「火の国」にある「木ノ葉隠れの里」は、忍者たちが住む隠れ里と呼ばれる場所。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれ・うずまきナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、初代火影が残した「封印の書」が盗まれるという事件が発生した。その犯人はナルトだったが……。
なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトは忍者登録書を提出しに行ったとき、三代目火影の孫・木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別扱いしなかったナルトを木ノ葉丸はすぐに「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなに認められたいと考えていたが……。
「下忍（げにん）」として晴れて忍者となったナルトは、「三人一組（スリーマンセル）」の班を組むことに。ナルトと同じ班になったのは、春野サクラとうちはサスケ。ナルトはサクラにゾッコンだったが、肝心のサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトと違い、見た目だけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀を企む。
ナルトたちを指導する担当上忍（じょうにん）・はたけカカシがやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から大遅刻をし、しかもナルトが仕掛けたイタズラに簡単にひっかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなり厳しい試練をナルトたちに言いわたした。それは、三人のうち一人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。
カカシによって与えられた試練に苦戦するナルトたち。上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない三人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。焦り始めるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中で、ある重要なことを三人に教えようとしていた……。
本格的に忍者の任務を受け持つことになったナルトたち。しかしその任務はといえば、迷子のネコを探すなど退屈な仕事ばかりだった。次第に不満がたまるナルトは、ついに三代目火影に猛抗議。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だが、ナルトのやる気を感じとり、より難易度の高い任務を与えることにする。 それは、「タズナ」という人物を祖国の「波の国」まで護衛する任務で……。
波の国にたどり着いたナルトたちは、この国が「ガトー」という悪徳商人に支配されていることを知る。そんな中で現れた刺客「桃地再不斬（ももちざぶざ）」。思わぬ強敵出現に興奮するナルトだが、そんなナルトにカカシは、「とうていお前のかなう相手ではない」と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ナルトたちはただならぬものを感じ……。
再不斬の「水牢（すいろう）の術」に閉じこめられてしまったカカシ。もはやタズナを守るのはナルトたち三人のみになってしまった。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトだが、「二度と逃げない」という左手の誓いを思い出し踏みとどまる。そんなナルトの脳裏に起死回生の作戦が閃く！
ナルトの機転により、水牢が破られ自由になったカカシがふたたび再不斬に立ち向かう。「写輪眼（しゃりんがん）」によって再不斬の術「水遁大瀑布（すいとんだいばくふ）」を一瞬にしてコピーし、再不斬に叩きつけた。ひん死の重傷を負った再不斬にカカシがトドメを刺そうとしたその時、どこからともなく飛んできた千本（せんぼん）が再不斬をつらぬいた……。
ようやくタズナの家に着いたナルトたち。再不斬を倒した安心感からナルトたちには余裕ができていたが、カカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの仮面の少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか？ そして、みちびき出された答えは……。
タズナと街に出かけたサクラは、海運を牛耳るガトーにこの国が支配されていることを知る。だからこそタズナは海をこえる橋を建設することに命を懸けているのだ。一方ナルトとサスケは、チャクラを使った木登りの修業に励んでいた。ボロボロになって帰ってきたふたりに、タズナの孫・イナリの態度は冷ややかで……。
チャクラコントロールの修業を続けるナルトは、謎の少年と出会う。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と語る少年。それは、ナルトが抱いていたものと同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、少年はどこかへ消えていった。少年は何者なのか？ ナルトに近づいた理由は？
完成間近の橋に向かうタズナの護衛をしていたカカシ、サスケ、サクラの前に、再不斬と先日の仮面の少年・白（ハク）が再び現れた。サスケと白の戦闘が始まる。その頃、ガトーの部下がタズナの家を襲撃。連れ去られる母親を前に、ただ怯えるだけのイナリだったがナルトの言葉を思い出し、勇気を振り絞って立ち向かう！
白の「魔鏡氷晶（まきょうひょうしょう）」により、ピンチに陥ったサスケ。そこにナルトが飛びこんできた。しかし、魔鏡氷晶を内と外から崩そうと考えていたサスケの作戦はナルトの行動で台無しになってしまう。白はナルトとサスケに、「大切な人のためにあなたたちを殺します」と告げる。
カカシは知っていた。「忍」に最も必要な「実戦」の経験がない今のナルトたちでは再不斬とともに何度も死線を越えてきた白を倒せないと……。あまり時間をかけられないと悟ったカカシは、再不斬を倒すためにふたたび写輪眼を使う決意を固める。しかし再不斬は、「写輪眼はすでに通用しない」と言い放つ。
白の猛攻を受け続けるナルトとサスケ。しかしサスケは、この戦いの中で、自分自身が秘めた血継限界・写輪眼の能力に目覚めつつあった。それに気づいた白は、このまま長期戦になればサスケの方が有利になると判断し、一気に勝負に出る！だが白の狙いはサスケではなく、動けないナルトに向けられ……。
サスケを傷つけられた怒りが、ナルトに封印された「九尾の妖狐」の力を呼び覚ました。その圧倒的な力の前に敗北を悟った白は、「ボクを殺してください」と告げる。再不斬の最強の道具であることが存在理由だった白は、自分にはもう価値がないのだと考えていた。白の純粋な気持ちに、ナルトは白にトドメを刺せず苦しむ。
白は戸惑うナルトにトドメを刺すよう言う。だが、戦うこと、勝つことだけが自分の存在理由だという白の言葉がナルトにはどうしても納得できない。同じころ、再不斬とカカシの戦いにも終止符が打たれようとしていた。勝利を確信したカカシの最強の術「雷切（らいきり）」が唸りをあげて再不斬に襲いかかるが……。
白の死に何も感じていないように見える再不斬だったが実はそうではなかった。言葉とは裏腹に、再不斬は白を誰よりも大切に思っていたのだ。白を失った再不斬の悲しみは大きく、この非情さこそが忍の宿命であることをナルトは知る。再不斬は、用無しとなった自分を消そうとするガトーとその手下たちに、単身立ち向かい……。
波の国から帰還し、次の任務に気合十分のナルトだったが、待っていたのはまたしても平凡な任務ばかりで肩を落とす。そんな時、木ノ葉隠れの里に他里の忍が続々と集まってきていることを知る。彼らは各里を代表して送り込まれた下忍で、今回木ノ葉で行われる「中忍選抜試験」、通称「中忍試験」の受験生たちであった。
木ノ葉からも中忍試験に受験生を送ることになった。その中にはナルトたちも含まれている。だが彼らの参加にイルカは強く反対。まだナルトたちは若すぎ、経験、実力ともに未熟すぎるというのだ。「未熟なままナルトたちの可能性をつぶしてしまうつもりなのか？」とイルカは推薦人のカカシを問い詰めるが……。
試験会場に現れた、オカッパ頭にゲジゲジまゆ毛の少年・ロック・リーが、サスケに勝負を挑んできた。その挑戦を受けて立つサスケだが、目にもとまらぬ早さで次々とワザをしかけるリーに、防戦一方に追いこまれる。リーがどんな術を使っているのか確かめようとするサスケ。しかしなぜか写輪眼でも見極めることができず……。
中忍試験の申し込みに向かうナルトたち三人は「薬師（やくし）カブト」と出会う。彼はこれまで何度も中忍試験を受けており、不合格続きではあるものの、そのおかげで受験生たちのデータを大量に持っているという。カブトの情報を見せてもらったナルトたちは、この試験にのぞむ者たちが皆かなりの実力者であることを知る。
第一試験のペーパーテストにのぞむナルトたち。試験官の森乃イビキから試験のルールが伝えられた。「問題は10問。全問正解ならば10点で、ひとつ間違えるごとに１点ずつ減点される。合格か不合格かはチーム三人の合計点で決まるが、全問不正解の者がいたらチーム全員が不合格になる」という。そして試験が開始され……。
第一試験は、受験生たちの「情報収集能力」を調べるために行われていた。難問ぞろいのテストを前に、忍者らしく、いかに試験官たちにバレないようにカンニングするかを試すものだったのだ。そしていよいよ最大の難問である第10問目。この問題を解く前に、イビキから過酷にして理不尽なルールがつきつけられる。
三代目火影の孫である木ノ葉丸が、中忍試験の会場にあらわれた。忍者学校の学級新聞で中忍試験の特集記事をまかされて、モエギ、ウドンとともに取材にやってきたのだ。ナルトを兄貴と慕う木ノ葉丸たちが、ナルトたちへのインタビューを通してこれまでの活躍を紹介する。
中忍試験・第二試験の会場「死の森」へ集まった受験者一同。試験官のみたらしアンコから発表された試験内容は、巻物を奪い合いながらゴールを目指すサバイバルゲームだった!!真剣勝負となる巻物争奪戦の中では死者も出る可能性があるという。アンコは受験生たちに「死ぬな！」と一言だけアドバイスをする。
第二試験開始早々、ナルトに変化した雨忍（あめにん）がサスケとサクラを襲撃。サスケの冷静な判断で敵を追い返すことに成功するが、安堵する間もなく不気味な影が二人に忍び寄る。今度の敵はさきほどとは様子がちがう。凶悪な殺意をむき出しにして迫るその目に、サスケとサクラは今まで感じたことのない恐怖を感じる。
サスケとサクラを襲った草忍（くさにん）の実力は圧倒的だった。あまりの力の差に死の恐怖を抱くサスケ。そこへ本物のナルトが戻ってきた。だが、三人そろったところで戦力は変わらない。サスケは巻物を敵に渡してその場をやり過ごそうと考えるが、そんなサスケに今度はナルトが喝を入れる。
必死に草忍と戦うナルトの姿とサクラの叫びがサスケを突き動かした！ 力尽きたナルトに代わり敵に立ち向かったサスケは、写輪眼と火遁（かとん）の術をフルに使い相手を追い詰めてゆく。壮絶な死闘の末、自らを大蛇丸（おろちまる）と名のった敵は、サスケの首すじに呪印を残し姿をくらます。
試験に大蛇丸が紛れ込んでいると直感したアンコは、大蛇丸を止めるために追跡を開始する。しかし、かつて大蛇丸の弟子だったアンコの力をもってしてもその野望を阻止することは不可能だった。そんな中、大蛇丸との戦いに倒れたナルトとサスケの看病をするサクラを、大蛇丸の手先の音忍（おとにん）たちが襲う。
サクラの危機に現れたリーが三人の音忍にたったひとりで立ち向かう。必殺「表蓮華（おもてれんげ）」で戦うリーだが、音忍たちの音速攻撃を受けついに倒されてしまう。そんなリーの姿にサクラは、いつも皆に守ってもらうばかりだった自分の非力さを思い悔しさをにじませる。そして、大切な人たちを守るため立ち上がる！
満身創痍で音忍と戦うサクラの前に、ライバル・山中（やまなか）いののチームが現れた。サクラの戦う姿に心を動かされたいのとチームのメンバー、奈良（なら）シカマル・秋道（あきみち）チョウジの三人は、サクラを助けるため、フォーメーション「いのシカチョウ」を展開。音忍たちに挑む。
呪印が取り巻く異様な姿で目覚めたサスケは、残忍な殺戮者のように敵を容赦なく痛めつける。その凄まじい力を前にして音忍たちは去っていった。一方、先に塔にたどり着いた犬塚（いぬづか）キバたちは、数時間前に見た砂隠れ（すながくれ）の里の下忍・我愛羅（ガアラ）の戦いを思い出していた……。
つかの間の休息についていたナルトたち。しかし試験のタイムリミットまではあとわずかで、持っている巻物は「地の書」のみ。そんな中ナルトがある提案をする。別の巻物を使って、もう一本の巻物「天の書」を偽造しようというのだ。ナルトたちは中身をマネるため、ゴールまで開いてはならない地の書を開けてみようと……。
ゴールの塔を目指すナルトたちだったが、雨隠れの里の下忍・朧（おぼろ）たちの仕掛けた幻術の罠にはまってしまう。 ずっと同じ所を歩かされ体力を削られたうえ、幻術で作られたいくつもの分身に囲まれるナルトたち。攻撃の効かない相手に苦戦するが……。
ゴールにたどりついたナルトたちを待っていたのは、伝令役のイルカだった。イルカは、ナルト、サスケ、サクラに第二試験の合格をつげる。一方アンコは、大蛇丸が現れたことを火影に報告。だが火影は、大蛇丸の目的がサスケであると承知のうえでこのまま中忍試験を続けると言う。
第二試験合格者たちの前に火影が現れ、中忍試験の本当の目的を語る。この試験は「戦争の縮図」であり、しのぎを削りながら友好を保ってきたそれぞれの忍び里から選ばれた忍たちが命をかけて戦うことで、自国の軍事力をしめす場なのだ。そして発表される第三試験の課題とは……。
突如告げられた第三試験の予選は、一対一で戦う個人戦だった。最初の対戦はサスケと赤胴（あかどう）ヨロイ。大蛇丸の呪印はチャクラに反応するため、多くのチャクラを使用する写輪眼は使えず、さらに、ヨロイの持つ能力によりサスケはチャクラを取り込まれていく。苦戦するサスケを再び呪印が飲み込もうとするが……。
サスケの呪印を封印するカカシの前に、突如現れた大蛇丸。「野望達成のためにうちはの力がほしい」と自らの目的をかたる。一方、試験会場では音忍・ザクと、木ノ葉の油女（あぶらめ）シノが戦っていた。蟲使い・油女一族のひとりであり、チャクラを食らう「寄壊蟲（きかいちゅう）」を操るシノが有利にみえたのだが……。
我愛羅の兄・カンクロウと音忍の剣（つるぎ）ミスミの対戦。あらゆる関節をはずし変幻自在に操ることができるミスミの体躯がカンクロウをとらえる。だが、ミスミが戦っていたのはカンクロウではなく、傀儡師（くぐつし）のカンクロウが操る人形だった！ そして次の第四戦。サクラといのの対戦が発表される。
忍としても、恋でもライバル同士のサクラといのの試合が始まった。小さい頃から優秀ないのに対して憧れにも似た感情をいだいていたサクラが、真正面からいのに勝負をいどむ。 両者の戦いは互角。だが、いのはサクラの挑発にのったと見せかけて、得意の「心転身（しんてんしん）の術」を使う機会をうかがっていた。
木ノ葉の下忍テンテンと我愛羅の姉テマリ、またも女同士の対戦。忍具使いの達人テンテンの武器攻撃を巨大扇子で封じたテマリは完膚なきまでにテンテンを痛めつけ、砂隠れの恐ろしさを見せつけた。 そして次の試合、音忍のキンは、シカマルの「影真似（かげまね）の術」をうまくかわしながら勝負を有利に進めていくが……。
ナルトの対戦相手は、忍者学校の同期・キバだ。かつての落ちこぼれだったナルトを知るキバは勝利を確信し余裕の構え。相棒の忍犬・赤丸と連係し「擬獣忍法（ぎじゅうにんぽう）」でナルトを攻撃する。ピンチかと思われたナルトだったが、得意の影分身と変化の術を応用してキバを欺き反撃に出る。
粘り強さを見せるナルトに、キバと赤丸はチャクラを増強させる「兵糧丸（ひょうろうがん）」を飲み、さらなる攻撃を仕掛ける。一方ナルトは変化の術をうまく使いながらすぐれたキバの嗅覚を逆手にとり翻弄。新しい必殺技で倒そうとする。ついに繰り出されたナルトの奥の手とは……!?
日向（ひゅうが）ヒナタ対日向ネジ。日向家の宗家と分家、因縁の親戚同士の戦いとなった。気弱なヒナタはネジの迫力に圧倒されるが、ナルトの励ましの声を聞き、戦いに挑むことを決意する。日向家が受けつぐ「白眼（びゃくがん）」という特殊な瞳術（どうじゅつ）を持つ二人は、いかなる戦いを展開させるのか……？
天才・ネジとの戦いに真正面から挑んだヒナタ。ネジに点穴（てんけつ）をつかれたことでチャクラの流れを止められてしまうが、何事に対しても諦めないナルトの姿を思い出し、勇気をふりしぼって立ち上がる。以前のヒナタとは違い、限界を超えて立ちむかうその姿に皆驚くが……。
次なる対戦、いよいよ砂の我愛羅が登場。相手は体術のスペシャリスト、ロック・リーだ。思いのままに砂を操る我愛羅を、リーは超人的な体術を使って追い込む。そしてとうとう我愛羅の絶対防御「砂の鎧」が外される……！
リーが大技「表蓮華（おもてれんげ）」で我愛羅を徹底攻撃。ついに勝利したかに見えたが、それは砂の抜け殻でしかなかった。我愛羅は禁術を使ったことで体を動かすことができなくなったリーをじりじりと追い詰める。そんな中リーは、師匠マイト・ガイの声に立ち上がり、表蓮華以上の禁術で勝負をつける決意をする。
捨て身の禁術「裏蓮華（うられんげ）」での攻撃を決意し、八門遁甲（はちもんとんこう）の体内門をこじあけるリー。超人的な高速連続体術を使い、まさに命がけで攻撃する。だが我愛羅は砂縛柩（さばくきゅう）で猛反撃。リーは一旦は気を失ってしまうが、自分の忍道を証明するためまたしても立ち上がろうとする。
最終戦のチョウジVSドスの対戦が終わり、これで予選はすべて終了した。いよいよ本選の内容が火影から発表される。その頃、サスケが眠る病室には大蛇丸の指令を受け潜入したカブトの姿があった。護衛の暗部を軽々と倒したカブトが、意識の無いサスケに刃を向ける……！
本選に備えてカカシに修業の相手を頼むナルト。だがカカシは木ノ葉丸の家庭教師を務めるエビスをナルトの指導役に指名する。そのエビスからチャクラコントロールの修業として課されたのは、温泉で湯の上を歩くこと。意外にも早くコツをつかみはじめたナルトに感心するエビスだったが、女湯を覗く不届き者を発見する。
ナルトとエビスの前に突然現れた、「伝説の三忍」のひとり・自来也（じらいや）。エビスを倒してしまった自来也に、ナルトはエビスの代わりに修業の先生になってくれるよう迫る。だが女湯を覗いていた自来也を「エロ仙人」とからかうナルトの頼みを自来也は聞き入れない。
我愛羅を抹殺すべく夜の桔梗城に音忍・ドスがあらわれる。ドスはここで我愛羅を倒し本戦でサスケと戦うつもりだった。その影で密会していたのは、砂隠れの里の上忍バキと大蛇丸配下のカブト。砂と音の計る陰謀とは……？ 一方ナルトの「おいろけの術」により、自来也は、ナルトに修業をつけることにする。
口寄せの術の修業を続けるナルトだが、自分の中の九尾の妖狐のチャクラをなかなかコントロールできず失敗続き。一方サクラは、サスケを見舞おうといのとともに病院へ。ところが病室にはすでにサスケの姿はなかった。同じ頃、木ノ葉の上忍たちは、特別上忍・月光（げっこう）ハヤテが何者かに殺害されたと報せを受ける……。
自来也とともに修業を始めて数週間、ナルトはクタクタになりながらも修業を続けるが一向に進歩がみえない。そんなナルトに、自来也はなぜか、大好きなラーメンを食べさせたり修業とは何の関係もないことばかりさせる。あげくの果てに「今から死んで来い」とガケからナルトをつき落とした！ だが自来也にはある秘策があった。
ついに九尾のチャクラをひきだし口寄せの術をものにしたナルト。ところがナルトが呼び出したのは体も態度も超巨大なガマガエル「ガマブン太」だった。口寄せガマの中でも最強を誇るガマブン太は「おまえのような子供がワシを呼び出せるはずはない」とナルトに口寄せされたことを信じようとしない。
砂隠れの一行が泊まる宿を抜け出した我愛羅は、リーが入院する「木ノ葉病院」にやって来た。リーの病室に忍びこんだ我愛羅は眠るリーを不気味に見下ろし、ひょうたんの砂を使ってその命を狙う。ところが急に我愛羅の体が動かなくなった。リーのピンチを救ったのは、ナルトとともにかけつけたシカマルの影真似の術だった。
いよいよ本選の日がやって来た。緊張するナルトは、思い出の演習場に立ち寄る。そこに偶然現れたヒナタに「ナルトくんは失敗するからこそ、そこに立ち向かっていく真の強さがある」と言われ、勇気をとりもどしたナルト。意を決して本選会場に向かうが、遅刻ギリギリで……。
受験者と観客が集まる試験会場。しかしサスケの姿はなく、ナルトとサクラはサスケの身に何かあったのではないかと心配する。そして始まったナルトＶＳネジの一回戦。天才と呼ばれるネジに「落ちこぼれは落ちこぼれだ」と言われたナルトは、自分を、そしてヒナタを侮辱したネジに対し「ぜってー勝つ！」と宣言する。
白眼で人間の持つ「点穴（てんけつ）」と呼ばれるツボを見ぬき攻撃してくるネジの前には、得意の影分身の術も通用しない。それでも攻撃を続けるナルトにネジは、日向宗家だけに伝わる秘術「八卦掌回天（はっけしょうかいてん）」を発動させ力の差を見せつける。
ネジの「柔拳（じゅうけん）」により全身の点穴をすべて閉じられてしまったナルトはチャクラを練ることができない。そんなとき、ナルトの頭の中に自来也の言葉がよみがえる。自分の中に眠る、強大なパワーをもつ九尾の妖狐のチャクラを開放するため、ナルトは決死の思いで印を結び…。
試合後、ネジの病室を訪れたヒアシから真実が語られる。戦争を避けるため、日向家を守るために犠牲になったと思われていた、ネジの父・ヒザシ。だがそれは、ヒザシ自ら望んでの行動だった…。一方、本戦はカンクロウが棄権し、次の試合はシカマル対テマリに。ヤル気満々のテマリを前に、シカマルも棄権しようとするが……。
急きょ前倒しで試合に出ることになったシカマル。どうせわき役の試合だし、相手は女だし…とまったくやる気の無いシカマルに対し、テマリは容赦の無い攻撃をくわえる。逃げまわるばかりのシカマルだが、観客席で見守る担当上忍・猿飛アスマは、シカマルについての意外な秘密を明かす。
サスケがいまだ会場に現れないまま、タイムリミットが近付く。「サスケは試合前の修業で大ケガをした」という噂まで飛び交う中、ナルトはヤキモキし、サクラはひたすら祈る。そして失格宣言の直前、ついにサスケが現れた！ 一方、不気味に感情を高ぶらせる我愛羅……。木ノ葉と砂の最精鋭、究極の一戦が始まる。
一番の注目カード、サスケ対我愛羅の戦いが始まった。我愛羅のまとう砂の鎧を、サスケは驚異的なスピードの攻撃で崩す。その動きは、リーの体術にそっくりだった。体術の修業でリーの「速さ」を身につけたサスケの猛攻に、追い込まれた我愛羅がとった行動とは……。
巨大な砂の繭に閉じこもる我愛羅。全ての攻撃をはね返すその絶対防御に、サスケは新術の発動を決意する。一方、我愛羅の生きる理由が人を殺すためだと知っているナルトは、カカシにこの試合を止めるよう頼むが、カカシはただ見守ったまま。膨大なチャクラを左腕に集中させたサスケの突きが、猛スピードで我愛羅に迫る。
サスケと我愛羅の試合の最中、何者かが幻術を使い会場の観客を眠らせてしまう。さらに、風影になりすましていた大蛇丸が火影を急襲。それは「音」と「砂」による「木ノ葉崩し」作戦開始の合図だった。しかし砂の忍たちは、切り札である我愛羅の傷が深いことから、一旦我愛羅をつれて試合会場から去るのだった。
突如戦闘の場となった試験会場。カカシは、幻術から逃れたサクラに対しAランク任務を命じる。それは我愛羅を追うサスケを止めるべく、ナルト、シカマルとともにその後を追うことだった。カカシが口寄せした忍犬・パックンの鼻を頼りに、三人はサスケの追跡を開始する。
忍犬・パックンとともにサスケを追うナルト、サクラ、シカマル。しかしその途中パックンは、追っ手の存在に気づく。任務遂行のためシカマルが提案したのは、一人が残って囮となり、敵を足止めする陽動作戦。そして最も危険な囮役に名乗りを上げたのは、いつもは逃げ腰なはずのシカマルだった……。
四方に張られた結界により、決戦場となった屋根の上で対峙する三代目火影と大蛇丸。大蛇丸は死者を甦らせる禁術「穢土転生（えどてんせい）」によって、初代、そして二代目火影を呼び寄せる。三代目のかつての師である二人のすさまじい攻撃に、三代目は「猿魔（えんま）」を口寄せし応戦する。
戦いの中、大蛇丸の顔の下から現れた美しい若者の顔を見て驚く猿飛。大蛇丸は他者の肉体に転生する禁術「不老不死の術」を完成させていたのだ。そして、次の狙いはサスケだった。猿飛は、かつて自分の弟子だった大蛇丸を、その存在の危険さを知りながら止めることのできなかった自分の過ちを清算すべく、ある決意をする。
全てを終わらせるべく、封印術「屍鬼封尽（しきふうじん）」を発動した三代目火影・猿飛。自らの命を代償にした禁術で死神と契約を結び、その力によって初代、二代目の魂をみごと封じる。こうして戦いは猿飛と大蛇丸の直接対決となった。猿飛が呼び出した死神の腕が大蛇丸をとらえ、その魂を抜きとろうとする。
カンクロウと対峙するサスケの前にシノが現れ、助っ人を買って出る。サスケはシノにカンクロウを任せ我愛羅を追うことに。森の中でついに我愛羅とテマリに追いつくサスケ。いよいよ決着か…と思われた瞬間、とつぜん我愛羅が苦しみだし、その体を大きく変貌させる異変が襲う……！
半身を変身させた我愛羅の圧倒的な攻撃をかわすことしかできないサスケ。一方我愛羅は、サスケに対し執拗な問いを繰り返す。サスケは自己の存在を掛け、二発目の千鳥を発動。その渾身の一撃がカウンターで我愛羅をつらぬく！ だが、我愛羅は更なる変貌を遂げてしまう。
力つき倒れたサスケの元に駆けつけたナルトとサクラ。ナルトは我愛羅の異様な姿に驚き、仲間を連れて逃げようとする。そのとき、我愛羅が再びサスケに襲いかかる。サスケをかばおうとその前に立ちはだかるサクラだが、我愛羅に太刀打ちできるはずもなく、気を失ったままバケモノの手におさえつけられてしまい…。
サスケをかばうサクラの姿を目にし、突然頭をおさえ苦しみはじめた我愛羅。その脳裏には幼い頃の記憶が蘇っていた。里の人々から「バケモノ」と恐れられ、誰からも愛されずに育ってきた我愛羅。そんな我愛羅の唯一の味方は、亡くなった母の弟「夜叉丸（やしゃまる）」だった……。
我愛羅のケタちがいの力の前に手も足も出ないナルトだが、傷つきながらも仲間を守ろうとするサスケの姿を目にし、「本当の強さ」に気づく。「大切な人を守りたい」という強い気持ちから、形勢を逆転させるナルト。決着をつけようとしたそのとき、ついに我愛羅の中に宿るバケモノ「守鶴（しゅかく）」が完全体となり……。
我愛羅の「狸寝入りの術」で本来の邪悪な力を発揮し始めた守鶴。対するナルトは、口寄せしたガマブン太とのコンビ変化で立ち向かう。一方、木ノ葉崩しによる総攻撃に対し、木ノ葉のすべての忍たちが全力をかけた戦いに挑む。そして、三代目火影・猿飛と大蛇丸の戦いも決着へと差しかかっていた……。
戦うことはおろか、もはや立ち上がる力も残されていないナルトと我愛羅。それでも自分に向かってくるナルトに、我愛羅は、その強さの理由を問う。里の人間に嫌われ、誰からも必要とされずに育ってきたふたり。しかし、ふたりの決定的な違いは、そんな自分の存在を認めてくれた大切な人を守りたいと思う心だった。
木ノ葉崩しの傷跡は深く、里は復興の作業を急いでいた。ちょうどその頃、里に見慣れぬふたつの人影が。かつて里を抜けたサスケの兄・うちはイタチと手配書Ｓランクの重罪人・干柿鬼鮫（ほしがきキサメ）だ。そのただならぬ気配に気づいたアスマと紅は、いち早くふたりのもとに向かう。
アスマと紅のピンチをギリギリのところで救ったカカシだが、これまで戦いを見守っていたイタチがついに戦闘に参加。カカシとイタチ、写輪眼を持つ者同士の戦いが始まった。高度な術の応酬が続く中、写輪眼の真の継承者であるイタチが、最強と恐れられてきたうちは一族の本当の力を発動させる。
現在行方不明の「伝説の三忍」のひとり・綱手（ツナデ）捜索のため、ナルトと旅に出た自来也。彼はこの旅で、謎の組織“暁（あかつき）”からナルトを守りながら、自分の弟子として修業をつませようと考えていた。一方、カカシを訪ねたサスケは、そこでイタチ出現の事実を知る。
イタチと戦うため、ナルトたちがいるという宿場町へとひた走るサスケ。その脳裏に忌まわしい過去が蘇る。かつてはサスケの自慢の兄だったイタチ。しかしある夜、たったひとりで木ノ葉の名門と言われたうちは一族を滅ぼしてしまう。 弟のサスケだけを残して……。
鬼鮫の攻撃に万事休すのナルトは、間一髪、自来也に救われる。イタチたちはナルトの中に封印されている九尾の妖狐の力を狙っていた。イタチと鬼鮫の前に立ちはだかる自来也。しかしイタチとの戦いで傷つき倒れていたサスケが立ち上がり、再び兄に挑みかかる。
心身ともに深手を負い、ガイによって木ノ葉に送り返されるサスケ。医療忍術のスペシャリストである綱手がいれば、サスケを、そして、同じくこん睡状態のカカシを救える…。 自来也とナルトは綱手の手がかりを求めて歓楽街へと向かう。そこでチンピラたちに因縁をつけられるふたりだが、自来也が新たな秘術を見せる。
いよいよ自来也によるナルトの修業がはじまった。習得しようとしている術は、あの四代目火影が遺した忍術であり、「天才」といわれた四代目でも習得に数年を要したという。第一段階はチャクラの流れで水風船を割ること。一見、簡単そうに見える修業だが、はたしてナルトはクリアすることができるのか!?
思わぬヒントから修業の第一段階をクリアしたナルト。だが、ゴムボールをチャクラで破裂させるという第二段階に行きづまる。「手の平に書いた点に意識を集中すれば、思わぬ力を引き出すことができるものだ」という自来也のアドバイスにも、相変わらず成果は上がらない。そんな中ナルトは、忍者学校での出来事を思い出す。
綱手とその付き人・シズネの前に突然、大蛇丸とカブトが現れた。三代目火影の封印術によって負傷した大蛇丸の腕を治療させようというのだ。里を裏切り、恩師を亡き者にした大蛇丸に敵意も露に断る綱手だが、大蛇丸は綱手の悲しい過去を利用した卑怯な取引条件を用意していた……。
今は亡き、綱手の弟と恋人を禁術で生き返らせてやるという大蛇丸。だが腕が治った場合、大蛇丸はただちに木ノ葉崩しを再開するという。綱手は木ノ葉の里への思いと、失った最愛の弟と恋人をとりもどせるという誘惑の間で揺れ動く。そんな中、ようやく綱手と出会えた自来也は、彼女に五代目火影就任を要請する。
歴代の火影たちをバカにした言葉に耐え切れず綱手にケンカを売ったナルトは、修業中の術で挑むもあえなくかわされてしまう。おまけに綱手は、ナルトに術を修得させようとしている自来也まで非難するのだった。腹を立てたナルトは「すぐにでも術をマスターしてやる！」と宣言。
綱手との賭けに勝つため、約束の期限までに術をマスターしようと必死になるナルト。一方、綱手は、弟と恋人を生き返らせてやるという大蛇丸の誘惑にまだ迷っていた。すぐに返事をしない綱手にカブトは疑念を感じるが、「かならず条件をのむ」と大蛇丸は自信がある様子。
大蛇丸の誘いに乗ったかに見えた綱手。だが“火の意志”は消えることなくその心に燃え続けていた。交渉は決裂し、両者はにわかに殺気を増していく。カブトとの戦いで追い詰められる綱手だが、そこにナルトと自来也が駆けつけた！
大蛇丸との戦闘が始まった。口寄せの術で大蛇を呼び出す大蛇丸とカブト。それに対し、まだ薬の作用でチャクラをうまく練れない自来也が呼び寄せたのは小さなガマ吉だった……。ナルトも口寄せに挑むが失敗し、自来也は大蛇丸に押されていく。一方、放心状態の綱手の前に、ナルトとシズネを倒したカブトが迫っていた。
「オレは火影になるまで、ぜってェ死なね-からよ!!」ついに螺旋丸を完成させたナルト。縄樹やダンと同じ夢を持つナルトに綱手は最後の望みをかける。大蛇丸により深手を負いながらも、ナルトを守るために綱手が取った行動とは……。
自来也、綱手、大蛇丸の死闘が始まった。大蛇丸にマンダ、綱手にカツユ、そして自来也にガマブン太！ 「伝説の三忍」と、口寄せされた巨大な三匹による天地も裂けんばかりの攻防で、決戦は終局へと向かう。
木ノ葉隠れの里に戻る途中、温泉街に立ち寄ることにしたナルトたち。そこに待ちかまえていたのは、綱手が借金をしていた「赤城（あかぎ）一味」だった。ナルトたちの入浴中に初代・火影の首飾りを盗む赤城一味。気づいたナルトは追いかけるが、話を聞くうちに一味に同情し手を組むことに。
リーを診察した綱手は「忍以外の道をさがせ」と厳しい通告をする。我愛羅との戦いで、リーの体はもはや忍の任務に耐えられなくなっていたのだ。「体術だけでも立派な忍になれることを証明する！」それがリーの目標だった。希望を絶たれたリーは……。
綱手から、忍をやめるか、生死を懸けて手術を受けるかを問われたリー。悩むリーは、恩師・ガイとの出会いを思い出していた。同じ頃、木ノ葉丸は祖父である三代目火影との別離から立ち直れずにいた。おまけに新しい火影となった綱手のことが気に入らず困らせてばかり。そんな木ノ葉丸の説得にナルトが向かうことになる。
忍術も幻術も使えず、いつも周りから見下されていたリー。だがガイだけは「熱血さえあればいい」と、努力と体術を教えてくれたのだった。しかし、今回ばかりは努力も自分を信じる力も無力だと悟るリーに、ガイは……。
いつもマスクで隠されている、カカシ先生の素顔が見たい！ ナルト、サスケ、サクラの三人はあらゆる作戦を試みるも惨敗の嵐。そのうちモヤ忍なる、怪しい忍達も現れて……。
第七班に下された新しい任務は、隣国・茶の国（ちゃのくに）で四年に一度行われるレースに参加する代表選手を護衛するというもの。茶の国を訪れたナルトたちだが、茶店で男に支払いを押し付けられてしまう！ 忍者を嫌うその男は、イタデと名乗っていた。
山葵（わさび）一家とわがらし一家が争う茶の国。国の覇権を巡るレースが始まった。だが、走者のイダテは、開始早々なぜかコースを大きく外れる。突然のルート変更に戸惑いながらもイダテを守るため、後を追うナルトたち。しかし、それを待っていたかのような雨忍の奇襲を受ける。懸命に応戦するナルト達だが……。
イダテに追いつくことができたナルトたち。しかし、そこにいたのは傷つき倒れたイダテと、不敵な笑みをうかべた雨忍・アオイの姿だった。イダテを介抱するナルトたちは、イダテがなぜ忍者を憎むのか、そして次郎長親分に対して命を張って忠誠を尽くすのかその理由を聞き……。
かつては忍者をめざしていたイダテ。中忍試験で、試験官として現れたイダテの兄・イビキが出した十問目の問題。それは三人一組で課題を競い合い、その中のひとりが落第するというもの。仲間を想いながらも中忍をめざして試験にのぞむ決意をしたイダテに、イビキは「全員失格」を言いはなつ。
レースもいよいよ終盤にさしかかる。イダテを信じてゴールで待つ次郎長親分。そのイダテの前にアオイが立ちはだかる。イダテを守ろうとアオイと再び対峙するナルトたちだが、サスケが倒され、助けようとしたサクラもともに崖下へ落とされてしまった。そして、ナルトは最後の勝負に出る！
木ノ葉崩しにより中断された中忍試験だが、シカマルが推挙され中忍に昇格することに。一方、リーは危険な手術を受ける決意を固めた。そして、先の任務で負傷したサスケは病室で物思いにふける。ナルトの急成長を目の当たりにして、焦りを隠せないサスケ。自らの不安を振り払うかのように、サスケはナルトに勝負を挑んだ！
とうとう始まったナルトとサスケの真剣勝負。二人は激しくぶつかり合い、ついにナルトは螺旋丸を、サスケは千鳥を発動する。その時、ふたりの間にサクラが飛び出した！ 間一髪のところでカカシが止めに入り大事には至らなかったが、ナルトとサスケの間には、すでに修復困難な亀裂が入り始めていた。
自らの力不足に悩むサスケの前に、大蛇丸からの使者、「鬼童丸（キドウマル）」、「左近（サコン）」、「次郎坊（ジロウボウ）」、「多由也（タユヤ）」の音の四人衆が現れる。呪印による圧倒的な強さを見せつけた四人衆は、力を渇望するサスケを大蛇丸の下へと誘う。
必死で引き止めるサクラの言葉も届かず、音の四人衆とともに木ノ葉を抜けたサスケ。それを知った綱手はシカマルを呼び、緊急任務を言い渡す。シカマルはすばやい判断でナルト、チョウジ、ネジ、キバを集めた。ナルトはサクラに「かならずサスケを連れもどす」と約束し、シカマル小隊はサスケ奪還に出発する。
呪印の力を覚醒させる薬「醒心丸（せいしんがん）」を飲み、仮死状態となるサスケ。四人衆はサスケを棺桶に入れて封印し、大蛇丸のもとへと運ぶ。一方、任務から帰還中のゲンマ達は森の中でその不穏な気配に気付く。戦闘になる木ノ葉上忍と音の四人衆だが……。
休息を取る音の忍四人衆に追いついたナルト達だが、気配を悟られ先制攻撃を受ける。ナルト達も必死で反撃するものの、次郎坊の土遁結界「土牢堂無（どろうどうむ）に閉じこめられてしまう。その壁の中は、チャクラを吸い取る恐怖の空間だった。次第に体力をうばわれていく五人は･･…･。
シカマルの作戦とチョウジのパワーで何とか結界から脱出したシカマル小隊。勢いづいて反撃に出たナルトとキバだが、次郎坊にたやすくやられてしまう。サスケに追い付くため、シカマルは二手に分かれる決断を下すが、チョウジは「ひとりで残って食い止める」と次郎坊の前に立ちはだかる。
秋道家秘伝の「三色の丸薬」を用い、超力を発揮するチョウジ。しかし次郎坊は「状態2」へと変貌し、何倍もの力でチョウジを追い詰める。秘薬の副作用で動けなくなったチョウジに容赦ない攻撃をしかけチャクラを吸い取る次郎坊。遠のく意識の中、チョウジはシカマルとの出会いを思い出していた……。
音の四人衆に接近し、奇襲をかけようとするナルト達。シカマルが次郎坊に変化して彼らと合流するが、見破られ鬼童丸の「忍法蜘蛛縛り（にんぽうくもしばり）の術」に捕らえられてしまう。仲間を先行させるため、硬度自在の糸を操る鬼童丸に、白眼の使い手ネジが挑む！
互いに一歩も引かないネジと鬼童丸の攻防。接近戦に持ちこみ、柔拳での攻撃に勝機を見出そうとするネジ。いっぽう鬼童丸は、接近戦を避け、口寄せした大蜘蛛が生み出す無数の子蜘蛛を使って攻撃を仕掛ける。それらをことごとく防御するネジの白眼の力に驚きながらも、鬼童丸はあることに気づく。
ネジの白眼に存在するわずかな死角を、鬼童丸は見逃さなかった。状態2に変化し、力を解き放った鬼童丸に追いつめられたネジ。その脳裏に中忍試験でのナルトとの戦いが蘇る。あの日ナルトに言われた言葉をかみしめながら、ネジが決死の反撃に出る！
「新しい器」となるサスケを届けるため、大蛇丸の元へ急ぐ左近と多由也。だが三代目火影の禁術によって深手を負った大蛇丸の苦痛は、頂点に達していた。サスケの到着が間に合わないと判断したカブトは、ある決意をする。
音の四人衆への急襲により、一度はサスケを取り戻したナルトたち。しかしその背後に、左近と多由也が迫る！ キバと赤丸は左近とともに谷へと転落。さらにナルト達の背後には最強の刺客・君麻呂（キミマロ）の影が迫る……!!
崖下で繰り広げられるキバと左近の戦い。キバの放った新術、「牙狼牙（がろうが）」が左近の体を引き裂いたかと思いきや、それは兄・右近と分裂した姿だった。一方、ナルトに先を急がせ、多由也を足止めしたいシカマルは、多由也が口寄せした三体の巨大な怒鬼に苦しめられていた。
窮地に陥ったキバと赤丸に、更なる脅威が迫る。細胞を分解できる右近が、いつの間にかキバの体内に侵入していたのだ。傍らに伏す赤丸を救うべく、キバはクナイを自らの体に突き立てる。そして、君麻呂と対峙するナルト、多由也を相手取るシカマルも危機を迎えていた。三人を待つ運命は……？
魔笛の音で怒鬼を操り、シカマルを追い詰める多由也。怒鬼が放つ物質化霊は、シカマルの身体エネルギーを食らいつくそうとしていた。とっさの判断で身を隠し、策を練ることにするシカマル。やがて意を決したように起死回生の反撃を開始する！
君麻呂と戦うナルトは、多重影分身で相手を囲むも一撃も与えられずにいた。そんな中、サスケの眠る棺桶が突如爆発。煙の中から現れたのは異様な姿のサスケだった……。ナルトの呼び声に振り返ることなく走り去るサスケ。戸惑うナルトに君麻呂が襲いかかる。そこに登場したのは!?
リーに君麻呂をまかせ、森に消えたサスケを追うナルト。一方、君麻呂と戦うリーの攻撃は、君麻呂のスピードの前にことごとく空を切る。ところが、薬と間違えて酒を飲んでしまったリーの様子が一変。突如、人が変わったように暴走を始めた！
必死の策も決め手にはならず、音の忍の圧倒的な強さに絶体絶命となるシカマル、キバ、リー。その前に現れたのは、かつての敵・我愛羅、テマリ、カンクロウの砂の三姉弟。三人は五代目火影・綱手が正式に要請した砂隠れの援軍だった。頼もしい助っ人を得てシカマル小隊の反撃が始まる!!
我愛羅のコントロールできる砂の量が限られていると考え、遠距離から攻撃をしかける君麻呂。我愛羅はそれに対し、砂の防御と攻撃を同時にくり出し、さらに土中の岩石や鉱物を砕いて作った大量の砂を駆使して戦う。砂の中に閉じ込められた君麻呂の心によぎるのは、暗い牢獄の中で育った幼い頃のことだった……。
呪印を開放し、変貌する君麻呂。砂の戒めを突き破り、その血継限界の力で我愛羅を追いつめる。さらに最強硬化した骨で我愛羅の絶対防御、守鶴の盾を貫こうとする。互いに最硬を誇る、「矛」と「盾」の激突の行方は……!?
火の国国境付近の峡谷で、ついにサスケに追いついたナルト。しかし、サスケはすでに以前のサスケではなかった。非情に決別の意志を露にし、命懸けで助けにきた仲間達の想いを踏みにじるようなサスケに怒りを爆発させたナルトは、激しくぶつかっていく。
サスケを思いとどまらせようと必死の攻撃を繰り出すナルト。だがサスケは写輪眼も使わずにそれを打ち伏せる。戦いの最中、サスケの脳裏に幼い日の記憶が浮かぶ。それは憧れだった兄イタチとの想い出だった。サスケは一心にその背を追い続けていた……。
「ナルトの影分身に火遁・豪火球」の術で応戦するサスケ。火遁術はうちは一族に代々伝わるもので、幼いサスケが初めて父から教わったのもこの術だった。それまで兄のイタチにばかり期待をかけていた父が自分に目を向けてくれたのが嬉しく、必死に修業を重ね術を会得したのだが……。
サスケの記憶に残る忌わしき映像…血まみれになったうちは一族の集落。親しい人々、そして両親の命さえも奪ったのは、万華鏡写輪眼（まんげきょうしゃりんがん）を開眼したイタチだった。恐怖にすくむサスケに、イタチは一族を滅ぼした理由を語り……。
サクラに相談され、二人が本当に殺し合いかねないと考えたカカシは、忍犬軍団を放つ。一方、万華鏡写輪眼の開眼条件「最も親しい友を殺す」ために、サスケは持てる力の全てをナルトにぶつける。激しい攻防の末、ついに千鳥までをも発動！ それに応えるかのように、ナルトも螺旋丸を繰り出す……!!
ナルトとサスケの戦いはさらに激しさを増していた。繋がりを守るために、サスケに渾身の己をぶつけるナルト。燃え上がる九尾のチャクラを放って、サスケを圧倒する。だがサスケは態勢を立て直し、木ノ葉の額当てを装着。それは、想いを断ち切る証だった！
ナルトの九尾のチャクラは、まるで意志を持つように動き、サスケに強烈な攻撃を加える。ナルトの力に対抗すべく、サスケは呪印を解き放ち、状態2へと覚醒。戦いに終止符を打つため、二人は最後の激突に向かう。最大の力を以って放たれた螺旋丸と千鳥。想いをぶつけ合う死闘は、ついに決着を迎える……。
任務で傷つき、木ノ葉に護送された奪回チーム。大きな犠牲を省み、シカマルは自らの力不足を悔やむ。だが、仲間や父に諭され、新たなる決意を火影に誓うのだった。一方、奪還チーム帰還の報せを聞いたサクラは、ナルトの病室を訪れるが……。
こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、病室を抜け出してサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、「オレもいっしょに行く」と告げるナルト。そんな2人の前に自来也が現れ、「サスケが連れ去られた田ノ国（たのくに）を調査し報告せよ」との任務が下ったと言う。
宿場町で情報を集めるナルトたち。いかがわしい店に入りびたる自来也を残し、町外れに向かったナルトとサクラは、ケガを負い何者かに追われる少女・ササメと出会う。一方自来也は、ホステスから音隠れの里の噂に詳しい人物がいると聞き路地裏へ。そこへ突然、盗賊に身を落とした忍者・ハンザキが襲いかかってきた。
「ふうま一族」のカミキリ、ジグモ、カゲロウに襲われるナルト、サクラ、ササメ。そこに自来也が参戦。劣勢だと考えたカミキリたちはまたたく間に逃げ去るのだった。ササメの案内で一同は大蛇丸のアジトがある音隠れの里の入り口へ到着した。はりきって先を急ごうとするナルトたちだが……。
大蛇丸のアジトを進むナルト、サクラ、自来也。三差路に行き当たった3人は、二手に分かれることに。自来也と別れたナルトとサクラは、様々な仕掛けが待ち受ける通路を進んでいく。途中、サクラをかばったナルトが落とし穴に落下してしまうが「必ず追いつく！」というナルトの言葉を信じ、サクラはひとり先を急ぐ。
追いつめられたサクラにカブトのクナイが振りおろされようとしたとき、やっとのことでナルトがかけつけた。ナルトは影分身でカブトを翻弄するが、カブトは火遁の術で応戦、分身たちを消し去る。しかし、ついにナルトの螺旋丸がカブトをとらえた。サスケの居場所を問い詰めるナルトだが、カブトは不敵に微笑む。
ジグモ、カミキリと融合し、不気味な姿に変貌したササメの従兄・アラシ。「昔のアラシはもう死んだ」と言うアラシがサクラに襲い掛かる。サクラをかばいアラシの攻撃を受けてしまうナルト。ケガをおして戦うが、しだいに追いつめられていく。ついにアラシはふうま一族の中でも代々の長しか使えないという秘術を繰り出す。
自来也の任務についていくことができずにふてくされるナルト。自来也はそんなナルトに「留守の間の特別な自主トレだ」と巻物を渡す。その頃、重罪人を収容する「木ノ葉厳重警戒施設」に収容されていたミズキがフウジン、ライジンの兄弟とともに脱獄する。
綱手の忍豚トントンの嗅覚をたよりに、脱獄したミズキとフウジン、ライジンを追いかけるシズネたち。ミズキの脱獄事件に大蛇丸がからんでいると考えるナルトは綱手に詰め寄る。そこへトントンが戻ってきた。必死なトントンの様子からシズネたちの危機を察知したナルトは、綱手の制止も聞かずに飛び出す。
イルカと忍犬・パックンとともにミズキたちを追うナルト。愚鈍ながら怪力の持ち主であるフウジン、ライジンにはナルトの攻撃が通用しない。一方イルカは、友人であったミズキを説得していた。だがミズキはイルカの言葉を聞き入れず、本気でイルカを倒そうとするのだった。
フウジン、ライジンに手こずるナルトのもとに、シカマル、いの、チョウジがやって来た。フウジン、ライジンの動きをシカマルが影真似の術で止めている間に、いのが心転身の術で一方に乗りうつり、チョウジが別の一方に組みつく。こうして鉄壁の「フォーメーション・いのシカチョウ」を完成させたはずだったが……。
ナルトたちが出会ったミズキの婚約者・椿（つばき）は、「ミズキを引きとめるため一緒に連れていってほしい」と願い出る。以前ミズキは「大蛇丸の力を手に入れて彼のもとに行く」と語っていたことがあったというのだ。その頃、奈良一族の鹿牧場にある薬学研究室に現れたミズキは、研究員たちを襲うと薬剤を盗んで逃走する。
ミズキが放つチャクラの質とパワーにナルトとイルカは圧倒される。ナルトは影分身の術で立ち向かうがミズキに一蹴されてしまうのだった。ナルトを守るために戦うイルカ。激しい戦いの中、ミズキの体に異変が起きる。一方、フウジン、ライジンのパワーに押され気味のシカマルたちの元に現れたのは!?
綱手のもとをたずねたキバ、シノ、ヒナタ。「幻の虫「微香虫（びこうちゅう）」を使ってサスケを探すというアイディアを伝えるためだった。微香虫とは、忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ虫で、匂いの元をどこまでも追っていく。キバ、シノ、ヒナタの3人と話を聞きつけたナルトは綱手からの命令で微香虫探しを始める。
微香虫を探すため、キバ、シノ、ヒナタそしてナルトは様々な虫たちが住む窪地を訪れた。写真を手がかりに微香虫を探す一行だが、虫の種類の違いがわからないナルトはまったく違う虫を見つけてはシノたちにダメ出しされる。そんなナルトたちの様子を陰からうかがう者たちがいた。
虫遣いの一族「上水流（かみずる）一族」のスズメバチたちにヒナタがさらわれてしまった。彼らはさまざまな禁術を記した初代の秘伝書を探すため微香虫の優れた追尾力を手に入れようとしていた。スズメバチは、ナルトらが捕まえた微香虫と、人質にしたヒナタとの交換を要求する。
スズメバチによって、ナルト、キバ、シノは女王蜂の巣に追いこまれた。蜜蝋に固められて、ナルトたちは身動きがとれなくなってしまう。しかしシノは「ヒナタとのひきかえでないと微香虫を渡せない」と宣言する。スズメバチは仕方なくシノの要求を飲むことにし、一同はヒナタが捕らえられているという場所にむかうが…。
川の国有数の鉱山であるカタバミ金山では、「黒鍬（くろすき）ファミリー」と名乗るならず者が入り込んでいた。綱手は、ナルト、リー、ネジ、テンテンに「黒鍬ファミリーを排除せよ」と命じる。シンプルな任務に思われたが、ファミリーのボス・雷牙（らいが）は、霧隠れの「忍刀七人衆」のひとりだという噂があった。
カタバミ金山の墓場に生き埋めにされた仲間を掘り返すロクスケ。しかし黒鍬ファミリーに捕われてしまう。「おまえの葬式を出してやる」とロクスケに宣言する雷牙。雷牙は何故か「葬式」にこだわり、村人たちを殺してきた。一方ナルトは、鉱山で労働者たちにいばりちらす黒鍬ファミリーに怒りをおさえられないでいた。
「霧隠れの術」でカタバミ金山にひそみ、ナルト、ネジ、リー、テンテンの様子を探る雷牙と蘭丸（らんまる）。ネジが白眼を用いても彼らの姿は見破れず、雷牙の「雷葬（らいそう）・いかづちの宴」をもろにうけ倒されてしまう。とどめを刺そうとする雷牙。ところが気を失っていたはずのリーが素早いキックで応じた!?
雷牙が倒れ、黒鍬ファミリーが退散したカタバミ金山には平和が訪れたかのように見えた。しかしリーの恩人・山椒（さんしょう）ばあさんのもとに連れて帰るはずの彼女の息子・芥子（からし）は何かをたくらんでいる表情。やがて途中のガケの上にひそんでいた黒鍬ファミリーが大岩を落としてナルトたちに奇襲をかけてきた。
雷牙を蘇らせた蘭丸は、力尽き、死んだようにその場に横たわっていた。それを見て絶望した雷牙は、やり場のない怒りと悲しみに大暴れする。そんな雷牙を止めようと応戦するテンテン。苦戦の末、何とか攻撃を避けたテンテンは瀕死の蘭丸を救出して山椒ばあさんの家に向かうのだった。
雷牙を相手に奮闘していたリーだが、ついに雷牙の術に倒れてしまう。山椒ばあさん、芥子、蘭丸とともに雷峠にむかって走っていたテンテンは、気絶しているリーを発見。山椒ばあさんの「生命（いのち）のカレー」が絶体絶命のピンチを救った。そして、雷牙の前に姿を現した蘭丸は……。
忍者学校で、卒業生を班長に生徒たちが班を組む野外演習が行われることになった。ナルトは木ノ葉丸、モエギ、ウドンを率いる班長に選ばれる。目指すは「タクラミ山」のてっぺんの「ワルダクミ大岩」。演習は「教官たちがしかけるワナをうまくよけ、隠された秘密文書を持ち帰る」という安全なもののはずだった。
網手の指令で、「茶の国」の大名の茶壷を盗んだ男・五寸釘（ごすんくぎ）をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバと赤丸は、五寸釘が潜伏しているという「石の国」で聞きこみを始める。ところが入った酒場で客にからまれてしまう。その騒ぎをおさめてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。
傷ついたサザナミを看病するナルトたち。意識を取り戻したサザナミは、悪党・五寸釘との因縁を語りはじめる。サザナミはかつて平凡な「刀鍛冶」だった。ところがそんなサザナミに罪をかぶせ逃亡した真犯人こそ五寸釘だったのだ。自分の手で五寸釘をとらえ無実を証明したいサザナミだったが……。
ガイとリーが出かけている間に２人に変装したニセモノが木ノ葉隠れの里にもぐりこんだ。その名もモンダイ・ガイ＆ポッチャ・リー。「だれもダマされないだろう」という綱手の判断で、ふたりはそのまま放っておかれていたが、ナルトはなんとこの変装にすっかりダマされ、「体術の修業をつけてくれ！」と２人に頼みこむ。
美しい小国、鳥の国では「呪い武者」とよばれる幽霊が現れ困っていた。鳥の国の青年、チシマの懸命の頼みに、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受ける。選ばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。武者の正体が急死した先代大名オオワシの亡霊だと聞き、ナルトはビビる！一行は現地に向かい、いきなり呪い武者と遭遇する。
鳥の国では、大名の後見役である高僧「孟宗」と策士の「紅明」が対立していた。呪い武者の出現は何からの陰謀と考えたネジは、事件の背景を探るため現大名のサギに会おうとする。ところが、サギは正体不明の忍者に襲われ、現場には紅明の手裏剣が残っていた！そんな折、ナルトたちは呪い武者と密会している紅明を目撃する。
呪い武者を操っていたのはやはり紅明だった！紅明の野望は孟宗によって次々と暴かれるが、その手際のよさに違和感を覚える木ノ葉の忍達。任務が終了し、「他国事情に首を突っ込むべきではない」と諭すネジだが、ナルトは納得いくまで謎を探ることにした。紅明と呪い武者の密会していた寺でナルトが見たものとは……。
カカシに促され、仕方なく里に戻るテンテンとネジ。その三人を密かに見張る謎の忍者の影……。カカシは尾行者にいち早く気付き、里に戻るふりをしてネジ達と共に一芝居打つ。果たして謎の忍の正体とは？一方、鳥の国では罪人となった紅明が処刑されようとしていた。しかし突如現れた呪い武者が紅明を攫っていった！
真犯人がわかり、己の手で孟宗を討ち取ると宣言するサギ。ナルトはサギの復讐の念に心を支配された姿に、サスケを重ね見る。「復讐の為の復讐は心を闇に落とす」紅明の言葉もナルトの制止もサギの心には届かない。強引に皆を足止めし、孟宗の元へ急ぐサギの胸には、壊れた懐中時計にまつわる悲しい秘密が蘇りつつあった。
孟宗は遂に「渡りの忍者・ホウキ」としての真の姿を現し、チシマたちを亡き者にしようとする。鳥の国の平和を願いつつ、倒れていくチシマ。ホウキの多様な攻撃に追い詰められるナルト。そして鳥の国の後継者であり、死んだ兄・サギになりすましていたトキに無情な刃が迫った瞬間、ナルトは漆黒の闇の中である声を聞く。
チョウジとナルトに至福のひと時をもたらす、木ノ葉名物一楽のラーメン。連れ立って一楽に向かう二人だが、臨時休業の札にガッカリ。実はテウチの持つ幻のメニュー欲しさに、料理忍者が看板娘のアヤメを攫ってしまったのだ！ナルト、チョウジ、サクラはアヤメを取り戻すため、テウチと共に料忍との料理勝負に参戦する。
辺境の海の国から木ノ葉に舞い込む、「海魔」と呼ばれる賊退治と御用金船警護の依頼。一説によると海魔は人間ではないというが……。命を受けたのはアンコをリーダーにナルト、いの、シノの三人一組。寄せ集めのようなチームにむくれるナルトを尻目に、ひとり物思いに沈むアンコ。アンコと海の国には、意外な接点があった。
ナルトを探し出せぬまま、海の国の役人と面会するアンコ達。警護する御用金船の出発は明日に迫っていた。ナルトを捜すべく散っていく木ノ葉の忍達。いのとシノはある漁村で、鬼界島付近で昔起きた「神隠し」の話を聞く。一方、漁火の看病でナルトはすっかり快復するが、漁火は「海魔に近づくな」と意味深な忠告をする。
目覚めと共にいくつかの記憶を取り戻すアンコ。鬼界島は、アンコが昔、師匠であった大蛇丸と訪れた場所だったのだ。アンコによって明かされる、神隠しの真相と漁火の身体の秘密。大蛇丸の非道に憤るナルトは、漁火を取り戻す事を決意する。鬼界島に乗り込む木ノ葉の忍達だが、そこには思いがけないものが待ち構えていた―。
アマチ一味による御用金船の襲撃がはじまる。辛くも鬼界島を脱出し、ようやく追いついたナルト達が見たものは壊滅寸前の海の国の船団の惨状だった。ナルトの叫びも届かず、人間に戻るためナルトに戦いを挑む漁火。御用金船をめぐり、アマチ達と木ノ葉による激しい戦闘が開始される。
ナルトの活躍によって倒されるアマチ。だが勝負はまだ終わっていなかった。不死身の口寄せ・海坊主がナルト達の前に立ちふさがったのだ。海坊主を倒すべくガマブン太を呼び出すナルト。海坊主を倒すガマブン太の秘策とは？ 人間に戻りたいと願う漁火に訪れる結末は？ そして記憶の果てでアンコが見たものとは……？
火の国きっての大金持ち、宝石商クニジロウの悩みはお金にしか価値を見出せない息子クニヒサの事。ツナデの発案で、ナルトはクニヒサの一日忍者体験ごっこにつきあわされることに。「金遁の術(?)」を使い、自分は一切動かないクニヒサにげんなり気味のナルトだったが……その頃、クニヒサを狙う怪しい人影があった。
ナルト・キバ・ヒナタに下された任務。それは綱手の友人、海鮮アガリの依頼による埋蔵金探し。地図もあるので簡単だとたかをくくる三人を「この任務に失敗すれば、アカデミーに戻ってもらう」と脅す綱手。その理由はこのメンバーでの任務の成功率が低いからだった。プレッシャーの中、任務に向かうナルト達だったが……。
「お前らの顔を使って、木ノ葉隠れの里をめちゃくちゃにしてやる」そう言い残して消える祁答院（げどういん）一族。洞窟を脱出したナルト達は一族の陰謀を阻止すべく後を追うが、既に一族は木ノ葉に潜入してしまった！ ナルト達と祁答院一族の真贋入り乱れての壮絶な追いかけっこが開始される。彼らの真の目的とは？
任務帰りに温泉街に立ち寄ったナルトはどんちゃん騒ぎしている自来也を発見。次回作の締切に追われている自来也は、「原稿を早く上げれば修業時間がとれる」と言うが、一向に原稿は上がらない。自来也に修業を見てほしいナルトは業を煮やし、見よう見まねで書いた自分の原稿をプロの郵便屋さん、飛脚忍者に託してしまう！
熊の国・星隠れの里より「星」の警護依頼が木ノ葉に届いた。「星」とは昔熊の国に落ちた隕石で、忍五大国の長達も羨む神秘の力を持っているらしい。任務に向かったネジ班＋ナルトは毒ガスが充満する国境の谷で、迎えに来た少年忍者・スマルと出会う。未来の「星影（ほしかげ）」をめざすスマルにナルトは共感を覚える。
奪われた星の行方を追うするナルト達。星を奪った忍者が星隠れの里の秘術「孔雀妙法」の使い手であったことから、犯人は里の関係者ではないかと当たりをつけるが、里長のアカホシは明らかに何かを隠している様子。星の手掛かりを得るため里の調査に乗り出すナルト達は、思いがけずスマルの暗い過去を知ることになる。
スマルを攫ったのはアカホシとその一味だった。アカホシはスマルを使い星を奪った忍者を誘い出そうとしていたのだ。一方、傷ついた少年忍者達を介抱する木ノ葉の忍達だが、ネジはミズラの命が尽きようとしている事に気付く。星の修業の恐るべき実態と、隠されたアカホシの本意が徐々に明らかになる……。
覆面忍者の正体は死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。星の修業により多くの仲間を失ったナツヒは、禁じられた修業が再開される事のないよう、外部から星隠れの里を見守っていたのだ。犠牲を省みないアカホシに星を渡す訳にはいかないと語るナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまで迫っていた。
ナツヒの身体は既に星の副作用に蝕まれていた。星をめぐりアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質に取られ、星を奪い返されてしまう。ナルト達に介抱され、ようやく親子の再会を果たしたスマルとナツヒ。「もうこれ以上悲しい母と子を作りたくはない」と考えるナツヒは元凶である星の破壊を決意する。
遠く母の死を感知するスマル。ナルトは怒りに我を忘れたスマルを止める事が出来なかった。スマルを完全に討ち取るべく、迎え撃つアカホシ。だがホクトとミヅラは窮地のスマルを救わんと命懸けで星の修業の真実を告げる。アカホシの野望と星影暗殺の真実を知り、反旗を翻す忍達にアカホシが取った最後の手段とは―？
他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。相手は傷口から菌を侵入させる特殊な術の使い手だった。菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪い凶暴化させてしまうという。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りもむなしく赤丸に変化が起きはじめる。
ナルトの背中に奇妙な生物が張り付き、取れなくなった｡綱手は伝説の生物「オンバア」の子供ではないかと推測。オンバアは生まれて最初に見たものを親と思い、背中に張り付いて大人になるまで離れない。さらに成長したオンバアは体長が3mを超し、凶暴な性格を持つという。爆弾を背負わされた気分のナルトだが……。
シノとナルトに舞い込む、花月家当主の葬儀警備の任務。しかしこれは表向きで実は先代の遺言から次代当主の風太を守るのが本題だった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら風太に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。そこで風太の代理として絶対笑わないシノが葬儀に参列することになるのだが……。
ツナデの旧知、「菜の国」の城主から行商人の警護の依頼が入る。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトは、老若男女からなる行商人達と合流。道中、菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にしたナルト達は、直後に謎の忍達の襲撃を受ける。「行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えていたが……。
何者かに倒されたキクスケと、度重なる行商人達への攻撃。ナルト達に問い詰められたユリノシンは真相を明かす。シュンとユリノシンの正体は菜の国大名の一人娘・ハルナとその護衛・百合之丞（ゆりのじょう）。菜の国の大名は近く起こるクーデターの情報を掴み、姫と護衛を行商人達の中に紛れ込ませ、脱出させたのだった。
邪忍・ルイガに襲われるナルト達。無尽蔵に湧き出る地下水を武器とするルイガの攻撃に次第に追い詰められていくが、ナルトは逆転に繋がるある発見をする。一方、先をゆくヒナタとハルナ。仲間の合流を待とうとするヒナタに、ハルナは「早く自分を安全な所に連れて行け」と迫る。逡巡するヒナタにハルナは―？
第二の邪忍「ジガ」に動きを封じられるナルト。駆けつけたヒナタはナルトの身の安全を盾に、ハルナの居場所を教えるよう強要される。要求を拒み、交戦になだれ込むヒナタ。一方、チョウジと百合之丞によって解放されるナルト。しかしヒナタの元へ急ぐナルト達の姿は、既に最後の邪忍・レンガの視界に捉えられていた。
城下町に駆け込む寸前のナルトとハルナの前に立ちはだかるレンガ。レンガは既に仲間達が自分の手に落ちたことを告げ、ハルナを渡すように迫る。空気中の水分で生成したレンズを用いて放たれるレンガの強力な光線攻撃。満身創痍のナルトとハルナに、レンガは、自分の野望とハルナの父が願ったことを語る。
いのに大名の姫じきじきの名指し任務が舞い込んだ。お供のナルトと共に意気揚揚と城に乗り込むいのだったが、聞かされた任務詳細はなんとお見合い代理。姫は食べ過ぎて急激に太ってしまった自分の影武者として、（痩せていた時の自分に似ている）いのに見合いに出て、なんとしても憧れの若殿のハートを掴んで欲しいと願う。
「道場破りの方はこちらにどうぞ」任務帰りのナルトは妙な看板を発見する。辿るとそこには出来たばかりのリーの道場が。最近任務に追われ忙しいリーは、道場を開けば道場破りがやってきて効率的な修業ができると考えたのだった。ナルトから事のあらましを聞き、リーの心意気に感動したガイは……。
蜜の国の奥方一行が行方不明になった。現場である「首崎峠」は五十年程前に滅亡した首崎一族の「首（しゅ）の国」の都があった場所だという。探索任務に赴くナルト、キバ、ヒナタの前に、突如巨大な城が現れる。奥方達の手掛かりを得るべく城に潜入するナルト達だったが、一人、また一人と仲間が姿を消していき……。
検診で体調不良が発覚したリーに、綱手は強制休暇を申し渡す。落ち込むリーを励まそうと、忍者学校の道場へ誘うガイ。しかしリーは模擬戦で敗北、負傷してしまう。対戦したヤグラはガイが知人から預かった天才少年だった。特例としてガイの任務に同行する事になったヤグラはリーに「ガイ先生は君を見捨てた」と告げる。
ヤグラの正体はかつてガイによって父を倒された「龍堂院（りゅうどういん）」三兄弟の長兄、幻将（げんしょう）だった。敵討ちを果たすべくガイの前に現れた三兄弟は、忍法「木人柩（ぼくじんきゅう）」を用いて、ガイを木人城に隔離する。負傷をおして駆けつけたリーはガイを救うため、単身木人城に飛び込んでいくが……。
木ノ葉の重要施設の図面が盗まれた。容疑をかけられたのはナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウ。実はゲンノウは昔トラップ忍者として名をはせた有名な忍者だったのだ。暗部に追い詰められゲンノウは自爆するが図面は見つからない。外敵による里への侵攻を警戒した綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言する。
ゲンノウの目的を探るべく暗部はナルトに逆行催眠をかけるがめぼしい収穫はない。そんな時、滝隠れの里が大掛かりな演習を行うという情報が入り、国境付近では一気に緊張感が高まった。一方、下忍を指揮し消えた図面の探索にあたるシカマルはゲンノウの足跡を探れば探るほど、奇妙な違和感にとらわれる。
ばら撒かれた図面の回収に追われるナルト達。さらに滝隠れの演習もゲンノウとは全く無関係であった事が分かった。ゲンノウは里の注意を外に向けたかったのではないか、と考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっているアカデミーの設計図に着目する。アカデミーを探るナルト達が、遂に辿り着いた事実とは？
里中に仕掛けられた大量の起爆札の除去に手を焼くナルト達。そこに、思わぬ助っ人・木ノ葉のご意見番ホムラとコハルが名乗りをあげた。起爆札の解除にあたる老忍たちはその術式と仕掛けられた場所から、事の真相を推測する。歴史に消えた「陽炎の里」。木ノ葉の里とゲンノウをつなぐ、三十年前の出来事とは―？
生きていたゲンノウと対峙するナルト。一方、シカマルはゲンノウの行動から一つの結論を導き出していた。これまで全てのトラップは一つ残らず陽動、顔岩の崩壊が引き起こす里の滅亡が本当の狙い……。ナルト達11人は木ノ葉を滅亡から救えるのか？ そしてゲンノウの胸に隠された最後の真実とは―。
今回は、木ノ葉のスタジオからうずまきナルトと春野サクラの司会で特別版をお届け！ ゲストを交えておくる忍達の名勝負の数々！ そして、中継で登場した特別ゲストは、最近登場ご無沙汰の気になるあの人だった―!!
里外れの山荘で不思議な絵を描く少女・八雲（やくも）と出会ったナルト。しかし突然現れた暗部と医療班が彼女を連れ去ってしまう。一方、里ではある騒動が持ち上がっていた。なんと紅がキバ達第八班の担当上忍を外れると言い出したのだ。サクラによると、今回の紅の行動と八雲の間には何か関係があるらしいのだが……。
医療班に眠らされたナルトは奇妙な夢を見る。それは忍になりたいと懇願する八雲に、紅が力の封印を宣言するというものだった。ナルトの問いかけに、紅は教え子だった八雲の力を封印しその夢を奪ったのは自分だと告げる。一方、八雲の山荘では突如現れた謎の忍者達が襲撃を開始しようとしていた。果たして、その目的とは？
襲撃者の正体は八雲と同門の、鞍馬（くらま）一族であった。幻術使いの名門として知られる一族を相手に、紅は壮絶な幻術合戦を繰り広げる。八雲を庇い苦境に立たされた紅の前に駆けつけたガイ、第八班、ナルトとサクラ。八雲は「木ノ葉は里ぐるみで自分を抹殺しようとしている」と、過去の恐るべき出来事をナルトに語る。
紅、八雲の治療の為に里に戻る一同を待っていたのは、無人の廃墟と化した木ノ葉隠れの里だった。驚愕しつつも木ノ葉病院に辿り付いたナルトの前に、里見ヶ丘の山荘を襲った忍者・雲海（うんかい）が現れる。「今は争っている時ではない」と身構えるナルトを制する雲海。雲海はナルトにある信じがたい事実を告げる。
ナルトが八雲のアトリエに乗り込んでいくと、そこには八雲によって絶体絶命の危機にさらされている紅がいた。紅の制止を振り切り八雲に語りかけるナルト。その言葉に苦しみだす八雲の傍らで、一枚の絵画に異変が起こり始める。次第に解き明かされていく鞍馬邸炎上の秘密……紅に任務を託した三代目の真意が明らかになる。
今回の任務は「小国が買えるほどの値打ちを持つ国宝級のお宝茶碗を展覧会場まで届ける」というもの。キバと共に茶碗の警護に赴くナルトは、お調子者の依頼人・進衛門と出会う。茶碗に訪れる危機をナルトやキバを犠牲にする事で次々と回避しようとする進衛門に怒り心頭のナルトとキバだがこれも任務とぐっとこらえる。
抜け忍で構成される悪名高き強盗団「不忍（しのばず）」。そのメンバー、丸鉄（がんてつ）の護送任務にあたるナルト、サクラ、リーは早速、不忍による丸鉄奪還を警戒する警護部隊と合流するが、隊長のトドロキは「犯人を守るのは自分たちだけで十分」と言い放つ。どうやらトドロキは丸鉄と何か関係がありそうなのだが……。
不忍の襲撃で本隊からはぐれてしまったナルト、丸鉄、トドロキ。森を突っ切って都を目指そうとする三人だが、この森は人間の方向感覚を狂わせる「迷いの森」だった。丸鉄からこの森に不忍のアジトが隠されていると聞き、驚愕するナルト。森の案内を申し出る丸鉄だが、その言葉ははたして信用できるのか？
弟の仇である丸鉄を前に、ついに怒りを押さえきれなくなるトドロキ。丸鉄に切りかかるトドロキと揉み合いになるナルトだが、その隙に乗じ、不忍の文殊（もんじゅ）が丸鉄を攫っていってしまう。一方、バンダナの少年を追うサクラとリーは「丸鉄を返せ」と迫る謎の少年少女に取り囲まれていた。
文殊を追い詰めるナルトだが、乱入した修羅（しゅら）にバンダナの少年を奪われてしまう。この少年こそ、死んだとされていたトドロキの弟、アキオだった。丸鉄は不忍一味に身を置きながらも、密かに襲われた家の子供達をかくまっていたのだ。アキオを取り戻すため、ナルト達はアジトに乗り込む。
任務帰りに幻のメンマの材料である麻竹を取りに行ったナルトは、怪我を負った記憶喪失の少年を発見し木ノ葉へと連れ帰る。素性のわからない者を里に置くことに懸念を示す綱手達。しかしナルトは「自分が保証人になる」と少年の滞在許可をもぎとる。「メンマ」と名づけられた少年はナルトの部屋に居候する事になるが……。
鳩笛を使った忍術でナルトを救ったメンマに、綱手はメンマが音隠れの関係者ではないかと推測する。メンマの記憶を探るため田の国へ出発したナルト達は道中で盗賊団に襲撃された村に到着する。盗賊退治を提案するナルトだが、メンマを信用しきれないネジとテンテンの猛反対にあい、チームは真っ二つに分裂してしまう。
メンマの正体が村を襲った盗賊団の一員だった事を知り、村人達はそれまでの態度を一変させ、メンマへ怒りをぶつける。その時、恐れていた盗賊団の襲撃がふたたび始まってしまう。盗賊の頭領に「裏切り者」と呼ばれたメンマが起こしたある事件とは？ 戦いの混乱の中、メンマは隠してきた最大の秘密を告白する。
「四天象人（してんしょうにん）」と名乗る謎の敵の侵入により、砂隠れの里の忍者候補生・マツリが攫われた。マツリ奪還の為、彼らを追う砂の三姉弟。木ノ葉では砂からの援軍要請を受けた綱手がシカマルに三姉弟援護の命を下す。「今こそサスケ奪還任務の恩を返す時」とシカマル隊長の元、木ノ葉の下忍たちが再び召集される。
シノ、ヒナタ、ネジらに敵の探索を任せ、万端の準備で攻撃の時を待つシカマル隊。一方、砂の三姉弟は、一忍一殺の戦法で向かってくる四天象人たちと次々と戦いに突入していく。四天象人の狙いは我愛羅ただ一人。はじめは優位に見えた砂の三姉弟だが、四天象人の武器に隠された思わぬ仕掛けにより次第に追い詰められていく。
テマリ、カンクロウを援護するシカマルといの、キバとチョウジ。四天象人の特異な武器に即席のスリーマンセルで挑むが、呼吸が合わず苦戦を強いられる。一方、四天象人の罠は確実に我愛羅を追い詰め、ついに秘術「逆ウロコの陣」が発動。砂を封じられ、窮地に立たされた我愛羅……そのピンチにナルトとリーが駆けつける！
四天象人最後の一人・宝亀は、四天象人の正体が忍び五大国に蔑ろにされつづけた「匠の里」の忍である事を明かす。彼らの真の目的とは我愛羅の中に封じられた守鶴のチャクラを奪い、五大国へ対抗する力を得る事だったのだ。宝亀はナルトを庇う我愛羅の隙を突いてチャクラを奪い、遂に究極兵器「セイメイ」を完成させる。
復活したセイメイにチャクラを奪い尽くされ、守鶴と化す我愛羅だが、自らの意思で守鶴の力を押さえ込み、見事セイメイに勝利する。今回の任務を通し、ある者は新たな道を見出し、またある者は更なる精進を誓う結果となった。ナルトはようやく里に帰還した自来也と共に、更なる成長を誓い修業の旅に出かけるのだった―。
1:成長物語:★★★★★
物語は、主人公・うずまきナルトの少年期から始まります。落ちこぼれと見なされていたナルトが、忍者として少しずつ成長していく姿はとても感動的です。友情、努力、挫折、葛藤など、王…
