大学の奨学金集めのため24時間テレビに出演したファンタスティック・フォー。4人は番組の中でファンタスティック・フォー誕生の秘密を話す。ある日科学者のリード・リチャーズは、不思議な物体が銀河系に突入してくるのを目撃する。リードは妻のスー、妻の弟のジョニー、友人のベンとともにその現象を解明するため宇宙に向けて飛び立つが、途中で事故に遭ってしまう。4人は何とか生き残るが、途中で浴びた宇宙光線のために体に変化が現れる。

テレビのチャリティー・ショーで紹介されたファンタスティック・フォーの冒険談の続き。特殊な粘土を使って人間そっくりの人形を作り、それを操作して世界支配をもくろむパペット・マスター。手始めに刑務所で暴動を起こそうと企てたパペット・マスターは、刑務所の所長ウォーデン・バトラーを洗脳し囚人たちを解放した上で、今度は囚人たちに命令してウォーデンを監禁する。

光速よりも速く移動する謎の物体が再び地球に接近してくるのに気づいたリードたち。外に出てみると空は炎で覆われ、巨大ないん石が宙に浮かんでいた。さっそく調査に向かう4人だったが、すぐに謎の炎といん石は実体のないホログラムであることがわかる。空にホログラムを描いたのは、ウオッチャーと名乗る不思議な巨人だった。ウオッチャーは、大昔から宇宙におけるすべての事象を見守ってきた古代種族の1人で、今回は人類に地球の危機を知らせるべくやってきたのだった。

シルバー・サーファーに案内され、生命エネルギーという糧を求めて地球にやってきたギャラクタス。地球を救おうとする超種族ウオッチャーの努力も空しく、ギャラクタスは地球から生命体のエネルギーを吸い上げるための巨大コンバータを組み立て始める。

スクラル星にあるスクラル帝国のアモック皇帝は、以前ファンタスティック・フォーに邪魔され地球征服に失敗していた。復讐を誓う皇帝はファンタスティック・フォーの能力すべてを兼ね備えた超人戦士スーパー・スクラルを開発し、絶対の自信を持って地球に送り出す。

テレフォン・ショッピングを通じて自分のアクション・ビデオの販売を始めたザ・シング。ザ・シングは通信販売会社のテレビCMに出て、懸命に自分のビデオを売り込む。ちょうどその頃、リードは実験室でコンピュータを使いブラックホールの観測を始めていた。

ロックフェラーセンターで行われたダンスパーティーに出席することになったファンタスティック・フォー。ザ・シングはアリシアを、ジョニーはミス・フォーブズの姪、メリンダをパートナーに選ぶ。メリンダが心配なミス・フォーブズもお目付け役としてパーティーに出席する。

ある夜、テレビの画像が実物になりテレビから飛び出してくるという奇妙な現象が起きる。その原因は膨大な量の生命元素エネルギーだと判断したリードたちはそのエネルギーが放たれている源を求めて宇宙に飛び出していく。同じ頃、シルバー・サーファーもその奇妙な現象に気づき、それがギャラクタスの仕業に違いないと思いリードたちを助けにやってくるが、リードたちはすでに出発したあとだった。

ある夜、バクスター・ビルの屋上にドクター・ドゥームの宇宙船が到着した。ドクター・ドゥームはロボットを使ってたくみにリードたちの注意を引き、その間にスーをさらう。スーを人質に取ったドクター・ドゥームはリードたち3人も宇宙船に乗せ、とある国の雪山の上にそびえ建つ自分の城に連れて行く。

地下牢から抜け出したリードたちは、城に続く迷路のあちこちに潜むロボットたちと戦っていた。一方スーは、リードたちが助けに来るまでの時間を稼ごうとしてドクター・ドゥームの気を引き、彼の少年時代の話を聞きだす。

スーを人質に取られたリードたちは、ドクター・ドゥームの命令通りタイムマシンに乗って古代ギリシャに出かける。そこで不思議なパワーを持つ「アルゴスの棺」を捜し出すというのがリードたちに与えられた使命だった。

公害の危険性を訴えるため、大学教授になりすまし人間社会にやってきた海底の王子ネイモア。ネイモアは自分の講演会に訪れたスーを一目見て恋に落ちる。海底王国アトランティスにはネイモアを慕う貴族の娘レディー・ドーマがいたが、ネイモアはスーのことを忘れることができない。ついにネイモアは、スーを誘拐し海底王国の王宮に閉じ込めてしまう。

ある日ファンタスティック・フォーのもとにクリントン大統領から連絡が入る。北大西洋に謎の生物が現れたらしいので内密に調査してもらいたいという依頼だった。だがこれは巧みに仕組まれたスクラル帝国による陰謀だった。

スーを誘拐してリード、ジョニー、ザ・シングを無人島におびき寄せたドクター・ドゥームは、4人を殺すために島に原子爆弾を仕掛ける。潜水艦に救出され、九死に一生を得た4人だったが、放射線の影響でファンタスティック・フォー特有のパワーを失ってしまう。リードは今敵に攻めてこられたら大変だと思い、パワーを取り戻すための装置「ニューロ・スティミュレータ」を作って必死に実験を続ける。

ある晩、ザ・シングはアリシアの家に向かう途中何者かに騙され、港の倉庫に連れ込まれてしまう。倉庫の中には、優れた発明家でありながら、その才能を悪事に利用しているウィザード、水に変身するハイドロマン、接着剤を噴射する装置を武器に持つトラップスター、長い髪を自由に操る謎の美女メド

メドゥーサを逃がしたことをリードたちに責められ、車でうちを飛び出したジョニー。ところが何と車の中にはジョニーが憧れるメドゥーサがいた。メドゥーサはピストルでジョニーを脅し、全速力で車を走らせるように命じる。常に誰かに尾行されていると感じていたメドゥーサは、見えない敵から身を守るためジョニーの車を利用したのだった。ところが、しばらくしてガソリンがなくなり、ジョニーたちは山の中で車を降りる。

インヒューマン族のリーダー、ブラック・ボルトを相手に苦戦するファンタスティック・フォー。しかし、ブラック・ボルトが彼のパワーの元である電子エネルギーを使い果たしたため、メドゥーサたちインヒューマン族は戦いをやめ、自分たちの祖国アティランに戻ることにする。クリスタルをあきらめきれないジョニーは彼女を追いかけ、インヒューマン族と共に異次元に消えてしまう。

ある日、未知の次元から謎の物質を取り出すことに成功したリード。そこに謎の物質を狙うサイコマンが現れる。サイコマンは恐怖ビームを使って潜在的な恐怖心を引き出し、人々を操っていた。サイコマンはリードになりすましてスーを誘拐し、スーを操って「憎しみの女王マリス」に変身させる。マリスはスーの声で電話をかけ、ザ・シングに謎の物質を持ってこさせ、ザ・シングを倒す。

ある日リードたちは地球に急接近してくる謎の物体を発見する。それは雷神ソーの魔法のハンマー「ムジョルニア」だった。「ムジョルニア」はリードの実験室に飛び込んでくる。それが雷神ソーからのSOS信号だと確信したリードたちは、ソーの元に引き返す「ムジョルニア」の後を追って宇宙に出て行く。

ある日、ファンタスティック・フォーの住むフォー・フリーダム・プラザに不審な宇宙船が訪れる。そのあとを追うリードたちは、宇宙船が出す電磁波に引き寄せられ、アフリカの奥地に連れて行かれる。そこは赤道直下の国、ワカンダ王国だった。ジャングルの中に近代的な科学基地を発見して驚くリードたち。

ある日、レストランでフランキーという魅力的な娘にサインを頼まれたジョニー。ところが、フランキーがジョニーの頬にキスをした直後にフランキーの体が炎に包まれる。実験室でフランキーを検査したリードは、その原因を突き止める。昔、フランキーは化学の研究をしていた父親の実験室にこっそり忍び込み、謝って人造人間を作るための薬品を浴びてしまっていた。

ある日、ニューヨークに謎の巨人ハルクが出現する。ハルクの正体は、ガンマ光線の研究者バナー博士で、バナー博士は興奮するとハルクに変身してしまうが、その秘密を知っているのは助手のリック・ジョーンズだけだった。実は今回、バナー博士はリードの手伝いをするためにニューヨークにやってきた。

スクラル人との戦いの最中に頭に重傷を負ってしまったスー。非常に難しい手術をしなければ命が危ないと担当医に宣告され、リードたちは途方にくれる。ところがそこに一人の年老いた医者が現れ、スーの手術を見事成功させる。その医者はなんとスーとジョニーの父親で優秀な外科医のドクター・ストームだった。

ある夜、ジョニーの所にクリスタルのペット、ロックジョーがやってくる。ジョニーはクリスタルに会えるかもしれないと思い、喜んでロックジョーについて行く。ちょうどその頃、どんなものにでも自由に体を変えられるおかしな宇宙人インポッシブルマンが地球にやってきた。

ファンタスティック・フォーの激務からしばしの間逃れ、休暇を取ることにしたリードとスーとザ・シング。3人は留守番のジョニーを残し、南太平洋のティブ島に向かう。ところが、ティブ島には大昔にクリー星人が基地の番人として地球に残していったロボットのセントリーがいた。

シルバー・サーファーをだまして再び宇宙パワーを手に入れたドクター・ドゥーム。ドゥームはシルバー・サーファーのサーフ・ボードに乗り、宇宙パワーを悪用して人々を恐怖に陥れる。今度こそ絶対に地球を支配すると心に誓ったドゥームは、最大の敵であるファンタスティック・フォーのメンバーを次々に襲う。