6年生になった大谷ゆりは、クラス投票でエイリアン対策係に選ばれてしまった。｢エイリアンなんか見たくも触りたくもない！｣という、ゆりの気持ちとは裏腹に、エイリアンと戦うため、共生型エイリアンであるボウグの装着を義務付けられてしまう。

エイリアン対策係に選ばれて1ヶ月。エイリアンに馴れ始めた矢先にエイリアンを装着した生徒に襲われ、よけい臆病になっていたゆり。久川先生の指示で、一人でエイリアンの餌係をすることになってしまうゆり。なんとか早く終わらせようと急ぐゆりの背後に、またしてもエイリアンを付けた生徒が襲い掛かり…。

夏休みに入った第9小学校。落ち込むゆりを元気づけようと、くみやかすみ、美佑の三人は、ゆりをかすみの別荘へ連れていく。海水浴、肝試し、夏祭り、花火…。目白押しのイベントにいつしかゆりの心も晴れていくように見えたが、やがて夏休みも終わりに近づいて。

イエローナイフに取り込まれてしまったかすみ。残されたゆりとくみはかすみを助け出そうとするが、逆にイエローナイフの精神攻撃を浴びてしまう。イエローナイフの攻撃手段…。それは、かすみが一番恐れていた気持ち｢一人ぼっち｣だった…。