ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。 ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。 だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに、見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れる。 他の機体と違い、戦闘能力の高いランスロット。搭乗しているのは、先の地下鉄構内で撃たれたスザクだった。

第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。 カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知られてはいないかと探り合う二人。 ルルーシュはギアスの力を使って、カレンを欺くことに成功する。 その頃、クロヴィス皇子殺害の報道がなされる。犯人として捕らえられた のは、枢木スザクだった。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。 ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。

ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。

サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取、ブリタニア軍を後退させるが、それはコーネリアの罠だった。ゼロの指揮下、壊滅していくテロリストの部隊。ルルーシュも投降を余儀なくされる……。

河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かう。しかし、ルルーシュはユーフェミアと対面すると、彼女に銃口を向けるのだった。そこへスザクの乗るランスロットが突撃する。

弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。カレンはイレヴンとブリタニアのハーフだが、その複雑な家庭環境からブリタニアを憎むようになっていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。

日本解放戦線の本拠地があるという成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山へと向かう。コーネリアの攻撃に、壊滅していく日本解放戦線の部隊。多勢に無勢、勝ち目はないと脅える黒の騎士団のメンバーを鼓舞し、ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言。コーネリアのもとへ、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、命をかけて戦う覚悟を見せるコーネリア。スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだが、C.C.の未知なる能力に行動を封じられてしまう。C.C.の力で脳内が浸食されるスザク。悪夢のようなイメージの中、亡き父親と対面する。

思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。

ナリタでの戦闘によって、起こったとある事実がルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をするルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。スザクの操るランスロットと一騎打ちとなるが、その最中、居るはずのないシャーリーの姿を見るルルーシュ。シャーリーは、ある人物からルルーシュと黒の騎士団の関わりを指摘され、ルルーシュを追ってきたのだった。

シャーリーに秘密を知られたのではないかと疑い、彼女の後を追うルルーシュ。どう始末をつけるのかC.C.に問われるが、答えは持たなかった。その頃、シャーリーはナリタでマオという謎の男と出会う。マオは人の思考を読むギアス能力者だった。彼に操られるまま、ある罪を償うため死を選ぼうとするシャーリー。C.C.は、かつて自分がギアスの能力を与えた男と対峙し、ルルーシュは真相を知ってしまったシャーリーとの別れを決断する。

ルルーシュとの契約を破棄し、マオの元へ戻ると言い出したC.C.。ルルーシュの制止を聞かず、彼の元から去っていく。C.C.はマオの目的が自分であることを知っていた。そして、責任を取るために再びマオと会うことを決意したのだ。指示され向かった遊園地で、マオに銃口を向けるC.C.。だが、その引き金を引くことができない。一方、ルルーシュはC.C.を救うため、思考を読み取る相手と頭を使ってどう戦うか思案する。

警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオは、ナナリーを誘拐。制限時間内に救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュとともにナナリーの救出に向かう。何とかナナリーを発見した二人だが、そこにはマオの仕掛けた巧妙なトラップが仕掛かられていた！果たして二人は彼女を救い出す事が出来るのか？

ブリタニア軍に捕らえられた藤堂中佐を救うため、四聖剣が黒の騎士団に協力を求めてきた。藤堂の身柄奪還を約束し、チョウフ基地を攻めるルルーシュ。ランスロットの猛撃に遭うが新たな戦力がこれを凌ぐ。終に追い詰めた宿敵！が、ゼロが見たそのパイロットはスザクだった！

ユーフェミアの騎士となったスザク。C.C.はスザクにギアスをかけるようルルーシュに提言する。それを拒み、ユーフェミアに奇襲を仕掛ける黒の騎士団。この危機にランスロットが出動するが、ルルーシュは自らを囮にそれを待ち受けていた！

式根島から離れた孤島、神根島で目覚めるスザク。カレンと遭遇し、彼女が黒の騎士団のメンバーであることを知る。一方、同じように神根島に漂着したルルーシュは、そこでユーフェミアと出会う。一方、島内の洞窟ではシュナイゼル達が謎の遺跡の調査していた。 この3組が遭遇した時におきた出来事とは！？

元枢木政権のメンバーだった澤崎敦がフクオカ基地を占拠し「日本」として独立を宣言。だが、それは中華連邦の傀儡に過ぎなかった。それに対しゼロは賛同せず、逆に黒の騎士団による真の独立国家をトウキョウに立ち上げると謳う。その頃、騎士を辞退したスザクは単身ランスロットでフクオカに出撃する。が、圧倒的な澤崎軍の前に窮地に陥ってしまう！

澤崎政権壊滅の話題で世間が持ちきりとなっている頃、アッシュフォード学園では学園祭が催されていた。政情不安を吹っ飛ばすかのように生徒会メンバーを始め学生達は大盛り上がり！ がユーフェミアの闖入により事態は思わぬ大騒動へと発展していく。

ユーフェミアの発案で、行政特区の立ち上げが決定した。驚喜するイレヴンたち。その記念式典にガヴェインで登場するゼロ。 ゼロとして、そして兄としてユフィと対峙するルルーシュ。その時それは起きた！

惨劇の式典会場。大混乱に乗じてトウキョウ租界に大攻勢をしかける黒の騎士団。 ユーフェミアを救出すべく会場に突入したスザクはそこで……。 エリア11と日本の未来をかけた戦いが始まった。

一斉蜂起したイレヴン達を率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。 その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメージを与えたゼロは混乱に乗じて敵本陣に突入する！ さらにユーフェミアの復讐を誓うスザクも参戦！ コーネリア対ゼロ、スザク対ルルーシュ！？今、最後の血戦の幕が開く！！！

死闘の末にコーネリアを追い詰めたルルーシュ。だが狂乱のジェレミアが乱入！ 戦場が混乱する中、さらにナナリーの身に……。C．C．の助言を受け神根島へ向かうルルーシュ。 果たしてそこが終焉の場所なのか！