2120年、東京。ハイパー・トランスポート社の大型輸送ドローンが事故を起こした。着任したばかりの厚生省公安局刑事課一係の監視官・慎導灼と炯・ミハイル・イグナトフは、この事故の調査へ向かう。彼らはそこで同社の会計士である旭・リック・フェロウズが行方不明になっていることを確認。捜索のため、灼は追跡対象者になりきる〈メンタルトレース〉を行いリックの行動を追うが、やがて海に浮かぶ遺体を発見する。状況的に事故死と判断されるも、リックの死に違和感を抱いた灼と炯は捜査を続行。そして、事故は偽装であり、内部告発の口封じのために事故を仕組んだ人物の影にたどり着く――。

偽装事故の手口をつかんだ一係は、マークしていたハイパー・トランスポート社の役員である与根原を追い廃棄区画を訪れる。スラム街出身の入江のツテで逃亡先を探り当てるも、到着時、既に与根原は死亡していた。主犯である同社顧問・些々河を追うため、霜月の命令を無視して有明空港に駆けつけた灼と炯だが、見知らぬ男たちに行く手を阻まれる。彼らは外務省海外調整局行動課特別捜査官・狡噛慎也と宜野座伸元。些々河を逃したわけではない――灼が彼らの目的に気づいたその頃、機内では些々河が行動課により確保されていた。 事件解決後、某日。ホテルで転落死体が発見された。現場に急行した一係は、不具合の連鎖という点で、輸送機事故と似ていることに気づく。自殺か、それとも事故か。捜査のため、被害者の関係者であるアイドル政治家・小宮カリナに会いに行くが――。

転落死した土谷博士は、都知事選に立候補したアイドル政治家・小宮カリナのメンタルケア・スタッフだった。カリナに面会した灼は、彼女から底知れぬ何かを感じ取るも事件の手がかりはつかめない。捜査を進めていくと、ホテルの防犯データに、もうひとりの都知事候補である薬師寺・ヘラクレス・康介の第一秘書、リー・アキが映っていた。調査のためリーのもとを訪れた一係だが、そこで突如襲撃に遭い、リーは殺害されてしまう。 移民肯定派の薬師寺に対抗する小宮カリナ支持者の犯行なのか？ 確保した襲撃犯の背景から、入江は犯人の拠点を茗荷谷に絞る。そこはかつて入江が縄張りにしていた廃棄区画だった。裏社会を取り仕切るブローカー・榎宮春木に会いに行った灼たちは容疑者濃厚と推測するが、肝心の犯行動機と手段の確証がつかめない。 襲撃者と襲撃された側、二手に分かれて捜査をすることにした一係だが――。

停職処分になった炯の穴埋めとして、公安局と捜査コンサルタント契約を結ぶフリージャーナリストの六合塚弥生が加わった。リー殺害の襲撃犯が仮死状態で運搬されたと推理した灼たちは、六合塚の調査により、ある運送業者と榎宮との接点を見つける。一方、入江がつかんだ情報から秋葉原廃棄区画にある土谷博士の隠しラボを訪れた一係は、博士が作り出した新世代人工知能――マスコントロール・カリナ、〈マカリナ〉の事を知る。新種のメンタル誘導装置である〈マカリナ〉は、小宮カリナの重大な秘密に繋がっていた。犯人の狙いはカリナの秘密の暴露、そしてその先にある選挙そのものの操作…事件計画の目的に気付いた灼たちは、都知事選公開討論会の会場・ギガアリーナに急行するが――。

天馬から渡された名刺には、狐のマークと「梓澤廣一」の名前があった。一係前任監視官・来良と面会するため潜在犯隔離施設を訪れた炯は、もう一人の前任監視官・伏瀬の事故死に〈狐〉が関与していると聞く。色相を保ったまま犯罪を行う組織〈狐〉は公安局にもいる――灼と炯は、〈狐〉に繋がる梓澤という男を調べ始める。 後日、東京・三郷ニュータウン。入国者の宗教活動が全面解禁となる信仰特区が誕生した。特区では宗教関係者が集うＰＲイベントが開催されていたが、その会場を狙い、腹に爆弾を埋め込んだ男の自爆テロが発生する。状況から、事件は信仰特区絡みであり首謀者は別にいると推測した一係は、特区反対派の重要人物から調査を始める。 対象は難民弁護官のテレーザ陵駕、ニュータウン工場労働者の顔役であるジョセフ・アウマ上人、そして自爆犯も信者だった公認宗教団体〈ヘブンズリープ〉教祖代行であるトーリ・アッシェンバッハ。それぞれに引っかかる点はあるものの、色相はクリアで事件関与の証拠までは得られない。一方、イベントに出席していた、特区賛成派唯一の生き残りである入国管理局オブザーバー、久利須＝矜冶・オブライエンの病室で、二度目の爆破事件が発生する。

連続爆破テロの手掛かりを得るため、公認宗教団体〈ヘブンズリープ〉への潜入捜査を開始した炯と如月。一方、灼たちは、テレーザ陵駕と久利須が共同保有していた貸し倉庫を調査し、残る痕跡から爆弾人間があと三人いる事を突き止める。だが糸口をつかんだと思ったその矢先、ニュータウン工場地帯で第三の自爆テロが発生。重要参考人であるアウマ上人が死亡する。アウマは売春組織から逃げ出した入国者たちをかばって犠牲となったが、彼らがいた倉庫の奥には銃の部品パーツを作る工場が隠されていた。強制売春の被害者を助けながら密売をおこなっていたことに違和感を覚えた灼たちは、銃の流通ルートを調べ始める。そのころ炯と如月は教祖代行であるトーリが爆破事件に関与した証拠にたどり着くが、トーリに潜入捜査を見破られ拘束の身となる――。

外務省の潜入捜査を疑うトーリは情報を引き出すため炯を拷問し、さらに舞子をも拘束して揺さぶりをかける。一方、死亡したはずの久利須の生存を〈メンタルトレース〉によって突き止めた灼は、連続爆破テロの真相にたどりつく。久利須、陵駕、アウマ、仁世の四人で立てた“終末救済プラン”だったが、自分の息子を植物状態にされた久利須によって救済ではなく差別を生む社会への復讐へと変わり、そして〈ビフロスト〉に利用された――計画表を発見した一係は、最後の標的が小宮カリナ都知事と知る。先回りした灼たちを巻き添えに自爆しようとした久利須だったが、計画を達成することなく病気によって死亡。その直前、久利須をかばうように雛河のドミネーターの前に立った灼の犯罪係数はみるみる下降し、ゼロとなっていた。一方、〈ヘブンズリープ〉への強制捜査に踏み切った霜月は二係を引き連れ炯の捜索に当たっていた。追い詰められたトーリは舞子を人質にとり炯と対峙するが、一瞬の隙を突かれ、舞子が放った銃弾で絶命する。

コングレスマン、インスペクター、狐。三層構造でシビュラシステムの盲点をつく存在であるビフロスト――ドミノ倒しのように起きる事件の全体像をつかみ始めた一係は、外務省行動課と捜査協力を結び調査を続行する。事件には、行動課が追っているピースブレイカーの残党、パスファインダーも絡んでいた。行動課は彼らを追い、灼たちはまた標的になるであろう都知事の護衛任務につくこととなる。一方、如月を囮として仕込んだ餌に反応があった。食いついてきた相手に会うため指定場所を訪れた炯だが、そこに現れたのは〈狐〉ではなくコングレスマンの一人、法斑静火だった。命を狙われていると語る静火は、炯に取引を持ちかける。そのころ、都知事周辺のドローンの解析情報からクラッカーを捜索していた灼たちは小畑と接触し、任意同行で取り調べを行うが…。