マクロス7の居住艦であるシティ7で、ロックバンド“ファイアーボンバー”のコンサートが開かれていた。その最中、謎の船団の奇襲を受けたマクロス7は、「VF-17 ナイトメア」などで応戦する。そんな時、そのバンドのボーカルであるバサラが、愛機「VF-19改 ファイヤーバルキリー」で戦場に乱入して…。

バサラの部屋に、ミレーヌが逃げ込んできた。それは、シティ7の市長を務める母親のミリアが見合い相手を勝手に決めたために逃げてきたからだと言うミレーヌ。その時、敵の攻撃を知らせる空襲警報。それを聞いたバサラは、熱いハートを叩きつける歌を歌いに戦場へ赴く。だが、再び彼の歌の途中で敵は退却してしまい…。

メジャーバンドへの登竜門となる「スーパーノバ」というライブコンサートに出場することになった“ファイアーボンバー”。そんな折、攻撃を仕かけてきた謎の船団に、バサラは今度こそ自分の歌を聞かせようと出撃する。だが、またしても歌の途中で謎の船団が退却してしまった。それに対して、バサラはガッカリするが…。

バサラの歌に感動した人々により、人気急上昇中の“ファイアーボンバー”。ところが、それをよそにシティ7では、市民が魂を抜かれたような状態になるという奇怪な事件が続発していた。シティ7の人々はバンパイアの仕業では？と噂し始める。そんな中、ミレーヌがちまたを騒がせるバンパイアに襲われてしまい…。

“ファイアーボンバー”のリーダーであるレイは、スリースターと呼ばれる工場艦からの演奏依頼を引き受けたことをバサラたちに伝えた。そして、その演奏当日。“ファイアーボンバー”が演奏している会場に、女暴走族のレックス軍団が乱入してきた。そして、彼女たちは“ファイアーボンバー”の演奏を邪魔するが…。

ある朝、ミリアから市長直属のシティ7専属防衛隊“ダイアモンドフォース”のエースパイロットであるガムリン木崎中尉と見合いすることを言いつけられたミレーヌ。突然の見合い話を拒否する彼女に、ミリアはその条件として彼女のバンド活動を許し、仕事も紹介すると言う。その条件を受け、ミレーヌは渋々承諾するが…。

リゾート艦であるリビエラでのライブの仕事にヤル気満々のミレーヌ。それとは反対に、バサラはリゾートを楽しむヒマ人に聴かせる歌はないと乗り気ではなかった。それでもライブが始まると、ノリノリに歌うバサラ。だが、打ち合わせとは違う演奏をする彼に怒り心頭のミレーヌ。その時、謎の船団がリビエラを急襲して…。

ミレーヌが取ってきたレコーディングの仕事で、“ファイアーボンバー”の十八番「突撃ラブハート」を熱唱するバサラたち。だが、ディレクターのハニー鈴木がOKを出さず、レコーディングは難航。そんな中、音楽プロデューサーのアキコは、バサラが戦闘中に歌った「PLANET DANCE」を売り出すことにして…。

3週間経ってもファーストシングルの売り上げが乏しくないと怒るミレーヌ。だが、そんなことはお構いなしの他のメンバーを見て呆気に取られたミレーヌは、自分がメインとなる新曲を必ずヒットさせると気を吐く。そんな中、ミレーヌはバンパイアにスピリチアを少しずつ抜き取られている人気シンガーのアリスと出会い…。

“ファイアーボンバー”は、アキコの計らいによって音楽関係者などを招いて歌を披露することになった。ところが、その場所をバンパイアに襲撃され、レイはアキコをかばって負傷してしまう。その時のレイの行動が理解できなかったミレーヌは、アキコに彼の過去を聞く。ミレーヌが知ったレイの悲しき過去とは…？

テレビ映画「リン・ミンメイ物語」にミレーヌはリン・ミンメイ役、バサラは一条輝役として出演することになった。だが、バサラはこの映画が軍とシティオフィスの宣伝映画であることを知り、輝役を降りる。その代役に、ボビーという青年が選ばれた。彼は、稽古を理由にミレーヌを無理矢理ホテルへと連れていき…。

ガムリンは、ミレーヌと展望レストランでのデートを楽しんでいた。だが、席を外したミレーヌがバンパイアにさらわれてしまった。彼女がさらわれてしまったことの責任を感じて、警察と協力して彼女の行方を探すガムリン。一方のバサラたちも、ミレーヌのペットであるグババのテレパシーを頼りに、捜査に乗り出して…。

フォールドアウトさせられたシティ7は、地下動力システムをバロータ兵に占拠されてしまっていた。彼らの目的は、バロータ軍総司令官のゲペルニッチがいる本隊にシティ7を再フォールドさせることだった。それを知ったミリアは、愛機「VF-1J バルキリー」を駆り、シティ7の再フォールドを阻止しようとするが…。

またしても、別の宇宙空間にフォールドアウトしてしまったシティ7。そんな事態とは無縁に、“ファイアーボンバー”にライブの依頼が舞い込む。そこは、退役軍人が多い老人ホームのシルバーパラダイスだった。そして次のライブは、子供たちの前。それに対してあきれたバサラが帰ろうとした時、敵のバルキリーが現れて…。

シティ7では、自衛手段として一般市民からバトロイドなどの提供とパイロットを募集するため、市長主催の「バトロイドカーニバル」が開かれていた。パイロットに志願するもののミリアによって止められてしまったミレーヌは、同じくパイロットに志願した女暴走族のレックスとバサラの親しげな光景を目の当たりにして…。

無気力状態の敵の捕虜が“ファイアーボンバー”の歌にだけ反応することに気がつくミリアたち。そこで、彼女たちはバサラたちに捕虜である男の前で生演奏をさせようと、仕事を依頼する。この仕事にバサラは、これこそ自分が求めていたものだと熱演する。バサラが熱演した結果、その男は自らをイリーナ早川と名乗り…。

自分の歌で敵の捕虜の記憶が少しずつ蘇っていることに気をよくしていたバサラ。次は新曲で敵の記憶をもっと蘇らせてやろうと、気合十分のバサラ。その頃、シティ7と連絡の取れたバトル7は、“ダイアモンドフォース”と護衛空母のモモイなどをシティ7護衛のために派遣する。だが、その派遣隊の前に光の玉が飛来して…。

ゲペルニッチの配下であるギギルが蘇らせたシビルは、“ダイアモンドフォース”と護衛空母のモモイなどを壊滅させてしまった。その際にバサラの歌を聞き、ゾクゾクして逃げ去ってしまったシビルは、ゾクゾクする正体を確かめるためにギギルと出撃する。そして、彼らはシティ7をフォールドアウトさせようとするが…。

シティ7に迷い込んだシビルは、ゾクゾクの正体であるバサラとスピリチアを求めて市内を徘徊していた。彼女が市内を動き回る度に、過激な行動に出るゼントラーディ系の市民たち。そして、テロリストと化してしまった40人ほどのゼントラーディ系の市民が、ミリアと職員などを人質に市庁舎に立てこもってしまい…。

熱狂的に“ファイアーボンバー”を応援するようになったシティ7の市民たちのおかげで、超満員になった“ファイアーボンバー”のコンサート。このままでは、暴動が起きるかもしれないと心配したアキコは、公演を2回に増やす。そんな時、シビルに体を乗っ取られてしまったレックスが会場に現れ、過激な行動に出るが…。

“ファイアーボンバー”のファンである花束の少女の体を乗っ取ろうとしたシビル。その際、観客に飲み込まれて彼女を見失ったシビルは、代わりにアキコの体を乗っ取った。だが、“ファイアーボンバー”のレコーディングに立ち会うことになっていたアキコの体を乗っ取ったため、シビルはバサラの歌を生で聞いてしまい…。

12時間後、炎が燃えたぎる恒星に突入してしまうシティ7では、これを回避するためにフォールドシステムの修復が行われていた。その矢先、敵がシティ7に攻撃を仕かけてきた。一方、バトル7では軍医であるDr．千葉がバサラの歌に反応する歌エネルギー探知機を発明し、それを使ってシティ7の居場所を発見するが…。

敵兵士に対して歌が何らかの効果をもたらすことを知り、かねてより計画していた“サウンドフォース”という部隊の実現化を決めたマックス。その人選を彼から一任されたレイは、“ファイアーボンバー”のメンバーを候補者として選ぶ。だが、マックスの強い要望もあり、レイはミレーヌを候補者から外してしまうが…。

大尉に昇進し、“ダイアモンドフォース”の隊長の任務にも就くことになったガムリン。そんな彼の代わりに、ドッカー大尉率いる新型機「VF-19 エクスカリバー」で構成された“エメラルドフォース”が“サウンドフォース”を守ることになった。この辞令にショックを受けるガムリンの姿を見るに見かねたミレーヌは…。

バサラたちは出撃に備えてバルキリーのフォーメーション訓練を始めるが、結果は思わしくなかった。そこで、バサラとベテランロックシンガーのアリスをデュエットさせることを思いつくレイとアキコ。それが成功すれば大ヒット、失敗しても“ファイアーボンバー”のチームワークがまとまるという一石二鳥の妙案だったが…。

マクロス5が移住した惑星ラクスの軌道上に到着したマクロス7。だが、いくら通信を送っても返事がないことを警戒したマックスは、安全が確認されるまで惑星への降下を禁止する。そんなことはお構いなしに、ラクスへと降下したバサラとミレーヌは、美しい自然の中に点在するマクロス5の残骸を見つけて…。

船団の修理が完了するまで、マクロス7は惑星ラクスに定住することになった。この状況下でDr．千葉は、歌エネルギーを発生させる“サウンドエナジーシステム”を開発する。その実験を兼ねたコンサートで、声の出ないバサラになり代わり装置を付けて歌うミレーヌ。そして、彼女はエネルギーを発生させるが…。

蘇ったプロトデビルンのグラビルがいつ攻撃してきても対処できるように、歌の練習をする“ファイアーボンバー”のメンバーたち。だが、バサラが練習をすっぽかしてしまった。そんな時、シビルを目覚めさせるにはバサラの歌しかないと考えたギギルが彼を誘惑する。そして、シビルの元に連れてこられたバサラは…。

夜な夜な出かけるバサラを不審に思ったミレーヌはその後を尾行するが、結局見失ってしまった。そこへ、ミレーヌの監視役であるマイケルが現れ、ミリアとマックスの関係が悪化していることを彼女に告げる。それを知ったミレーヌは、空母のボルデガで開かれる“ファイアーボンバー”のコンサートに2人を招待するが…。

ゲペルニッチは、マインドコントロールしたマクロス5の兵士たちをガビルに部下として与えた。彼らを引き連れ、マクロス7を攻撃するガビル。その際、ガビルはこれまでの戦いで気づいた“サウンドフォース”の弱点を突く。だが、バサラの歌の前では効果を得られず、部下たちのマインドコントロールを解かれてしまい…。

バサラのプライベートや過去がゴシップ誌のネタにされるようになった。そして、記者連中に追いかけ回されることになったバサラだったが、そんなことはお構いなしでシビルを目覚めさせようと奮戦する。その光景を陰から見守っていたギギルは、一向にシビルが目覚めないため、バサラにその怒りをぶつけて…。

第2の遊撃隊“ジャミングバーズ”を誕生させるためのオーディションが開催された。その審査に加わるようにとバートン大佐から命令されるが、シビルを目覚めさせることに専念するバサラ。そして一次審査後、またしても大佐から最終選考の審査などを命令されたバサラは拒否してしまう。そんな彼の態度に、怒った大佐は…。

ついにバサラの尾行に成功し、秘密の場所を突き止めたミレーヌ。だが、そこで彼女が目にしたものは、シティ7の市民を震撼させたシビルをバサラが目覚めさせようとしている光景だった。それに動揺したミレーヌは、マックスに相談する。そんな2人の会話を偶然立ち聞きしたバートン大佐は、シビルを捕獲して…。

シビルを自分の歌で目覚めさせることができなかったと、1人傷心の旅に出てしまったバサラ。その行動に責任を感じたミレーヌは、バサラに一言謝ろうとその後を追いかける。一方、シビルの目覚めに脅威を感じたゲペルニッチから、シビル抹殺の命を受けたガビル、バルゴ、グラビルは暴走するシビルを攻撃するが…。

歌エネルギー探知機を頼りに、バサラを探すミレーヌとガムリン。だが、この装置は相手が歌を歌わないと、反応を示さないという欠点があった。バサラが歌っている気配はなく、グババの特殊能力にも反応がないため、ミレーヌのイライラは増大する。そんな彼女の心中を察したのか、グババは単独でバサラを探しにいき…。

ミレーヌたちと合流したバサラだったが、夢の中にシビルが出てきたことによってまた1人で出かけてしまった。その途中、巨大な雲に覆われた場所へと導かれるかのように突入したバサラは、そこでシビルの姿を目撃する。その時、出くわしたバサラとギギルは、先を争うようにシビルの元へと駆けつけようとするが…。

バサラとギギルの友情の賜物か、ようやくシビルが目覚めた。それと同時に謎の遺跡が出現し、バサラたちは光の玉に包まれて宇宙の彼方へと飛ばされてしまう。一方、この光景を目撃したガムリンから遺跡出現の報告を受けたバトル7では、宇宙統合軍の参謀であるエキセドルがその遺跡の調査に赴くことになり…。

シビルたちと光の玉に乗って銀河を見てきたことで自分が歌う本当の理由を悟ったバサラは、バンド活動を再開する。ところが、ゲペルニッチがスピリチアを確保するため、7万の艦隊をもってラクスを包囲し、マクロス7を封じ込める作戦に出た。一方、ガビルたちからシビルを守ろうとするギギルは、本体を覚醒させて…。

バサラたちの戦闘を記録した素材を軍から大量に借りたアキコは、これまでの“ファイアーボンバー”の活躍を人々に知ってもらおうとビデオを編集していた。一方、バサラたちのバルキリーをメンテナンスしている最中に、ガビルがバトル7に攻撃を仕かけてきた。これに対し、バトル7は“ジャミングバーズ”を出動させて…。

プロトデビルンに対するマクロス7の市民の不安を取り除こうと、ミリアは軍の考えを明確にしてほしいとマックスに嘆願する。その要請に、マックスは対応策を協議するための会議を開く。そこへ、プロトデビルンと接触をもったバサラたちが呼ばれる。その中で、バサラは音楽でプロトデビルンと分かり合えることを話すが…。

“ファイアーボンバー”の前に、ミレーヌのファンと名乗るビリーという少年が現れた。だが、なれなれしく接してくる上に変な写真まで撮ったということで、ミレーヌは彼にファンであることが迷惑だと言ってしまう。それが勘違いだと分かったミレーヌは、謝るためにビリーが住む農場艦のサニーフラワーを訪れるが…。

プロトデビルンを封じ込めたアニマスピリチアと、歌エネルギーに何か関係があると考えたDr．千葉。そこで彼は、“サウンドフォース”にサウンドバリアーを発生させ、プロトデビルンを捕獲する作戦を立てる。そして、“サウンドフォース”は攻撃してきたグラビルとガビルを捕獲しようとするが、2体が合体してしまい…。

地球の統合軍本部からマクロス7に、プロトデビルンの本拠地とされるバロータ星系第4惑星を破壊せよとの特命が下った。そこでマックスは、自分が直接指揮した少数精鋭部隊による奇襲突撃作戦“オペレーションスターゲイザー”を立案する。この作戦にバサラやガムリンたちが志願するが、ミレーヌは外されて…。

第4惑星の周回軌道上にフォールドアウトしたマックス率いる精鋭部隊。そこで部隊別に別れたバルキリー隊がプロトデビルンの眠る洞窟へと出撃していく。だが、それを察知していたゲペルニッチがガビルたちを洞窟に配置していたため、各バルキリー隊は苦戦を強いられてしまう。そんな中、ガビルの攻撃でガムリンが…。

バサラたちはゲペルニッチの策略にはまり、捕虜となってしまった。そこで彼らはゲペルニッチからスピリチアを提供すれば命は保証すると言われるが、ガムリンの死のショックから立ち直ったミレーヌの歌をバックに脱出劇を展開する。その中でバサラたちは、眠らされていた何万人ものマクロス5の市民を発見して…。

マックスが立案した奇襲突撃作戦が失敗に終わり、前途多難のマクロス7。だが、マックスは敵の反応からアニマスピリチアとバサラの歌が関係あるとし、Dr．千葉たちに調査をさせる。そうした中、ガビルに体を乗っ取られたガムリンが次々に軍事施設を爆破し、それをやめさせようとするミレーヌを人質に取り…。

ゾムドとゴラムという2体のプロトデビルンを新たに目覚めさせたゲペルニッチ。そして、ゾムドたちはマクロス5の市民を人質に、マクロス7に攻撃を仕かけてきた。プロトデビルンを歌で食い止めようとする“サウンドフォース”。彼らの歌によってゾムドたちは弱まり、マクロス5の市民たちは蘇ったかに見えたのだが…。

ガラスケースの中に横たわったバサラを見守るミレーヌたち。その中で、レイはバサラと出会った頃のことを思い出していた。一方、バロータ星系第4惑星では、ゲペルニッチの本体が覚醒し始めていた。ゲペルニッチを封じ込められるアニマスピリチアの持ち主であるバサラが歌えない今、その対抗手段としてDr．千葉は…。

ゲペルニッチの本体から伸びる無数の暗黒の触手は、まわりの惑星をも飲み込み始めた。その触手は、マクロス7にも伸びていく…。もはや、マクロス7はこのまま暗黒の中に飲み込まれるしかないのか？ 銀河中からスピリチアが奪われてしまうのか？ そして、もう2度とバサラは目覚めることはないのだろうか…？