ロボット超生命体が暮らす平和な星・クロノス。しかしそこに眠る不老不死のエネルギー・ハイリビードを狙い、ギャンドラーが侵略を開始した。クロノス星の住人たちは抵抗する術もなく、次々と虐殺されてしまう。

ギライの死を知って号泣するレイナを、ロムは精一杯の言葉で励まそうとする。その後、剣狼が導く道への旅を決意したロムは、レイナをジムに託してその場を去った。そして実は、彼以外にも仇討ちを決意した者が…。

平和なアチプス地方に、デビルサターンの魔の手が迫る。彼らはメタルラスターを渡すよう迫り、村人が拒めば次々と村を荒らしていった。ちょうどその頃、同じ村の近くにロッドドリルが立ち寄っていた。

砂漠のオアシスで休息を取るロム一行は、剣狼の導きによりサンスア村を目指すことにした。しかし村に到着した途端、なぜか村人が次々と襲い掛かってくる。幸い村の代表者・トマシィの介入で騒ぎは収まったのだが…。

クロノス星の北極を進むロム一行。実は彼らの行く手には、ディオンドラが氷の戦士・ザガムと共に待ち構えていた。ロムたちが洞窟で休憩しているところへディオンドラは攻撃を仕掛け、彼らを洞窟に閉じ込めてしまう。

グルジオスはロムたちへ送り込む次の刺客として、ミヅチを選出した。ミズチはかつて、クロノス星で悪事を尽くしていたコマンダーなのだが、キライに敗北して封印されたという因縁深い間柄だった。

レオ族が暮らす死の谷で、何者かの襲来が察知された。その正体はギャンドラーなのだが、見張り役はロムたちを敵と勘違いしてしまい、彼らを襲撃する。その結果、ロムは女戦士・ソフィアと勝負することになった。

孤島・エミューリーに暮らすムー族。彼らはかつて繁栄を極めたムー大陸を復活させるため、狼の紋章を引き上げようと企んでいる。そんな中、ロムたちはピラミッドの探索途中である壁画を目にした。

ロムたちは七色の砂漠・レインボーサンドに到着した。すると眼前に広がる青色の砂にロムが不審さを感じ、レイナが興味本位で砂に手を触れると、そこから巨大な怪魚が姿を現した。これはギャンドラーの仕業なのか？

グルジオスの連敗に苛立ちを隠せないガデス。そんな中、ディオンドラはロムを倒すことができる人物の存在を告げる。その人物の名はバグ・ニューマンといい、ロムと同じクロノス族の出身だった。

ジェットたちはドリルの生まれ故郷・ダコタを訪れた。この町はクロノス族が住むコナンの町に隣接しているのだが、ドリルが里帰りをしている間に、町を散策中のロムたちがクロノス族に捕らえられてしまう。

囚人護送用の潜水艦がギャンドラーによって破壊され、囚人96号が姿を消した。この事件は反射レーザー砲の威力を試すために起こしたものなのだが、レーザー砲を長時間稼働させるためには、ある宝石が必要らしい。

ルリィが師範を務めている拳法道場が、妖兵たちの襲撃を受けた。傭兵を指揮するグローバインの目的は、道場に刻まれた狼の紋章の謎を暴くことらしい。そこへロム一行が到着し、ならず者たちに制裁を加えた。

ジャングルを進むロム一行の前に、謎の刺客が襲来した。しかし刺客がまだ幼い姉弟だったことから、ロムは彼らを見逃すことにする。しかしこれはディオンドラの罠であり、ロムの優しさを利用したものだった。

ガルバ国とパメラ国は戦争状態に陥っており、ロムたちはその悲惨さを目の当たりにして心を痛めていた。すると彼らの前で突然、無人のはずの戦車が動き出し、車内から謎の女性が姿を現したのだが…。

クロノス星の平和を象徴する聖地・クロノスに、グルジオスがある罠を仕掛けた。一方のロムたちは罠に気付いていたため、敵を取り囲むことに成功する。恥をかかされたグルジオスは反撃の機会を狙う。

ディオンドラはモアイの町の長老であり、英雄でもあるパイロンならば、ハイリビードの謎を知っていると推測した。早速彼を捕らえようと出撃の準備を始めたところ、手柄を欲したグルシオスに阻まれてしまう。

第二の扉を抜けたロムを幻が襲った。子供の頃にキライとクロノス星へ向かった際、敵との攻撃に晒された恐怖を再度体感することになってしまったのだ。しかし当時、キライに教わった言葉がロムの脳裏に蘇る。

ロムとドリルは、デビルズアイランドの周回レースに参加することになった。数々のトラップによって参加者が次々と脱落する中、ドリルはバトル族の誇りを懸けて、そしてロムはある女性のために優勝を目指す！

植物に溢れた町・クリフトンで、レイナは何者かに襲われてしまい、人食い花が潜む洞窟に閉じ込められた。するとその洞窟でロック族の男・クレイと出会い、彼は何とかレイナを逃がすと、ある頼みごとを託した。

クリオの町で、人々が突然ロムたちに襲い掛かってきた。理由も分からないまま、止むを得ず応戦する彼らの前に、スクーターから変形した少女・サラが現れる。サラは「この町は呪われている」とロムに告げた。

相次ぐ戦いで人々の命が失われていく様を目にして、レイナは心身共に疲弊していた。そのためか、自分たちの戦いも殺し合いと変わらないのではないかと考え始めた彼女は、突如ロムの元から飛び出してしまう。

ガルディはベスビアンコの町で、狼の紋章が刻まれたペンダントを持つ少女・ファムを襲った。しかしそこへロムたちが現れ、少女を守ろうと交戦する。3対3の戦いの中、ガルディはなぜか地面に刺激を与えて撤退した。

ロムたちは要塞都市・エメラルドシティへ向かう避難民の護衛を担当していた。すると進路にある橋が、何者かによって破壊されていることに気付く。谷底の溶岩に警戒しつつ、ロムは単身、橋を架けようと行動に出た。

鏡の砦を守るランドコマンダーチームの5人は、自分たちを戦闘のプロだと豪語して自信満々の様子。そしてロムたちのことを、武道家という理由で少々見下しているようだ。この考え方がレイナとジムの怒りを買い…。

エメラルドシティのロムトロン製造所を巡り、マシンロボとギャンドラーとの戦いは激しさを増していた。ガルディはエメラルドシティが低地にあることに目を付け、堤防を破壊して町を水没させようと企む。

ジェット族とデビルサターンが交戦する中、ガルディは残酷にも、エメラルドシティの小学校へミサイルを発射した。避難のため生徒を誘導していたレイナは、逃げ遅れた子供を守ろうとしてミサイルの直撃を受ける。

エメラルドシティへ急ぐタフトレーラーたちは、ガルディの術を受けてしまい、自らのコンテナへ敵を侵入させてしまった。一方ロムたちは、ロムトロン精製所の自爆装置を作動させないよう、精製所の奪回を決意する。

クロノス星への総攻撃を決定したガデス。既にディオンドラたちが降下し、ロムたちが討伐に出向いていたが、空中から降るメタルサーチャーを前に、マシンロボは苦戦を強いられていた。そこでロムの取った作戦は…。

磁気嵐に巻き込またことで、レイナやドリルたちはロムとはぐれてしまった。プロトラックレーサーの先導の元、嵐からの脱出と合流を試みるものの、彼女たちの眼前には岩石超人軍団が待ち構えている。

戦いで重傷を負ったタフトレーラーの手術が行われる中、ロムたちは前線基地を建設し、ドリルにはブレーザーカノンが与えられることになった。一方、ディオンドラは強力な力を持つメドゥーサの剣を発見する。

徐々に近づくギャンドラーとの最終決戦に備え、ロムたちは同志を集めようとパーミリオンシティに足を運ぶ。そこで彼らは傷を負ったロック族の少年・マルスと出会い、治療のため病院へと運ぶのだが…。

クロノス星最大の町であるバッカスシティに、バリガールXが着陸した。ギャンドラーとの戦いで負傷者が続出する中、もしこの状況をギャンドラーに襲撃されればひとたまりもないと、レイナは警戒を強める。

緊急救難信号をキャッチし、ロム、ジェット、プロトラックレーサーはビッグシャトルで宇宙へと発進した。ところが突如襲いかかる隕石群によってシャトルは破壊され、ロムたちは宇宙へ投げ出されてしまう。

弾薬の輸送中、ロムとプロトラックレーサーは岩石超人に追われていたマグナロックを救助した。彼はマウントデビルへ逃れた岩石超人なのだが、宝石超人・ルビーマンからある願いを託されていた。

宝石超人の最後の1人・アンバーマンは、人と人との争いを何度も目にしたことで心を閉ざしてしまい、同族のダイヤマン、ルビーマンにも心を開かなくなっていた。ロムたちは彼を仲間に加えたいと考えるのだが…。

戦いが激化する中、ランドコマンダー5の搭乗員選抜テストが実施された。その結果、ミサイルタンク、シャトル、ポルシェ、ファイヤー、救急車ロボが抜擢されたのだが、彼らの前にディオンドラが迫りくる！

ロムたちの考案した奇襲作戦は、最強コマンダー・アシュラに筒抜けだった。その結果、彼らは退路を遮られ、ナットールガンで動きを封じられた揚げ句、脱出の際にスカイラインロボが命を落としてしまう。

ディオンドラは人工気象衛星・デノメナ1号を駆使し、バトルベースへ次々と落雷を起こしていた。この攻撃を遮るためには、反物質爆弾を駆使する必要があるのだが、重量や使用時間などデメリットが大きい武器なのだ。

ウガルークヒルで、ロムたちは狼の剣を発見した。しかしガルディたちが彼らを待ち伏せており、剣を巡ってバイカンフーとガルディの対決が始まる。さらにデビルサターン6も襲来し、バイカンフーは窮地に立たされた。

フェノメナ2号の暴発は、クロノス星の地磁気を乱した揚げ句、オゾン層を破壊。この影響でクロノス星は天変地異に陥り、星を救うにはハイリビードを発動させるしかない。ほかに手立てはないかと、ロムは苦悩する。

要塞に突入したロムとレイナは、秘宝奪回のため先を急ぐ。しかし突然進路を遮られた結果、レイナは複数の傭兵コマンダーと1人で戦うことになってしまう。一方地上では、天変地異とミサイル攻撃が続いていた。

とうとう全ての秘宝がガデスの手に渡ってしまった。ガデスの力で要塞の入口が防がれ、マシンロボたちは脱出すらできない。そんな中、バイカンフーとガルディはこれまでの戦いに決着をつけようとする。

4つの秘宝が1つになり、ガデスはハイリビードの力で若返りを開始した。レイナはガデスに、クロノス星を救ってほしいと頼むのだが、彼は自分に敵対する者がいる限り、クロノス星を滅ぼすのだと告げる。