木之本桜は、元気がとりえのふつうの小学4年生。さくらはある日、家の地下で光りかがやく本を見つける。その本には「クロウカード」というふしぎなカードが封印されていた。さくらは、ふとした拍子で封印をとき、カードはバラバラに飛んでいってしまう。さいごにあらわれたのは、「封印の獣」ケルベロスだった。

ある日、さくらが学校に行くと、校庭のまんなかに机やイスが山積みにされていた。犯人はいったい、だれ？ もしかしたら、クロウカードのしわざなのか？ たしかめるために、さくらはケロちゃんやともだちの知世といっしょに夜の学校へ…。そこで見たものは！？

社会科見学で水族館へ出かけたさくらは、ふしぎな水の事故が起きるのを見る。どうやらまた、クロウカードのしわざらしい。ケロちゃんが「“水”をつかまえるのはむずかしい」というのが気になりつつも、あこがれの雪兎さんからデートにさそわれ、よろこぶさくらだったが…。

日曜日、留守番をしていたさくらは、家の中をそうじしていて2枚のクロウカードを見つける。カードを地下室においたまま、お父さんのわすれ物をとどけに外に出かけ、帰ってきたさくらが見たのは、部屋いっぱいに伸びた木の枝だった！！

友枝小学校の通学路に、ぬいぐるみのお店ができた。やさしい店長とかわいいぬいぐるみたちを見て、さくらたちは大喜び！ でも、このお店のぬいぐるみたち、どこかがおかしい！？ 店長の話では、売ったぬいぐるみがみんなお店にもどってきてしまうのだという…。

学校のうらの森に幽霊が出るらしい。友達と見にいったさくらは、本当に幽霊のような女の人を見てしまう。クロウカードのしわざかどうかをたしかめるため、夜の森にもういちど見にいったさくらだったが、そこに現れたのは、死んだはずのお母さんだった！？

美術館で、さくらは絵を傷つけようとしている男の子に出会う。彼は「お父さんの描いた絵が勝手に描き変えられた。だから直そうとした」と言う…。ひょっとしてクロウカードのしわざなのか？ たしかめるため、さくらは夜の美術館にしのびこむ…。

さくらのクラスに、香港から李小狼という男の子が転校してきた。こちらをずっとにらみつける小狼に、さくらはタジタジ。さらに彼はさくらがクロウカードを持っているのを知っていて、カードをうばおうとする。なぞの転校生の正体は、いったい！？

小狼に「カードあつめは無理だ」と言われ、落ちこむさくら。心配した知世と利佳は、さくらを買い物にさそう。すてきな小物がならぶお店で3人はそれぞれ気に入ったブローチを買うが、さっそくつけてみた利佳のようすが何だかおかしい。とつぜん、さくらにおそいかかってきた！

今日は友枝小学校の運動会。あこがれの雪兎が応援に来てくれて、はりきるさくら。お昼になり、さくらははじめて知世のお母さんに会うが、どうやら知世のお母さんとさくらのお父さんは知り合いらしい。こわい顔でお父さんを見ている知世のお母さんに、さくらは困ってしまうが…。

「困ったことがあるので家に来てほしい」と、知世にたのまれたさくら。ケロちゃんといっしょに行ってみたさくらは、大きくてりっぱな家にびっくり。知世と、知世のお母さんの大切なものを入れてある箱が、とつぜん開かなくなったらしい。ケロちゃんは、箱の中からクロウカードの気配がすると言う…。

音楽の時間、笛のテストで失敗してしまったさくら。ところが次の日学校に行ってみると、また同じ笛のテストがあるという。同じ1日をくりかえしているようだが、そのことに気づいているのはさくらと小狼だけらしい。やはり、クロウカードのしわざなのか？

公園のペンギン大王のすべり台が、ある朝さかさまになっていた！ こんなに大きくて重いものを、いったい誰が？ どうやって？ と、テレビでニュースになるほどの大さわぎに。その日さくらは動物園に遠足に行くが、目の前で次々とふしぎな出来事がおこり…。

雪兎から学園祭のチケットをもらったさくらは、知世と一緒に、桃矢と雪兎が通う高校にやってくる。雪兎に案内してもらい、大よろこびのさくら。そして、桃矢と雪兎が出る劇「シンデレラ」を見にいくが、そこで事件がおこる。

ある夜、ケロちゃんとケンカをしてしまったさくら。翌朝、仲直りをしようと話しかけるが、ケロちゃんはさくらの引き出しから、かってに中身を出して自分の部屋をつくっていた。怒ってまたもやケンカになり、ケロちゃんは家を出ていってしまう。夜になり、反省したさくらはケロちゃんの帰りを待つが、そのころケロちゃんは別の家にいた。

家族で高原の別荘にやって来たさくら。雪兎もいっしょでさくらはごきげん。近所には大きな別荘があり、散歩をしていたさくらは、その別荘のおじいさんとなかよくなる。次の日も招待され、遊びに来たさくらは、おじいさんから孫の話をきかされる。

臨海学校にやってきたさくら。ビーチバレーや地引き網など楽しいイベントに大はしゃぎ。ところが2日目の夜、さくらの大きらいな「きもだめし」がはじまった。知世とペアになり洞くつの中を歩いているうちに、まわりの友達が目の前からどんどん消えていく…。

知世、桃矢、雪兎と月峰神社の夏祭りにでかけたさくら。雪兎に赤い水風船をとってもらい、さくらはごきげん。２人は歩き回るうちに思いもかけず神社の裏にでていた。そこにはたくさんの蛍のような光が…。

夏休み最終日、読書感想文をしあげるために知世と図書館へ出かけたさくら。しかし課題図書の「子豚物語」が見あたらない。本は小狼がもっていたが、目をはなしたすきに本が消えてしまった！ すぐに見つかったが、取ろうとすると、手をすりぬけてつかまえることができない…。

新学期に入り、さくらたちのクラスに李苺鈴が転校してきた。スポーツ万能で元気な苺鈴は、「小狼は私の婚約者よ！」と言い、クラス中の注目を集める。その夜、格闘家がおそわれる事件が起きた。さくらはクロウカードではないかと思い封印に出かけた。すると、苺鈴が現れて…。

マラソン大会当日、雪兎も応援してくれてはりきるさくら。ハイペースで飛ばし、さくら、小狼、苺鈴はデッドヒートを繰り広げる。しかし、ねんざで見学していた知世がマラソンコースの異変に気づく。さくらたちは同じ場所を2回走っている？

学会をひかえ藤隆は考古学の原稿作りにいそがしい。そんなお父さんのために、さくらは大学の研究室へさしいれを持って行く。喜んでくれたお父さんだが、さくらと話をしながら眠ってしまう。なぜか助手の人たちも次々と眠ってしまった。不思議な白い粉をまいて飛び回るクロウカードの仕業だとわかったさくらはあせって封印しようとするが…。

夜の音楽室から謎の歌声が聞こえるといううわさが広まり、さくらはクロウカードのしわざでは？ と疑いつつも怖さのため夜の学校へ出向くのにしぶる。うわさを聞いた雪兎は「きれいな歌声なら聴いてみたい」と言い、その一言でさくらはカード探しを決断する。夜10時… 謎の歌声が学校中に響いた！

さくらは家の中のカードの気配に気づき探しまわる。小さな点のようなものを見つけ捕まえようとすると、その点が体にくっついてきた。さくらは悲鳴をあげて倒れたが、目が覚めると体が小さくなっていた！ 風に飛ばされそうになったり、動物におそわれそうになったり、さんざんなめにあい、ようやくお風呂場でカードを見つけるが… 。

文具店の棚を倒したり、積んであったぬいぐるみをめちゃくちゃにしたり、さくらにそっくりな子が街でいたずらをくり返しているらしい。目撃した苺鈴と千春は、さくらにたずねるが身に覚えのないさくらはとまどうばかり。奈緒子から「世の中にはもう一人の自分がいて、それを見ると死んでしまう」とこわい話を聞く。そしてさくらは学校の帰りに自分そっくりな子を見てしまう…。

インラインスケートで家に帰る途中、バランスをくずしてころびそうになったさくら。さくらを助けてくれたのはきれいな女の人で「また明日会いましょう」と言って去っていく。次の日クラスに新しく来た先生は、昨日助けてくれた女の人だった！ うれしい気持ちでいっぱいのさくらに小狼は「先生には用心しろ」と言う…。

「強いクロウカードの気配がする」と、さくらとケロちゃんが向かったのは観月先生の家でもある、月峰神社だった。羅針盤に導かれてやってきた小狼は観月先生をまだけいかいしている。そんな中、さくらが神社の木にのみこまれてしまった！

願いがかなうおまじないカードが大人気。料理がうまくなりたいさくらはカードを買いにいく。すると店内にクロウカードの気配が！ だがクロウカードはおまじないカードとまちがわれて誰かに買われた後だった。攻撃用の危険なカードだとわかったさくらは小狼とカードを探すが…。

家庭科の時間にチョコケーキを作ることにしたさくらと知世。実習当日、昼休みをはさんでケーキの仕上げをすることにしたが、試食をしてみるとものすごい甘い。他のクラスでも同じだという。ケロちゃんはあるカードが原因で、害はないという。ケーキをすごく甘くするカードとはいったい！？

さくらが追っていた「駆（ダッシュ）」のカードがケガをして、民家に入りこんでしまった。「駆」は、その家に住んでいる立花玲にケガの手当てをしてもらい、かわいがられる。玲はさくらと同じ小学校にかよう陸上選手で、「駆」が家に来てから記録がどんどんアップし、次の競技会の優勝候補と言われている。「駆」を支えにしている玲の心を知ったさくらは、封印に気のりしない…。

夜の街にクロウカードの封印にでかけたさくらと小狼は、人間よりも大きな猫を見かけてびっくり。物を巨大化するカードのしわざで、さくらが封印すると猫は元どおりのサイズにもどった。その帰り道、再びさくらたちの目の前にきみょうな動物が現れた！

カードの封印中「替（チェンジ）」に同時にふれたケロちゃんと小狼は、心と体がいれかわってしまった。元にもどるためには１日たって「替」の力が弱まったときに抱き合えばいいという。こんな体でいたくないと２人はたがいに火花をちらすが、ケロちゃんの姿の小狼が行方不明になってしまう。

スケート教室の日、雪兎にお弁当を作ってもらい大喜びのさくら。日本よりもあたたかい香港で育った苺鈴と小狼は寒さがこたえるようでバスのなかでもコートを着たままだった。苦手なスケートを観月先生に教えてもらいリンクにあがる苺鈴だが、スケート場が急速に冷えこんできて、クラスメイト達も「さむい、さむい」とさわぎはじめる。

友枝町でクイズラリーが開催されることになった。さくらは知世をさそうが、知世がビデオの撮影に専念したいと言ったため雪兎とペアを組むことに。クイズラリー当日、小狼のしっとのまなざしを感じつつも、さくらと雪兎は順調に問題をといていく。

クリスマスは雪兎の誕生日。さくらは、雪兎を思いきって遊園地にさそうことにした。遊園地へ出かけると小狼と苺鈴にばったり出会う。ふっと電灯を見ると炎が上がっていて、小狼もさくらもカードのせいだとわかるものの、大勢の人の前では魔法を使うことができない…。

新学期がはじまり、さくらは5年生に進級し、担任も観月先生にかわった。雪兎からもらった時計をみて喜ぶさくらに「きれいなものが降る」とささやく観月先生。ふっと窓の外を見ると４月だというのに雪が…。雪はふりつづいて１メートル以上つもり、さくらはカードのせいだと考えて、雪におおわれた街へとでかけていく。

知世は合唱コンクールをひかえ、練習にうちこんでいた。しかし、あるカードにねらわれ声がでなくなってしまった！ さくらは、知世の症状はカードのせいだと小狼にうちあける。自分のせいで声がうばわれたと、くやむさくらに、小狼は「歌（ソング）」のカードでおびきだそうと提案する。

いちご狩りに来たさくらはそこでアルバイト中の雪兎と桃矢に会う。おかしができあがったら、雪兎に食べてもらおうと決めたさくら。しかし、建物のとびらが急にあかなくなり、おかし作りの予定が変更になってしまう。その上、さくらと知世、小狼と苺鈴の４人は建物に閉じこめられてしまう。

ある雨の朝、さくらは熱で体がふらふらして元気がでない。学校へ行ったが熱は下がらず、帰宅することに。しかしカードの気配を感じ、桃矢に気づかれないよう「鏡（ミラー）」のカードで自分の分身をつくり、カードの封印に向かう。

さくらたちは街へ遊びに出かけることにした。アイスを食べたりゲームをしたり楽しいことばかりだったが、知世の前に大勢のさくらが現れたり、小狼は映画館でさくらとの映画を見たり、不思議なできごとが続く。そして、苺鈴の希望で東京タワーへと向かうと、そこにいるはずのない桃矢と雪兎がアルバイトをしていて…。

学芸会でさくらのクラスは演劇「眠れる森の美女」を上演することになった。苺鈴は自分がお姫様で小狼が王子様の役を夢見るが、お姫様役は小狼で、王子様役はさくらに決まった。最初は照れていた２人だが、雪兎が見に来ることになったとたん、はりきって早朝練習を開始することに。

学芸会の当日。「眠れる森の美女」は順調に進んでいたが、クライマックスにさしかかったその時、突然舞台が真っ暗に！ さくらはみんなを探すが、誰も見当たらない。周りは真っ暗で、さくらは不安になって泣きだしてしまうが、1人でがんばるしかない！ と気をとりなおして解決を試みる。

苺鈴が香港へ帰ることになった。悲しむ様子を見せない小狼に、苺鈴は自分のことをじゃまに思っているとむくれる。その頃、街では物を2つにしてしまう「双（ツイン）」のカードが小狼を手こずらせていた。「双」のカードは同時につかまえないと封印できない。さくらは、苺鈴と小狼なら同じタイミングでつかまえることができるのでは！ と2人に提案する。

弓道大会に雪兎が出場することになり、さくら、知世、小狼は応援にいく。ケロちゃんは「そろそろ最後だから、さくらといっしょにいたい」と言い、さくらはクロウカード集めが終わりに近づいていることを知る。試合後みんなが家に帰ろうとすると突然、地面に異変が。これが最後のカードのしわざなのか！？

さくらは最後のクロウカードの封印に成功した。するとケロちゃんの体に変化がおこり、本来の姿に戻った。カード集めが終わってはしゃぐ知世たちと対照的に、さくらの表情はなぜか沈んでいる。さくらは気になっていた月（ユエ）のことを小狼にたずねてみた。月（ユエ）はカードをつかさどる守護者で審判者のはずだが何を審判するかは知らないという。

さくらが月（ユエ）の最後の審判を受けることになった。月（ユエ）を攻撃することができないさくらは「樹（ウッド）」のカードにとらえられてしまう。負けるとカードは再び封印を解かれ、この世のわざわいが起こるという。「わざわい」とはどんなことなのかを聞いたさくらは反発するが、「樹」はますます強くからみついてくる！