ヒーロー好きな青年ジョーと恋人のシルヴィアは久しぶりのデート。ジョーはシルヴィアと往年のヒーロー映画「キャプテン ブルー」を見に行くことにする。ところが、映画は、正義のヒーロー、キャプテン ブルーが、悪の組織ジャドーに倒されて終わってしまった。キャプテン ブルーを倒した大巨人は、スクリーンから手を伸ばし、シルヴィアをつかむと、映画の世界、ムービーランドに連れ去ってしまう。映画館に残されたジョーも、突然スクリーンから現れたキャプテン ブルーのロボ、シックス魔神に連れられムービーランドへ。ジョーが気付くと、そこは今見ていた映画の世界だった。ジョーは、突然悪の組織ジャドーの刺客ジョーカーと、ビアンキーに襲われる。必死に逃げながらも応戦するジョーだが、ビルの屋上に追いつめられ……。
さらったシルヴィアを運ぶハルク ダビッドソン。シルヴィアがトイレに行きたくなったので、チャールズ三世の館へ立ち寄る。シルヴィアを追いかけて来たジョ-もチャールズ三世の屋敷へ。ジョーに気付いたハルク ダビッドソンは、屋敷の中で、ジョーを襲う。ジョーは変身して戦うが、屋敷の奇怪なしかけと、ハルク ダビッドソンのパワーに苦しめられる。
ヒーロー復活に脅威を抱くジャドーは、ジョーを南の孤島へ転送する。そこには、水中の戦いを得意とするジャドーの幹部、グラン ブルースが待ち構えていた。ジョーは、変身し、グラン ブルース、ダイバー ビアンキーたちと戦い勝利する。だが、そこへジャドーの幹部、アラストルが現れた。突如現れたアラストルは、ビューティフル ジョーの戦いぶりを「美しくない」と批判、華麗な攻撃でジョーを襲う!!
ジャドーの基地に幽閉されているシルヴィア。身の回りの世話をするビアンキーたちは、いつの間にか、シルヴィアの尻の下に敷かれていた。それに気付いた幹部、スプロケットは、ビアンキーたちを叱責。スプロケットは、シルヴィアを嫌がらせようと、ジョーがジャドーにやられそうになる映像を見せる。それでもジョーが助けにくることを信じるシルヴィア。一方、空腹で倒れかけたジョーが入ったハンバーガー屋はジャドーのワナだった!!
ジョーは空腹のままブルータウンという街にたどりつく。街は、乗っ取りをたくらむ悪漢に襲われていた。だが、そこに一人の少年がたちはだかる。少年の名はキャプテン ブルー ジュニア。ジュニアは、キャプテン ブルーの志を継ぎ、街の平和を守るため、一人戦っているのだ。ジョーのV-ウォッチが本物だと知らぬジュニアは、ジョーを制して、ジャドーの刺客、ビアンコ ビリーと対決。だが、ビアンコ ビリーにやられてしまう。
ジュニアは、キャプテン ブルーの熱狂的なファンだという老人に、連れられて老人の家へ行った。裏の畑であるものを拾ったのだという老人は発明家で、家にはピカピカの飛行メカが。一方、ジョーは、にせシルヴィアをつかったジャドーのワナにはまってしまう。チャールズIII世の空中殺法に、空を飛べないジョーは大苦戦。そこへ、ジュニアが、老人の飛行メカに乗って来た！だが、メカはとんちんかんな動きを繰り返すばかりで……。
ジョーとジュニアが街を歩いていると、不思議なおもちゃを配っている男が。スラグンというおもちゃで、頭につけると、思ったことを何でも叶えてくれるのだという。早速つける街の子供たち。はじめは、皆おもしろがっていたが、ふとしたことから子供たちがケンカを始めた。子供たちの思うままに暴れだしたスラグンのせいで街は大混乱に!!
いつもやられてばかりの三幹部に業を煮やしたジャドーの幹部、ファイアー レオは、自ら、ジョーを倒しに出向くことにした。また、ジョーに一目をおくジャドーの幹部、アラストルも秘かにジョーのもとへ。高山でチーズフォンデュを楽しんでいたジョーを、ファイアー レオ、そしてメタルレオたちの地獄の炎が襲う。炎のたてがみから繰り出されるファイアー レオの攻撃に逃げまどうだけのジョーは……。
街でホーリィという少女と出会ったジョーたち。だがその直後、突然ジョーは警察につかまってしまう。実は、ホーリィは、王国のお姫さま。姫として国民の未来を背負うプレッシャーに負け、街に逃げ出してきていたのだ。そうとは知らず、街でホーリィと再開したジュニアは、なぜか追ってくる警察とジャドーから、ホーリィを守るため、街中を逃げ回る。だが、ついに二人は、ジャドーの怪人に追い詰められてしまい……。
グラン ブルース、チャールズIII世、ハルク ダビッドソンら、ジャドー３幹部は、ジョーにやられてばかりだった。普段はいがみあっている３幹部だったが、ジョーを倒すためにと、協力をちかう。３幹部は、それぞれのいいところをあわせたロボット「グラン チャールク」を開発した。陸海空すべてでパワーを発揮する最強のロボ「グランチャールク」が、ジョーを襲う。
カラフルタウンという街にやってきたジョーたち。だが、カラフルとは名ばかりで、街はどこもかしこも灰色だらけ。街からは、完全に色が消えていた。画家を目指す女性、ココによると、モノクロブラザーズと名乗るジャドーの怪人が街を襲い、色をうばっていったのだという。それでも、画家になるという夢をすてないココに心うたれたジョーは、モノクロブラザーズを退治するというが……。
シルヴィアが、ジョーたちの前に現れた。ジョーは喜ぶがジュニアは、ひとりで逃げて来たというシルヴィアの言葉を信じない。ジョーは上機嫌で、シルヴィアの前で変身を披露していると、シルヴィアが、変身するために必要な道具、Vウォッチを貸してほしいと言い出した。ジュニアが、シルヴィアを怪しむのをよそに、ジョーは、Vウォッチをシルヴィアに渡す。すると、シルヴィアは、Vウォッチを持ったまま、突然ものすごい速さで逃げ出してしまった！ジョーたちが、後を追って、コロシアムに入るとそこには、なんとスプロケットと二人のシルヴィアが。
ジョーたちは、山で迷ってしまう。空腹のジョーが、野生のチーズバーガーを探していると、ジャドーに追われているという男、キースと出会った。キースは、本物のヒーローを探しているという。そこへ突如キースを追って来たジャドーの一味が現れた。ジョーたちは応戦するが、キースはジョーのドジっぷりを見て、本物のヒーローではないと判断し、いつの間にかその場から姿を消してしまった。
スプロケットは、なかなかジョーを倒せないジャドー幹部たちに腹を立てていた。スプロケットは、今までの戦いを１本の映像にまとめて、幹部たちに見せて、それぞれに反省させることにする。しかも、その映像を、ジャドーの親玉、全能帝王キング ブルーにも見せるという。幹部たちは、自分のいいところを見せようと、ビアンキーが映像を編集している部屋に忍び込み、ジョーを攻撃するシーンばかりを選ぶ。だが、幹部たちの無茶な命令にくたびれ果てたビアンキーたちは……。
ジョーたちは、ジャドーに支配された町にたどりつく。そこには、ジャドーの支配に反抗する住民グループがいた。ジョーたちは、そのグループのメリーという少女と知り合う。一方、スプロケットは、ジョーをおびきよせるために、アラストルとシルヴィアの結婚式を開催することに決めた。ジョーとメリーたちは、町を取り戻すために、ビアンキーとたたかいをくりひろげるが、その間も着々と、結婚式は進行し……。
ジョーたちは、花畑を守っている少女アリサと出会う。花畑には、非常に美しく、葉は万病に効くといわれる伝説の「フェアリーテール」という花が咲くのだという。多くの人間が苗を奪おうとするが、アリサは魔法を使って誰にも苗を渡さない。花が咲いたところを見たがるジョーは、畑にテントをはって、住み込むことにする。アリサはジョーを畑から遠ざけようと、魔法をつかいさまざまないやがらせを行うが……。
突如、摩天楼そびえる大都会に恐怖の怪人タコチューが現れた。怪人の好きにはさせまいと現れたのは、われらが正義のヒーロー、キャプテン ブルー。だが、ブルーの様子がおかしい。実は、ジョーが病気の少年トーマスを元気づけるために、トーマスのあこがれ「キャプテン ブルー」の格好をして戦いを演じていたのだ!!
車がチューブの中を走る近未来都市、ジョーとジュニアは、ビューティフル ジョーに出会う！あぜんとする二人を目の前に、突如現れたビューティフル ジョーは平然そのもの。ジョーが持っていたチーズバーガーを食べると、どこかに去ってしまった。ジョーは、ビューティフル ジョーと出会った際に汚れてしまったシャツを洗たくする。だが一緒にＶ-ウォッチまで洗ってしまった。V-ウォッチは洗たくしたせいで、故障してしまい……。
ジョーたちは、町のハンバーガーショップに行く途中、ケータイ電話を拾い、その持ち主の家出少女エイミーを探すことに。 一方、グラン ブルースは、ジョーにチーズバーガーを食べさせないよう、ハンバーガーを運ぶトラックを襲って奪いとっていた。それを、偶然見かけた野球少年ジムとその友達らは、トラックを追いかけていたが、そこへジョーも居合わせて……。
ジョーが目覚めると、そこは列車の中だった。何が起きたのかわからないジョーは列車の中で、ジャドー三幹部に遭遇する。ジャドー三幹部は、ナゾの列車から降ろしてもらおうと車掌のもとへ。一方、ジョーはおもちゃだらけの車両にたどりつく。だが、そこへ三幹部が現れ、ジョーをおそってきた。大ピンチのジョーを救ったのは、なんとあのキャプテン ブルーだった！
ジャドーたちに、崖っぷちに追いつめられたジョーとジュニア。ジョーは、ジュニアを逃がすため、ジュニアを川へ放り込む。川に流されたジュニアは気付くと、見知らぬ荒野へ。だが、そこにも、ジャドーたちが現れた。ジュニアは、ひとり見知らぬ土地を逃げていると、そこには、ヒーロー好きのおじいさんブラウンが。なんとかブラウンの家に逃げ込むジュニア。だが、そこもジャドーに囲まれてしまった！ジュニアは絶体絶命の危機に……
ジョーとジュニアは、スプロケットの指示により次々とやってくる三幹部の相手をしていた。そのころジャドーの基地では、シルヴィアがビアンキー達と一緒に自分の部屋の掃除をしていた。使っていた洗剤が無くなり新しい洗剤を取りに下の階に行くことにしたシルヴィアだが、洗剤は見つからず厨房に迷い込んでしまう。ビアンキー達は掃除に夢中になりシルヴィアがいなくなった事に気づいておらず……。
スプロケットは、シルヴィアを時計台にしばりつけ、ジョーをおびきよせることにした。時計の長針と短針が重なる時、シルヴィアの体はつぶされてしまう！だが、ジョーは時計台からシルヴィアを救い出すことに成功する。シルヴィア救出があまりに簡単に成功したため、ワナではないかと疑うジュニア。そこへアラストルが現れ、猛攻撃をしかけてきた。
ジャドーの３幹部が街で暴れ出したため、街は大混乱！ジュニアとはぐれてしまったジョーは変身して、３幹部と戦う。だが、そのとき街のオーロラビジョンには、鉄橋の上でジャドーに捕まってしまったジュニアの姿が！ジュニアを人質にとられたジョーは、戦いをやめようとする。だが、ジュニアは、ジョーに戦えと言うと、鉄橋の上から落下し、姿を消してしまった！
シックス魔人に連れられ、ジョーはついにジャドーの基地に潜入した。ファイアーレオとの激闘の末、アラストルの助けを借り、さらに基地の奥へとすすむジョー。そこには、玉座に座ったキング ブルーが！キング ブルーは、ジョーに向かって、おそろしい事実を告げる。なんと、ジャドーにやぶれ去ったキャプテン ブルーはまだ生きていると言うのだ。ジョーが、キャプテン ブルーの居場所をきくと、キング ブルーはゆっくりとその真の姿を現した！キング ブルーの正体とは!?
ジョーは、シックス魔人に乗って、キング ブルーに戦いを挑む。ついに最後の戦いが始まったのだ。巧みな技で、シックス魔人をほんろうするキング ブルー。そしてその様子は、ムービーランド中に中継される。ジョーが倒れるところを、世界中の人に見せつけ、世界を絶望に追い込むのが、キング ブルーのねらいだ。ジョーが乗るシックス魔人は一方的にキング ブルーの攻撃を受けつづけ……。
ムービーランドから、現実世界の映画館に戻って来たジョー、ジュニア、シルヴィア、キャプテン ブルー。よろこぶのもつかの間、なぜか映画館から外へ出ることができない。キャプテン ブルーは、映画館が、現実世界とムービーランドの間にある特殊な空間になってしまっているのだという。映画館に閉じ込められたジョーたち。そこへ、ジョーの父親ジェットがあらわれ……。
恐竜とともに生活する映画に入り込んだジョーたち。いつもは優しい恐竜のジョンが、ゲドーの手によって、凶ぼうな怪獣に変えられてしまった。街をおそうジョン。ジュニアが、キャプテン ブルーからもらった箱をあけると中にはヨーヨーが。V-ウォッチがほしかったジュニアはがっかり。あばれるジョンをおさえるために、ジョーとシルヴィアは変身し、戦うことにするが……。
落ちこぼれ科学者、ダンデライオン、スケアクロウ、ランバーの3人は、危険な竜巻きをとめるロボット「ドロシー」を作りだした。だが、そこにレイチェルが現れ、ドロシーを、竜巻きを作りだすロボットに変えてしまう。ジョーたちは、竜巻きをとめようとするが、逆に巻き込まれてしまい……。
田舎町の少年たちが作った弱小サッカーチーム、ワイルド・トータスが、練習もしていないのに、突如、強剛チームになった。ワイルド・トータスは乱暴なプレーでやりたい放題。ジョーたちは、チームが突然強くなった原因を探り、コーチのことを怪しいと疑うが……。
人間とエイリアンが共存する社会。だが、エイリアンがゲドーに操られ、人々を襲い出した。宇宙人管理局のエージェントB、そしてエージェントQと出会ったジョーたちは協力して、エイリアンが凶暴になった原因を探るが……。
莫大な賞金をかけた長距離カーレース「キャノンレース」に出場したジョーたち。どこかにゲドーたちが潜んでいて、レースを混乱におとしいれようと考えているらしい。ジョーは、優勝候補のキャノンボーイとデッドヒートを繰り広げるが、ゲドーのワナで、コースからはなれてしまい……。
突然、街から悪党たちが姿を消した。街を守っていたヒーローたちは、戦う相手がいなくなって、フラストレーションが溜まりまくり。そんなヒーローたちは、街へやってきたジョーたちを見て、悪党だと勘違い。一触即発の展開に!!
ゲドーの怪人・カメオレオンが、不思議な力を持った宝石「ブラックダイヤモンド」を盗んだ。ブラックダイヤモンドの警護をしていた探偵のダイアナたちは、警護の役をクビになってしまう。だが、ダイアナの心はあきらめていなかった。ダイアナはジョーたちとともに、盗まれたブラックダイヤモンドを取り戻すべく、無人島へ向かう。
未来から人類を滅ぼすために送りこまれた最強の戦闘マシン「ＥＤ－800」。ブラッディ レイチェルは、ＥＤ－800にブルークランクを差し込む。究極かつ最強の戦闘マシンが誕生！と思われたが、ＥＤ－800は、なぜか平和を愛する純情なロボットに変わってしまう。その上、レイチェルに恋をしてしまい……。
ブラッディ レイチェルが、発電所のダイナモにブルークランクを差し込み、怪人ダイナモンを誕生させた。電撃を走らせジョーたちを襲うダイナモン。だが、ダイナモンのはなった電撃は、辺り一面に飛び散り、レイチェルが感電してしまう。ジョーたちは、様子のおかしいレイチェルを心配しつつも、停電になった街へと逃げるが……。
緑に囲まれた美しい田舎のまちが、突如ケバケバしいネオン街に変わってしまった。人々の心もだらけがち。早速レイチェルと共にネオン街へ向かうジョーたち。そこには「グランチャールク・アミューズメントパーク」なるものが建設されており……。
ハロウィンの前日、青年ティムは、愛する女性アマンダに気持ちを伝えようとしていた。だが、ティムはアマンダが、家で知らない男と抱き合っているのを見てしまう。落ち込むティム。一方、ジョーたちがアマンダの家を訪ねるとそこには、顔見知りのナゾの男がいた……。
ピンチに陥ったキャプテン ブルーを助けるため、ジョー達が入った映画は、なんとジュニアの出演作品。ジュニアが、自分が現実の存在ではなく、単に映画の中の幻の存在だと気付いてしまうと心配するジョー。だがジュニアはへこたれない！ジョーたちは、キャプテン ブルーの救出に成功。しかし、キャプテン ブルーの様子がおかしい……。
ブラック大帝の力により、ムービーランド中が黒い瘴気に包まれていく。黒い瘴気に触れた草原や森の木々は枯れ、大地は荒れて、やがて砂となり崩れ去っていく。ムービーランド崩壊が始まったのだ。ジョー達は、シックスマシンに乗って、黒い瘴気から逃れようとするが……。
水に飢える乾燥した国に来たジョーたち。そこには、井戸を掘ろうと、ひび割れた大地を掘る親子、ウィリアムとトニーがいた。親子に水を分けてもらうジョーたち。そこへ騎士たちがやってきて、ウィリアムに、騎士団に入って水のある隣国へ攻め込もうと提案する。実はウィリアムは、昔、腕の立つ騎士だったのだ。だがウィリアムは、騎士たちの誘いを拒む。息子のトニーは、父をオクビョウ者だと言って、騎士団に入ると言い出すが……。
ジョーとキャプテン ブルー ジュニアが、クイズ番組を見ていると、突如、テレビから司会の男が飛び出して、二人をテレビの中に引きずり込んでしまう。二人は、クイズ番組に出演することに。さらにクイズの成り行きで、ジョーとジュニアはバトルをすることになってしまった。リングにあがったジョーとジュニアの目は真剣そのもの。運命の試合開始のゴングが鳴った！ついに、二人の戦いが始まってしまうのか！？
ブラック大帝も怖れるナゾのアイテム「ホワイトフィルム」。スプロケットは、ホワイトフィルムが、シルヴィアのメガネに隠されているのではないかと考え、メガネを奪うことを決意。ジョーとキャプテン ブルー ジュニアを、 チャールズIII世が引き止めている間、占い師に扮し、シルヴィアのメガネに手をかけるが……。
雪原の中を歩くジョーたちは、ついに寒さに負けて倒れてしまう。だが、シルバースノウという女性が、ジョーたちを介抱してくれた。シルバースノウは、雪原で倒れていたジョーたちを助けた人物としてある男を紹介する。その男とは、なんとファイアーレオだった！！
豪華客船でジョーに甘えるシルヴィア。だがジョーは全く相手にしてくれない。腹を立てたシルヴィアは、恋にきくという不思議なマフラーを手に入れた。マフラーを持ってジョーのもとに駆け寄るシルヴィア。だがそのマフラーは、チャールズIII世がスプロケットのために愛を込めて編んだ怪人だった……。
アラストルの特訓につきあっていたレイチェル。だがレイチェルは、アラストルが一向にジョーとの決着をつけず、いつもジョーを助けていることに疑問を抱く。その時レイチェルの前に一人の男が現れた。男はアラストルの気持ちを知るためには心が必要だと言い、ハート型の機械をレイチェルに渡すが……。
フラッティーたちに追われているスプロケットを助けたジョーたち。スプロケットは、ゲドーの悪行が嫌になって逃げ出してきたのだ。助けてくれたお礼にジョーたちを、ゲドーの基地に連れていくという。ジョーたちは、スプロケットに従って険しい岩山を登る。だが、そんなジョーたちを監視モニターで眺めるドクトルクランケンが不気味な笑みを浮かべ……。
ゲドーの基地を発見したジョーたち。シックス魔人に乗り込もうとするが、突然の電撃がジョーたちを襲った。電撃を放った主は、ジョーと最後の決着をつけにきたアラストル。ついにジョーとアラストルとの対決が始まった。だが、アラストルの様子がいつもとちがう。ジョーを待っていたのは、自分の美学すらかなぐり捨てた、捨て身のアラストルだった……。
ついに始まったブラック大帝との直接対決。圧倒的な力でジョーたちを襲うブラック大帝だったが、バトルの途中、突如苦しげになりパワーダウン。チャンスと見たジョーは一気にたたみかけ、ついにブラック大帝を倒した！ 現実世界に戻るジョーたち。だが、映画館にジェットがいない。さらに、ナゾの地響きが聞こえてきて……。
突如襲ってきたロボットを倒したジョーたちは、いつの間にか映画祭の招待状を手にしていた。異常な展開に不安を隠さないキャプテンブルーとは対照的に、映画祭に興味津々のジョーたち。 会場ではジョーとブラック大帝の対決が映しだされており、司会のジェットから、主演男優賞の名が告げられる。だがその名はジョーではなく、ブラック大帝だった！！
遂に現れたイーヴィルキング！ イーヴィルキングの凶悪な姿を見つめる人々の顔は恐怖で青ざめ、世界は失望に満たされていく。やがて瘴気（しょうき）がたちこめてくると、ジョーたちの変身が解けてしまった。人々がヒーローへの期待を失ってしまったからだ。追い詰められたジョーたちをイーヴィルキングが追い詰め……。
