島に取り残されたままのダリウスたちは、ベンがいなくなってしまった悲しみを胸に、救出へのわずかな希望をかけてSOS信号を送ろうと考える。

物資の調達にでかけたダリウスとサミーは、難しい判断を迫られる。新しくツリーハウスを作り始める仲間たち。不思議なものを目にするブルックリン。

時々聞こえてくる奇妙な音について調べ始めるブルックリン、サミー、ヤスミナ。別の任務を担当するダリウスとケンジは、夢のような光景を目にする。

遠くにたき火を見つけ、大喜びのダリウスたちが出会ったのは、エコ・ツーリストの夫婦と無愛想なツアーガイド。でもこの3人、本当に信用できる...?

もう会えないと思っていた仲間が実は生きていた。その記憶を通して、驚くべき冒険と、ミッチ、ティフ、ハップの怪しい企みが明らかになる。

サミーとヤスミナを守りたいダリウスは、難しい決断を下す。一方残された仲間たちは、ハップが自分たちの味方か、それとも敵かを見極めようとする。

島の秘密をつきとめ、電力を戻すため協力するブルックリン、ベン、ケンジ、ヤスミナ。ダリウスは、ミッチとティフをT-レックスの縄張りへと案内する。

たとえ自分ひとりになったとしても、島の恐竜たちを守り切ろうと決心するダリウス。果たして運は、そんなダリウスに味方してくれるのか?!