今年創立100周年を迎える、小中高一貫教育を行う由緒ある学園・五星学園（いつぼしがくえん）。今日も3年生の真中大成（岩﨑大昇）は、ヒーローの存在を夢見ながら学園生活を送っていた。 「秘密戦隊ゴレンジャー」をこよなく愛する大成は、学園の平和を守るべく、『学園防衛部』なる部を設立。部長を務めながら、ともにヒーローとなる残り4人の部員を日々勧誘し続けていた。 目下、大成が白羽の矢を立てようとしているのは、野球部のエースピッチャーで学園一の偏差値の持ち主・滝川雄亮（那須雄登）、バスケ部のエースで学園一の運動神経の持ち主・土門龍平（佐藤龍我）、ダンス部のスターで学園一の人気者・森村直哉（藤井直樹）の3人。

野球部を引退した滝川雄亮（那須雄登）が加入し、部員が増えた『学園防衛部』。部長の真中大成（岩﨑大昇）は、この調子で早急に部員を集め、なんとか『学園防衛部』の廃部を回避したいと考える。 そんな中、五星学園内で女子生徒の和田梓（栗原桃花）が髪を切りつけられる事件が起きる。「うぬぼれ女に天罰を下す」というSNSの書き込みを実行に移したのは“黒髪の花”という人物。被害に遭った梓の「変なバケモノ」という証言から、大成は魔人の仕業だと確信する。

廃部寸前だった『学園防衛部』に、アオヒーローとなった滝川雄亮（那須雄登）、ミドヒーローとなった森村直哉（藤井直樹）、そして妹の花（箭内夢菜）の3人が新たに集結。アカヒーローであり、部長の真中大成（岩﨑大昇）は、目標の5人まであと一人の部員を集めるため、バスケットボール部のエース・土門龍平（佐藤龍我）を勧誘し、「一緒に学園の平和を守ろう」と声をかける。 祖父母と暮らし、経済的に余裕のない暮らしを送る龍平は「ボランティアで人助けするほど暇じゃない」と一蹴。 そんな龍平のもとに“ヨーヨー魔人”が現れ、学園内で秘密裏に開催されていて、学園ポイントを簡単に稼ぐことができる危険なゲーム『ハイスクールヒューマンカジノ』へと誘う。

日輪魔人に襲われた森村花（箭内夢菜）を守りたい一心からモモヒーローに変身できた桜井一嘉（金指一世）。父・正平（嶋大輔）にも、自分の心の葛藤を打ち明けられずにいた一嘉は、モモヒーローになれたことで本当の自分を解放できたような気持ちに包まれていた。 しかし一嘉は、モモヒーローになりたがっていた花を思い、もう変身はしないと決意。病院に駆けつけた真中大成（岩﨑大昇）、滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）にも、自分がモモヒーローになって花を守ったことは話すことができずにいた。一嘉から、日輪魔人が「お前たちが憎い」と言っていた、と聞いた大成たちは、花を傷つけた魔人を必ず見つけ出して倒そう、と誓うのだった。

ついにアカヒーロー（真中大成／岩﨑大昇）、アオヒーロー（滝川雄亮／那須雄登）、キヒーロー（土門龍平／佐藤龍我）、ミドヒーロー（森村直哉／藤井直樹）、そしてモモヒーロー（桜井一嘉／金指一世）の5人が揃った『学園防衛部』。「学園の平和」を守ることを誓い合う5人の様子を生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）は苦々しく見つめ、そんな飛馬に学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）は“黄金魔人”として「学園の美化」に励むよう命じる。 五星学園でオープンキャンパスが開催される中、学園を訪れた女性が魔人の戦闘員に襲われる。

一年前の事件をきっかけに学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）に弱味を握られ、以来墨友の右腕として働き続けなくてはいけなかった生徒会長の大浦飛馬（浮所飛貴）。その結果、“黄金魔人”となってしまった飛馬は、ある意味では被害者だと知った真中大成（岩﨑大昇）は、彼を“救う”ため、ハイスクールヒーローズとして“黄金魔人”を倒すことを決意する。 しかしこれまでの魔人たちとは比べ物にならない強さに、ヒーローたちは大苦戦。圧倒的な強さを見せつけたかと思った矢先、大成の「お前は本当の一番なんかじゃない」という言葉に動揺した飛馬は、苦しみながら変身を解除し、その後、なぜか再び“黄金魔人”に変身できなくなってしまう！

夏休みが終わり、二学期を迎えた五星学園。学園長の墨友団十郎（柳葉敏郎）が極秘に推し進めていた「五星プロジェクト」と謎の魔人“黒十字魔人”がついに始動し、魔人アプリによって生徒たちが次々に洗脳されていた。 学園内で不良生徒として知られていた豪田景樹（佐藤新）もそのひとり--アプリによって墨友に忠誠を誓い、真面目キャラに変貌した景樹は、大浦飛馬（浮所飛貴）を排除し、新たな生徒会長に就任。“黄金魔人”となって、飛馬に襲いかかる！ さらに、学園の卒業生で文部科学省秘書官の後藤勤（鈴木裕樹）の尽力により、文部科学大臣の五星学園視察が実現目前に。後藤は大臣の視察を前に『学園防衛部』を排除するよう進言する。

アカレンジャーの制止の声も聞かず、黒十字魔人との戦いに向かったアカヒーロー（真中大成／岩﨑大昇）だったが、黒十字魔人の圧倒的な力の前に惨敗。父・大志（関智一）の形見であるスマホも壊され、すべての記憶を消されてしまう！ 大成のもとへ駆けつけた滝川雄亮（那須雄登）、土門龍平（佐藤龍我）らは、瑠璃子（中山美穂）から、「大成は『学園防衛部』のことも、ヒーローのことも、幼い頃に魔人に襲われたことも覚えていないの」と聞かされ、がく然。懸命にヒーローだったことを思い出させようとするが、「ヒーローなんて実在するわけねえし。高校生にもなって信じるとか痛いだろ」と鼻で笑われてしまう。