「なぜ人間にこんな仕打ちをするんだ！」（鬼太郎） 社会の近代化が進むある日、ビルの建設工事中に『何か』を封印していた石塚が崩された。それ以来子供たちをさらう不思議な誘拐事件が何件も発生する。そして都会のど真ん中に、不気味な城・妖怪城が突如出現！これらは全て、人間の子供を妖怪に変えてこの世を支配しようとする妖怪・たんたん坊率いる妖怪一味の仕業であった。だがそこへ鳴り響くゲタの音。妖怪の起こす悪事を解決するため、ゲゲゲの森から鬼太郎がやって来たのだ！

「ふっ、合わせ鏡の術からは誰も逃れられん！」（鏡じじい） 遊園地の中で、ユメコという少女が突如姿を消してしまった。妖怪ポストによって彼女の弟・星郎から連絡を受けた鬼太郎は早速ミラーハウスを調査する。なんと姿を奪われたユメコがいた！これは鏡妖怪の仕業であると考えた目玉の親父は、ネコ娘を囮に妖怪・鏡じじいを誘き出すことに成功する。しかし鏡だらけのミラーハウスでは鏡じじい相手に勝ち目はない。鬼太郎は『合わせ鏡の術』により鏡に封印され、バラバラになってしまった！

「その現代人とやらにも、死の恐怖を味あわせてやる！」（ネコ仙人） 鬼太郎の所に傷だらけのねずみ男が助けを求めにやって来た。遠足に行ったユメコたちが、猫塚村で多数の猫に襲われているというのだ。急行した鬼太郎は化け猫に連れ去られたユメコと猫娘を助けるため洞窟に入り、猫を操っていたネコ仙人と出会う。今回の騒動は何者かに奪われた、ネコ仙人の命を封じ込めた宝の玉を取りかえすためのものだった。だがその所在は全くわからない。怒ったネコ仙人は、魂をユメコに乗り移らせてしまった！

「困るんですよ仕事の邪魔をしちゃ…死んでもらいます」（ぬらりひょん） 町で次々に起こるビル崩壊事件。それは自分の経営する建築会社に利益を与えるため、妖怪・ぬらりひょんが仕組んだものだった。手下の妖怪・朱の盤のみならず、大金をチラつかせてねずみ男も利用してビルを爆破する。しかし最大の障害である鬼太郎に、ついにその悪事がバレてしまった。そこでねずみ男を使って鬼太郎を誘い出し、二人もろともコンクリートで埋めてしまう。だが固まった鬼太郎に触った時、妙なアザが残ってしまい…

「どうして人間はあんなにダイヤを欲しがるんだろうね？」（鬼太郎） ダイヤモンドの売買で儲ける横田商事に金の匂いをかぎつけたねずみ男は、横田社長の後を追いかけ怪しい洞窟に入ると、ダイヤモンドの山を見つける。なぜか採掘場を見つけられながらも協力を申し出る横田。だがそこへ現われた鬼太郎はここが妖怪・輪入道の住み家であることを伝え、一刻も早く逃げるよう警告する。しかし欲にかられて聞く耳を持たないねずみ男。そこへ鬼太郎の危惧どおり、人間をダイヤに変える輪入道が現われた！

「このまま乗ってけば、あの世に行ってしまうぜ！！」（黒川） ある晩のこと。サラリーマンの黒川と後輩の吉永は酔った勢いでラーメン屋台に入り、隣にいた鬼太郎とねずみ男にからんで「妖怪なんているわけがない」とのたまった。反論する鬼太郎を容赦なく殴りつけ、そしてその後いい気分で終電へと乗り込む二人。しばらくすると、なんだか他の乗客の様子がおかしいことに気付く。途中の駅で降りようとしても降りられない。この電車は鬼太郎が車掌を務める、地獄行きの幽霊電車だったのだ…！

「今まで大目に見てきたが、人間はすぐつけあがる！」（磯女の赤ん坊） とある浜辺の村で妖怪・磯女が現われ、村の子供をさらう事件が発生した。その話を聞いた鬼太郎は事件を解決するために村へ向かうと、村役場で村長の腰巾着になっているねずみ男と出会う。そして村長が浜辺を埋め立て、一大レジャー観光地にしようと企んでいる事を知る。磯女は住処を奪われることを怒って暴れていたのだ。鬼太郎は磯女と話しあおうと浜辺に出るのだが、怒りに我を忘れた磯女は、話し合う間もなく襲い掛かってきた！

「かまわん！ワシにその4階を貸してくれ！」（だるま） 不吉な数字である『4』を嫌って3階の上を5階と呼ぶアパートの管理人の前に、無いはずの4階を貸してくれと妖怪・だるまが現れた。気持ち悪がる管理人に札束を握らせ、4階に妖怪相談所を作ってしまうだるま。確かに3階の上にあり、5階の下にある。しかし次々と訪れる妖怪たちを怖がって、住人たちは引っ越してしまう。事件を知った鬼太郎がアパートに駆けつけるが、なぜかだるまがいる4階にたどり着くことができない…！

「雪の降りしきる寒い日の決闘はどうだ…？」（鬼太郎） いじめられっ子の新一は、子供達が見つけた壷の中の妙な液体を飲まされてしまう。以来、新一は夜な夜な家を抜け出すようになってしまった。両親から依頼されて夜中に新一の後をつけていたねずみ男は、鬼太郎から新一が水虎に操られている事を知らされる。鬼太郎はなんとか新一の身体から水虎を追い出す事に成功するが、水虎の本体は液体なので捕まえられない。再び新一にとりついてしまう水虎。壷に封印しなければならないのだが…

「大妖怪ビビビのねずみ男様と、あ～いざ尋常に勝負！」（ねずみ男） ユメコのクラスに特別講師として現われた響ワタル。彼が奏でる美しい音楽は、聞く者の心をとりこにする。一方まったく同時期に、妖怪音楽で人の魂を奪う事件が起こった。響が怪しいと考えた鬼太郎は待ち伏せて犯行現場を押さえる。すべて響の弱い心につけこんだ妖怪・夜叉の仕業だったのだ。鬼太郎は夜叉と対決するが、耳栓を飛ばされ魂を奪われてしまう。この窮地を救うのは、音痴であるため妖怪音楽が効かないねずみ男だった！？

「お前の娘が16になったら、ワシの嫁にくれないかね？」（白山坊） 最近父親の様子がおかしいと鬼太郎に相談した春子。砂かけばばあが占ってみると、15年前に事業に失敗し自殺を図った春子の両親の前に妖怪・白山坊が現れ、16歳になった春子を嫁にする条件で事業を成功させていたことを知る。その事実に悲しむ春子を救うため、鬼太郎はネコ娘を花嫁の身代わりにして白山坊と対決しようとする。白山坊の代わりにいたねずみ男から場所を聞きだす鬼太郎。だが実は、それが白山坊の罠だったのだ…！

「俺っちに力があれば、追い出してやるのに…」（ざしきわらし） 東北のある村に、貧しいながらも誠実に生きている老夫婦がいた。そこを住処に決める妖怪・ざしきわらし。一生懸命に生きているのに全然暮らしが楽にならないことを不思議に思ったざしきわらしは、この家に貧乏神が居座っていることを知る。とある大雪の晩、帰ってきたおじいさんが売り物の笠をかわいそうだからお地蔵様にあげたことを聞いたざしきわらし。彼は感動し、貧乏神を追い出し老夫婦を救おうと鬼太郎たちに助けを求めた。

「くさいけどなぜか懐かしい！ひょっとして…兄さん？」（偽ねずみ男） 正月を楽しむ鬼太郎たちの所に「ねずみ男が子供のお年玉を奪って逮捕された」との連絡が届く。さっそくねずみ男を問いただしに行くと、事件は自分のニセモノがやっているという。その言葉を疑いながらも鬼太郎がおとりになって町を歩くと、なんと本当にねずみ男のニセモノが罠にかかった。男が繰りだした妖怪・おりたたみ入道を絶妙のチームワークで退治する鬼太郎たち。観念した男はなんと「自分はねずみ男の弟だ」と告白した…！

「人魚の子はいらんかねー、刺身にしたらおいしいよー…」（偽鬼太郎） 工場から出る公害によって汚染される町で、ねずみ男は人魚の子供を売っている鬼太郎を見る。その姿を憂いながらもねずみ男が海で釣りを始めると、そこへ子供をさらわれた人魚の父親が襲ってきた。現われた鬼太郎に危機を救われるが、人魚のことで問い詰めるねずみ男。身に覚えがない鬼太郎は自分のニセモノが現われたと考え、ねずみ男に協力させ罠をはる。だがニセモノは用意周到に待ち構えており、逆に鬼太郎を捕らえてしまった！

「我々3人で、世界中の人間を凍らせてやるのさ！」（雪男） 大雪山で人間が凍りつくという事件が続発し、現場・北海道へと向かった鬼太郎。一方、調査する鬼太郎を横目にスキーで遊んでいたねずみ男の前に一人の少女が現れる。実はその少女こそ、事件を起こした妖怪・雪ん子だったのだ。ねずみ男は凍り漬けにされてしまう。鬼太郎は雪ん子の後を追いかけて彼女の住処へと乗り込むが、そこにはなんと雪男と雪女までもが待ち受けていた！善戦むなしく、鬼太郎も凍りつかされてしまうのだが…

「か、顔が…オレの顔が！おい、返してくれよ！」（ねずみ男） 人間の顔が消えるという奇怪な事件が続発し、困った村は鬼太郎に助けてもらうために手紙を出した。しかしその手紙をねずみ男が盗み、自分が金儲けしようとその村へやって来てしまう。ねずみ男はこの事件の犯人がおとなしい妖怪・のっぺらぼうの仕業だと知り、簡単にだませると思ったからだ。夜中の墓場で待ち伏せし、のっぺらぼうを見つけるねずみ男。しかしのっぺらぼうに悪事を働かせていたのは、あのぬらりひょんだったのだ…！

「ワシはお前さんを魂に戻してあげたのじゃよ…」（毛羽毛現） 化石を探しに入った森で迷った鬼太郎とユメコは過去に滅んだはずの恐竜を目撃した。なんとか森を抜けた二人は、友達が消えて泣いている少女キクと出会う。そこへ巨大なニワトリに乗って現われたねずみ男。鬼太郎はねずみ男が事件に関わっていると思い後を追うと、太古の風景を思わせる場所へとたどり着く。そこで魂を抜かれ化石になった子供たちを見つける鬼太郎。そして一瞬の不意をつかれてユメコも化石となってしまった！

「みなの者、手出しはするな。下がっておれ…」（天狐） 地下鉄の工事現場に謎の美女が現れ、作業員たちが姿を消した。それは地下にある狐たちの聖地・地底王国の狐の仕業だった。狐一族の統率者である妖怪・天狐は、工事を人間の侵略と考え作業員を人質に工事の中止を要求するが、人間たちはその存在を信じない。人間に代わって狐たちと交渉するべく地底王国へと向かった鬼太郎。地底王国にたどり着いた鬼太郎の前に現れた天狐は、1対1の戦いによってこの問題を解決しようと提案する！

「夢をつむげ、お前の命で夢の世界を輝かせるのだ！」（まくらがえし） 夜中に忽然と姿を消したユメコ。知らせを聞いて駆けつけた鬼太郎はこの事件が夢の世界の番人・まくらがえしの仕業だとつきとめる。虹の架け橋を渡って夢の世界に乗り込んだ鬼太郎はユメコを救出し、まくらがえしの香炉を使って夢の世界から脱出した。そして香炉を奪い返しに来るであろうまくらがえしにユメコをあきらめさせるため、鬼太郎は妖怪証文を用意して待ち構える。だが、まくらがえしは眠り砂でみんなを眠らせてしまった…

「三百年の間嫁さん捜してた、半魚人と知ると皆逃げてった」（半魚人） ねずみ男の所に半魚人が恋の相談にやって来た。長年人間の女性に憧れてきた半魚人は、偶然見かけた海女のあかねに一目ぼれしたのだった。半魚人の持つ海の宝に目がくらんだねずみ男は会社社長と偽って、半魚人とあかねを見合いさせる。その妙な雰囲気を不審に思ったあかねから話を聞いた鬼太郎は半魚人と対決するが、仲間の化けイカに襲われ巨大真珠にされてしまった。あかねは鬼太郎を救うため、半魚人との結婚を承諾してしまう！

「加賀の国中に聞えた大妖怪あまめはぎの顔が立たん！」（あまめはぎ） テレビ局から頼まれて妖怪を探すことになったねずみ男は、山で眠っていた妖怪・あまめはぎを見つけてしまう。ねずみ男から鬼太郎の話を聞いたあまめはぎは『負けた者は勝った者の言う事を聞く』という妖怪の掟を賭けたコマ合戦を鬼太郎に挑んできた。鬼太郎は目玉親父をコマにして勝負に勝ち、あまめはぎに山へ帰るように命令する。だがあまめはぎは納得できず、ねずみ男を操って妖術の使えないキノコ谷へと鬼太郎をおびき寄せた！

「お前のやろうとした事は全てやる前にわかっちまうのよ！」（天邪鬼） 最近の若者の行動に憤りを感じる老人・源次は、ある日奇妙な夢を見る。その夢に従って行動すると、なんと妖怪・天邪鬼の封印が解けてしまった。源次とねずみ男をそそのかし、町の至る所で若者に悪さを働く天邪鬼。その行動を止めようと鬼太郎が立ち塞がるが、相手の心を読める天邪鬼に手も足も出ず敗れてしまう。あやうく燻製にされるところを仲間たちに救出されるが、このままでは行動を読んでしまう天邪鬼相手に勝ち目はない…！

「ワシを地上に落とした、人間どもに復讐じゃ！！」（かみなり） 雨山博士は雷から電気を吸収する機械の実験中、偶然に電気妖怪・かみなりのエネルギーを吸収してしまった。エネルギーを失って弱ったかみなりはねずみ男の入れ知恵で送電線から電気を吸収すると、雨山博士に復讐するべく研究所を襲う。連絡を受けて駆けつけた鬼太郎は戦いに入るが、なんとかみなりは実験機と融合して巨大化してしまった。一人では到底勝ち目のない鬼太郎は雨山博士の科学力を借りて、再びこの強敵に挑みかかる！

「親たちが嘆き悲しんでいるのがお前にはわからないのか！」（鬼太郎） 山奥でうぶめ石とうぶめの羽を見つけたねずみ男。しかし帰りに空腹で忍び込んだ屋敷の主・村山に捕まり、食い物につられ妖怪・うぶめを呼び出してしまう。うぶめには逃げられてしまったが、商売になると思った村山から「経営者にしてやる」と言われうぶめを捜すことにしたねずみ男。一方、病院を襲って次々赤ん坊を誘拐するうぶめ。現場にかけつけた鬼太郎は、赤ん坊だけでなくなぜかねずみ男も連れ去られた事に疑問を感じる…。

「ユメコちゃんにぶるぶるを食べさせちまったんじゃ！」（目玉の親父） ユメコにいいところを見せようと天童一家を温泉旅行に招待したねずみ男は、旅館をキレイにしようと旅館内の古い物を片っ端から燃やしてしまう。だがその中に妖怪・ぶるぶるを封印した絵があったのだ。解放されたぶるぶるは人間に憑依して次々と事故を起こすが、星郎に呼ばれた鬼太郎によって木に貼り付けられてしまう。だがねずみ男はそれをキノコだと勘違いし、ユメコに食べさせてしまった！このままではユメコが凍ってしまう…！

「プレイボール！！」（審判・マンモス男） 少年野球日本一になったラッキーズの四番打者・万年は打率十割という驚異的な数字を誇るバッター。その万年のもとに鬼太郎が現われた。実は万年の持つバットこそ福の神が妖怪チームに送った『どんな球でも打つことのできるバット』だったのだ。バットを返さないという万年に対し、鬼太郎は妖怪チームとのバットを賭けた試合を申し込む。かくして人間の少年野球チームと妖怪チームのナイターは、墓場をグラウンドにして始まった！

「世の中の妖怪エネルギーは、みんなワシのもんだ！」（ふくろさげ） オサムとアキラというコソ泥から妖怪文字で書かれた地図を見せられ、宝の地図だと喜ぶねずみ男。だが地図に示された場所にいたのは妖怪エネルギーを吸収する妖怪・ふくろさげだった。解放されたふくろさげはオサムとアキラを従えて東京へ向かい、銀行強盗を働くなど好き放題に暴れる。さらに次々と妖怪を襲い、エネルギーを吸収してより強くなってしまった。この難敵に対抗するため、鬼太郎は地獄にいるエンマ大王の下へと向かう！

「田を返せ～！田を返せ～！！」（泥田坊） 雨の日になると怪物に襲われる、新幹線のトンネル。この事件を調査するため鬼太郎が雨の日に現場へ張り込んでいると、巨大な妖怪・泥田坊が現れた。開発によってこの近くの田が全てなくなったことに対し、怒り暴れていたのだった。説得に耳も貸さずに暴れる泥田坊をやむなく退治する鬼太郎。事件は一件落着に思われた。だが水があれば再生できる泥田坊は、雨の日に再び現われる。しかも今度は数十体もの大群になっていたのだった！

「世界で初めての、妖怪の描いた漫画ってのはどうです？」（ねずみ男） ダイヤを探して採掘場跡に入ったねずみ男は、そこで壁画を描いている妖怪・ひでり神と出会う。彼の壁画を漫画として売り込もうと、ねずみ男は週刊誌編集部に持ち込むが、編集者・森田にダメ出しされてしまった。そこで方針変更、森田を人質に編集部から金を要求しようとする。報せを受けて森田を助けに向かう鬼太郎だが、熱を吸収して巨大化するひでり神に思わぬ苦戦を強いられる。そこで妖怪・野づちの力を借りることにした…。

「立派な妖怪になれるかどうかはお前達の努力ひとつ…」（見上げ入道） ある日、イタズラ好きな少年・俊夫が妖怪・見上げ入道に誘拐された。見上げ入道は動物などを妖怪に育成する妖怪学校を開いており、俊夫の悪ガキぶりに妖怪になれる素質を感じたのだ。事情を聞いた鬼太郎は妖怪学校へ向かうが、見上げ入道は「新入生徒が来た」と勘違いし、鬼太郎を学校に招き入れる。授業中に見上げ入道を挑発し、小さくさせた隙に一斉に逃げ出す鬼太郎たち。だが見上げ入道は瞬時に大きくなり、襲いかかってきた！

「なんかこのかわうそのヤツ、他人とは思えねえんだよ…」（ねずみ男） 鬼太郎はユメコの誘いで若杉先生の故郷に呼ばれ、手作業で田植えをするなどノンビリした気分を味わっていた。一方仲間はずれにされて怒ったねずみ男は、近くのオベベ沼で自分と似た境遇を持つ妖怪・かわうそと出会う。互いの辛い身の上話から意気投合して友達になった二人は、協力して水路を壊し田んぼをメチャクチャにしてしまった。怒った鬼太郎はかわうそを退治しようとするが、ねずみ男はかわうそを許してほしいと必死に頼む…

「鬼太郎さん…ユメコは鬼太郎さんを信じています…」（ユメコ） 人間に見られてはならない妖怪パーティーの現場に人間を手引きした罪で、鬼太郎が妖怪警察に捕まった。無実だから大丈夫だと余裕の鬼太郎だったが、これこそ裏で糸を引く妖怪・百々爺の罠だったのだ。裁判の結果、鬼太郎は五百年間封印の重刑となってしまう。隙を見て鬼太郎は逃げ出すが、代わりに目玉の親父が捕まってしまった。そして全ては妖怪の頂点に立とうと考えた百々爺の企みだと知り、鬼太郎ファミリーの逆襲が始まる！

「体に回った毒を取り除く物としても大切にされた木じゃ」（閻魔大王） 突如、埋立地にあるゴミ捨て場から巨大化した妖怪・あかなめが現われた。人間が捨てたゴミからできた未知の物質によって理性を失い、大暴れするあかなめ。鬼太郎は説得しようとしたが、有無を言わさずあかなめに飲み込まれてしまう。エンマ大王から「毒を浄化するには『豊の木の種』を植え付ければいい」と聞き、必死に種を捜す目玉親父たち。しかし、種は「あかなめを倒して有名人になろう」と考えたねずみ男に奪われてしまった！

「ワシをばけ猫といったな…そのばけ猫に誰がした！！」（ばけ猫） 父が交通事故にあって以来、まるでネコのようになってしまったと嘆く少年・健二。彼に頼まれた鬼太郎が事件現場である国道0号線を調査するとそこへ不審な車が現われ、捕まえようとするが煙のように消えてしまった。それがばけ猫の幻覚だと知った鬼太郎は蛍光塗料を使ってばけ猫の姿を確かめ、ばけ猫の住処である妖しい空間へとたどり着く。なんとそこは交通事故で殺されて人間を恨む猫の怨念が、大量に集まった場所だったのだ…。

「いい子ちゃんね…私と温泉でも入ってゆっくりお話しましょう」（骨女） 千年ぶりに復活した妖怪・赤舌。その手下の妖怪・骨女は口のうまいねずみ男を強引に仲間に引き入れ、心の疲れた人間たちを集めさせた。人間たちは赤舌に水分を吸収され、理想郷『千年王国』の柱にされてしまう。さらに邪魔な鬼太郎を始末するべく、赤舌は仲間の妖怪たちを追い詰めた家を丸ごと飲み込み、一網打尽にしてしまった。妖怪たちは水分を吸われて動けないが、唯一子泣きじじいだけが、自らを石に変えて難を逃れていた…！

「ばかやろう！釜が怖くて白まんまが食えるかってんだ！」（ねずみ男） 何者かの罠にかかり、妖力の源である髪の毛を奇妙な釜に奪われてしまった鬼太郎。ねずみ男に協力を求めて釜のおびき出しに成功するが、妖力を奪われた鬼太郎では歯が立たず、ねずみ男まで釜に吸い込まれてしまう。砂かけばばあの妖怪玉で一連の犯人が妖怪・かまなりだと突き止めた鬼太郎は、これ以上仲間を犠牲にできないとたった一人でかまなりに挑もうとする。だがこの鬼太郎の危機を知って、仲間の妖怪たちが助けにやって来た！

「息子はお前が動き回っていることにビビッている…」（おどろおどろ） 町で誘拐事件が続発する中、鬼太郎宛に事件に手を出すなという脅迫状が届く。妖怪は関わっていないと思っていたが、不審に感じた鬼太郎は事件を調べてみることにする。ユメコを囮にすると誘拐犯が現れるが、妖気は全く感じない。しかし誘拐犯の逃げ込んだ洋館には尋常ではない妖気が立ち込めていた。洋館へのりこむ鬼太郎の前に現れたのは、妖気に取り憑かれて妖怪・おどろおどろとなった誘拐犯の父親の変わり果てた姿だった！

「そうはいくか！俺は被害者なんだ、人間に復讐したる！」（土ころび） 電気が供給されているはずの山奥の村で、停電の日が続く。祖母がこの事件をタタリだと騒ぐため、村娘の君子は鬼太郎に手紙を書いた。だが鬼太郎がいくら調べてもタタリらしい痕跡はない。そこへ電気を売りに現われたねずみ男。あまりのタイミングのよさを疑った鬼太郎が後をつけると、ねずみ男が妖怪：土ころびを騙して電気を止めていたことが判明する。説得する鬼太郎だが、土ころびは電気を吸って巨大化し、戦いを仕掛けてきた！

「お前達４人はあの釜で煮られ、おいしいスープになるのです」（美女） 夜の繁華街に現われた和服の美女によって、３人もの男が連れ去られた。話を聞いたねずみ男は自分が解決しようと事件に挑むが、美女に魅入られて同じ末路をたどる。砂かけばばあにより消えた４人が地獄にいるとわかり、地獄列車で地獄へと向かう鬼太郎たち。地獄の先に着いた鬼太郎たちは行方不明の４人を見つける。そして閻魔大王しか持てない『万有自在玉』を使って地獄の鬼をも従えるあの和服の美女もいた！この美女の正体とは…。

「さあとっておき、鬼太郎の親父の缶詰でございますよ」（骨女） ねずみ男の前に骨女が再び現れた！彼女が今回従う妖怪：大首は富士山を噴火させて東京を死の町と化し、死んだ人間の霊魂を吸収しようというのだ。強引に仲間にされたねずみ男は邪魔となる鬼太郎を殺すため、オナラを巨大缶詰に詰めて鬼太郎たちの目の前で爆発させた。なんとか生きのびた鬼太郎たちはねずみ男の後をつけ、アジトの霊魂缶詰工場へ突入する。だがガイコツの大群に苦戦し、おまけに目玉の親父が缶詰にされてしまった！

「二百年間たまりにたまった怨み…人間共に思い知らせてやる」（邪魅） ガマが淵で泳ぐねずみ男の前に、言葉を話すカエルが現れた。報酬につられ言われた通り封印石を動かすねずみ男。するとカエルは妖怪：邪魅へと姿を変え、反対にねずみ男はカエルになってしまう。この石は動かした者をカエルに変えてしまうのだ。元に戻りたいがため、鬼太郎を騙すねずみ男。さらに鬼太郎を救うため目玉親父がカエルに…。そこで鬼太郎は元凶である邪魅に戦いを挑むが、彼の吐く息を浴びたため、体を操られてしまう！

「牛鬼を退治することはできんのじゃ…」（子泣きじじい） 立入禁止の場所へ釣りにやって来たねずみ男は、そこへ現われた妖怪：牛鬼に飲み込まれてしまう。その報せを聞いて駆けつけた鬼太郎はねずみ男を救って、牛鬼を退治する。すると牛鬼の死体は数日前に行方不明となった村人へと姿を変えていく。そしてそこから抜け出た気体が鬼太郎に取り憑いた。牛鬼の本体はこの気体であり、倒したものに取り憑いて永久に滅びることはないのだった。そして今度は、鬼太郎が牛鬼へと変身してしまう！

「この歌は『闇夜に気をつけろ』なんて歌じゃねえはずだ」（ねずみ男） 歌謡大賞の最有力候補となったビンボーブラザーズのヒット曲「闇夜に気をつけろ」。実はこの曲は河童一族に伝わる歌を真似した物だったのだ。勝手に歌われたことを怒った妖怪：さら小僧は他のメンバーを拉致し、二度と歌わないように脅迫する。しかしそれを拒むリーダーのタケシ。彼は足の不自由な娘に「頑張れば何でもできる」という言葉を証明するため、歌謡大賞を受賞したかったのだ。鬼太郎は河童の隠れ里へと向かうのだが…

「死神、もう許せない！…ぜったいに、ぜったいに許せない！！」（鬼太郎） 天涯孤独の身である事を淋しく思うねずみ男の前に、死神が現れた。「お前は私の息子だ」という死神をすっかり信用したねずみ男は、鬼太郎を倒してこの世を支配するという彼の計画に協力する。まず目玉の親父を騙して宇宙に打ち上げ、次に鬼太郎の元へ母親の偽者を送り込んだ。だが毒を盛られて苦しむ鬼太郎を見て息子の姿を重ねたニセ母は、自分を犠牲にして鬼太郎を助ける。偽者とはいえ母を殺され、鬼太郎の怒りは頂点に達した！

「ホテルをぜひ譲って頂きたい…たった今、タダで」（ぬらりひょん） ねずみ男が珍しく正当な商売として始めた妖怪ホテルが繁盛する。妖怪花を愛するホテルのオーナーも大喜び。しかしこの盛況ぶりに目をつけたぬらりひょんが、社長とねずみ男を拉致して社長に化け、ホテルを自分のものにしてしまった。そして妖怪花の住む近隣の土地も、遊技場に変えようとする。社長の豹変に困った妖怪花に助けを求められホテルへと向かう鬼太郎。だがそこへぬらりひょんに雇われた妖怪：あしまがりが立ち塞がった！

「アメリカの妖怪の奴らにきっと一泡吹かせてやる…」（こうもり猫） アメリカの妖怪大統領選挙に敗れ、国外追放になった妖怪：こうもり猫。彼は妖怪：葬頭河婆の知恵を借り、老人化する気体が入った玉手箱を使って報復しようと考えた。一方その頃鬼太郎は老博士から玉手箱の処理を頼まれたが、こうもり猫の催眠術によって玉手箱を奪われ、みんな老人にされてしまった。元の姿に戻るために、なんとかあの世までこうもり猫を追いかけるが、老いた身体では調子が悪く、逆に窮地に追いつめられてしまう！

「人間どもを全て木に変えてやる。地上を征服するのだ！」（のびあがり） 人間が赤い木に変わるという事件が起きた山奥の村。事件解決の為にやって来た鬼太郎達の前に、自然を壊す人間に種を植え付け吸血木に変える張本人、妖怪：のびあがりが現われた。のびあがりは邪魔な鬼太郎を始末するため、ねずみ男を利用して吸血木の種を植え付ける。鬼太郎は自分が木になりきる前になんとかのびあがりを倒そうとするが、力尽きて吸血木になってしまった。そこへ鬼太郎の木を切ろうとねずみ男のチェンソーが迫る！

「恋の勝利者になれるかどうかに、命を賭けているんです！」（鬼太郎） 妖怪：いやみが百年間の眠りから目覚め、活動を再開した。いやみによって楽しい気分を吸われた町では、次々に人々はやる気をなくしてしまう。鬼太郎にもその影響が出てきて、あわてていやみを捜しに行かせる目玉の親父。一方、いやみからイロ気をもらって快楽の境地にあるねずみ男は、嫌がるユメコと強引に結婚しようとする。そこに駆けつけた鬼太郎だが、いやみのイロ気にやられてしまい、ねずみ男と共にユメコに結婚を迫る始末…

「ウシャシャ！なんか服の中に入ったぞ！」（ねずみ男） ユメコの伯父・伊集院のいる別荘へと来た鬼太郎。そこで伊集院の婚約者のルリ子を紹介され、夜中に妖怪みたいなものが出没することを相談される。それくらいならと、ねずみ男と事件に挑む目玉の親父だが、現われた謎の小物体を逃がしてしまった。すると翌朝、なんとルリ子が死体で発見される。駆けつけた刑事のいいかげんな推理で、犯人に仕立て上げられ逮捕される鬼太郎。その後、なぜか死んだはずのルリ子がみんなの前に現れた！

「私達は海座頭様に魂を奪われて舟幽霊にさせられたのです」（舟幽霊） 船が次々に沈むという怪事件の解決を頼まれ、瀬戸内海へと来た鬼太郎。ちょうど沈んだ財宝を捜しているねずみ男がいたため、強引に協力させることにした。すると突然巨大鮫と船幽霊が襲ってきて、あわれねずみ男は船幽霊に沈められてしまう。鬼太郎は一時撤退し、準備を整えてから再度戦いを挑んだ。仲間の助けもあって、巨大鮫を退治し船幽霊も全員取り押さえる鬼太郎だが、船幽霊は妖怪：海座頭によって魂を抜かれた人間だった！

「お前ごときにやられるベアード様ではないわ！」（バックベアード） 優勝した妖怪が、負けた国の全ての妖怪を支配できるというルールを持つ『世界妖怪ラリー』。これを利用して妖怪の頂点に立とうとしたぬらりひょんだったが、手違いから弱小妖怪でなく、各国の強豪妖怪たちを呼んでしまう。恐れをなして逃げ出したぬらりひょんの代わりに、日本代表として出場することになった鬼太郎。ついにレースは開始されたが、自分たちの支配権がかかっているため、展開はスタート直後から大荒れになっていく…

「花子さんは純情だね…それはねずみ男に騙されたんですよ」（鬼太郎） 怪しい男から招き猫型貯金箱をもらったため、妖怪仲間に売りつけるねずみ男。その一人である花の妖精：花子はお金の代わりに花びらを貯めようとするが、貯金箱は怒って逃げてしまった。鬼太郎に相談すると、鬼太郎の家で妖怪たちから締め上げられているねずみ男に引き合わされる。招き猫にお金を入れた途端、姿を消したのだというのだ。無実を主張するも全く信用されないねずみ男。しかし、花子だけはねずみ男の言葉を信じていた…

「許せない！私の命よりも皿の方が大事なんて…うらめしい！」（町子） 夜になると屋敷に現われる幽霊。それが主人の大事な皿を割ってクビになり、その直後交通事故で亡くなった町子という女性だと聞いた鬼太郎は、彼女の魂を救おうと事件解決に乗り出した。その夜、町子の霊を説得しようとする鬼太郎だが、なぜかこの霊体には実体がある。不審に思い、翌日墓を調べてみるとなんと町子の遺体は消えていた。今回の事件は町子ではなく、未練を残した者の身体を奪う妖怪：モウリョウの仕業だったのである！

「フハハハ…ジャパンの妖怪の技は、こんなものか」（ベリアル） 江戸時代に日本征服をもくろみカラス天狗一族に魔力を封印された悪魔ベリアル。だが封印の玉が破壊され再び魔力を取り戻してしまった。ベリアルはカラス天狗の長老を封印した後、妖怪の全てを記す「悪魔の書」を奪うため妖怪図書館へと向かう。これを知った鬼太郎たちはベリアルを足止めする者、悪魔の書を捜す者の二手に分れる。だが強力なベリアルに次々と倒される仲間たち。鬼太郎は弱点がわからぬまま、この強敵に立ち向かう！

「鬼太郎！ねずみ男をお前の手で死刑にしろ！！」（閻魔大王） 年寄りから大金を騙し取り、豪邸を建てて贅沢な暮らしをするねずみ男。その悪事の報告を受けた閻魔大王は、鬼太郎にねずみ男の死刑執行を命じた。さすがに友達を殺せないと悩む鬼太郎。それを見たユメコと猫娘は鬼太郎の気持ちを察し、仲間の妖怪たちと一緒にねずみ男を懲らしめる。騙した金はすべて持ち主に返すと約束するねずみ男。だが一件落着とはいかず、閻魔大王の命令を実行しなかった鬼太郎には相応の罪が待っていた…

「すみやかに政権を、我々、狸一族に明け渡せ！」（刑部狸） 人間たちの観光開発によって、封印されていた八百八狸一族が自由を取り戻してしまった。都心に突如現われた月のような飛行物体。不意を突かれた鬼太郎は捕らえられ、日本国首相と共に八百八狸のボス：刑部狸の洞窟へ連行された。２体の強大な妖怪獣を持つ刑部狸に対し、従うフリをしてこの場をしのごうと考える鬼太郎。30時間の猶予をもらった鬼太郎は洞窟に再び封印を施したが、刑部狸のかけた呪いによって苦しみ始めてしまう！

「俺だってな、狸野郎にこき使われるのだけはまっぴらだ」（ねずみ男） ついに八百八狸によって征服されてしまった日本政府。この状況を打開すべく妖怪獣：大ナマズを封印しようと富士山に向かう鬼太郎たち。だがその行く手を妖怪獣・蛟竜が立ち塞がった。鬼太郎はこの強敵を倒すため、胃液となって蛟竜ごと溶けるという捨て身の技によりかろうじて勝利する。そして再生粉末によってなんとか命を繋いだ鬼太郎は、仲間たちに八百八狸の封印を頼むと、満身創痍のまま国連軍と戦う大ナマズの元へと急いだ！

「キミみたいな優しい子を人間にしておくのは惜しい」（朱の盤） ユメコが妖怪にさらわれたという報告と、脅迫状を受け取った鬼太郎。約束の場所には妖怪城がそびえ、ぬらりひょんが現われて鬼太郎を挑発する。鬼太郎は城へ乗り込むが、城と同化して集団で次々と襲いかかる妖怪：目目連に苦戦の連続、石にされてしまう。だが目玉の親父の力によって幽霊となり、なんとか脱出には成功した。一方、さらってきたユメコの優しい心に惹かれていく朱の盤は、命に背いて二人で妖怪城を脱出しようとする…。

「あの美人、どっかで会ったような気がするんじゃが…」（目玉の親父） 縁日で花を売る美人に心惹かれるねずみ男。しかし女性は“緑色の三角屋根の花屋”にしか花を売らないという。ウソをついてサボテンを買うねずみ男だが、その日を境に忽然と姿を消してしまう。後日、再び縁日で花を売る女性。ユメコの友達カオリが花を欲しがった。しかも彼女の家は“緑色の三角屋根の花屋”だという。それを聞いた女性はねずみ男と同じサボテンを彼女に渡す。そして翌日からカオリの姿も消えてしまった…

「一歩誤れば、破壊の大魔神ともなると言われちょるとよ」（一反木綿） 全国各地で巨大な目や鼻が出現したことを聞いて妖怪：ダイダラボッチの復活を危惧した目玉の親父は、鬼太郎を調査に向かわせる。だがねずみ男によって谷底に突き落とされる鬼太郎。この事件はダイダラボッチによって大地を昔のように豊かにしようと考えるダイダラボッチ教の仕業だったのだ。そして頭脳以外を復活させたダイダラボッチだが、当初の予定と違ってなぜか暴れまわる。実はこの計画を利用しようとする者がいたのだった！

「幻の汽車は、時間を過去に戻す妖力列車じゃ！」（閻魔大王） ねずみ男を騙し、主人である吸血鬼ピーを甦らせたモンロー。あわれねずみ男も血を吸われ吸血鬼になってしまう。そのねずみ男によって村中の人間を吸血鬼にされた少年から話を聞いた鬼太郎はその村へと向かう。妖怪鐘の力で吸血鬼たちの動きを封じたもののピーには効き目がなく、油断した鬼太郎は鐘で蒸し焼きにされ、その後吸血鬼に変えられてしまった！鬼太郎を救うべく、目玉の親父は閻魔大王に会うため地獄へと向かうのだが…

「今ん鬼太郎どんはおかしか…妖怪病院に連れてくバイ！」（一反木綿） 妖怪：火車に奪われた母の遺体を取り返してほしいと幸吉少年から頼まれた鬼太郎は、目玉の親父の制止も聞かず一人で火車に挑む。しばらくして鬼太郎が遺体を取り戻してきたが、なぜか報酬として大金を奪い去っていった。その後「鬼太郎が暴力団の親分になった」と聞き目玉の親父が確かめに行くと、容赦ない仕打ちを受けてしまう。疑問に思った砂かけばばあが妖怪玉で調べると、火車と鬼太郎の魂が入れ替わっていることが判明した！

「人や車を、かたっぱしから呑み込んでおるぞ！」（目玉の親父） 治療した腕が勝手に動くことに苦しみ、腕を切り落とそうとする少年を止めた鬼太郎。妖気を感じた鬼太郎が治療を施した医師の所に行くと、悪魔：ブエルが正体を現した。ブエルは絶望した人間たちを悪魔に変え、自分の軍団を作ろうとしたのだ。圧倒的な数の悪魔軍団に苦戦する鬼太郎は、妖怪：ヤカンズルの助けを借りて悪魔を一気に吸い込んでもらう。だが物があふれた現代社会では判断がつかず、ヤカンズルは暴走を始めてしまった！

「近頃の人間は恐ろしい…妖怪よりワル知恵が働く…」（穴ぐら入道） 妖怪を捕まえて見世物にしようと考える会社社長は、ミナコら社員を派遣して冷たく暗い場所が好きな妖怪：穴ぐら入道を冷蔵庫に閉じ込めてテレビ局に連れてきた。しかし照明の明るさに驚いた穴ぐら入道は逃げ出し、地下鉄の線路へと潜ってしまう。警官隊が出動する大騒ぎの中、穴ぐら入道の優しさを知るミナコは連れてきた責任を感じて鬼太郎と共にその後を追う。そして穴ぐら入道をかばう為、銃撃の中へ飛び込んでいってしまった！

「生きたまま地獄へ流されたんだ、百目に騙されたんだよ」（鬼太郎） 脱獄した凶悪犯の足取りが途絶えるという事件が多発し、犯人は妖怪かもしれないと考えた警察から鬼太郎に捜査依頼が来た。そこで鬼太郎は老人に変装して刑務所に潜入する。ほどなく熊虎という男が脱獄に成功するが、手錠で繋がっていた鬼太郎と行動を共にすることになる。逃亡中に鬼太郎に助けられて彼を信用した熊虎は、警察の手の届かない場所があると言って百目神社へと連れていく。そこに今回の黒幕である妖怪：百目が現れた！

「く～っ！せっかくもらったキムチがメチャクチャだ～！」（ねずみ男） 鬼太郎のもとに韓国から年老いた顔を持つトラジという少年が訪ねてきた。聞けばトラジの村ではアリラン様と呼ばれる妖怪に村の人間が若さを吸い取られ困っているという。鬼太郎は事件解決のため韓国へと向かうが、魔除けの巨大像が襲ってきたり、姿の見えない巨人によって村を滅茶苦茶にされる等、正体不明の敵に対して苦戦を強いられる。さらに一瞬の隙を突かれて、アリランの魔力により鬼太郎までが若さを吸い取られてしまった！

「あの血液を僕一人のモノにする為にはどうしたら…そうだ！」（山田） ニューギニアの奥地で絶滅したはずの大海獣：ゼオクロノドンが発見された。そこで大学の教授を中心とした調査団が現地に派遣され、その中には鬼太郎の姿もあった。しかし大海獣によって調査団は山田と鬼太郎を残して全滅。鬼太郎は教授から採取した大海獣の血液を託されていたが、山田をかばって毒蛇に咬まれ、重体の身となってしまう。その時、研究成果を自分の手柄にしようと企む山田は鬼太郎を殺そうと大海獣の血液を注射した…！

「鬼太郎！言葉が話せないんだったら、うなずいてみせて！」（ネコ娘） 大海獣の姿になって日本へと帰ってきた鬼太郎。しかし言葉が通じないため、誰一人自分が鬼太郎だと判ってもらえず、途方にくれていた。だが暴れずにおとなしくしている大海獣を見て、目玉の親父はもしかしたら鬼太郎では…？と考え始める。そこで仲間の妖怪の手を借りてもう一度大海獣に会い、鬼太郎であることを確認した目玉の親父。だが鬼太郎であることが世間に知られるのを恐れた山田は、鬼太郎に興奮剤を撃ちこみ暴れさせた！

「風子ちゃんは、オイラと世界中を旅するんだ！」（風の又三郎） 幼い少女・風子を連れ去り道路建設を中止させようとする妖怪：風の又三郎。しかし風子は自然を愛する少女で、なんと又三郎の行動を支持し意気投合してしまう。一方、風子の両親は鬼太郎に助けを求めていた。鬼太郎との戦いで深手を受けた又三郎は、工事中止を諦めて次の目的地へと向かおうとする。それを聞いた風子は又三郎と一緒に行きたいと告げた。だがそこに現われた鬼太郎から、どれだけ両親が心配しているかを聞かされる…。

「ちょっとＨでロリコンだけど…悪い妖怪さんじゃないの」（ユメコ） 鏡の中に閉じ込められていた一人の少女：クモコ。救い出された彼女は、犯人は鏡じじいだと告げる。その話を信じた鬼太郎は鏡じじいを封印してしまうが、強引な展開に疑問を感じるユメコ。その後クモコの家へと招待された鬼太郎たちは、鏡の世界に閉じ込められてしまう。実はクモコの正体は妖怪：うんがい鏡で、自分の弱点を知る鏡じじいを始末するため鬼太郎を利用したのだ。この危機を救ったのはなんと鏡じじいを信じたユメコだった！

「夢で見たのと、同じ樹だわ…」（華子） 華子のアパートに一夜に咲き乱れた花。それは本体の木がある限り咲き続ける妖花だった。この妖花の目的を探るべく本体の木がある場所へと向かう鬼太郎たちと華子。長い船旅の末、赤道近くの島で本体の木を発見する一同。すると華子の耳に「この木の下を掘れ」という声が聞こえてくる。言われた通り掘ってみると、そこには日本兵の骸骨と遺品が眠っていた。そこへ鬼太郎たちを墓荒らしと思い込んだ妖怪：がしゃどくろが襲ってきた！

「うわあああああ！あたしの髪が～～！！（泣）」（ネコ娘） 寂れた島で、突如島民の髪が一本もなくなってしまう事件が起こった。それはこの島を守ってきた「髪様」が、最近お供え物もなく、自分を忘れてしまった島民への怒りの表れだった。そして神主の妖怪：毛目玉が、村にいるただ一人の子供・花子を生け贄として要求した。この事態を知って駆けつける鬼太郎と猫娘だったが、ねずみ男のせいでさらに事態は悪化し、島民全ての髪の毛が奪われる。そして猫娘の髪の毛も犠牲になってしまった…

「沖縄の平和は、この大妖怪シーサー様が守るんだ！！」（シーサー） 巨大な鎧武者集団の横暴に困った妖怪：キジムナーが鬼太郎に助けを求めた。そこで鬼太郎は沖縄へと向かうと、代々沖縄を守ってきた一族の末裔：シーサーが現れ、鬼太郎に勝負を挑む。だが圧倒的な実力差で敗れたシーサーは、鬼太郎を先生と呼び慕い始める。村に到着し、キジムナーたちに自衛のための知恵を教える鬼太郎。それを羨ましそうに見つめるシーサーに、話をつける代わりとして沖縄の観光案内をさせるねずみ男だったが…

「さあ、お前も竹人間におなり！」（万年竹の精） 鬼太郎に弟子入りしようと沖縄から出てきたシーサー。偶然竹林でねずみ男と出会うが、ねずみ男は竹人間に襲われ竹人間にされる。シーサーから話を聞いた鬼太郎が現場に向かうと、竹林付近の工事現場の人々から竹林のオーナーまで竹人間にされていた。これは妖怪：万年竹の仕業だと考えた鬼太郎は、万年竹のいる場所へとお手伝いさんに案内してもらう。だがそこには罠があり、砂かけ婆と子泣き爺までも竹人間に変えられてしまった！

「小豆の神様なんて、聞いたことがないのう？」（目玉の親父） 人間の建てたダムのせいで、畑が枯れて困り果てる妖怪：小豆ばばあ、小豆はかり、小豆あらいの小豆連合軍。しかも小豆の神様から収穫を差し出すように迫られてしまう。そこでねずみ男を使って無料で小豆料理を配り、それを食べた人間の栄養を使って小豆を育てることを思いつく。しかしこの悪事も鬼太郎の知るところとなり、早々に反省することとなる。そして連合軍の話を聞いた目玉の親父は、小豆の神様の存在に疑問を感じていた…

「反物…石…いろんな危機にあったが今度のが最低じゃな」（砂かけ婆） 一人の若者のバチ当たりな行いに怒った島神様は人喰い島へと変わり、島民に若い娘の生け贄を要求してきた。この事件を知った鬼太郎は島に向かうが、人喰い島を調べている最中に胃袋へと迷い込み、その胃液で溶かされてしまう。ウンコとなってかろうじて脱出した鬼太郎は、砂かけばばあの治療で再生することに成功する。しかし鬼太郎の敗北を聞いた島民はあきらめて、島神様との約束通り生け贄に奉げるため人喰い島に向かっていた！

「不老長寿の水の在処を知った者は、生かしてはおけんのだ！」（手の目） 立入禁止の山で誤って封印の扉を開けてしまった少年・六助。そのため一緒にいた伯父が殺されてしまう。知らせを受けた鬼太郎が駆けつけると、村はすでに餓鬼たちに襲われていた。餓鬼を追い払った鬼太郎は、連れ去られた村民を救うべく山へと向かうが、妖怪：手の目の金縛り光線によって仲間と共に囚われてしまう。手の目は餓鬼と共に人間に封印されていたことを怨み、村民の始末が終わったら里へ降りて人間を襲うことを宣言する！

「野づち、お前が妖怪戦車の大砲だとはな～ムフフフフ！」（一反木綿） 宝探しの途中に氷付けの原始人を発見したねずみ男。だがそれは妖怪：山男だった。文明を嫌う山男は町を耕し、マンモスフラワーの種をまく。やがて芽吹いたマンモスフラワーの胞子を吸い込んだ人間は服を脱ぎ、原始の時代へと帰化してしまう。急激な変化は人間の反感を呼んで良くないと説得する鬼太郎だったが、山男は言うことを聞かない。そこで鬼太郎はマンモスフラワーをなんとかするため、妖怪発明家の夜行さんの元へ向かった！

「こいつう、ニセモノだあ」（呼子）「こいつう、本物だあ」（偽呼子） 山へ行ったユメコのクラスメイトが妖怪：呼子にさらわれたという。だが、当の呼子はゲゲゲの森を一歩も出ておらず、鬼太郎は呼子とユメコを連れて事件のあった山へと向かった。そこに現れたニセ呼子を退治した鬼太郎。だが彼の持っていたダイヤモンドを不用意に触ってしまい、ダイヤの中へ吸い込まれてしまった！たどり着いたのは妖怪：やまたのおろちが支配する異次元世界で、ニセ呼子は生け贄を用意するために働かされていたのだ…。

「プロレスの技で、タンクを押さえ込まなければ…！」（鬼太郎） 実力はあるのに気が弱くて勝てない女子プロレスラー・タンク松竹。しかし妖怪：吹消婆によって運命を変えられた彼女は、凶暴な性格と化してリングで暴れまわる。止めようとした鬼太郎も人間相手に妖力を使えず、敗れてしまった。これに気をよくした吹消婆は、タンクを操り銀行強盗を働かせようと考える。鬼太郎はそれを止めるために勝者の命令を絶対守らねばならない妖怪挑戦状を叩きつけ、打倒タンクのため地獄で特訓を開始した！

「こんな格好じゃ恥ずかしくて、明日から学校に行けないわ」（ユメコ） ねずみ男が始めた見世物小屋。そこには様々な動物の顔をしたタコがいた。疑問に思った鬼太郎がタコたちに話を聞くと、妖怪：手長足長によってこんな姿にされたという。そこで海辺へ向かい、手長足長に戦いを挑んだ鬼太郎だったが、その長いリーチのコンビ攻撃の前に敗れてしまう。さらに仲間たちもタコにされてしまった。そこで鬼太郎は手長足長を封印するための要石を手に入れるが、タコで商売を続けたいねずみ男が妨害をしかけ…。

「鬼太郎の能力も、全てオレが吸い取ってやる！」（串刺し入道） 動物を標本にすることでその能力を得ることができる妖怪：串刺し入道。だが次第に動物だけでは満足できなくなり、人間の能力をも吸収しようとねずみ男に命じて子供を誘拐させてきた。子供の逃がした虫からの知らせを聞き、現場へ駆けつけた鬼太郎だったが、様々な動物の力を自在に操る串刺し入道に捕らえられてしまう。これに気をよくした串刺し入道は、妖怪の能力も吸収しようとねずみ男も捕らえ、鬼太郎を標本にしてしまった…！

「雨降り小僧…二人で宝を山分けにしようぜ…」（内田） 正しい心を持つ人間が永遠に生きる理想郷・ユートピア。その財宝をわが物にしようと考古学者・内田は強引に侵入をはたす。そして自由に出入りするためユートピアの番人である妖怪：雨降り小僧を手なずけ、門を開けることができる少女・カルメンを生け贄として要求させた。この異変をカルメンの妹から知らされた鬼太郎は生け贄の儀式を止めさせようとするが、雨降り小僧によってカルメンと共にユートピアへ引きずり込まれてしまう…。

「安っぽい同情や慰めが、いつも人を救うとは限らん」（エンマ大王） ビルの屋上から身を投げて意識不明の重体になってしまった少女・花子。彼女は全国大会二連覇を果たすほどのマラソン選手だったが、今期は不調で予選敗退、そのため生きる希望を失ったのだという。そして生死の境をさ迷う花子は地獄へたどり着き、エンマ大王から過酷な地獄一周マラソンへの参加を命じられた。実はこのレースこそ、残された家族の悲しみを憂いた目玉親父が、花子に生きる希望を取り戻させるために仕組んだ作戦だった！

「あぁ、もうやってらんないよ、人間なんて止めたいよなぁ」（星郎） テストの成績が悪いと母に怒られた星郎は学校のない妖怪の生活に憧れる。たまたま人間の生活に憧れるカッパの三吉と出会い、お互いの生活が入れ替わればいいと思っていると、そこに妖怪：たくろう火が現れた。たくろう火はカッパたちへの土産に徳利を持っていくことを条件に、星郎と三吉の体を入れ替える。互いに新しい環境を楽しむ２人だったが、カッパ天国を乗っ取ろうと徳利の中からたくろう火が出現！辺りは一気に火の海に…。

「鬼太郎をやっつけろ！今までの恨みを晴らすんだ！」（ぬらりひょん） 鬼太郎のゲタを盗んで夢の世界に侵入し、妖怪香炉を奪って人間達に悪夢を見せるぬらりひょん。鬼太郎は夜行さんの発明：くじら飛行船に乗って夢の世界に向かうが、妖怪香炉から飛び出した怪光線で撃墜され、捕われの身になってしまう。ユメコにお酌させようとするぬらりひょんたちの隙をついて、脱出に成功する鬼太郎たち。だが、ぬらりひょんによって鬼太郎に恨みを持つ妖怪たちが香炉の力を使い、実体化して一気に襲ってきた！

「ボクが攻撃するということは、ユミさんを倒すことに…」（鬼太郎） 屋敷に忍び込んだコソ泥が封印の札を剥がしてしまったため、封印されていた妖怪：獅子頭が動き出してしまう。獅子頭は屋敷の娘・ユミを取り込むと、先祖に封印された怨みをユミの身体を使って悪事を働くことで晴らすという。翌日、獅子頭が銀行強盗を働いたことを知って現地に向かった鬼太郎は、ユミの祖父から詳細を聞かされた。しかし獅子頭を止めようにも身体はユミのものであるため迂闊な攻撃はできない。どうする、鬼太郎…!?

「ここらで一つ、鬼太郎をギャフンと言わせてみるか」（タロー） ユメコが拾ってきた野良犬タロー。このタローに不思議な超能力があることを気付いた鬼太郎は、危険な存在だと考えて強引に戦いを挑んだ。だが鬼太郎の妖力でさえタローには一切通用しない。そして鬼太郎の危機に集まった仲間たちの前で、タローはその正体：チベットの仙人へと姿を変えた。仙人はこの場を収めるために、自分の弟子との勝負を鬼太郎に挑む。しかし妖力が一切効かないこの強敵を相手に、鬼太郎に勝ち目はあるのか？

「ね、教えてほしいの、この森の外にも世界はあるの？」（モモコ） うっかり足を滑らせ木の子たちの住む森へと入ってしまうねずみ男。木の子たちに怪まれて捕まるが、その中に一人の人間の少女を見つける。その少女：モモコは５年前に行方不明になったユメコの友達だった。一方、ねずみ男を探しにユメコと一緒に森へ入った鬼太郎は、モモコを連れて行かれたくない木の子に戦いを挑まれる。だが自分たちでは鬼太郎にとても敵わないため、彼らは森に封印された悪党妖怪：山天狗を開放してしまった…！

「あの急ぎ足…不幸のかたまりだわ…」（ニクス） 西洋にある妖精の国。そこに住む妖精：ニクスに女王様が一つの試練を与えた。それは日本で時間に追われて働く可哀想な人間を百人解放することだった。さっそく人間のストレスを『青い涙』に変えていくニクス。しかしストレスのなくなった人間は働かなくなり、一日中遊ぶようになってしまう。鬼太郎は混乱を収めるためにニクスを説得するが、その途中で『青い涙』を入れた小瓶が割れてしまい、ストレスの集合体になって暴れ始めた！

「わしらは誰とも手を組まん！わしらが信じる神は一つ」（ヒ一族・父） 妖怪の天敵であるヒ一族が現れ、妖怪たちを次々にぬいぐるみに変えていく。彼らを利用しようと近づいたぬらりひょんですら、問答無用とぬいぐるみにされる。そして仲間を救うため、ついに鬼太郎までもが犠牲になってしまった！残された目玉の親父はヒ一族を操る存在を倒すため、妖怪決死隊を組織するがみんな怖がってわずかな人数しか集まらない…。だが覚悟を決める親父の元に、なんとぬらりひょん配下の悪党妖怪が助けに現れた！

「ウハッ、俺はなんて女運が悪いんだよォー！」（ねずみ男） ねずみ男の前にまたもや現われた骨女。今度は人喰い家を住処にする妖怪：家鳴に従っており、人喰い家の餌となる人間集めを依頼する。ねずみ男はお金につられ、渋々悪事を手伝うことになる。最初は一戸建てぐらいだった人喰い家も人間を食べて成長し、すぐにペンションほどのサイズになった。そのため報せを受けて行方不明者を探す鬼太郎も気付かない。その後も人を食べて成長し、とうとうマンションの大きさにまで育ってしまった！

「私達は妖怪も人間も超えた、限りなく神に近い存在だわ！」（ハチャ） 月に打ち上げられた無人探査機に平穏な時間を奪われたと怒る妖怪：赤頭は、たまたま探査機に潜り込んでいた妖怪：かぶそに知恵の実を与え地球に送り返した。彼らを目撃した話を聞いて急いで駆けつけた鬼太郎は、かぶその進歩に驚くものの夜も近いことから詳しい調査は明日に持ち越してしまう。だが一夜明けた翌日、鬼太郎が目にしたのは巨大な要塞のような建物を作り、ねずみ男とユメコを人質にして帝国を築いたかぶそたちだった！

「奴の炎は太陽のコロナと同じ、すごい高熱なんじゃ！」（目玉の親父） 今、世間は妖怪ブーム。妖怪：ぬけ首は自分も人気者になっていると思い子供たちに聞くが、まったくの無名と知って怒りだす。メラメラと熱くなった頭部だけが飛んで鬼太郎のもとへ抗議に行くが、鬼太郎がわかる訳もなく今度は出版社に向かった。怒りで頭がすさまじい熱を放ち、頭を冷やす為の胴体を捜す鬼太郎たち。しかし胴体はＴＶ局に売り込むためねずみ男が持ち去っていた。頭は熱気、胴体は冷気が増し続け、町は大変なことに！

「バカなことを、子供達を助けているのは私の方なのさ」（ケラケラ女） 「ストレスで笑わなくなった子供に笑顔を取り戻す」という触れ込みで商売を始めるねずみ男。そこに行った子供たちは本人そっくりの妖怪：ヘンラヘラヘラと入れ替わっていた。調査を始めた鬼太郎はヘンラたちの後をつけ、本物の子供たちがいる異次元：笑いの世界へと侵入する。だが鬼太郎のいう事をきかず、家に帰ろうとしない子供たち。そこへ首謀者の妖怪：ケラケラ女が現れ「自分は子供達が笑える世界にしたいだけだ」と語った…。

「鬼太郎の弱点は人間、特に子供を信じきっていることだ」（ドラキュラ） ドラキュラに診断された結果、復活するには恐山にあるスーパー血液を手に入れなくてはならないと聞き、活動を始めた妖怪樹。子供たちを脅して鬼太郎にシビレ薬を飲ました隙に、妖怪樹の手下：南海吸血一族に恐山を襲わせる。改心した子供たちによって逃げ出す鬼太郎だったが、吸血綿に襲われミイラにされてしまった。一方、恐山ではなんとか南海吸血一族を退けることに成功したが、ドラキュラに隙を突かれスーパー血液を奪われる。

「あの二人は夫婦らしい…いや、間違いあるまい！」（目玉の親父） 食べ物を載せた皿が宙を飛んで消えてしまう事件が起こった。その皿の後を追った鬼太郎は井戸へとたどり着き、事件の張本人である妖怪：皿数えを見つける。なんとか話し合いをしようとする鬼太郎だったが、皿数えは理由も説明せず戦いを仕掛け、あわれ鬼太郎たちは皿へと姿を変えられてしまう。そこへ井戸から妖怪：大入道が現れた。実は皿数えは力を失った大入道に食料となる皿を与えるため、人間たちから皿を盗んでいたのだった！

「村人たちめ、金儲けのために祭を利用しやがって！！」（水精翁） ユメコは訪れた田舎の村で少年・友彦と出会う。友彦は海で亡くなった両親が妖怪：猛霊はっさんに姿を変えて村のお祭りに現れることを切に願っていた。だが大人たちの堕落した神祭りを見て絶望した友彦は、立入禁止の島へ向かい行方不明となる。話を聞いた鬼太郎が島に向かうと、そこには人間の死体をローラーで猛霊はっさんへと変える妖怪：水精翁がいた。水精翁は祭りを汚した人間たちに罰を与えるべく、村に向けて津波を起こす！

「履物のあの世が、成仏できない霊で一杯になったのさ」（化けぞうり） タダシ少年は親に新しい靴を買ってもらうため、自分の靴と居候のハルコの大事なトゥシューズを捨ててしまう。捨てられた靴たちは動きだし、闇の中へと消えていった。翌日、町で巨大化した靴が暴れるという事件が起きる。駆けつけた鬼太郎だが、靴を一足だけしか捕らえられなかった。そこでこの一足を囮に待ち構えていると、鬼太郎の前に妖怪：化けぞうりが現れる。化けぞうりの目的は使える靴を捨てる人間に復讐することだった…。

「妖怪と…人間は……敵！死ね！！…敵…敵！！」（鬼巫女） 半魚人と女王人魚の結婚式を祝福する鬼太郎ファミリー。だがそこへ女王人魚を狙った八百比丘尼の配下・鬼道衆が襲ってきた。なんとか一度は撃退したが、次の襲撃の際に現れた強力な霊力の持ち主：鬼巫女によって鬼太郎の魂は絵馬に封印され、女王人魚は連れ去られてしまう。その後、ねずみ男の活躍によって封印を解かれて復活、再び立ち塞がった鬼巫女と対峙する鬼太郎だが、なんと鬼巫女の正体はユメコ！はたして戦えるのか…？

「一ヶ所で長生きしている猫はその家の守り神になるんじゃ」（目玉親父） 時は江戸時代。絹問屋の山形屋で働く人間が３人も殺された。目明しのねずみ男は手柄を立てようと下手人を探すが、そこへ旅の虚無僧が現れ「犯人はこの家で長年飼われている猫のお玉だ」と断言する。山形屋の娘・お夢はとても信じられない。その後、幾つもの難事件を解決している少年：鬼太郎と出会うお夢。鬼太郎は遺体の傷跡が猫ではないことから、虚無僧が怪しいと目星をつけた。その晩、虚無僧に命じられた妖怪が山形屋を襲う！

「アハハッハ…日本の妖怪なんてわけないわ！」（ジニヤー） アラビアの魔王の娘：ジニヤーが日本にやって来た。目的は身体を壊した父の治療をさせるため、進んだ医療技術を持つ日本の妖怪医者をアラビアに連れて帰ることだった。日本の不良学生を従えて、恐山の妖怪病院を襲うジニヤー。魔法によって姿をねずみに変えられ一時不利になった鬼太郎だが、砂かけ婆によって元に戻り、反撃を開始する。ジニヤーをようやく追い詰めるが、そこへ娘：ジニヤーを追ってきたアラビアの魔王が現れた！

「紅子はオレが守る！……紅子嫌がってる！！」（ぬりかべ） 三年前に妖怪に誘拐された娘・仙子を探してほしいと女性から頼まれた鬼太郎。一方、ぬりかべは雪山で遭難していた幼い少女・紅子を助ける。紅子は一時的に目が見えなかったため、ぬりかべを祖父だと思い頼っていた。可愛い紅子の姿に少しずつ情を寄せるぬりかべ。しかしそこへ鬼太郎たちが現れ、紅子を連れ去られた仙子だと言って連れて行こうとする。祖父の名を呼び泣き叫ぶ紅子を助けるため、ぬりかべは鬼太郎に戦いを挑む！

「いきなりみんなをポカスカ…ひどいのなんのって…」（シーサー） ユメコの母から恩師が経営する旅館の経営を助けて欲しいと頼まれる鬼太郎。そこで『妖怪と遊べる旅館』をセールスポイントにしようと仲間の妖怪に協力を求めた。だがこれを知ったぬらりひょんは鬼太郎の信用を失墜させるべく、ねずみ男を騙し『妖怪狩りツアー』と称してガラの悪い暴力団を客にさせる。ボコボコにされた妖怪達から苦情を聞いた鬼太郎はぬらりひょんの陰謀だと突きとめたが、まず暴力団を懲らしめようと作戦を立てるが…。

「お前たちにメンコの面白さをたっぷり教えてやる！」（メンコ天狗） 子供たちの行方不明事件を調べる鬼太郎の前に妖怪：めんこ天狗が現れた。めんこ天狗は子供とメンコをするのが大好きな妖怪だが、最近の子供はゲームばかりでメンコをバカにするので、メンコの面白さを教えるためにさらったというのだ。子供を救うため、戦いを挑む鬼太郎だったが妖力によってメンコそのものにされてしまう。しかし隙を見て脱出した鬼太郎はネコ娘に協力してもらい、今度はメンコ勝負でめんこ天狗に戦いを挑んだ。

「人間に味方する奴は、みんなカビだらけさ！」（豆腐小僧） 人間たちの自然破壊に怒った妖怪：とうふ小僧は、食べると全身カビだらけになる豆腐を配って食べさせた。駆除してもたちまち再生するこのカビを殺菌するため、妖怪：天井なめの胃液をうすめたスプレーを作って人間たちを助ける鬼太郎。これを快く思わないとうふ小僧が鬼太郎に戦いを挑むが、敵うはずもなく敗北する。そして山神から事情を聞いた鬼太郎は、事件の後もなお自然破壊を止めない人間たちを反省させようと一計を案じた…。

「どこまで成長するんだ！！手の打ちようがない！！」（鬼太郎） 銭湯でボヤ騒ぎの後、金品が盗まれるという事件が続発する。犯人が煙状の妖怪：えんらえんらだと知った鬼太郎は住んでいたという炭焼小屋へと向かう。そしてそこにいた子泣き爺から「炭焼小屋の老人が死んでしまい、えんらえんらは煙を求めてどこかへと消えた」と知らされる。さらに都会の煙は毒に侵されており、長く吸っていると凶暴になるというのだ。一方危惧したとおり、えんらえんらはねずみ男の言うことを聞かず暴れていた！

「この地上に我々だけの妖怪王国を築くのだ！！」（ぬらりひょん） ぬらりひょんは自分を支持する悪党妖怪を集めて、今度こそ鬼太郎を抹殺する一大作戦を行うことを宣言した。ちょっとした隙から目玉親父を拉致された鬼太郎は手紙の指示に従い柳川の土手へと向かう。ねずみ男からその話を聞いた砂かけばばあはそれが『本所七不思議の刑』だと知り、鬼太郎を助けるべく仲間を集める。一方その頃鬼太郎は次々に襲い掛かる妖怪を退け、七不思議の最後である難所：足洗い屋敷へとたどり着いていた…。

「地獄じゃ…この石から地獄の風が吹いてきておる…」（油すまし） 古道具屋で買った『ねずみ男一族の秘法』という怪しい本を手がかりに枕石を見つけたねずみ男。さっそくユメコに使ってもらうと彼女の姿が消え、続いて使ったねずみ男も消えてしまった。この謎の石が地獄へと続いていると知り、ユメコたちを救うために石を使って地獄へ向かう鬼太郎。だが着いた場所は地獄と現世の中間にある、ねずみ男一族の村。そこで母と再会して幸せそうなねずみ男を見て、鬼太郎の胸に母への想いが甦ってきた…。

「地獄を支配されるお方が変わったんじゃ！！」（だつえばばあ） 駆けつけた砂かけ婆たちに助けられ、村を襲撃した首狩り三人衆をなんとか退けた鬼太郎。ユメコと現世に赤ん坊を残して死んでしまった花子を人間界に戻す方法を探すため、鬼太郎一行は賽の河原に向かうことにした。だが途中、三途の川に身を投げた子供を救おうと飛び込んだ鬼太郎を三途の川の番人・大蛇様が襲う。さらに河原に置いた鬼太郎の妖怪道具が盗まれてしまう。全てはぬらりひょんの命に従った妖怪：だつえ婆の罠であった！

「さすが鬼太郎…エンマ大王庁の弱点に気づいたか」（地獄童子） 鬼太郎一行はエンマ大王庁に到着したが、なんとすでにエンマ大王は何者かに操られていた。逃げ出す鬼太郎の前に地獄童子と名乗る少年が立ち塞がる。恐ろしい強さで鬼太郎と互角に戦う地獄童子。そして鬼太郎一行は捕らえられてしまう。その後、隙をみて一人牢屋から抜け出した鬼太郎は、地獄ゼミに導かれエンマ大王庁の背後にあるマグマを利用して脱出することを思いつく。だが行動を見抜いた地獄童子が鬼太郎を待ち構えていて…。

「うらやましいわ、地獄童子さんと幽子さん」（ユメコ） 洞窟を崩壊させて鬼太郎と仲間たちをバラバラに引き離し、さらに地獄童子にユメコを拉致させる作戦に出る妖怪：鉄鼠と五徳ネコ。ユメコを連れてきた地獄童子は鉄鼠たちに自分の恋人・幽子を返すよう要求するが、不意を突かれ崖下へと突き落とされる。そしてユメコを人質にされ、無抵抗のまま十字架に貼り付けにされる鬼太郎。だがこの危機を地獄童子が救った。深手を負った地獄童子を医師に見せた鬼太郎は、地獄童子の秘密を知る！

「地獄武者、お前が地獄軍団最後の砦だ…」（ぬらりひょん） 地獄旅を続ける鬼太郎一行だったが、人間であるユメコの体力の消耗は激しくついに倒れてしまう。その時針の山の先になぜか人間界が見える。急いで町の灯りへと向かうと、そこに待っていたのはユメコの家族…。不思議に思いながらも疲れた身体を休める一行だが、それもぬらりひょんの罠であった。家族はその正体である餓鬼へと姿を変え、鬼太郎たちを襲う。さらに妖怪科学を応用した鎧に身を包んだ強敵・地獄武者がその姿を現した！

「母さんは…ワシとの子を死ぬ間際に産んでおったのじゃ」（目玉親父） 地獄ゼミの導きで、ついに地獄の奥の院へとたどり着いた鬼太郎一行。だがその行く手を奥の院の番人・火男たちが立ち塞がる。やむなく後退する鬼太郎たちだったが、血の池地獄に追いつめられ逃げ場を失ってしまう。もうこれまでと観念した目玉親父は鬼太郎の母について語り始めた。だがそこへ血の池地獄から妖怪：ヌルリ坊が出現。その混乱によって仲間は散り散りになってしまう。そして一人になった鬼太郎はついに母と再会する！？

「地獄の底からずっとあなたのことを案じていました…」（鬼太郎の母） ぬらりひょんの持つ天叢雲剣（アメノムラクモノツルギ）の威力の前に倒れる鬼太郎。しかし地獄ゼミから聞こえる母の声に励まされ、仲間の妖力波を吸収した力で天叢雲剣を粉砕、ついにぬらりひょんを奈落の底へと突き落とした。これにより元に戻ったエンマ大王に教えられ、鬼太郎は地上へと続く道である胎内道へと向かう。そこで鬼太郎はようやく本物の母と再会することができた。だが、天叢雲剣の影響で地獄は不安定になっており…。