ウエストブロックの諜報組織＜ゼロゼロ機関＞のサイボーグスパイ～コードネーム009-1ことミレーヌ・ホフマンは、イーストブロックの老科学者・Drソユーズの行方を追っていた。 Drソユーズは、近年発見された新元素から凄まじいエネルギーを生み出す理論を発見していた。 もしそれがイーストの手によって兵器に転用されれば、両ブロック間の軍事バランスは大きく崩れ、両ブロックの情勢は更に緊張を高める事となる・・。 ミレーヌは近日中に控えた核廃絶条約の調印式までに、ウエストへの亡命を望みながらイーストに軟禁されているというソユーズを奪還する任務を負い、他３人のナインナンバースパイたちと共にイーストへと潜入する。

ミレーヌは、ゼロゼロ機関の同僚を殺した被疑者を、対超能力者スナイパーチームと共に追っていた。 その殺し方の異常な手口から、被疑者がミュータント（＝超能力者）であるという事が断定されたのだ。 ウエストブロックで定められた＜遺伝変種絶滅法＞は、ミュータントを卑しきものとして封じ込め、一方イーストでは、彼らのもつ力を軍事利用するための研究が続けられていた。 ＜遺伝変種絶滅法＞にのっとり、被疑者を抹殺すべく行動するスナイパーチームだったが、皆一様に意識をのっとられ、次々に意識喪失して倒れてしまう。

殺しの哲学ともいうべき自分のポリシーを頑なに守り、それを遂行する事に美学を感じる男エッグ。 彼はイーストブロックに所属する腕利きのスパイであり、これまでにウエストのスパイ四人がその銃弾に倒れている。 エッグの始末を任されたミレーヌは閉鎖した土地である孤島のリゾート地にエッグを誘い込み、彼と対峙する。 「夜は標的を狙わない」というエッグのもうひとつのポリシーによって、朝は狙い狙われ、そして夜は食事を共にするという二人の奇妙な関係が始まるが…

ウエストブロックが誇る人工知能研究の権威・Ｄｒサトナカが何者かによって拉致された。 その後ファントムと名乗る男からゼロゼロ機関に一通の招待状が届く。 そこには、Ｄｒサトナカについて重要な話があるいう内容と、ドイツのとある古城の場所が記されていた。 古城に招かれたのはミレーヌの他に、ウエストのスパイが二人、そして何故かイーストのスパイも三人招かれていた。

つかの間の休日を与えられたミレーヌは、一人バカンスイタリアに来ていた。 観光を終え、愛車を走らせながら次の行く先を考えていた矢先、その路上でミレーヌは見知らぬ女と出会い、トレビまで乗せて行ってくれないかと頼まれる。 その時、突如二人は黒い車に襲われる。 どうやら彼女はその車に追われているらしい。 既に旅に飽きていたミレーヌは、僅かな好奇心とともに、彼女を乗せて逃避行に付き合うことにした。

遺伝変種絶滅法により超能力者の弾圧が続くウエストブロック。 その一方、イーストブロックでは、超能力研究施設内で、ある試薬を使った凄惨な研究が行われていた。 ウエストブロックの老スパイ・Ｍｒアイアンハートは、イーストブロックのDrグリーンが開発した試薬研究情報奪取の命を受けたまま行方を眩ましてしまった。 ミレーヌは彼の行方を追い、試薬を入手するというミッションを与えられる。アイアンハートは、ミレーヌにとって師とも言える存在である。 しかし、彼が試薬とその情報を持ち、それらの提供を拒むのであれば、ミレーヌは彼を始末しなければならない……

ミレーヌがミッションを受けて向かったのはある軍港。その港の片隅に棄てられた小屋に、ビリーという少年が祖父と二人きりで住んでいた。 ビリーと知り合いになり、彼の家へ行くミレーヌ。ビリーに両親は無く、たった一人の肉親である祖父は酒びたりの毎日。そんなビリーが子供に戻れる唯一の瞬間は、メアリーという母親代わりの女性と会う事であった。ミレーヌがこの港に来たミッションと、ビリー、メアリーの関係とは……？>

かつて、幼いミレーヌは、弟のポール、そして優しい両親と共に幸せな日々を過ごしていた。 しかし、紛争により、幸せな家庭は無惨にも引き裂かれることになる。ただ一人取り残されたミレーヌは、ネルソンと名乗るウエストブロックのスパイに助けられた。 イーストの追手が迫る中、ネルソンはミレーヌを連れウエストを目指す。道中でネルソンはミレーヌに説く。「スパイにだけはなるな」と。しかし、ミレーヌはネルソンと同じ道を辿ることとなる……。

ミッションで傷を負ったミレーヌは、休暇をかねた一ヶ月の入院、調整を余儀なくされる。そして退院の日、車を走らせて帰路につくが、その途中、車が故障して立ち往生してしまい、通りかかったカウチ・ノーマン一家の車に同乗させてもらう事となる。 ノーマンの一家はミレーヌが目指していた街と同じ場所を目指しており、そこに住む兄・デクスターを訪ねる途中だと言う。ごく普通のありふれた一家であったが、次第にノーマンは心より尊敬する兄の事を、とくとくと語り始める。ノーマンの兄への思い入れに、尋常でないものをミレーヌは感じていた。

冷戦下の東西において、その中立施設であるルナポート。そこで、突然地震の様な激しい振動が起き起こる。ルナポートがある場所…月の丁度裏側で、大規模な核爆発が起きたのだ。 爆心は、核廃絶条約が締結される前、月の地質調査の名目で両陣営が配備し、その後凍結されていたものであるが、その爆発原因は全く不明。 ミレーヌは研究の情報収集のため、スタッフとして施設に潜入し、Ｄｒグリーンの下についていた。数日後…、ウエストブロックＡ国大統領とイーストブロックＢ国首相の元に、 月の核爆発事件の主犯と思しき人物より犯行声明が届けられる。

犯行声明の文面が「超能力者の解放」に言及されていた事から、イーストの首相はDrグリーンの研究施設へ自国軍を配備し、攻撃を仕掛けた。主犯格に関わる最も黒に近い存在であったため、イーストブロックは主犯が超能力者の中にいると判断し、施設ごとこれを葬ろうとしたのだ。 ミレーヌはＤｒグリーンの指示に従い、火の海に包まれる施設を無事脱出する。脱出の手引きしたのはグリーンと親交深いと思われる男・ネルコフスキー。倒しても倒してもきりがないほどの兵士の物量に、ミレーヌは囮となってDrグリーンと脱出者の乗るヘリを飛ばす。

ミレーヌは、Drグリーンを追い、ルナシャトルに搭乗し月に向かうが、その機中でイーストのスパイに襲われる。 スパイを倒し、月に到着したミレーヌは、Drグリーンの手がかりを追う。Drグリーンの目的は？果たして「逆爆発」の首謀者は？ 戦いに翻弄された人々の人生が、集約して行く……。