シロエたち「冒険者」が、＜エルダー・テイル＞の世界に閉じ込められて、およそ半年。秋が深まるアキバの街では、運動会イベントが開かれ、活気を見せていた。そんなにぎわいをよそにシロエは、この世界の金貨の流通を取りしきる大地人・菫星（きんじょう）と極秘の会談に臨む。そして、交渉を終えたシロエは「この街を出る」と仲間に告げるのだった・・・。待望の「ログ・ホライズン」第2シリーズ、新たな冒険の幕が開ける！

シロエ、直継、リ＝ガンが向かったのは、かつて凶悪ギルド＜ブリガンティア＞が圧制を加えていた最北の都市・ススキノ。この街で、「供贄（くにえ）の黄金」に挑む高レベルの戦士たちを募るため、シロエが訪ねたのは意外な人物だった。一方、雪に覆われた街を歩く直継とリ＝ガンは、小柄な美少女「てとら」と遭遇する。「銀河系アイドル」を自称する、やたらとうっとうしいキャラだが、レベルはなんと92・・・！？

「供贄（くにえ）の黄金」にたどりつくため、＜パルムの深き場所＞へと潜入したシロエたち24名のレイドチーム。地下迷宮のなかで、強力なモンスターが次々と出現し、撤退を繰り返す消耗戦へと突入していた。そのころ、アキバの街で、アカツキは「口伝（くでん）」という言葉を耳にする。難易度の高いレイドを突破することで、自らの特技を飛躍的に高いレベルに到達させられると聞き、強く興味をひかれる。

アキバの街もあと数日でクリスマス。レイネシアの館には、マリエールやヘンリエッタ、リーゼたち女性陣がにぎやかに押しかけていた。笑顔を浮かべているレイネシアだったが、出自の違う冒険者たちにいまだ心を開ききれずにいる・・・。また、姫の警護を任せられているアカツキは、ひとり浮かない顔で、離れて戦うシロエを思い、非力な自らを責め悩んでいた。そんな12月のアキバの街で、衝撃的な事件が起こる。

アキバの街にあらわれたその男は、衛兵の強力な装備を身につけ、冒険者を次々と手にかけていった。この犯人の正体は、なんと都市の警護を担うべき大地人・供贄（くにえ）一族の男・ネルレスだった。大地人の姫君として、まさかの事態に衝撃を受けるレイネシア。そして、苦悩する彼女に寄り添うアカツキは、ひとりクリスマス・イブの街へ飛び出してゆく。そのころ、「西風の旅団」の偵察隊が、ついにネルレスと遭遇する・・・。

クリスマス・イブの晩、暴走した衛兵・ネルレスの凶刃に倒れてしまうアカツキ。そして、気づいたアカツキの目に飛び込んできたのは、現実世界の渋谷の駅前の雑踏だった・・・。なにかから逃れるように街をただようアカツキは、次の瞬間、光につつまれ、静かな砂浜へと転移する。はるか遠くに地球を望む月の浜辺。そこに、シロエがいた。北へと旅だっていたシロエも、同じ晩、どこかで命を落としていたのだ・・・。

大神殿でよみがえったアカツキは、リーゼやナズナ、ヘンリエッタたちに助力を乞い、ネルレスにリベンジを果たすべく、ふたたび立ち上がった。そして、心を開いたアカツキは「D．D．D」や「西風の旅団」の精鋭メンバーとともに汗を流し、「口伝」の技を身につけようと奮闘する。そして、大地人であるレイネシアも、アキバのため、「友だち」のため、打倒ネルレスに挑む乙女たちの輪に加わるのだった。

ネルレス討伐のため、24名のフルレイドが始動した！アカツキ、マリエール、リーゼ、キョウコ、イサミ、ナズナ、櫛八玉（くしやたま）、ヤエザクラ、カワラ、サンディ、セイネ、ユズコ、白虹、ミカカゲ、飛羽、小豆子、オリーブ、くりのん、ドルチェ、チカ、ひさこ、ねみみ、円東あきば、明日架。乙女たちがアキバの街を駆ける！一方、レイネシアとヘンリエッタは、とある作戦のため、ギルド会館の地下へと向かう・・・。

ここは、東北のティアストーン山中にある地下迷宮「奈落の参道」。クリスマス・イブの夜、シロエたち24名のフルレイドメンバーは、レベル97のモンスター「七なる庭園のルセアート」のもとにたどりつき、攻略戦を繰り広げていた。ところが、交戦中の彼らの前に、さらに2体のボスモンスターがあらわれ、戦場は大混乱へとおちいる。シロエと直継も「三なる庭園のイブラ・ハブラ」の炎に包まれて・・・。

精鋭戦闘系ギルド「シルバーソード」を率いるウィリアム＝マサチューセッツは、ひたすらオンラインゲームに情熱を燃やす高校生だった。クラスメイトに白い目で見られても、ゲーム仲間とはわかりあえた。だから、この異世界に閉じ込められても、彼は喜びを感じていた。しかし、シロエたちと挑んだ地下迷宮「奈落の参道」で、24人のレイドチームは全滅。勝ち目のない状況にメンバー全員が絶望のふちに立たされていた・・・。

この異世界に流通する金貨の源泉である「供贄（くにえ）の黄金」を求め、地下迷宮「奈落の参道」に潜入したシロエ、直継、ウィリアム＝マサチューセッツら24人のフルレイドチーム。全滅を余儀なくされたクリスマス・イブの悪夢を乗り越え、彼らは迷宮攻略に再挑戦する。同時に襲いくる3体のボスモンスターを撃破するために戦術を練るシロエ。成功率はわずか15％・・・。それでも、冒険者たちは戦場に戻ってきた。

デミクァスの単独突破により、地下迷宮「奈落の参道」を突破したシロエ。迷宮の最深部に存在する「供贄（くにえ）の黄金」とは、金貨の大河と湖が広がる、目もくらむほどまばゆい黄金の庭園であった。そして、そこに待ち受けていたのは、幾度もシロエと交渉を重ねてきた供贄一族の若き頭領・菫星。彼はシロエに「好きなだけ黄金を持ち帰ることができる」と告げるが、シロエは意外な行動に出る。

2月14日がやってきた！冒険者たちが迎える初めてのバレンタインデーに、アキバの街はウキウキソワソワ。マリエールや五十鈴は「恋がかなう」という伝説がある「ココニアの実」を使って、お菓子作りに励む。一方「ログ・ホライズン」のギルドハウスでは、てとらにそそのかされ、大量にココニアの実を購入した、アカツキとミノリがキッチンではち合わせ・・・。恋敵どうしの直接対決に、にゃん太も動揺を隠せない！？

＜エルダー・テイル＞がゲームだったころ、腕利きのソロプレーヤーが気の向くまま集まっては、最難関レイドを制覇していった伝説の集団があった。その名は「デボーチェリ・ティーパーティー」。シロエや直継、にゃん太、ソウジロウに、ミナミにいるカズ彦やKR・・・そんな実力者を束ねていたのは、快活な女性リーダー・カナミ。彼女は、＜大災害＞のあと、中国サーバーの広大な大地を旅し、一路ヤマトへと向かっていた。

アキバの街に春が近づくころ、ミノリやトウヤ、五十鈴、ルンデルハウス、セララは、かつての東海道を下り、レッドストーン山地へと向かう旅に出ることになった。空飛ぶモンスター・ワイバーンを狩り、「マジックバッグ」を手に入れるクエストに挑むのだ。年長者に頼らない初めての冒険とあって、5人は興奮を隠せない。なかでも、＜吟遊詩人＞の五十鈴は、愛用のリュートとともに旅先で歌を披露しようと、意気込むのだった。

アキバを出て、東海道を西へと向かう、ミノリやトウヤたち。思わぬハプニングに出会いながらも、セララが料理の腕をふるったり、五十鈴が宿屋で歌を披露したり、和気あいあいと旅を続けていた。しかし、サカワ地区の山あいにさしかかるころ、一行は人食い鬼に追われる大地人に出くわす。いったんは人食い鬼を撃退した5人だったが、さらにモンスターは体数を増し、ミノリとトウヤに襲いかかった！絶体絶命のピンチに現れたのは・・・

ミノリやトウヤたちのピンチを救った、メガネのお姉さんは「ロエ2」と名乗る、召喚術師だった。アイテムやレベルを見るかぎり、かなりの腕利きと推測される彼女だが、やたらお姉さんぶったり、常識が通じなかったり、相当ユニークなキャラクターのようだ・・・。ロエ2も、ミノリたちと同じく西へ向かう、とのことで、この「お姉さん」を加えた6人組は、みんなで馬車に乗って、ボクスルトの山道を旅することになった。

ボクスルトの山道で出会ったダリエラを加えた7人の一行は、レッドストーン山地にほど近い、サフィールの町に到着した。この町でも、五十鈴が披露する歌は、地元の大地人たちから大歓迎を受ける。自分が知っている歌を気軽に披露していただけの五十鈴だったが、ルンデルハウスは、彼女の音楽が大地人にとっていかに特別であるかを説明する。だがそのころ、サフィールを見下ろすレッドストーンの山中で、異変が起こっていた。

山間部に生息するはずの飛行型モンスター・ワイバーンの大群が、突如、サフィールの町に襲来した！思わぬ事態に、トウヤやミノリ、セララも町の人々を守るべく走り出す。そんな彼らの目に飛び込んできたのは、ワイバーンの群れに無謀に突撃する「オデュッセイア騎士団」の姿だった。命を無駄にするかのような戦いぶりに言葉を失うトウヤたち。一方、ロエ2は、この修羅場を目にしても、平然とした態度を崩さない・・・。

大地人の町・サフィールを襲ったワイバーンの大群。この異変の裏には、ミナミの策略が隠されていた・・・。このたくらみを食い止めようと、にゃん太は単身、鉄鋼車両へと乗り込む。しかし、その前に立ちはだかったのは、かつてススキノで剣を交えた妖術師・ロンダークだった。一方、町なかでモンスターや騎士団との無慈悲な戦闘を目にした五十鈴は、この理不尽な世界を変えたいと、愛用のリュートを手に取り、歌いはじめる。

ミナミの「赤き夜」作戦が中止され、ワイバーンも姿を消したサフィールの町だったが、あたりには甚大な被害が残されていた。トウヤやミノリ、セララたちも、マジックバッグの素材こそ手にしたものの、気は晴れない。そして、アキバの街では、大災害からまもなく1年を迎え、生きる張り合いをなくした冒険者たちが目立っていた。そんななか、「西風の旅団」の乙女たちが、なんだかアヤシげなナンパに遭遇する・・・。

ミノリたちと旅先で別れた謎の召喚術師・ロエ2だったが、アキバのシロエに宛て、一通の書簡を託していた。そこには、彼女たちが「航界種（こうかいしゅ）」という、冒険者でも大地人でもない第三の存在であることが明かされていた・・・。そのころ、アキバの街では、通常のモンスターとまったく違う形で冒険者にダメージを与える「典災・ジーニアス」という新たなモンスターが確認され、円卓会議も対応に苦慮していた。

シロエは、「月と通信ができれば、現実世界に戻るヒントがつかめる」という情報を円卓会議の面々に伝える。しかし、ミノリやセララ、五十鈴たちは、急に浮上した「現実世界への帰還」という可能性に当惑を隠せない。一方、マイハマでは、レイネシアの弟にして、コーウェン家の次期領主となるイセルスの誕生パーティーが計画されていた。そして、宴の夜、イセルスのかたわらに立つアイザックは会場の不穏な気配を察する・・・。

月の出とともにヤマト各地を襲う、未知なるモンスター・常蛾（じょうが）。大地人のみならず冒険者までもが、次々とMPを奪われ眠りに落ちてゆく・・・。シロエは、常蛾の拠点であるシブヤの放送局跡「呼び声の砦（とりで）」攻略に踏み切るが、もしモンスターもろともアンテナを破壊してしまえば、月との通信手段が断たれてしまう。ジレンマを抱えたシロエのレイド指揮には迷いが生じ、戦線は大混乱におちいるのだった。

月への通信手段を確保しつつ、新種のモンスター・典災を排除するため、シロエはレイドボス・タリクタンとの誘導戦を開始する。放送局屋上からコンサートホールへと飛び去ったタリクタンは次々と巨大化し、規格外の攻撃を繰り出すが、ついにシロエの全力管制戦闘がベールを脱ぐ！通信設備を奪還するその先にシロエが描くプランとは・・・！？ゲームの世界に閉じ込められた若者たちの絆と冒険の物語、いま新たな地平が開く！