凱が身を挺して妖邪の乱に終止符を打ってから3ヶ月。DSTではナスティに代わり新たな司令官が就任し、壊滅状態にあった東京も復興の兆しを見せていた。人々が平和を享受する中で、ただ魁人たちだけが凱の不在に物足りなさを感じていた。 しかし、都内上空に再び異変が訪れて、妖邪の再来を予感させる。そして魁人たちは原因を突き止めるために妖邪界に向かい、死滅の泉にて石化した凱を見つけて――。

今度は人間界と妖邪界を滅ぼすために現れた天導界のインメイ。その傍らには天導界の衣装を身に纏う龍成。そして凱の肉体を奪って復活した羅真我はインメイと龍成に対して矛先を向け、戦いは混戦模様を極めていく。龍成が魁人たちに向ける冷たい眼差しの真意とは。突き付けられた現実に彼らは何を選択するのか――。

再び覇皇帝を纏い、魁人たちの前に帰ってきた凱ヒーロー。妖邪界を制圧するという目的を果たしたインメイは強力な天業てんぎょうを放ち、龍成と共に去っていく。崩壊する妖邪界から逃げるトルーパーと十勇士。人間界に戻ると、今度は天導界から現れた四獣士よんじゅうしのゴメイ、シメイ、ガイメイが彼らの前に立ちはだかる。覇皇帝を返してもらいに来たという四獣士に苦戦を強いられる凱たちだったが、どこからか凱に話かける声が聞こえて――。

思い出の場所で対峙する紫音と龍成。本心を確かめたい紫音に向けられる龍成の冷たい態度。共に訓練の日々を過ごした彼らは何を語り合うのか。そんな中、サスケは凱の中で生きているネヅたち苗字組の存在を知り、凱たちに力を貸すことを決心する。そして始まった合同訓練だったが、サスケたちは戦う理由を見つけられず訓練に身が入らない。そこで紫音はある提案をサスケたちに出す。それは紫音自身が過去に戦う理由に迷っていたときに経験したもので――。

人間の生命力を吸収して漆黒に染まった覇皇帝は凱を苦しめる。インメイを前にして窮地に陥った凱を救ったのは敵対していたはずの龍成だった。インメイを背後から貫いた龍成の真意とは――。そして天導界では真の覇皇帝完成に必要な覇業はぎょうの盾たての捜索が始まる。それぞれの思惑が交錯する中、戦いの行方は思わぬ方向へ――。

インメイを滅ぼすために龍成の代わりに命をなげうった紫音。その想いを受け継ぎ再び閃光の鎧を纏った龍成。再び発動した覇皇帝は覇者の勾玉の力を跳ね返し、インメイの撃退に成功する。しかしその代償はあまりにも大きく、勝利を喜ぶものは誰もいなかった。それぞれが喪失感に打ちひしがれる中、助言を求めてナスティの元を訪れた凱は、戦いの前に紫音がナスティを訪れていたことを知る。そこで語られた紫音の想いとは。そして再び立ち上がる凱たちが選ぶ答えとは――。

紫音の想いを背負い、紫音の分まで戦う覚悟を決めた凱たちはガイメイが召喚した怪物を圧倒し、第一の関所の門番であるガイメイとの戦闘が始まる。驚異的な力を前に劣勢を強いられ、窮地に陥った凱たちの前に駆け付けたサスケたち。奥義習得のために訓練を続けていた彼らは本当の意味でヒーローになれるのか。そして奥義を発動できるのか――。

奥義を習得したサスケたちの活躍によりガイメイを倒し、一体感が生まれ始めた凱たちは羅真我の暗躍によって二手に分断されてしまう。魁人たちが捕らわれた第二の関所では四獣士の紅一点・シメイが立ちふさがり、凱不在での戦いという試練を強いられる。一方サイゾウたちは再び凱の身体を奪った羅真我と対峙する。ガイメイの胸の水晶を奪ったインメイ。身を削りながら計画を推し進めるサグメ。それぞれの思惑を胸に、真の覇皇帝を賭けたかつてないサバイバルが幕を開ける――。

インメイに導かれるようにサイゾウたちの元へ向かったサスケが見つけたのは、かけがえのない仲間たちの変わり果てた姿だった。暴虐の限りを尽くす羅真我に激昂するサスケは一騎打ちを挑む。インメイはゴメイの受け持つ関所に現れ、最後の水晶を手に入れようとする。サグメは奪った人間の精気で力を取り戻し、自らに課した使命のために立ち上がる。そんな中、凱と十勇士の身を案じる魁人たちに待ち受けていたのは――。

十勇士の命と引き換えに覇業の盾が完成し、野望の実現が近付く羅真我。サグメはその野望を打ち砕くため、ヤトゴジンの強大な力をもって羅真我へ戦いを挑む。一方、凱の精神世界で目を覚ました魁人たちは凱の復活のために奮闘する。そこで明かされるサグメの真意と凱の出自。激しい戦いは最終局面を迎え、魁人たちは真の覇皇帝の完成のために極限の選択を迫られて――。

最後の水晶を取り込み最終形態となったインメイは無情にも凱とサグメの親子の再会の時間を奪った。自身の出自と母の愛を思い出した凱は覇業の盾を装備し、真の覇皇帝を完成させる。インメイは破壊の神・ヤトゴジンを復活させ、真の覇皇帝を巡る最後の戦いの幕が開ける。凱たちは死力を尽くして立ち向かうが、圧倒的な力を前にくじけかけたその時、どこからか凱たちに声が届く――。

全ての奥義により黄金の輝きを放つ覇皇帝。その姿はヤトゴジンの望む真の覇皇帝そのものだった。凱たちに届く人間界からの声援、遼たちの想い。そして十勇士の加勢。平和な世界を取り戻すため、史上最大の敵に立ち向かう――。 何度も戦い、何度も傷付き、その度に立ち上がり成長してきたサムライトルーパー。真の強さを手に、それぞれの信念の為に疾れ――。