秘密のレシピを巡って、今までに争いを繰り広げてきたカーニさんとプランクトン。その争いの原因は２人の小学生時代にまでさかのぼる。昔、ビキニタウンで唯一のバーガーショップ「スティンキーバーガー」。子供たちに大人気のお店だった。スティンキーはおいしいバーガーを作り、子供たちに尊敬され、お金持ちになった。それを見たカーニさんは、「もっとおいしいバーガーを作れば、もっと大金持ちになれる」と、プランクトンは「もっとおいしいバーガーを作れば、子供たちを支配できる」と考える。２人は、時には敵同士のようにケンカをし、また時には親友のように励ましあい、おいしいバーガーを作るために試行錯誤を重ねお互いのバーガーが完成！　結局、プランクトンは失敗し、カーニさんのバーガーは子供たちに大うけした。そのためプランクトンはその秘密のレシピを盗もうと企む。そして２人は長きに渡り、争いを始めることとなったのだった。

「伝説のフライ係」カニカーニのフライ係第１号 ジムが、純金製のリムジンで現れた。ジムはカニカーニの「最高の従業員で賞」を取った優れたフライ係である。ジムの作ったバーガーを口にしたスポンジ･ボブは、そのあまりのおいしさに感動し、ジムを尊敬しジムの特訓を受けることにした。しかし、ジムにはかなわない。スポンジ・ボブはジムに後任を譲ることを決意。だがジムは、カニカーニに戻る気などなかった。／「ナイトライト」ある夜、恐怖小説を読んでいたスポンジ･ボブは、あまりの怖さに一睡もできず暗闇を極端に嫌がるように。見かねたカーニさんは「ナイトライト」をつけることを提案したが安心できず家中がナイトライトだらけになってしまう。ライトを求めるスポンジ･ボブとパトリック。そこには、とてつもなく大きなライトがあったのだ。それは太陽だった…

「さあ起きよう」パトリックは朝からバタバタ。目覚まし時計の音におびえ、早く止めようと大騒ぎ。そのうちにお腹が空き、朝ごはんの準備へ。ひと騒動あったのち、やっと朝ごはんタイム。そして大慌てで身支度を整える。こうしてパトリックは、ドタバタ大騒動で朝を迎えるのだった。／「まだかな？」バーゲンマートで海草フレークの箱のふたを９９枚送ればもらえるというおもちゃをようやくゲットしたスポンジ・ボブ。しかし、パトリックが触ったら壊れてしまったがイカルドがモチャを直してくれた。そんなイカルドに感謝のあまりうるさくまとわりつくスポンジ･ボブとパトリック。／「カビ、カビ、カビ」突如、スポンジ･ボブの体に吹き出物ができた。それは、カビだったのだ！スポンジ･ボブは隔離されてしまった。店中カビだらけで、カニカーニはパニック状態になるが、カーニさんの提案でゲイリーがひとり５ドルでカビをなめて、きれいにしてくれカニカーニはまた大儲けしたのだった。

「ボクらはスパイ」カーニさんは、スポンジ･ボブとパトリックに、プランクトンの様子を探るためにスパイになれと命じる。プランクトンの店もろとも粉々に破壊してしまい怒り狂ったプランクトンは、カニカーニも粉々してやろうと戦闘を開始する。結局、今回もカーニさんの勝ち。／「運転マナーを守ろう」今回はパフ先生の「運転マナー講座」。良いドライバーイカルドと悪いドライバースポンジ・ボブを例に挙げて、１つ１つ運転のマナーについて学んでいく。だが結局、最後に事故に遭うのはパフ先生とイカルド。さんざんな「運転マナー講座」となってしまった。／「名前を教えて！」カーニさんはリピーター客を増やすために「客の名前をより多く覚えた従業員には賞品を与える」と言うコンテストを開催。スポンジ・ボブに勝ちたいイカルドは、ナゾの客のサイフを拝借して名前を知っが、刑務所行きに。それでも、出所すれば豪華客船でのクルーズ旅行が待ってると期待に胸躍らせるイカルドだったが・・・

「新しいおうち」大好きなカニカーニに早く行くには、早く寝ることが一番だと考えたスポンジ･ボブだが寝れず翌日遅刻してしまう。そこでスポンジ･ボブはカニカーニで寝泊りすることにした。しかしニカーニがのっとられてしまうと思った、カーニさんはスポンジ･ボブを追い出す。静かだったのにスポンジ・ボブが戻ってきて耐えられないイカルドが向かった先とは…／「アイス・カーニバーガー」ビキニタウンの町中が凍りつくような寒い日だったがカーニさんが暖房費までケチりカニカーニを凍ってしまった。しかしそれを利用してカーニさんがスケート場を開いたのだ。これが大人気となり、カニカーニはますます儲かる。水浸しになってもスイミングプールに。プランクトンの思惑とは裏腹にカニカーニは大繁盛。カーニさんとプランクトンの戦いは、今回もプランクトンの負けに終わったのだった。

「ジェットコースターは怖いよ」遊園地「グローブワールド」に新しいアトラクションが登場した。その名も「炎のげんこつコースター」。スポンジ･ボブとパトリックは一番乗りしようと張り切っている。翌日、さっそくグローブワールドへ向かった。だが、なかなか「炎のげんこつコースター」にはいかない。２人ともあの恐ろしい「炎のげんこつコースター」には乗りたくなかったのだ。正直に話してすっきりした２人だったが、そこで運悪く、機械の故障が直ってしまった！／「いとしの我がエサバケツ亭」一人も客が来ず、荒れ放題のエサバケツ亭をボブとパトリックとイカルドを使ってリフォームすることに。プランクトンはこの騒ぎに乗じて長年の夢だった秘密のレシピをついに手に入れた！　しかし、大切な秘密のレシピは旅行先にも持っていったカーニさん。秘密のレシピを盗めなかったうえに、しかもボブたちにリフォームを任せたせいで、エサバケツ亭までメチャクチャにされたプランクトンの長い１日は終わった…

「パティ・マイ・ラブ」いつものようにカーニバーガーを作っていたスポンジ･ボブは、そのうちの１つに恋をしてしまった。そして「パティちゃん」という名前までつけた。あまりの愛おしさに、どうしてもお客さんに食べさせたくないと悩んだ末、家に連れて帰ってしまった。／「新しいイカルド」イカルドのことが大好きなスポンジ･ボブは一緒に日の出を見ようと、パトリックを連れて毎朝イカルドの家へ行く。家に来させないために、家の周りにフェンスを張り巡らして電気を流すことにしたがイカルド自身が感電してしまいく別人に代わってしまった。性格のいいイカルドになったのだ。しかし今度は３人とも感電してしまう。その影響でイカルドは元に戻り、今度はスポンジ･ボブとパトリックが、イヤミなイカルドに変身してしまった！

「おカネがモノをいう？！」おカネが大～好きなカーニさん。愛するおカネちゃんたちと話がしたくてさまよえるオランダ人に魂を渡しおカネちゃんたちと会話を楽しむカーニさんだが、おカネを使うことが辛くて、元に戻してくれと懇願したが、すでに大勢の幽霊たちがカーニさんの魂の借用書を持っていたのだった。／「スポンジ・ボブvsバーガー・ガジェット」今回は海賊パッチーが、とっておきの面白い物語を聞かせてくれる。驚くべき速さでカーニバーガーを作るミラクルマシン「バーガー･ガジェット」とスポンジ･ボブの過酷なまでの戦いの物語だ。／「ダンス大会」ビキニタウン・ダンス大会が開催される。ダンスが大好きなイカルドは、当然優勝を狙う。その大会にスポンジ･ボブとパトリックも出場すると聞き、「お前らには無理じゃ」とほくそ笑む。大会の予選当日、スポンジ･ボブとパトリックは見事合格し予選を無事に通過。しかし、イカルドは落選してしまったのだ！

「スポンジカーニ」カニカーニに大物料理評論家ジーン･ホタテが来ることになった。ジーン･ホタテの番組「海底レストランガイド」ではカニカーニはぼろくそに酷評された。だがカーニバーガーの味だけは太鼓判を押し、スポンジ･ボブを大絶賛。欲に目がくらんだカーニさんは、腐った肉を使い、「スポンジバーガー」を売ってしまう。それを食べた客たちは、ゾンビみたいになってしまった！だが裁判長が大のスポンジ･ボブ･ファンだったため、刑務所行きを逃れたのだった…／「パトリックの歌」書店でを立ち読みしていた雑誌に「あなたの詩と100ドルを送ってくれれば、プロがその詩に曲をつけてくれる」という広告が載っていたのみてパトリックはヒット曲ができればスターになれると思い、自作の詩を完成させ曲が出来上がった！町中にラジオでパトリックの歌が流れると住民たちは怒って追い詰める。そしてパトリックは、子供の頃の悪夢がよみがえってしまったのだった。

「ツリードームでノミ退治」科学の大会に出場するためにテキサスへ行ったサンディが帰ってくる！スポンジ･ボブとパトリックは「おかえりなさいパーティー」をするための準備で大忙し。そこへサンディがテキサスからノミを連れ帰ってきた。３人は一致団結してノミ退治に乗り出した！／「悪魔のドーナツ」パーティーで大騒ぎし、そのまま寝てしまったパトリックは次の日スポンジ・ボブからドーナッツをとってしまったが良心の呵責に耐えかねて、ドーナツを取ってしまったことを告白。しかし昨夜は、パトリックの誕生パーティーだったからドーナッツは自分のものだった。／「お皿はキレイに」カニカーニの閉店時間。片づけを終えて帰ろうとした時、どんなに洗っても落ちてくれないお皿が１枚。そこでスポンジ･ボブは「汚れピカピカ･マシーン６０００」なるものを作り、しつこい汚れに挑む。しかし、カーニさんが店で見たものは汚れを落として得意顔のスポンジ･ボブと、粉々に破壊されたカニカーニだった…

「ばぶばぶガス」何度試みてもカーニバーガーの秘密のレシピを奪えないプランクトンは、カーニさんが強すぎることが原因だと考える。そこで、カーニさんを力の弱い赤ちゃんにしてしまおうと「ばぶばぶガス」なるものを考案。そしてカニカーニへ行き、みんなを赤ちゃんに変えることに成功！　だが赤ちゃんたちのよだれ攻撃に遭ってしまう。しかもガスを浴びて、プランクトンまで赤ちゃんになってしまったのだった／「シェフ交換プログラム」カニカーニを、わずかな量の食事で高い料金を取れる高級レストランにすべく、カーニさんが「シェフ交換プログラム」を実施した。よその高級店から一流シェフラ･シュノックがやってきてスポンジ･ボブはとても厳しい店長ムッシュー･ゴーマンの店へ。しかしスポンジ・ボブはカーニバーガー以外作れない。ところがその味に感激し、これこそ世に広める味だと豪語する。

いつものようにしゃぼん玉遊びをしているスポンジ・ボブとパトリック。ひょんなことからキラキラかがやく金属のかけらを発見。ビキニタウン自然博物館へ行って調べてみると、それはなんと失われた都市、アトランティスの魔よけのかけらだった！アトランティスは道路が黄金で作られ、ダイヤモンドの街灯があるという。そしてアトランティス人は芸術性に優れ、豊かな財力があり、最先端の科学技術を持ち、高度な武器を備えている。

「おめかしの日」今日はパフ先生のボート教習所で記念写真を撮影する日。スポンジ･ボブはうんとおめかしして念入りに身支度をし、いざ家を出るが体を汚さずにたどり着けない。ようやくたどりつくが、写真を撮る直前にピーナツバターまみれに・・・それでもアルバムに残った写真は、みんなと変わらないものだった。／「タダ食いパトリック」パトリックはカーニバーガーの禁断症状で苦しんでいるのだ。山ほどのカーニバーガーを食べたがおカネを持っていないパトリック。そこで肉体労働で代金を支払うことに。ところが簡単な仕事もできない。しかも、カーニさんの大切なお金袋をゴミ圧縮機にかけてしまった！／「ブラックジャック」ある日、スポンジ･ボブのもとへ罪を犯し刑に服していたいとこのブラックジャックから脅迫めいた手紙が。ブラックジャックの家おそるおそる家に入っていく。ママとパパは無事を確認するとそこにブラックジャックが現れて２人は取っ組み合いの勝負を始めることになったのだが…

「ボクはタフガイ」朝、スポンジ･ボブは歯磨きをしようと思ったが、ふたが開かず目に青あざを作ってしまった。そこで「これはクレイジーフィッシュとケンカに勝ってできた青あざだ」と、ついウソをついてしまう。そこに本物のクレイジーフィッシュが現れた。だが彼は、うまいと評判のカーニバーガーを食べに来ただけだった。／「マーメイドマン対スポンジ・ボブ」スポンジ･ボブのアイデアで、マーメイドマンとフジツボボーイがカニカーニのコマーシャルに出演。これが大当たりし、カニカーニは連日 大盛況。またもやプランクトンは「マインドコントロール･シャンプー」なるものを使い、お客さんを奪おうとするが失敗。元通りの客がゼロの店に戻ったのだった…

「じごくの島でサマーキャンプ」「太陽の島」でサマーキャンプが行われると。パトリックとスポンジ･ボブは参加することに。だがで別の船に乗り込んでしまった。それは囚人たちを「地獄の島」に輸送する船で恐ろしい鬼の刑務所長がいて、いろんな罰を与えるが２人は、それすらも楽しんでしまう。囚人が脱獄をはかろうとし脱獄用の船は沈没。刑務所長は激怒し、「太陽の島」でのサマーキャンプという罰を。それはひどく退屈なものだった…／「サバイバルテスト」サバイバルキャンプに行くサンディに一緒に連れて行ってと頼むが、拒まれるスポンジ・ボブとパトリック。そこで２人は内緒でついていくがジープから落ちてしまう。ヘンなおじいさんがいる洞窟で２人の壮絶なサバイバルの戦いが始まった。しかし実はおじいさんの正体はサンディだった。２人にサバイバル能力があるかを見るため、わざと仕組んだのだった。

パトリックの祖先パトリック･リヴィアは、腹をすかせた人喰い二枚貝の大群がやってくることを町民たちに知らせていたという。また、サンディの大叔母さんはテキサスで石油を最初に発見したリスだという。そして、スポンジ･ボブにも有名な祖先が存在した…時は西部開拓時代。デッドアイ･プランクトンという卑劣な悪党によって完全に支配されていた。スポンジ･バックがデッドアイ･プランクトンから町を救うことになる。逃げ出すスポンジ･バックのもとへ、パトリック･リヴィアが説得にやってきた。その説得によりスポンジ･バックは町を救う気になり、２人は町へと戻っていく。だが、住民たちはあきらめムード。だがスポンジ･バックは、「みんなで力を合わせれば必ず勝てる」と力説する。そして一対一の決闘が行われ見事勝利。住民たちは感謝のしるしに彼の金でできた立派な彫像を建てた。今もなおビキニタウンに残っている。ハトのフンまみれで…

「深海レストラン」 スポンジ･ボブとパトリックがクラゲ遊びをしていた時、地面に埋まった船を発見。その船に乗ってカニカーニの出張サービスを開始することに。そこには巨大なシーモンスターがいたが、シーモンスターはカーニバーガーを気に入り、おカネを払って次々と注文する。たくさん稼いだが重かったのでお金を置いてきてしまった。だが船には、溝の底に落ちていた美しい石ころが何万キロも積まれていたのだった。／「ビキニタウンの戦い」スポンジ･ボブとパトリックは、おそろいの軍服を着ている戦争再現者たちに出会い戦争の話を聞いた。はるか昔ビキニタウンは「清潔軍隊」と「不潔軍隊」に分かれてたという。その話を聞き戦いが勃発。激しい戦いの末、スポンジ･ボブはこれから毎日体を洗えると大喜びし、パトリックは毎日体を汚せると大感激。その結果、「誰かがきれいか汚いかは問題じゃない。そして対立を生むような歴史を再現してはいけない」と悟った２人だった。

みんなから「お前はおバカだ」と言われたスポンジ・ボブは、かなりのショックを受けスポンジ・ボブは崖から落ち、頭を打ってしまう。その衝撃で記憶を失ってしまった。自分の名前さえ思い出せないスポンジ・ボブ。一方、ビキニタウンは大混乱。カーニバーガーを買えない客たちが暴動を起こしていた。そこでカーニさんは、イカルドたちに「スポンジ・ボブを捜して連れ戻せ」と命じる。スポンジ・ボブは「ニュー・コンブシティ」という町を仕切る「バブル・パッチン・ボーイズ」というギャング団を打ち負かしたスポンジ・ボブは、ニュー・コンブシティの新しい市長に就任することに。就任演説でイカルドたちはスポンジ・ボブを発見しカニカーニに連れて帰ってきた。しかし、スポンジ・ボブは店すら思い出せない。そんな時、再度頭を打ち、無事に記憶も戻った。それでもスポンジ・ボブは、「ニュー・コンブシティには市長であるボクが必要だ」と言うのだが…

「ハンサムなイカルド」スポンジ･ボブが勢いよく開けたドアに顔がぶつかり、イカルドは手術をすることに。手術したイカルドはものすごくハンサムだった！人気になったイカルドだったが嫌気がさして顔を戻してもらうことに。ハンサムなイカルド目当てでやってきた大勢のお客さんたちは、元に戻ったイカルドに落胆し、店をあとにしてしまう。カーニさんは、ハンサムな顔に戻そうと、またしてもイカルドの顔を何度も何度も強打するのだった。／「スポンジヘンジ」ある強風が吹く日のこと。風が吹くとスポンジ･ボブの空洞から音が出ることが分かった。その音はクラゲたちのお気に入りだった。そのためクラゲたちにまとわりつかれ、スポンジ･ボブはおちおち仕事もできずにいた。そこで岩で自分とそっくりの石像をたくさん作った。その石像に風を当てて音を出し、ようやくクラゲから開放されたスポンジ･ボブは一目散でカニカーニへ。だがそこで見た風景とは…

「カーニバーガー禁止令」カニカーニに、ミス･グリッスルプスと仲間たちがやってきた。彼女たちは「愉快でおいしいものに反対する魚類組織連合」のメンバー。ミス･グリッスルプスはカーニバーガーを禁止し、カニカーニを営業停止に！カーニさんは、スポンジ･ボブの家を「秘密のカニカーニ」に改造。ひょんなことからミス･グリッスルプルの口にカーニバーガーが！あまりのおいしさにミス･グリッスルプスは、カーニバーガーをガブっと食べるとその中にはプランクトンが隠れていた… ／「いとこのスタンリー」シャームおじさんから、いとこのスタンリーの世話を任されたスポンジ･ボブ。スタンリーは、触る物すべてを壊してしまうという厄介者だった。一生懸命尽くしてあげるが宝物である大事なフライ返しを壊され、とうとうスポンジ･ボブもキレしまった。触る物をすべて壊してしまう、というところに目をつけたカーニさんは、スタンリーに新しい職場を紹介してあげた。