襲撃を開始した。子どもたちまで巻き添えとなっていることを目撃したミハルは、自分の行為に重い責任を感じてしまう。懸命に迎撃するアムロたちだったが、ガンダムは水中でグラブロに脚を捕捉され、思わぬ苦戦を強いられていた。罪滅ぼしのためにと、カイとガンペリーで出撃するミハル。だが、ミサイル発射時の予期せぬ爆風が彼女を吹き飛ばし、大西洋上でミハルは散っていった。帰投後、ミハルの不在に気づいて涙にうなだれるカイ。密航者ゆえに哀しみを分かちあう者も他にはおらず、ひとり絶叫するカイであった。

ホワイトベースは、苦難の果てに南米ジャブローの地球連邦軍本部へとたどり着いた。だが、同時に敵ジオン公国軍のマッドアングラー隊も追跡していた。シャア大佐は北米から新型モビルスーツ“ゾック”を受領し、援軍の到着を待たずして第一次攻撃隊を発進させた。ホワイトベース整備の指揮をとるウッディ大尉が、戦死したマチルダ中尉のフィアンセだと知り、アムロは深い感慨に沈む。ついにジオン軍の大編隊がジャブロー上空に接近し、無数のモビルスーツを降下させて総攻撃を始めた。防衛に加わったアムロは、ガンダムの量産タイプ“ジム”を素早い動きで仕留める赤いズゴックを発見した。シャアの機体だ！　ウッディ大尉も婚約者の愛した艦を守ろうとして、その犠牲となってしまう。再び戦場で対決する、宿命のライバルたち。シャア再来の報告を聞いてホワイトベースは驚きに包まれるが、その中でもセイラはひときわ大きな動揺を見せるのであった……。

シャア大佐のズゴックは、アカハナたち特殊工作員のモビルスーツ“アッガイ”を率いて、ジャブロー基地へ潜入した。アムロたちは階級を受領し、軍人として連邦軍に正規に編入されていく。同時にカツ、レツ、キッカたちの処遇が問題になり、育児センターに預けられるが、そこを嫌った３人の子どもたちは脱走。逃げのびた先は、連邦軍のモビルスーツ“ジム”の工場だった。まさにそこを爆破しようと暗躍していた特殊工作員たちと鉢合わせし、縛られて置き去りにされる子どもたち。小さな勇士たちは、懸命に縄を切り、時限爆弾をひとつ残らず取り外そうと奮戦する。爆弾を乗せてバギーで工場から遠ざかろうと試みたとき、ちょうど出会ったアムロたちの対応で、爆弾はうまく処理された。戦闘の始まった地底で、子どもたちを追ってきたセイラはシャアと遭遇し、互いに兄妹であることを確認しあう。アムロの活躍でアッガイは破壊されたが、シャアはズゴックで逃亡した。子どもたちの艦への残留が認められた頃、連邦軍高官たちはホワイトベースを囮専門にすることをブライトに告げるのであった。

ティアンム艦隊第13独立戦隊として配属されたホワイトベースは、ジャブローから宇宙に発進する主力戦隊から敵の注意をそらすため、囮のコースへ先発するよう命じられた。補充要員としてスレッガー・ロウ中尉が加わり、宇宙の戦場へと飛翔するホワイトベース。シャア大佐が戦艦ザンジバルで追撃する。途中で囮と気づいたシャアだったが、逆にこれを好機ととらえて追撃戦をしかける。トクワン大尉の乗る高速モビルアーマー“ビグロ”とリック・ドム２機が発進、アムロのＧスカイ、セイラのＧブルイージーが迎え撃つが、敵を兄と疑うセイラは集中力を欠いていた。シャアのザンジバルは浴びる砲火をものともせず、ホワイトベースへと突進していく。その危機を救ったのは、スレッガーの放った主砲の直撃だった。戦闘中にガンダムはビグロのアームに捉えられ、内部のアムロはショックで意識を失っていた。だがアムロは驚異の早さで回復し、次の瞬間、ビグロの機体はビームに貫かれていた。激戦は終わり、スレッガーもその実力が認められて、ホワイトベース艦内を安堵が包みこんでいった……。

ビグロのパイロット、トクワンの死を悼むデミトリーは、実用テスト前に放棄されていたモビルアーマー“ザクレロ”で仇討ちに出た。拡散ビーム砲とミサイルに苦戦するハヤトのガンキャノン。しかし、Ｇアーマーと連携して高速戦闘に対応したガンダムは、サーベルでザクレロのエンジンを直撃し、一瞬で撃破した。シャアは木馬の進路にいる元部下のドレン大尉と連絡をとり、挟撃を依頼した。スレッガー中尉はもう１機のＧファイターのパイロットとして出撃し、リック・ドム編隊と交戦する。艦隊戦に集中していたドレンは、出撃したガンダムを見失ったと聞いて不安に陥った。モビルスーツ隊を僚機に任せたガンダムは察知されないよう直上から接近し、バズーカの連射でスワメルを撃沈。続いてビーム・サーベルで旗艦キャメルのブリッジを斬り裂いて指揮官のドレンごと葬り去り、強行突破を成功へと導いた。信頼するドレンの敗北を聞き、戦慄を隠しきれないシャア。ブライトはシャアのザンジバルとの接触を避けるため、サイド６への転進を指示した。

ドズル・ザビ中将は、シャアの無能さを証明するために宇宙要塞ソロモンからコンスコン機動部隊を出撃させた。パトロール中のＧアーマーは謎のモビルアーマー“ブラウ・ブロ”を撃破し、ホワイトベースは中立国家サイド６の領空内へと無事に入ることができた。その査察を担当する検察官カムラン・ブルームは、かつてミライの婚約者であったが、ミライはその歓待に冷淡な反応を示す。ダウンタウンへと買い物に出たアムロもまた、意外な人物に再会した。サイド７で宇宙に吸い出され、行方不明になっていた父テム・レイである。しかし、ジャンク屋住まいの父は酸素欠乏症で脳障害を起こしており、アムロは哀しみのあまり嗚咽する。カムランの配慮で、ホワイトベースは戦争商人と噂されるベルガミノの浮きドックで修理を受けようとしていた。勝機とみて急襲をしかけるコンスコン。だが、アムロは異常な戦闘能力を発揮し、12機のリック・ドムは３分足らずで全滅させられてしまった。ホワイトベースの違法行為は父親がもみ消すと告げるカムランに、ミライは涙を流して愛の言葉に背を向け、去るのであった。

修理を受けないままサイド６に戻ったホワイトベースは、出港までの刻限を切られていた。そのひとときに父に遭おうとバギーを走らせたアムロは、突然の豪雨を避けて立ち寄ったコテージで、湖の白鳥を見つめる不思議な少女と遭遇する。父とのつらい別れを済ませたアムロは、帰路にバギーを立ち往生させてしまった。その窮状を救ったのは、戦艦ザンジバルでサイド６に入港したシャア大佐であった。その横で微笑むのは、湖畔で出逢った少女ララァであった。待ち伏せするコンスコンを牽制するため、カムランは自家用宇宙艇の随伴を申し出る。かたくなに拒絶するミライを、スレッガーは平手打ちとともに諭した。カムラン艇をともない、出港するホワイトベース。サイド６の領空を超えた瞬間、リック・ドムの編隊が襲いかかった。アムロは敵の攻撃を完璧に読みきり、その様子をホテルのＴＶ中継で見ていたララァは、シャアにガンダムの勝利を予言した。コンスコン隊は全滅し、アムロは涙をこらえながらサイド６を後にするのであった。

ブライトはかつてのルナツー司令ワッケインの艦に出向き、宇宙要塞ソロモン侵攻に際してともに先鋒となることを告げられた。そのソロモンのドズル中将は、ギレン総帥からの補給が試作モビルアーマー“ビグ・ザム”１機と知って憤っていた。ついに連邦軍のソロモン攻略戦が開始された。ビームとミサイルが入り乱れる過酷な戦場。連邦軍はジムに加えて簡易モビルスーツ“ボール”を出撃させ、物量戦を展開する。連邦軍先鋒艦隊が持ちこたえている間に、主力のティアンム艦隊はサイド１の空域にミラーを配置し終わっていた。太陽光が集まった焦点が移動し、ソロモンを焼きつくす。連邦軍の切り札ソーラー・システムの威力であった。激戦の中で負傷したハヤトはホワイトベースに収容され、アムロとの実力差に涙を流す。そのアムロは突破口の開かれたソロモンへ侵入し、陥落を恐れたドズルは妻ゼナと愛娘ミネバを万が一に備えて待避させる。反撃を決意したドズルの前で、ビグ・ザムの巨体はついに起動するのであった。

ソロモン攻略中、スレッガー中尉のＧファイターは被弾のため帰投した。彼の安否を案じたミライは、ブライトに操舵から離れることを許された。出迎えたミライの涙にすべてを悟ったスレッガーは、母親の形見と称する指輪を託し、やがて二人は唇を重ねた。追いつめられたドズル中将は、自らビグ・ザムで応戦する。ビームを歪曲し強力なメガ粒子砲を放つビグ・ザムに、連邦軍兵士たちは震えあがる。ソロモンを放棄したドズルは、連邦軍主力艦隊への特攻を決意した。連邦側宇宙艦は次々とビグ・ザムのビームに貫かれ、ティアンムの旗艦も犠牲となる。スレッガーはガンダムを自機にドッキングさせ、ビグ・ザムへ捨て身の攻撃をしかけた。スレッガーの死と引換にアムロはビグ・ザムの懐に入り、大破に成功する。最後まで捨て身で戦うドズル中将の悪意を幻視して戦慄するアムロ。ゼナたちのカプセルはマ・クベ大佐の艦隊に救出され、スレッガーの死を聞いたミライは泣き濡れる……。こうして激戦を生き抜いたホワイトベースは、一時の安堵に包まれるのであった。

ソロモン陥落を受けて、ギレン総帥は宇宙要塞ア・バオア・クーをジオン公国の最終防衛拠点にすると宣告した。ホワイトベースはレジャーと牧畜用のテキサス・ゾーンの暗礁空域にいたが、マ・クベ大佐が自分用に開発されたモビルスーツ“ギャン”に乗り、シャアの目前でガンダムを仕留めて上司キシリアに報いようと画策を開始していた。砂漠化が進んだテキサスコロニーにシャアが訪れた目的は、フラナガン博士の立ち合いのもとララァと新型モビルアーマーの実験を行うことだったが、そのエルメスはまだ到着していなかった。マ・クベは幾重にも罠をしかけてガンダムをコロニー深部へ誘いこむが、近づくアムロの心を察知したララァは、なぜかときめきを感じてしまう。シャアは新型モビルスーツ“ゲルググ”で戦闘に介入したが、マ・クベは意地でそれを拒絶する。激しく斬り結んだ末にギャンはガンダムに倒され、マ・クベは白磁の壺を思い浮かべながら果てた。爆風に巻きこまれそうになったララァはゲルググに守られたが、心の共振を感じるアムロとララァは互いにその名を口にするのであった。

ホワイトベースとジオン軍の高速重巡洋艦チベは膠着状態に陥っていた。増援の得られないガンダムに、シャアはゲルググで襲いかかる。着実に射撃を回避する敵を、ニュータイプだと確信するシャア。だがゲルググは動作不良に陥り、シャアはダミーの爆発を起こして脱出を図った。ワッケイン司令の戦艦マゼランが接近したことで均衡は破れ、ホワイトベースはテキサスコロニー内へ進入することに成功した。アムロ捜索に出たセイラのバギーの前にシャアが現れ、二人は再会を果たす。キャスバルとアルテイシア。この兄妹は、ニュータイプ思想を掲げたジオン・ズム・ダイクンの遺児だったのだ。父を暗殺したのはザビ家だと考えたキャスバルは、復讐のためにジオン軍に入ったことを明かす……。しかし、この会話の一部始終はブライトに通信傍受されていた。アムロを無事回収したホワイトベースだったが、シャアのザンジバルに撃沈されたワッケイン艦の残骸を発見してクルーは絶句する。通信を不審に思うブライトにセイラは出自を明かし、兄の残した手紙を読むと一人ベッドで涙を流すのであった。

地球連邦軍は占領したソロモンをジオン本国侵攻の最終拠点に改造し、レビル将軍を迎えていた。だが、「ラ……ラ……」という声をともなう見えない敵の襲撃が続発し、工事を妨害する。ララァの乗るモビルアーマー“エルメス”が、ついに動き始めたのだ。そのころジオン公国では「木星帰りの男」と呼ばれるシャリア・ブルがニュータイプと認定され、ギレン総帥に謁見していた。キシリアのもとへ送りこむ真意をほのめかすギレン。月面基地グラナダでブラウ・ブロを受領したシャリア・ブルは、エルメスを調整中のシャアと合流する。一方、ホワイトベースではセイラがシャアとの関係をブライトに打ち明けていた。出撃したシャリア・ブルのブラウ・ブロによるオールレンジ攻撃を着実に回避し、アムロのガンダムはブラウ・ブロを撃破した。が、ガンダムの操縦系はついにアムロの発達した反射神経に追いつけくなっていた。深刻な波紋がクルーに拡がっていく……。

連邦軍技術部のモスク・ハン博士は、ガンダムの関節に電磁工学を応用した技術マグネット・コーティングを施すことで、応答速度の向上を試みていた。ジオン公国では月のグラナダと宇宙要塞ア・バオア・クーの間を最終防衛線と定め、本土決戦に備えてスペースコロニー“マハル”の住民を強制退去させていた。ギレン総帥はマハルをソーラ・システムに改造する許諾書を父のデギン公王に提出していた。一方、ララァの戦果に自信をつけたシャアはエルメスを実戦に投入するが、２隻の戦艦を瞬時に沈めるララァの能力の異常さに味方のパイロットは恐怖を覚えるのだった。その頃、地球連邦軍は「星１号作戦」を発動させていた。ガンダムの改修で艦隊集結に遅れたホワイトベースもようやく出港し、キシリア直轄の遊撃隊に配属されたシャアの部隊と戦闘状態に入っていった。ゲルググで出撃したシャアは、アムロのガンダムとエルメスのララァ、ニュータイプ同士の激戦の中では邪魔者扱いされる始末であった。ララァの多大なる戦果は高く評価されたが、ガンダムとの戦闘で異常な反応を示すララァの様子に、シャアは不安を覚えるのであった。

ギレンに絶望したデギン公王は、自ら戦艦グレード・デギンを出港させて和平交渉に乗り出した。だが、ギレンはその動きさえも察知していた。キシリアはシャアの動機がザビ家打倒からニュータイプに移ったことを確認し、アムロもまた自分のニュータイプ体験をクルーに告白していた。キシリア艦隊と第13独立艦隊は交戦を開始、ララァのエルメスはアムロのガンダムに直進する。サイコミュ誘導されたビットはオールレンジ攻撃でガンダムを包囲するが、アムロはそれを完全に撃破してしまった。先鋭化する二人の意識は共鳴し、思惟が直結して会話が始った。ゲルググで二人の間に割って入るシャア。シャアがガンダムに討たれかけた刹那、エルメスがシャアを庇ってアムロのガンダムのビーム・サーベルを受けた。アムロの意に反してララァの生命が散る瞬間、二人は未来の姿を幻視する。まさにニュータイプの招いた悲劇であった。やがてデギン公王がレビル将軍との接触を始めたとき、ギレンにより、ソーラ・レイが発射された。憎しみの光が招く惨劇を予感し、アムロは絶叫する。

直径6キロに及ぶコロニーレーザー兵器ソーラ・レイの光は、デギン公王とレビル将軍ともども連邦軍主力艦隊の約半数を蒸発させてしまった。ギレンはこの機に乗じ、ア・バオア・クーの兵士を相手に戦意高揚の演説を行う。指揮系統と戦力を失って混乱した連邦軍艦隊は残存戦力を結集し、ア・バオア・クーへ進撃を開始した。空母ドロスでこれを迎え撃つギレン。キシリアと要塞に到着したシャアは、自分自身のニュータイプの可能性に賭けるしかないと、未完成のモビルスーツ“ジオング”に搭乗して出る。ギレンが指揮をとる司令室に入ったキシリアは、総帥の真意を聞き、兄であるギレンが父を殺したと確信をもつのだった。キシリアのレーザーライフルがギレンの頭部を貫き、兵たちの前で主権交代が起こった。その直後、空母ドロスが沈み、地球連邦軍はモビルスーツ隊を立てて要塞へ突入。そしてシャアはジオングのパワーを存分に発揮しきれない自分に焦りつつも、アムロのガンダムとの戦いに決着をつけようとしていた。

連邦軍はモビルスーツ隊をア・バオア・クー内へ進入させようとしていた。ホワイトベースはエンジンに直撃を受けて要塞内で停止し、白兵戦が開始された。ガンダムとジオングは相打ちで大破してしまった。ガンダムを降りて真に倒すべき敵を認識するアムロの前に、シャアが立ちはだかる。モビルスーツから降りての要塞内での銃撃戦から、剣で切り結ぶ宿命の二人。セイラが割って入り、アムロとシャアの決着はつかなかった。セイラに別れを告げたシャアは、逃亡するキシリアを追って、ザンジバルを砲撃、彼女を葬り去る。絶望的な状況の中でアムロはガンダムの残骸を発見し、コクピットへと滑りこんだ。ララァの声に導かれ、アムロは遠くで懸命に戦う仲間の姿を見る。アムロの言葉に誘導され、クルーたちは脱出に成功した。だが、肝心のアムロの姿だけが見えない。セイラが諦めかけたとき、子どもたちの掛け声にのってアムロのコア・ファイターが爆発の中から飛び出してきた。アムロは帰るべき場所を見つけたのだ。そして宇宙世紀0080年、地球連邦政府とジオン共和国との間で終戦協定が結ばれた……。