時は戦時中--。女の子だけで結成された海軍特殊部隊｢バージンフリート隊｣の登場により、世界は一時的な全面休戦の時代｢休戦安定時代｣に突入した。そして15年…。今は噂だけの存在となった｢バージンフリート隊｣が、遂に復活の時を迎えることとなった。主人公の｢海野潮風｣は、そんな事とは無縁に暮らす16歳の女の子。しかし、彼女の通う｢海軍中野女子分校｣こそ｢36歌仙｣と呼ばれる｢バージンフリート隊｣のメンバーを育成する学校だったのだ!ところがある日、人助けのために使った秘密のパワーを謎の女性に見られたしまったことから、新生｢バージンフリート隊｣の隊員を選別する模擬空中戦に参加させられるハメになってしまう!その相手は、なんと五月と小町!!そして試験に受かるのは、たったの一人!落ちたら退学という危機に、三人はそれぞれ、ある悪だくみを巡らせるのだが…。更に事態は、思わぬ方向へと発展していくことになる…。

世界の最速王｢ニコラ・パブリオ｣がやってきた! 自信満々で速度競争を挑んだ若本少佐は、まさか、まさかの大敗北! 大観衆の眼前でその実力の差を、まざまざと見せつけられてしまう! 一方、舞の家で静かに年を越すつもりの潮風だったが、何とそこへ五月や小町、涼暮までもが乱入したから、もう大変! しかし、その騒ぎの中、母親の事を思い出してしまった五月は、その懐かしさから咲坂家を抜け出し単身、旧型練習機で故郷へ帰ってしまう。その頃、｢打倒バージンフリート隊!｣に燃える達田川長官と若本少佐は、またも悪だくみを考案。着々と準備を進めていた。だが同じ頃、ニコラのいる大使館では、スパイの出現で大騒ぎに…はたして謎のスパイ登場に｢バージンフリート隊｣は、ニコラはどうするのか!? そして、一人冬の大空へ飛び立った五月を待つ悲劇とは…。

目の前での五月の死にショックを受けた潮風は、暗く沈んでいた。心閉ざした潮風を見兼ねた舞は、ついに一大決心をする。｢潮風、結婚しよう…｣一方、シベリアでの会議に出席していた英麻呂から、緊急の指令を受けた光華は潮風を｢バージンフリート隊｣の正式なメンバーにするべく迎えにくる。それというのも、『爆撃王』と呼ばれる謎の敵が、休戦時代より15年の時を経て、この横浜の地を爆撃するために向かっているというのだ! 戦時中も最後まで我が国への爆撃に執念を燃やしていたという、戦争の亡霊とも呼べるその存在は、まさに脅威!! 刻一刻と迫る爆撃機に、ついに動き出す12官女! そして白き新型戦艦!! はたして｢バージンフリート隊｣は、巨大爆撃機を阻止できるのだろうか!? そして、二つの道を前にした潮風は…!?