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進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた??他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。

ＡからＤの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Ｄクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後１ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの１０万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るＤクラス。そんな中、自分がＤクラス配属であることに納得できない堀北は、ＤクラスをＡクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。

学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えたＤクラス。その裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった１点及ばず赤点となってしまう。彼の退学は決定したかに思われたが、既に終わった試験結果を覆すため、綾小路が最後の一手を打つ。

須藤がＣクラスの生徒に対し、暴行事件を起こした。後日、生徒会立ち会いの下で審議が行われ、結果次第でＤクラスはポイントを剥奪されてしまう。須藤の正当防衛を裏付ける証拠探しに奔走する中、綾小路はＢクラスのリーダー・一之瀬と協力関係を結ぶ。また、事件の裏でＣクラスの統率者・龍園が暗躍していて……？

暴行事件の目撃者と思われる少女・佐倉。彼女だけが須藤の正当防衛を裏付けられるが、佐倉はなぜか審議で証言することを拒否する。結局、佐倉の協力を取り付けることができないまま、審議当日を迎える綾小路たち。答弁は、実際に怪我人を出しているＣクラス側の有利に進み、Ｄクラスは追い込まれていく。

佐倉の証言により、暴行事件の審議は五分に持ち込まれた。次回の審議をさらに優勢へと傾けるため、方法を探すことになる綾小路と堀北。折りふし、佐倉の周囲に怪しい男の影がチラつく。佐倉愛里のもう一つの顔＝グラビアアイドル『雫』の熱狂的なファンが、ストーカーと化して校内に入り込んでいたのだ……！

夏休みに入っても、孤独を貫く少女・堀北は、誰とも会わず読書と勉強だけの日々を送っていた。そんなある日、綾小路から「男女合同でプールに行こう」と誘われる。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Ｄクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。

１年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島へ向かう超豪華客船内では、レストランの料理も各種レジャー施設も無料で堪能できる。気を緩めて楽しむＤクラスの生徒たちだが、Ａクラスの統率者である葛城と坂柳、Ｃクラスの独裁者・龍園に反発する伊吹など、不穏な動きを見せる者がいた……。

南の島へのバカンスは、実は学校の特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。この試験の成績次第で、Ａ〜Ｄの各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減してしまう。しかしＤクラスは、慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

特別試験２日目。やっと一致団結し、協力して無人島生活を続けるＤクラス。そして綾小路と堀北は、他クラスの調査に乗り出す。高い団結力を活かして生活するＢクラス、秘密主義のＡクラスなど、他クラスも一筋縄ではいかない。そんな中、龍園率いるＣクラスは特別試験そのものを否定し、ポイントを浪費して豪遊していた。

下着盗難事件が発生してＤクラスの団結が崩れる中、堀北はリーダーのキーカードを盗まれてしまう。犯人はいったい誰なのか、それさえも分からないうちに、今度はＤクラスのベースキャンプ内で放火騒動が起こる。クラスが混乱を極める中、キャンプの中から一人の少女の姿が消えていた……。

伊吹にキーカードを盗まれ、さらに体調が悪化して倒れた堀北。綾小路は、拒む彼女を無理矢理にリタイアさせる。リーダーを知られ、２名のリタイアを出し、そしてバラバラになってしまったＤクラスの生徒たち。彼らの試験結果は惨憺たるものとなるはずだったが……発表された各クラスの最終ポイントは意外なものだった。