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都立程久保高校二年の川島みなみは、入院した親友・宮田夕紀の代わりに、弱小野球部にマネージャーとして入部する。みなみは無謀にも、野球部を甲子園に連れて行くと宣言するが、何をすればよいのか見当もつかない。思い悩んだみなみが、書店で偶然手にしたのは経営学の大家・ドラッカーの「マネジメント」だった。そこに書かれた企業経営や組織論のエッセンスを高校野球に応用し、みなみは野球部のマネジメントに挑戦する。

程高野球部のマネージャーとなった、みなみだったが、選手のことを知らないため、うまくコミュニケーションがとれない。そして練習に出てこないエースピッチャー・浅野と、それを放置している監督・加地。さらに同じマネージャーの文乃は、みなみが質問しただけで逃げてしまう。問題だらけの程高野球部の悲惨な状況を、頼りの「マネジメント」で打破しようと考えるみなみだが、解決の糸口が見えないまま、秋季大会を迎えてしまう。

試合と合宿以外は野球部に来なかったエース・浅野が、秋季大会をきっかけに、練習に参加するようになった。その姿に触発され、程高野球部員たちも練習に熱が入るようになる。そんな様子を見てチームがひとつになったと感じるみなみだが、試験週間を過ぎると、だらけた野球部に戻ってしまった。そのうえ、エラーをした祐之助は練習に顔を出さなくなってしまう。どうしたら練習に身が入るのか、みなみは考え始めるのだった。

みなみたちマネジメントチームが作った新たな練習方法に、実戦を重ねるなかで手応えを感じる程高野球部のナイン。だが、そのなかで補欠の二階は、練習すればするほど、ほかの部員たちとの差が開いていくことを実感せずにはいられず、ある一大決心をする。一方、みなみは野球部とそれを取り巻く現状とが変わろうとしていくなかで、甲子園への壁という現実を見すえ、今こそ大胆な手を打つチャンスにしようとしていた。

加地が提案した高校野球に対するイノベーション「ノーバント・ノーボール作戦」を実戦で試すため、二階は大胆にも甲子園経験者がいる大学生チームとの練習試合を組む。そのことを夕紀に報告しに行くみなみ。夕紀は喜びつつも、「先延ばしになっていた手術を受けなければならない」と、みなみに告げる。支えとなっていた夕紀のためにも、みなみは新たな気持ちで甲子園を目指す。そして大学生との練習試合が始まるが…。

三年生になったみなみたちは、夏の甲子園出場をかけ、残りわずかな期間を「ノーバント・ノーボール作戦」にポイントを絞って練習を始める。そんな折、程高野球部には、新入生たちの入部希望が殺到。みなみたちは増えすぎた部員のせいで練習に支障が出ないか懸念するようになる。加地に人事担当に任命されたみなみは、程高野球部に本当に必要な人材とは、どんな部員なのかを悩み始める。

夏の甲子園の予選大会が始まった。みなみたち程高野球部が重ねてきた取り組みの成果が、いよいよ実を結ぶ時がきた。一回戦、長い予選を勝ち抜くために、加地は大胆な作戦をナインに示す。エース・浅野が投げ抜くために楽に勝つ方法。それは大量得点を取ってコールド勝ちで勝ち進むというものだった。甲子園に行くための８試合を、程高野球部は勝ち進むことができるのか？

夏の甲子園出場をかけた準決勝。相手はプロからも注目を集める本格派のエース加藤を擁する修北。試合前日、神社に神頼みに行ったみなみは、トレーニング中の星出に出会う。「負けられない奴（やつ）がいる」と、つぶやく星出。実は、星出と加藤は中学時代チームメートだった。だが、互いの野球に対する思いの違いから、それぞれ別の高校に進学。その２人が準決勝でライバル同士として再会することに。果たして２人の対決は…。

決勝戦前夜、みなみは夕紀の入院する病院にいた。次々集まる程高ナイン。そこで、みなたみたちは、夕紀の母から夕紀の病の真実を知らされる…。翌朝、決勝戦に臨む程高ナインを前に、みなみは爆弾発言をして、その場から逃げ出してしまう。程高野球部は、決勝戦を前に最大のピンチを迎えることに…。

みなみが決勝戦に駆けつけ、程高ナインに声援を飛ばすなか、ピンチを乗り切ったエース・浅野。１点リードされた９回裏ツーアウト、次郎が歩かされ、打席に立ったのは祐之助だった。夏の甲子園をかけた最後の大一番、マネジメントの成果やいかに、そして、程高野球部は甲子園にいけるのか！？