島で育った多聞三志郎は“旅したい”という夢を果たすため、小学五年生の夏休みに家出同然の形で船に乗った。しかし、持ち前の正義感が災いし、傍若無人な大学生に食って掛かったことから海に落ち、おまけに“フエ”という奇妙な男に見込まれ、崩壊寸前の“妖怪城”へと連れて来られてしまう。そこで三四郎は妖達の長”大天狗”と出会い、妖逆門という名のゲェムを知る――。
フエとパートナーとなり東京にやって来た三志郎は、最後まで勝ち残れば“何でも願いを叶えて貰える”という、妖怪“逆門”が仕切るげぇむ”妖逆門”の予選に参加すべく、東京駅に向かう。三四郎の願いは撃符に変えられた妖を救うため……だが、そのためには、まず数百人近くの予選参戦希望者を蹴散らさねばならなかった――。
るーれっとの導きにより、横須賀へと転送された三志郎は、ロンドンと名乗る少年と逆日本で最初のげぇむを競うことになった。げぇむのルールは逆横須賀に停泊した豪華客船の中から、超級撃符を探し出すこと。しかし、巨大な船から一枚の撃符を探すのは……？ そんなとき、三志郎が船内で出会った妙な爺さんこそが“超級撃符”が化けた姿だと気付いたロンドンは、その所有権を掛け対撃を行う！
妖伝承が数多く残る“遠野”で三志郎がげぇむをすることになったのは、妖神社の巫女でもある“隠岐清”だった。妖と人の因縁も知らぬ三志郎には、妖を救うなどとは言って貰いたくないと、彼を突っぱねる清。しかし、そんな彼女も、げぇむに負け続けていたことから、己の力の無さに悩んでいた――。
青森に到着した三志郎は、自称帰国子女の“ミック”こと、三枝幹春を始めとする子供たちと、逆日本の街で２匹の妖怪を捕まえるというげぇむに挑むことになった。ミックから共闘を持ちかけられた三志郎は、彼を信じて自分の撃符を使い、まず一匹目の鳥妖を追い回すが……。この街自体にもとんでもない秘密が？
ぷれぃ屋が絶対に通過しなければならない関所のような場所“幻風堂”を探し回っていた三志郎は、きみどりの服を着た不思議な少女の導きによって、タイムリミットぎりぎりでその入り口を発見。だが三志郎は、そこで彼を待っていたのは、今まで出会ったライバルの誰よりも傲慢で自信家の里村修だった。特別ルールの幻風堂げぇむで三志郎と対戦することになった修の力量は!?
再び幻風堂に戻ってきた三志郎は、そこで自分たちより前からげぇむに参戦していたという少女“日野亜紀”と出会い、今まで自分が知らなかった個魔やげぇむの事を聞かされる。だが、ことあるごとに男の子を馬鹿にする亜紀と、些細なことから喧嘩になった三志郎は、ルールを無視して彼女と幻風堂で対撃をしてしまい……!?
ルール違反の罰で、亜紀と一緒に東京まで戻されてしまった三志郎は、そこでこれまで対戦してきた、ロンドン、ミック、修、清たちとも再会――。なんとかこの遅れを取り戻す方法は無いかと思案していた彼等のもとに、妖怪城の使いと称する“いずな”が現れ、近道が出来る“妖怪特急”の存在を教えたことにより、一同はその切符のを持つと伝えられる“三匹の犬”を探し始める！
なんとかオンボロの妖列車に乗り込んだ６人は、これで、ふりだしまで戻された遅れを挽回できると喜ぶが。なぜか突然、列車が停車し、げぇむが――!? 逆静岡の駅で、ねいどが出すナゾナゾの答えとなる品物を制限時間以内に持ってこられなければ、全員が失格になってしまうというのだ。三志郎と清、修とロンドン、ミックと亜紀と、大慌てで即席コンビを組んだ彼等に謎はとけるのか？
列車の旅も順調に進み、余裕も出てきた三志郎たちに、ねいどが、まもなく最終駅に到着することを告げた。同時刻に他ぷれい屋を乗せた列車も到着するが、駅に入れるのは一両だけ、と聞いた彼等は、自分たちの列車を壊そうとする他のぷれい屋たちを迎撃。だが、彼等が持つ撃盤が次第に黒くなり、召還時間も遅く……。それは近道をしようとした者に与えられるペナルティだった!!
ライバル達との対撃に勝利した三志郎はただ一人だけ、あやかし列車の終着駅にたどり着いた。目を覚ました三志郎が目にしたのは生まれ故郷の島といつもの日常だった。フエも姿を現さず、戸惑う三志郎を唯が学校へ連れて行く。そこにはやっぱり担任の先生と見知ったクラスメイトがいた。だが、次の瞬間にクラスのみんなの顔がねいどに変わった――！！
黄緑色の服を着た少女に誘われ、森の中に迷い込んだ三志郎。彼女の問いかけによって、三志郎は離ればなれになっていたフエのことを思い出し、再び彼と合流することが出来た。そこに「灼銅の鬼仮面」を名乗る少年が現れ、対撃を挑んでくる。鬼仮面が用意した対撃の舞台、灼熱の土石流に覆われた「地の結界」で、三志郎は圧倒的な力を見せる鬼仮面に立ち向かう!!
対撃に勝つため妖を道具のように扱う鬼仮面に対し、敗北を喫してしまった三志郎は怒りのままに再戦を挑む。しかし、無残に倒された一角や焔斬の姿が頭から離れない三志郎は、妖を召喚することをためらってしまう。術撃符による応戦もむなしく、鬼仮面の容赦ない攻撃にフエの守りが限界を超える。光に包まれる三志郎。その挫けそうな心に、共に戦ってきた妖たちの思いが届く……。
鬼仮面の強大な力の前に屈した三志郎は、「もっと強くなる」という決意を胸に、新たな一歩を踏み出した。そして、ライバルたちもまた、それぞれの思いを胸に妖逆門の道を進んでいく。逆四国で行われるげぇむに飛び入り参加する三志郎。その肩には、三志郎の決意を確かめにきたイズナの姿があった。怒涛の勢いで突き進む三志郎の戦いぶりは、それまでのげぇむを勝ち進んできたぷれい屋たちを驚かせるほどに進歩していた……。
港の街・神戸にたたずむロンドン。ロンドンにとって神戸は、彼の個魔・ギグと、そしてクレッセントと出会った場所であった。そしてこの地で、ロンドンは再び三志郎と出会う。ところが、再会を喜ぶ暇もなく、ロンドンの前にハードロックなぷれい屋・イサミが現れる。逆神戸で行われるのは、声を武器とするげぇむ。ロンドンとイサミの因縁とは？そして、ついにロックンローラー・ロンドンの歌声が炸裂する……！？
京都の街角を行く清と亜紀は、ケガをしている子犬を拾った。病院に連れて行こう、という清と、子犬に怯える犬嫌いの亜紀。そこに突然、黒衣の男たちが現れる。男たちは、この地に逃れてきた妖、“麒麟”を探しているという。事情を飲み込めない清と亜紀に、男たちは雷を放ち襲い掛かってきた。子犬を抱いて逃げだした二人だが……？
逆大阪の街に着いた三志郎。逆大阪城で出会ったのは、たくさんの女の子に囲まれて幸せそうなミックだった。“さかさま探し”のげぇむが始まるが、ミックはげぇむに参加しようとしない。呆れた三志郎は“さかさまなもの”を探し始める。既にモテモテになる夢を叶えたミックが狙うのは、この街でただ一人自分になびかなかった少女のハートだった。
不気味な月の下、逆日本への入り口を探す三志郎とフエ。そこにイズナが現れ、三志郎たちをどこかに連れていこうとする。言われるままにイズナに着いて行く三志郎に、何者かが突然斬りかかってきた。フエを逆門に手を貸す裏切り者と呼び、三志郎に対して敵意を向け襲いかかってきたその者の名は、“かがり”といった。
二人一組で札を探し漢字を作るげぇむに参加する、三志郎とロンドン。ハズレの漢字が様々な効果を引き起こし、てんやわんやで駆け回る三志郎たちだったが、やがて聞こえてきた轟音に異変を感じる。三志郎たちは、多くのぷれい屋たちが倒れているのを見つける。 彼らを襲ったのは、“要”と“甍”という二人の撃符使いだった。
舞台は石柱が立ち並ぶ荒野。げぇむに参加しにきた三志郎は、ねいどの姿がみえず、辺りの様子がおかしいことに気づく。そこでは、謎の撃符使いによる撃符の略奪が行われていた。三志郎も、その撃符使いの術によって“五位の光”を奪われてしまう。平然と人の物を奪う相手に怒る三志郎。ぷれい屋たちに撃符を返させるため、三志郎は対撃を挑む。
逆名古屋への入り口を探す三志郎は、撃符を奪われそうになって逃げてきたというミックと出くわした。逆名古屋の野球場“ねいどーむ”で開催されるげぇむは、紅白チームに分かれ、妖を使って投打を競う“あやかし野球対撃盤”。時代のトレンドは“ちょいワル”だと知ったミックの策略とは？ そして、マウンドに現れた謎の三人組の正体は一体！？
今回のげぇむは“あやかしフィッシング”。そこで三志郎と亜紀は、“ミツキ”という少年に出会った。鋭い刃を持つ妖、“たておべす”を釣り上げようと悪戦苦闘するぷれい屋たちをよそに、亜紀はミツキのことが気になるらしく、釣りなどそっちのけの様子。一方、三志郎は、釣り上げられ襲い掛かってきた妖を一瞬で仕留めたミツキの、秘めた実力を感じ取っていた。
クリアしたぷれい屋に上位召喚の撃符が与えられるという、山登りのげぇむに挑戦する三志郎。険しい山道にうんざりしながら進む途中、同じく上位召喚の撃符を求めて参加したミツキと再会し、一緒に頂上を目指すことに。ねいどの仕掛けた障害や断崖絶壁、あげくには嵐に見舞われながらも、山頂を目指す二人を待ち受けるものとは……？
ついに、華院重馬が三志郎の前に再び姿を現した。雷信とかがりを封じた撃符を三志郎に見せつけ、代わりに炎斬を差し出すよう命じる重馬。途惑う三志郎に対して、残酷にも雷信たちの撃符を火にかざし決断を迫る。重馬の暴虐に、怒りの拳を震わせる三志郎。そして、信じ慕っていた重馬の豹変を目の当たりにし、困惑するミツキ。二人の前に、かつてない試練が立ちはだかる。
撃符に恐ろしいほどの執着をみせる重馬は、それを諌めようとしたミツキにまで牙を剥く。三志郎に希望を託し、倒れるミツキ。その思いを受けて戦う三志郎だが、重馬の撃符コレクションの前に苦戦を強いられる。上位召喚・刃羽に立ち向かい、満身創痍の焔斬。絶対的な戦力差を見せつけられながらも、再び立ち上がるその体を動かすのは、勝利への思い、そして、互いを信じる心だった。
重馬はくらぎの闇に心を侵され、さらにはその身体すら取り込まれてしまった。くらぎと一体化した重馬は、三志郎と焔龍に襲い掛かる。あろうことか撃符を喰らい、無尽蔵に力を回復する重馬は、猛攻をものともせず焔龍をねじ伏せてしまった。さらなる撃符への欲望から、分身を放ちぷれい屋たちを襲い始める重馬。ぷれい屋全体を巻き込んだこの戦いに、三志郎は終止符を打つことができるのか……！？
くらぎを倒し、取り込まれていた重馬を救うことに成功する三志郎たち。だが、安心したのも束の間、くらぎの断末魔の一撃が……。深い闇に沈んでいった三志郎は、舞い降りてきた赤い傘に導かれ、なぜか幻風堂の前に。そして、再び気がついたとき、舞台は遙か昔の世界へと移り、何故か三志郎は、その時代に暮らす“三郎”と呼ばれる少年へと変わってしまっていた……？
黒いねいどが現れ、新たなげぇむの始まりを告げる。実力の足りないものをふるい落とすため、ぷれい屋たちが送り込まれた先は“獄門世界”。６つあるエリアそれぞれに門があり、そのいずれかを通ることで脱出できるという。三志郎は、あたり一面に炎の燃えさかる火のエリアにたどり着いた。火の妖が闊歩する世界で、三志郎を待ち受ける試練とは……？
あたり一面がきらきら輝く金のエリアにやってきた三志郎と正人は、どちらが先に進むかを賭けて対撃をしている亜紀とロンドンに遭遇した。三志郎の説得で二人は戦いをやめ、一緒に門を探すことに。そこかしこに転がる宝石に目を輝かせ、大喜びで拾い集める亜紀。ひときわ輝きを放つ妖たちの至宝、“めきらの宝玉”のことを知り、手を出してしまうが……？
鬱蒼とした森が広がる木のエリアを彷徨う三志郎と正人。いくら進んでも出口が見つからず、空を飛ぶことも出来ず途方に暮れる二人の前に、ひとりの少女が現れた。恋人を救って欲しいと訴える少女は、元凶である“森の王”の下へ二人を案内するという。森の王は鬼のような仮面をつけていると聞き、かの強力な撃符使いとの再戦を予期して意気込む三志郎だが……？
水のエリアにやってきた三志郎と正人は、傷ついた修と、彼を介抱している清に出会った。わらしさまの助言により、水の門があるという海底の城を目指す一行。穏やかな妖である城の主を尋ねれば、門を通ることができるはずだと教えられ、喜ぶ三志郎たち。しかし、城の使いであるはずの妖に襲われ、事態は急変する。妖に攫われてしまった修と正人。その後を追ってたどり着いた先は、見るも無残に荒れ果てた城だった。一体、ここで何が起きているのか……。
修は、砂嵐が吹きすさぶ荒野をさまよっていた。何度門をくぐろうとも抜け出せず、この場所に戻ってきてしまう。目前に鬼仮面が姿を現し、あざ笑いながら言う。ここ、陰の門には、お前の求めるものがある、と。ばけぎゃもんを制覇し、完璧な人間になるため、誰にも負けない力を欲しがる修。その執念を生み出す源は、彼の過去にあった。
獄門世界での試練をクリアした三志郎たち。黒ねいどに導かれ、幻風堂にやってきた彼らの前に、きみどりが姿を現した。三志郎との再会、そして彼の仲間たちの歓迎に微笑みながらも、意を決して何かを告げようとするきみどり。だが、その告白は、何者かによって遮られる。三志郎の前に立ちはだかる、最強の撃符使いにして、最大のライバル、灼銅の鬼仮面。鬼仮面と三志郎が繰り広げる、熾烈な対撃の行方は。そして鬼仮面の明かす衝撃の事実とは……？
鬼仮面は時を遡る妖、時逆の力を使い、三志郎を過去に導いた。遠い昔から続くばけぎゃもん。その真相を見せ付けられ、驚き途惑う三志郎。きみどり、ねいど、そして鬼仮面の過去を知ることで、ついに明らかになるばけぎゃもんの秘密……。それはあまりにも重く、三志郎にのしかかる。鬼仮面に囚われたきみどりは、三志郎にその悲痛な心の内を伝えようとする。だが、せめぎ合う思いの中、三志郎は膝をついてしまう……。
獄門世界をクリアしたぷれい屋たちに与えられた新しいばけぎゃもんのげぇむ、それは、優勝者を決定する最終トーナメントだった。逆日本全体が巨大なトーナメント会場へと変化し、ぷれい屋たちが対撃を繰り広げる。自らの夢のため、相手を蹴落として進まなければならない厳しいげぇむを前に、覚悟を決めるライバルたち。だが、ばけぎゃもんの秘密を知ってしまった三志郎は、自分の本当に叶えたい願いが何なのか、迷い始めていた。
最終トーナメントの一回戦を突破し、勢いづく三志郎。だが、次に出会った対戦相手は、清だった。ライバル同士が戦わなければならないことに戸惑いつつも、正々堂々と対撃前の握手をしようとする三志郎。だが、清はその手を取らず、貴方には絶対に負けないと三志郎に言い放つ。今までにない迫力を感じさせる清の、その決意の訳とは……？
トーナメント戦はさらに進み、三志郎の前にミックが立ちはだかる。だが、その様子はいつもと一味違っていた。憧れのあの子を振り向かせるため、モテモテになりたい。その夢を叶えるべく、ミックが取った手段。それは、卑怯な手を一切使わず真剣勝負を挑むことだった。情けないヘラヘラフェイスとの決別を誓うマジモードのミックと、三志郎との最終決戦が始まる！
対撃すてぇじのあやかし公園にたたずむ亜紀。ばけぎゃもんで優勝し、お金持ちになる。彼女のその願いの奥には、強い想いが秘められていた。次の相手は、三志郎。夢の実現のため、亜紀は対撃を研究し努力してきた。対する三志郎も、数々の戦いを潜り抜け、強く成長していた。互いの譲れない思いをかけて、壮絶な対撃が繰り広げられる……！
龍の道を進む三志郎は、突然現れた仮面人形たちによって、謎の空間に閉じ込められてしまう。そこは、過去のばけぎゃもんに参加し敗北していったぷれい屋たちの怨念が渦巻く、ぷれい屋の墓場ともいうべき場所だった。夢を叶えられなかった者たちの無念の思いが仮面人形に取り憑き、三志郎を襲う。その目的は、三志郎が持つ強力な撃符だった。やむなく応戦する三志郎だが……？
次なる戦いの舞台は、コンサート会場を模した対撃すてぇじ。突然妖に襲われ、驚く三志郎の前に立ちはだかったのは、ロンドンだった。自ら良き友と認めた三志郎に対し、お前は甘いと言い放つロンドン。その容赦ない攻撃が三志郎を追い詰める。ロンドンが手にした新たな力とは……。三志郎は、この強敵にどうやって挑むのか！？
三途の川対撃すてぇじの、淀んだ流れの上で対撃する三志郎と修。陰の属性の強大な力を手に入れ、使いこなす修の姿は、かつての彼とは違ってしまっていた。その腕は撃盤から立ちのぼる陰の力に包まれ、その顔を覆う鬼の面が、まさに鬼気迫る威圧感を放つ。陰の撃符の圧倒的な破壊力に叩きのめされ、ついに三志郎はノックアウトされてしまう！？
三志郎はついにばけぎゃもんの支配者、鬼仮面に戦いを挑む。だが、撃符を使おうとした瞬間、封印されていた妖たちが突如として解放されてしまった！？予想外の事態に驚きを隠せない三志郎。そこに黒ねいどが現れ、解放された妖たちに、妖・逆門の正体を明かしてしまう。果たして、黒ねいどは何をたくらんでいるのか……。そして、真実を告げられた妖たちは……！？
黒ねいどに吸い込まれてしまった三志郎とフエ、そしてイズナ。たどりついた先は、まるで紙芝居や演劇のかきわりのような風景が広がっている、黒ねいどの脳内空間だった！？次々と三志郎たちの前に、歴史上の人物をもとにねいどが作り出したヘンテコな刺客が次々と現れる。黒ねいどは一体何を企んでいるのか。摩訶フシギな黒ねいどの体の中で、奇妙キテレツな対撃が始まる！？
次に三志郎たちがたどり着いたのは、ねいどの胃袋。なぜかそこには、学校の校舎が建っている。「ねいど小学校」を思い出す三志郎だが、こんどの舞台はさらにレベルアップした「ねいど中学校」だった！5色のねいどがあらわれ、それぞれの属性の撃符のみを使って対撃する「属性デスマッチ」を挑んでくる。五行すべての属性を極めることを目指す三志郎、勇んで勝負を受けてたつが…！？
黒ねいどの体内をさまよう三志郎たちの前に、次なる刺客が現れる。その相手はなんと、三志郎と同じ姿をしていた！？自分がホンモノだと断言する黒い三志郎に、対撃を挑む三志郎。だが、相手は冷静で計算高く、三志郎の攻撃が先読みされてしまう。自分こそが完璧なぷれい屋だと主張する黒い三志郎。果たして三志郎は、自分のニセモノに負けてしまうのか！？
三志郎の前に現れた怒りの鬼仮面。自らの思い通りにならないげぇむなど潰してやる、と巨大な妖、大海魔を召喚する。その圧倒的な破壊力の前に成す術がない三志郎。だが、そのピンチを救ってくれたのは、なんとねいどだった！？個魔たちの空間に避難する三志郎とフエ、イズナ。その目前に、ウタが現れて……。
更なる力を手に入れた鬼仮面は、闇の大撃盤を使って最強最悪の陰の妖、夜憧丸を召喚しようとする。食い止めようとする三志郎だが、大海魔に阻まれ鬼仮面の城から吹き飛ばされてしまう。夜憧丸は逆日本中に根を張り、出現のための力を吸い取り続ける。ぼろぼろに破壊されていく妖逆門の世界。闇の大撃盤の6つの灯計に次々と火が灯り、破滅への秒読みを続ける。途方に暮れる三志郎。その目前に、小さくなってしまったねいどが現れた。
鬼仮面はすべてを無に帰す破滅の妖、夜憧丸の力を使い、逆日本を破壊し始めた。果敢に立ち向かう三志郎だが、その攻撃は全く通用しない。次々と逆日本各地が炎に包まれ、壊滅していく……。一方、ねいどは、木の実に閉じこもったままのきみどりを訪れる。五行を操る妖、“鵺”に行く手を阻まれながらも、諦めず戦い続ける三志郎。その姿が、きみどりの閉ざされた心を動かす。逆日本の崩壊は、やがて表日本にまで影響を及ぼし始める。果たして、暴走を続ける鬼仮面を止めることができるのか……。
仲間たちの協力を得て、妖怪城に辿り着いた三志郎。夜憧丸に対抗できる、最後の切り札を召喚しようとするが……？
陰と陽、究極の妖同士の決戦が始まった！三志郎と鬼仮面、最後の対撃の行方は……!?
鬼仮面のげぇむは幕を閉じ、妖たちは解放された。三志郎と仲間たち、そして、きみどりは……。
