妖邪帝王・羅真我を倒し、妖邪界の侵攻から東京を救って3ヶ月――。 復興が進む街並みに人々は再び訪れた平和を享受していた。 だが、人類の前に新たな脅威が現れる。 その名も「天導界」。 ヤシマノサグメとその配下の四獣士が「世界を新しく作り替える」ために行動を開始する。 サムライトルーパーの新たな戦いが幕を開ける！
凱が身を挺して妖邪の乱に終止符を打ってから3ヶ月。DSTではナスティに代わり新たな司令官が就任し、壊滅状態にあった東京も復興の兆しを見せていた。人々が平和を享受する中で、ただ魁人たちだけが凱の不在に物足りなさを感じていた。 しかし、都内上空に再び異変が訪れて、妖邪の再来を予感させる。そして魁人たちは原因を突き止めるために妖邪界に向かい、死滅の泉にて石化した凱を見つけて――。
今度は人間界と妖邪界を滅ぼすために現れた天導界のインメイ。その傍らには天導界の衣装を身に纏う龍成。そして凱の肉体を奪って復活した羅真我はインメイと龍成に対して矛先を向け、戦いは混戦模様を極めていく。龍成が魁人たちに向ける冷たい眼差しの真意とは。突き付けられた現実に彼らは何を選択するのか――。
再び覇皇帝を纏い、魁人たちの前に帰ってきた凱ヒーロー。妖邪界を制圧するという目的を果たしたインメイは強力な天業てんぎょうを放ち、龍成と共に去っていく。崩壊する妖邪界から逃げるトルーパーと十勇士。人間界に戻ると、今度は天導界から現れた四獣士よんじゅうしのゴメイ、シメイ、ガイメイが彼らの前に立ちはだかる。覇皇帝を返してもらいに来たという四獣士に苦戦を強いられる凱たちだったが、どこからか凱に話かける声が聞こえて――。
思い出の場所で対峙する紫音と龍成。本心を確かめたい紫音に向けられる龍成の冷たい態度。共に訓練の日々を過ごした彼らは何を語り合うのか。そんな中、サスケは凱の中で生きているネヅたち苗字組の存在を知り、凱たちに力を貸すことを決心する。そして始まった合同訓練だったが、サスケたちは戦う理由を見つけられず訓練に身が入らない。そこで紫音はある提案をサスケたちに出す。それは紫音自身が過去に戦う理由に迷っていたときに経験したもので――。
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