明神タケルは、夜毎の夢の中で、ギシン星のズール皇帝からの地球壊滅指令を受けていた。拒絶し続けるタケルだが、ある日、ギシン星の刺客がタケルに襲いかかってきた！
タケルは、自分の過去を問いただすため両親の家に。そして父・明神博士は、タケルが実の息子ではないことを明かす。そのとき、再びギシン星の超能力暗殺者による襲撃が！
ガイヤーから発見されたカプセルを分析した大塚長官は、タケルの秘密を知る。そして、ほかのクラッシャー隊員が出撃するなか、長官はその秘密のためにタケルを監禁してしまう。
ロボットを操り、超能力を駆使するタケルを、隊員たちが疑いはじめた。そんな隊員たちに長官は、タケルがギシン星人であり「タケルが死ぬと地球が滅亡する」ことを打ち明ける。
「ギシン星人とは一緒に戦えない！」隊員たちの思いを聞き、タケルは宇宙へと旅立つ。だが、その隙をついて敵が地球を襲う。仲間たちの絶体絶命の危機にタケルは……!?
ギシン星人は、ついに六神ロボの発進地点をつかんだ。そして胴体部ロボ「スフィンクス」のいるエジプトが襲撃される。クラッシャー隊はタケルを残し、救援に向かうが……。
冥王星基地建設のため大船団が地球を出発、クラッシャー隊はその護衛任務についた。そんななかタケルの頭に、謎の声が語りかけてくる。「冥王星作戦は危険だ」と……。
タケルが宇宙空港を爆破する現場を目撃したナミダ少年の証言で、タケルは逮捕されてしまう。変身した敵の策略だ。口封じのため、ギシン星の女暗殺者がナミダに襲いかかる！
２つの島が水没するほどの巨大地震が発生し、クラッシャー隊は通信の途絶えた海底地震研究所の調査に向かった。そんな彼らに、地球へ潜入した超能力者集団が襲いかかる！
頻発する宇宙船衝突事故の極秘調査のため、宇宙管制センターへと向かうタケルとナミダ、そしてそれを出迎える所長と孫娘。タケルは、その孫娘がギシン星人であると見破った
「ギシン星人が大統領暗殺を計画している！」謎の声が再びタケルに知らせてきた。だがそれは、声の発信源を突き止めようというギシン星諜報長官サグールらの罠だった！
ついにマーグが捕らえられた。一方、バトル・キャンプにマーグの声で「土星で会いたい」という通信が。土星に向かったタケルのもとに現れたマーグは、なんと戦いを仕掛けてきた！
マーグはギシン星へと連れ去られ、悲しみに暮れるタケルの前に、ズール皇帝がその姿を現した。どんな攻撃もよせつけない強大なズールの力に、タケルはどう立ち向かうのか？
ズール皇帝によって記憶を消されたマーグは、副官のロゼから、戦うべき相手を告げられる。その名はマーズ！ その頃、地球では、ギシン星の工作員がバトル・キャンプに侵入し、静子とナミダを人質に取っていた。
前線基地の戦闘隊長となったマーグは、地球の主要都市を次々に攻撃。力の限りをつくして敵を撃滅するタケル。が、そのために、タケルの超能力は限界を超え、マーグとの戦いの後に六神合体が崩れてしまう。
地球防衛軍の月基地が攻撃を受け、クラッシャー隊は月へと向かう。月基地に潜入したロゼは、ミカの身体を乗っ取り、内部からの破壊を開始した。タケルはそれに気づくが、ロゼはミカを人質にして戦いを挑んでくる。
アキラに恋人ができた!? 驚くタケルとミカ。嬉しそうに出かけていったアキラのデートの相手は、アカネという落ち着いた雰囲気の美人だった。アカネの希望を受けて、バトル・キャンプを案内するアキラだが……。
タケルたちは、南極で建設作業が進められているワープカタパルトを訪れた。そのとき、バトル・キャンプが攻撃を受け、急遽引き返す。だが、これは南極での破壊工作を成功させるためのマーグの陽動作戦だった。
タケルとの壮絶な戦いの中で、頭に傷を受けたマーグは、そのショックで記憶を取り戻す。再び心が通い合う兄弟。だが、その喜びも束の間、タケルとマーグには悲しき永遠の別れが待ち受けていた。
ギシン星へと向かうべく、宇宙へと旅立つクラッシャー隊。一方、ロゼは南極基地で大塚長官と静子を人質に取り、そのあとを追う。マーグの復讐のため！ 同じ目的を掲げ、宇宙空間で対決するタケルとロゼ。２人の戦いの行方は!?
クラッシャー隊は、ギシン星に制圧された第９惑星の人々を救出に向かう。激しい戦いの中で、坑道に閉じ込められるタケルとロゼ。傷ついたロゼにタケルは自分のパワーを分け与える。ロゼは、そんなタケルに次第に心を開いていった。
生まれ故郷の第８惑星に立ち寄ったロゼは、妹のルイも加わっているゲリラ部隊に捕らえられた。ロゼを処刑しようとするルイ。だが、ロゼはズール皇帝を裏切り、ルイと手を組んだ！
第５惑星の近くで、サグールの部隊と激しい戦闘を繰り広げるクラッシャー隊。タケルは、第５惑星上でサグールと壮絶な超能力戦を展開し、ついに勝利を収めた。が、ワールはズールの命令によって、サグールごとタケルを始末しようとする！
宇宙嵐に巻き込まれたクラッシャー隊は、ギシン星らしき惑星に不時着した。そこで巨大なズール皇帝がクラッシャー隊に襲いかかる。タケルは反陽子爆弾を爆発させてズールを葬り去ろうと決意するが……。
ついにギシン星に到着したクラッシャー隊！ だが、ズール皇帝はギシン星を捨ててでもタケルを倒すつもりだった。火山が噴火し、マグマが一般市民を呑み込んでいく。タケルはズールを宇宙空間に連れ出し、自爆する覚悟を決める！
ギシン星との事件が解決して１か月。宇宙ステーション“ケレス”で新しい任務についていたクラッシャー隊は、マルメロ星から逃げて来たフローレを救出する。が、何故かフローレはタケルを見ると怯えた声を上げた。
深夜、タケルを襲った黒い影の正体はフローレだった。プラス超能力者のタケルに異常なほどの敵意を示すフローレ。そんなとき、彼女を抹殺するために、マルメロ星の宇宙軍団が襲来。フローレは、タケルが自分を守るために戦う姿を見て衝撃を受ける。
フローレのテレパシーに導かれるように謎の海賊船が出現。リーダーのガッシュに率いられた海賊たちは、宇宙ステーションに侵入するが、タケルに撃退される。フローレと海賊船の関係を疑うタケル。だが、それを問いただす暇もなく、今度はマルメロ星の宇宙軍団が攻撃をしかけてきた。
フローレがテレパシーで呼びかけていたのは、宇宙のどこかにいるはずのマイナス超能力者の仲間だった。再び海賊船で現れたガッシュは、フローレが同志だと主張。だが、フローレは直接ガッシュを知っているわけではなかった。その様子を見て、フローレを渡すことを拒否したタケルたちと海賊船の睨み合いが続く。そこへ、マルメロ星の宇宙軍団が襲いかかってきた。
海賊船が本当に同志なのかどうかを確かめるため、フローレは海賊船に向かう。だが、目的のためには手段を選ばないガッシュたちは、探し求めていた仲間とはあまりにも違っていた。そのことに絶望し、タケルと海賊船を振り切って、行くあてもなしに飛び去るフローレ。そこへマルメロ星の軍団が襲いかかる。タケルは彼女を守るためガイヤーを呼んだ！
ようやくタケルたちに心を開いたフローレは、マルメロ星におけるマイナス超能力者たちの悲惨な運命を語った。そのとき、「フローレを渡さなければ宣戦布告する」という通信がマルメロ軍団から入る。地球政府の幹部は彼女の引き渡しを決定。だが、タケルはその命令を無視して救出に向かう。
結果的にフローレの引き渡しを拒んだことになった地球に対し、マルメロ軍団が攻撃を開始した。その責任を問われて、タケルは軍法会議にかけられ、フローレと別々に監禁される。だが、マルメロ軍団の猛攻を黙って見過ごすことができず、ゴッドマーズで出撃する。一方、ガッシュは、地球軍とマルメロ軍団が争っている隙をついて、フローレを奪取。基地にしている小惑星群に逃げ込んだ。
フローレを救出するため、タケルはクラッシャー隊の仲間に別れ告げ、ガイヤーで宇宙へ飛び出していく。その頃、海賊たちに反発するフローレに対し、ガッシュは自分たちがたどって来た悲惨な運命を語っていた。彼女の存在を感じ、小惑星群に向かうタケル。そこでは、タケルと１対１の決闘をするために、ガッシュが待ち受けていた。小惑星上で、超能力者同士の壮絶な戦いが始まる！
マルメロ軍団に襲われたコスモクラッシャーを救助に向かうタケル。しかし、脳波撹乱光線で攻撃されて六神合体ができず、絶体絶命のピンチに陥る。その危機を救ったのは、マルメロ軍団を攻撃しに現れたガッシュの海賊船だった！
海賊船対マルメロ軍の戦闘の中で、ガッシュに捕らえられてしまったタケル。「力が全てを制する」と言うガッシュと剣で決闘を行なうことになった。その戦いの中、ガッシュの剣からタケルを庇おうとしたフローレの身体からまばゆい光が発し、ガッシュたちを圧倒する。フローレの中に眠っていた特殊な力が目覚めたのだった。
マルメロ星へ向かったフローレとそれを追うタケル。暗黒星雲に迷い込んだ２人を、謎のエネルギー体が襲う。それは、プラス超能力者であるタケルの破壊衝動が、拡大され、具現化されたものだった。フローレを守りながら、おのれの黒い影と戦うタケル。愛と正義を信じる心で、邪悪な衝動を打ち砕け！
マルメロ星に潜入したタケルとフローレは、法王シキールの手引きで、牢にいるフローレの母アーモに再会。そこでフローレは、初めて自分の生い立ちの真実を知らされる。父・ギロンは自分を殺すことになるかもしれないマイナス超能力者のフローレを恐れ、抹殺しようとしていたのだった。
フローレとタケルはギロンに会い、マイナス超能力者への迫害を止めさせようと試みる。しかし、母と法王を人質に取られた２人はギロンによって捕えられ、十字架にかけられた。アーモはフローレたちを救うため、我が身の危険もかえりみず、ギロンに銃を突きつける。その隙を狙って、タケルはガイヤーを呼び、脱出をはかる。
地球防衛軍を追放されたタケルは、ゴッドマーズと共に行方をくらます。今まで命がけで地球を守ってきた彼にとって、その処分は生きる目的を失うのと同じだった。しばらく後、ガリレイ基地をゴッドマーズが襲う。タケルに裏切られたと思い込み、愕然とするクラッシャー隊。だが、これはマルメロ軍団の罠だった。偽ゴッドマーズの存在を知ったタケルは、ゴッドマーズで戦いを挑む！
地球へ戻ろうとするゴッドマーズに、コスモクラッシャーが攻撃を加えてくる。地球防衛軍はガリレイ基地破壊の犯人をいまだタケルだと信じ込んでいた。仕方なくタケルは地球を離れ、10番惑星に着陸する。絶望し、疲れ果てて眠り込んだタケルの前に、既に死んだはずのマーグが現れた！
タケルの無実を信じるナオトは、それを証明するために、空間追跡衛星のデータを解析。ついに２台のゴッドマーズが戦っている映像を入手する。そのおかげで、タケルはコスモクラッシャー隊に復帰することができた。タケルとコスモクラッシャー隊は、マルメロ星へ向かうガッシュの海賊船を追って出撃する。
ガッシュたちを乗せた海賊船は、マルメロ星のすぐ近くにある死の星に着陸した。ギロンはガッシュをおびき寄せるため、ゲリラに味方する法王のシキールを捕らえて、処刑の準備を始める。ガッシュはシキールを救出するため、激しい攻撃を受けながらも、あえて海賊船で乗り込んでいく！
ガッシュはマルメロ星に潜む同士たちに連絡するため、マルメロ軍の通信波にマイナス脳波を乗せて送り出す作戦を立てた。そのためには、通信のエキスパートが必要とされる。ガッシュに淡い恋心を抱くミカが、危険を承知で志願した。作戦はうまくいくが、ミカがマルメロ軍に捕らえられてしまった。
ガッシュはミカを救出するために、ただ１人で敵の基地に侵入。今まで、ギロンへの復讐のためなら手段を選ばない冷酷さを示してきたガッシュにとっては、自分自身でさえ思いもかけぬ行動だった。ミカを救出したガッシュは、雪上バイクで逃走をはかる。だが、必死に逃げる２人に敵の戦闘機が迫っていた！
ギロンは、ゴッドマーズを倒すための最終兵器として、磁力砲の使用を命ずる。開発者のキールは地磁気に重大な影響を与えると主張して必死に反対するが、聞き入れてはもらえなかった。巨大な磁力砲の攻撃を受けたゴッドマーズは、合体が維持できずに崩れ去ってしまう！
タケルは磁力砲の動きが鈍いことに目をつけ、六神別々に攻撃する作戦で立ち向かう。ところが、戦闘の激化と共に、マルメロ星が異常な地殻変動を起こし始める。磁力砲が地磁気に影響を与えたことによって、マルメロ星は崩壊しようとしていた。
フローレは、ギロンと最後の決着をつけるために宮殿に乗り込んでいく。だが、ギロンは崩壊寸前のマルメロ星を既に見限っており、フローレとタケルの攻撃をかわして、宮殿から脱出。艦隊と共にマルメロ星を離れる。地殻変動はますます激しくなり、わずかに生き残った人々は海岸に集結していた。
マルメロ星の崩壊が近づくにつれ、それに呼応するように砂漠の惑星だった死の星に緑が甦った。コスモクラッシャー隊は、マルメロ星の住民たちを死の星に移送するため、地球に宇宙船の派遣を依頼する。その頃、ギロンは艦隊を率いて、地球に攻め込もうと企んでいた。そのギロンの脳裏に、怪しい声が響く！
ギロンの艦隊は、土星にまで迫っていた。ケンジは防衛軍の隊長に任命され、ギロン艦隊と戦う。だが、敵の攻撃は激しく、いよいよ撃沈かと思われた。そのとき、タケルが現れ、ケンジを救出する。ところが、敵の放つ脳波かく乱光線のため、タケルは五神を呼ぶことができなくなっていた！
ギロン艦隊の猛攻により、防衛軍に残されたのは宇宙ステーション・ケレスとムーンベースのみになった。ギロン艦隊はムーンベースに襲いかかり、基地を占領する。地球を守って戦う決意を固めたフローレは、ギロンとの最後の対決を果たすため、ムーンベースに乗り込んでいった。フローレとギロン、血を分けた親子の熾烈な超能力戦が始まる！
フローレはついにギロンを追い詰めた。最後のとどめを刺そうとするが、親子の情が邪魔をして、ついためらってしまう。そのとき、宇宙空間にズールの巨大なイメージが現れた。衝撃を受けるタケルの前で、ズールは恐るべき真相を語る。あれほど地球を苦しめたギロンもまた、ズールの持ちゴマの１つでしかなかったのだ！
ギロンとの戦いはようやく終結した。久しぶりに地球にやってきたロゼは、タケルがズールによってデビルリングをはめられたことを知り、その身を案じていた。デビルリングがある限り、タケルは超能力を使うたびに生命エネルギーを消耗し、ついには死に至ることになる。だが、タケルは地球を守るために、自分の命を省みず、敵に向かっていく！
タケルはデビルリングのせいで、超能力を使うたびに消耗し、刻一刻と死に近づいていた。そんなとき、インド洋に隕石が落下。出動したタケルは、ズールの部下との戦いの最中にマーグの声を聞く。その声は「命果てるまでに、灼熱の炎が空を焦がす星に来い」と呼びかけていた。
ギシン星に帰るというロゼと共に、タケルは南極にあるマーグの墓を訪れる。そのとき、ナミダが行方不明になったという連絡が入った。彼はグリーンランドで、ミトサという少年と共にＵＦＯの調査に向かっていたのだ。タケルはロゼと別れ、ガイヤーで救出に向かう！
ズールの部下が、エスパーロボでジャングルへの攻撃を開始した。森林を燃やしつくし、地球の酸素を奪う作戦だった。六神ロボと共に出動したタケルは、森林の消火活動に努める。が、その最中に敵の攻撃を受け、燃え盛る炎の中で倒れてしまう。そのとき、タケルの眼前にマーグが現れた！
タケルは命がつきる前に、ズールを倒そうと焦っていた。そのため、仲間たちに当り散らし、一人で勝手に出撃する。だが、そのせいで敵を取り逃がしてしまった。そんなタケルに、マーグの声が「人を思いやる優しさを見失っていないか？」と呼びかける。自分の間違いに気づいたタケルは……。
ズールは小惑星の進路を変え、地球にぶつける作戦を企てた。小惑星破壊のため、コスモクラッシャーが向かうが、敵の攻撃を受け、不時着してしまう。ガイヤーで救出に向かうタケル。だが、脳波遮断光線によって五神ロボが呼べず、窮地に陥った。そのとき、バラの騎士と名乗る謎の戦士が現れる！
タケルは母との語らいの中で、心の安らぎを忘れていた自分に気づく。そんなとき、エジプトが攻撃され、ガイヤーで出動する。が、脳波かく乱微粒子のため、ガイヤーが動かなくなってしまった。危機に陥って焦るタケルだが、「心に余裕を持て」という母の言葉を思い出し、冷静な判断を取り戻す！
クラッシャー隊のメンバーは、防衛軍本部で訓練を受けることになった。ところが、本部のすべてを管理するマザーコンピューター・ノアがズールの部下に乗っ取られ、工場で巨大ロボを造り出す。タケルはゴッドマーズで戦いを挑み、ナミダはなんとかノアを元に戻そうと必死の対話を始める。
タケルの命があとわずかしかないことを知った母・静子に、「タケルを助けたければ一人でアンコールワットまで来い」というズールからのメッセージが届く。だが、これは静子を人質にしてタケルを倒そうという作戦だった。静子はタケルの救うために、自ら命を断とうとするが……。
18歳の誕生日、タケルは敵との戦いで倒れ、病院に担ぎ込まれた。仲間たちは、タケルの命がつきかけていることを知り衝撃を受ける。そんなとき、敵の大軍団が地球に接近。ナオトは巨大ミサイルに乗り込み、自爆覚悟で発進する。それを知ったタケルは、弱った体を引きずりながら、ゴッドマーズで出撃した。
潜水艇で日本海溝の調査に向かったナオトとナミダが敵の攻撃を受け、危機に陥った。ガイヤーで助けに向かうタケル。だが、ガイヤーもまた巨大な敵に押しつぶされそうになる。その危機を救ったのはバラの騎士だった。ところが、突如、バラの騎士が苦しみ出す。そして、ついにその正体が明らかになった！
「灼熱の炎が空を焦がす星」とは太陽のことだった。そこでは、マーグをはじめとする死者たちの魂がズールに捕らえられ、苦しめられていた。タケルはゴッドマーズで戦いを挑むが、強大なズールの力に苦戦。そのとき、死者たちに呼びかけるマーグの声が響いた！
ハワイ諸島が巨大な津波に襲われた。調査に向かったタケルの前に現れたのは、今までに戦ってきたズールの６人の部下たちだった。彼らは合体して巨大なズールの姿となり、タケルに迫る。苦戦するゴッドマーズに、全世界の人々が勝利の思いを託す。それは、タケルを守る強大な力となった。
