｢ようこそ、裁きのパズルへ！｣決戦が終わり、平穏を取り戻した√(ルート)学園。カイトたちは、各地に残された危険な愚者のパズルを解放し一掃する作業に取り組んでいた。そんなある朝、登校しようとしたカイトは、学園の入り口が封鎖されているのを知る。それは、カイトの新たなパズル・バトルの始まりだった……。

カイトの前に突然現れ｢オルペウス・オーダー｣を名乗った、謎の少年フリーセル。彼が用意した｢裁きのパズル｣を間一髪で脱出したカイトだったが、次なる刺客としてパズル・バトルを挑んできたのは、なんと生徒会副会長・千枝乃タマキだった。いったいどういうことなのか？タマキの背後には、怪しく微笑むピノクルの姿が……。

自分に自信を持てない√学園パズル部員の水谷アイリ。そんな彼女はある日、ゲームセンターで謎の少女から不思議な指輪をもらう。――その少女は、オルペウス・オーダーのミゼルカ。突然パズル能力を上昇させたアイリに、パズル部は騒然。そしてアイリは、カイトにパズル・バトルを挑む！

タマキやアイリが付けたのは｢オルペウス・リング｣のレプリカだった。レプリカリングをさがすカイトたち。ひとり悠然と構えていたギャモンも、次のターゲットが妹・ミハルだったと知り、逆上する。レプリカリングと一緒に届けられた招待を受け、カイトたちとオルペウス・オーダーとの正面対決が始まる……。

人気パズル作家｢地堂刹(ちどうせつ)｣のパズルが荒れていると、√学園内で話題になっていた。オルペウス・オーダーへの復しゅう心に駆られるギャモンは、パズルなどどうでもよくなっていたのだ。そんなギャモンの様子を知ったエレナは、｢ある人物｣に相談を持ちかける。そして、ある朝登校してきたギャモンが見たものは……！？

オルペウス・オーダーたちがカイトたちに対し｢決闘｣を申し込みに√学園へと乗り込んできた。新たな対戦型パズル｢リンク・スライダー｣へと案内されるカイトたち。ファーストゲームはキュービックとメランコリィ。熾烈なパズル・バトルの中、勝つのはいったい…？

カイトVSピノクルによる｢リンク・スライダー｣2回戦。互いに先を読みあう白熱した心理戦。カイト優位に思われた戦いであったが、ピノクルが明かしたフリーセルとの｢約束｣の内容にカイトは衝撃を受ける。果たして、ピノクルが明かした、カイトとフリーセルが交わした｢約束｣とは…？

アナVSミゼルカによる｢リンク・スライダー｣第3回戦。フリーセルの過去をピノクルに告げられたカイトはショックを隠せなかった。そんな彼に笑顔を取り戻してほしいと、アナは姉からもらったという｢ほわわん｣をカイトにあげるというのだが…。

ギャモンは、第4回戦と最終戦を合わせたカイト&ギャモンVSフリーセル&ダウトのタッグマッチを申し出る。カイトのフォローをしようとするギャモンだが、フリーセルの言葉にカイトはパズルに集中できない。そんなカイトを救おうと、キュービックはソウジからの解析データを待ち続けるのだが…。

連戦で疲れきったカイトたちを、南の島にあるPOGの豪華別荘へと招待するエレナ。ただし、島に滞在中は｢パズル禁止｣と言い渡す。海で遊ぶのにすぐに飽きてしまい、パズルをやりたいと言い始めるカイトたち。そして、パズルへの欲求が限界を超えたカイトが見つけたものは……！？

南の島に遅れてやって来たノノハ。だが、パズルを忘れてバカンス、のはずが、いつの間にか｢パズル強化合宿｣に変わっていた。ひとりパズルが解けないノノハは、この合宿中に自分もパズルが解けるようになりたい、と決意する。こうして、ノノハのパズル特訓が始まった！

突然、ソウジが生徒会長とパズル部の部長を辞めるという。理由もよく分からず皆が混乱する中、キュービックだけが浮かない顔をしている。実は、ソウジはオルペウス・オーダーの執拗な勧誘を受けていたのだ。レプリカリングの情報を手に入れるチャンスだと考えたソウジは……。

レプリカリングを装着したソウジが、自作のパズルでカイトにバトルを挑む。リングの力に飲まれてはいないと断言するソウジ。カイトはそのことばを信じきれないまま、勝利に大きく近づく1手を打つ。一方、劣勢に追い込まれたにもかかわらず、対決を加速するソウジ。そして、ソウジに異変が……。

謹慎していたフリーセルたち5人の前に、新たな指揮官が着任。それは、ルークによってPOGから追放された、ヘルベルト・ミューラーだった。そして彼の手には、｢ファイ・ブレインの子ども｣の証であるオルペウス・リングが！不死鳥のごとくよみがえったヘルベルトによる、カイトへの復しゅうが始まる……。

戻ってきたルークがカイトたちに託したのは、オルペウス・オーダーによって開発された、新型のレプリカリングだった。その帰り道、突然現れたメランコリィが、ルークとビショップをパズル・バトルに招待する。バトルの舞台は、ひとりの少女が作った迷路。そして、その少女が連れた老犬の首には、オルペウス・リングが怪しく輝いていた……。

アナのアトリエがある第2美術室に現れた謎の女性。それは、アナの姉・イヴだった。久々の再会を喜ぶアナ。しかし、優しかったはずの姉は、変貌していた――。オルペウス・リングを付けて｢ファイ・ブレインの子供｣を名乗るイヴは、ミゼルカを同伴してカイトにパズル・バトルを挑む。イヴが用意したパズルとは……？

ピノクルが単身√(ルート)学園に乗り込んできた。互いの命を賭けたゲームを申し込み、カイトが勝ったらすべてを教えるというピノクル。白熱するゲームの最中、ピノクルは、クロスフィールド学院時代にカイトがついた｢ウソ｣がフリーセルの心を傷つけたのだという。果たしてその｢ウソ｣とは……。

オルペウス・オーダーのアジトの古城へと乗り込んできたカイトたち。これを復讐のチャンスととらえたヘルベルトは、自らカイトたちに対してパズル・バトルを仕掛ける。ヘルベルトの本格的な論理パズルを、順調に解答していくカイトたち。だが、ヘルベルトは、余裕の笑みでその様子を眺めているのだった……。

古城の地下空間崩壊に巻き込まれ、ヘルベルトとともに地下深くに閉じ込められてしまったカイト。ひとりカイトの救出に向かったノノハは、救出ルートの行く手を阻む大型立体パズルの前で、途方に暮れてしまう。そんな彼女の前に突然現れたのは、フリーセル。彼はノノハに対して、意外な態度をみせる……。

ある夜カイトは夢で、フリーセルと彼の母親の形見であるペンダントを持つノノハの姿を見た。カイトは、それが自分が以前オルペウスの腕輪の影響で見ていた｢未来の光景｣だと気付く。これがフリーセルが作る未来なのか！？そしてカイトは、フリーセルと戦う力を得るため、再び｢愚者のパズル｣に挑む決意をする。

自分たちのオルペウス・リングがレプリカであることを知ったミゼルカとダウトは、自らの存在意義をかけてカイトにパズル・バトルを申し出た。戸惑うカイトたちの前にバロンが現れ、ある提案をする。それは、カイトとアナ、ダウトとミゼルカのタッグによって行われる、命をかけたパズル・バトルだった……。

POGジャパンがオルペウス・オーダーに占拠された！メランコリィとホイストは、カイトに｢捕らわれたフリーセルを救いたければ、ゲームの舞台へ来い｣と告げる。それは、オルペウス・オーダーの指導者・クロンダイクからの招待だった……。究極のリングを手にしたクロンダイクが、ついにカイトとの直接対決に動き出す！？

軸川ソウジが、√学園に戻ってきた！オルペウス・オーダーの調査をしていたソウジは、持ち帰った一冊の日記をカイトたちに見せる。その日記に書かれた、フリーセルの母親に関する驚くべき真実とは……？そのころダウトとピノクルは、フリーセルを救出し、クロンダイクの野望を阻止するため、その本拠地へ乗り込もうとしていた……。

｢神のパズルで待ってる｣カイトにそう言い残し、再び姿を消したフリーセル。そして……ノノハまで連れ去られてしまった！何の手がかりもなくいらだつカイトの元に、ホイストがフリーセルとノノハの居場所を伝えてくる。ノノハを救うため、フリーセルが待つ｢神のパズル｣の地へと向かうカイトたちだったが…！？

フリーセルが、カイトと遊ぶために用意した｢神のパズル｣。それは、2人のパズルタイムを永遠に続けられる｢閉じた世界｣へといざなうパズルだった。思考を限界まで加速させて戦い続けるカイトとフリーセル。このままでは2人は……。果たしてカイトは、フリーセルのオルペウス・リングを外すことができるのか！？