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各国に現れたヒーローにより、戦争が終結した世界。日本の平和を担うヒーロー“シャイ”は超絶恥ずかしがり屋の女の子だった。ある日、遊園地のヒーローショーにゲストとして呼ばれたシャイだったが、そこでジェットコースターの事故が起こり……！？

遊園地での事故で大ケガを負った惟子は、テルが通う学校に転校しクラスメイトとなる。無事に助けられなかったことに負い目を感じるテル。痛みに耐え気丈にふるまう惟子だったが、突如謎の少年が現れる……

事件から数日後、惟子とテルは2人で遊びに行くことに。テルにお礼がしたいと張り切る惟子と、慣れないことに最初は戸惑うテル。だんだんと打ち解けていく2人のもとに、スピリッツからヒーロー本部への招集がかかり、そこにはイギリスのヒーロー“スターダスト”も呼ばれていた。

熱・空気・力など「流れ」を操る能力を持つスターダストを前に、シャイはなすすべもなくやられてしまう。甘さゆえにヒーローに向かないことを看破されてしまうシャイだったが、惟子の応援を受けて徐々に自身の持つ力に目覚めていく。

スターダストとの戦いを終え日常生活に戻ったテルは、近所の文房具屋さんに久しぶりに訪れる。腰が痛くて山登りができないという店主に、テルは自分のケガを治してくれたスイスのヒーロー“レディ・ブラック”を紹介する。その後なぜか三人で山登りすることに……？

北極で事故の報せを受けて、シャイはスピリッツとともに現場に向かう。中国のヒーロー“ミェンロン”と合流し現地に急行する3人だったが、乗っていたヘリが墜とされてしまう。襲ったのはスティグマの組織“アマラリルク”の一人、氷を操る少女“ツィベタ”だった。

ツィベタを退けたシャイたちだったが、スピリッツは大ケガを負ってしまう。拠点に戻ったヒーローたちは、スティグマの狙いを探るため、指輪を通じてスティグマと心が繋がる経験をした惟子の話を聞く。一方スピリッツは、ツィベタが自身の幼少の頃の姿に似ていることが引っかかっていた。

ツィベタに関する情報を調べるため、シャイと共に故郷へ向かったスピリッツ。子供の頃に母親を亡くしたスピリッツは、久しぶりに自身が育った孤児院を訪れ過去の記録を調査する。しかしそこで見つけたのは、ツィベタと同じ顔をしている幼少期の母レターナの写真だった。

シャイとスピリッツは襲ってきたツィベタとクフフと戦うが、ツィベタは自身の“心の中(アマラリルク)”に孤児院全体を閉じ込めてしまう。外界から隔絶された空間の中では普通の人は意識を保つことすらできない。戦いながらもシャイたちは巻き込まれた孤児院の人たちを脱出させようとするが……。

ツィベタの正体は、スティグマの力で蘇ったスピリッツの母レターナだった。ツィベタの力によって子供の頃の記憶を呼び起こされてしまうスピリッツ。母の苦しみに触れたスピリッツの転心は解け、戦えなくなってしまう。