監察官とは“警察の中の警察”という異名を持つ、警察内部のあらゆる不正を取り締まる者たちのこと。警視庁警務部長の千住遼子（田中美佐子）の指示のもと、身内を厳しく監察する音無一六（小日向文世）は、職務を忠実に全うするがゆえ、特に嫌われている監察官だ。現在はまったく見た目が似ていないタクシー運転手の弟・万丈二六（遠藤憲一）と同居している。 ある夜、玩具コレクターの射殺体が見つかり、その捜査本部に一六は「特別監査」として加わったのだが…。

現職警察官の野中（山崎潤）が転落死する。事件現場から立ち去る高岡（水石亜飛夢）という男を二六（遠藤憲一）が目撃。高岡は事件の直前、二宮（小野武彦）が経営する居酒屋を訪れていた。高岡は10年前に起きたストーカー殺人事件の被害者・麻衣（團遥香）の恋人だったと明かす。それは音無一六（小日向文世）が捜査一課を辞め、監察官の道を選んだ因縁の事件だった。そして野中には麻衣の被害届を隠蔽した過去があり…。

音無一六（小日向文世）の弟・万丈二六（遠藤憲一）が別れた元妻で弁護士の京山夏月（大塚寧々）に再会。先月起きたレストランのホールスタッフが殺された事件で、夏月は同店の料理長・立脇修武（金子昇）の弁護を担当していた。立脇は一貫して無罪を主張し夏月から警察の冤罪を指摘される。 警務部長・千住遼子（田中美佐子）から特別監察を命じられた一六は、事件に裏があると気づく。さらに二六は夏月と立脇の関係に嫉妬し…!?

半グレ集団ガルサ連盟のメンバー椎名知則が遺体で見つかる。椎名は連盟の現金を持ち逃げしようとした疑いがあった。ガルサ連盟のリーダー武居竜也が逮捕されるが、黙秘を続ける。そんな折、事件を担当する三条渚（中越典子）が「捜査情報を外部に漏らしている」という告発メールが届く。三条と音無一六（小日向文世）は旧知の仲。千住遼子（田中美佐子）の指示で一六は四堂厘太郎（古川雄輝）と三条の特別監察に向かう…。

工事現場から木下拓造（難波圭一）の遺体が見つかる。武蔵多摩署は木下が支援していた花屋のオーナー・三好麻耶（伊藤梨沙子）を重要参考人として聴取。その直後、ネットタレント「ファンキー刑事」として人気の川上圭太（木村昴）が警察の捜査を糾弾し、警察に批判が集まる。 川上は元刑事で、8年前音無一六（小日向文世）が監察処分した人物だった。川上がどこから捜査情報を得たのか、千住遼子（田中美佐子）の指示で一六は武蔵多摩署の特別監察に向かう…。

現職の警察官・井出友孝（管勇毅）が車で練炭自殺を図り、同期で捜査一課の勝野正己（高橋努）が遺体を発見。井出には経費1000万を着服した疑惑がかけられていた。刑事部長の七尾政和（石丸謙二郎）はこれを監察に報告せず、内々に処理しようとしていたことが発覚。溝呂木三花（堀内敬子）からこの話を聞いた音無一六（小日向文世）は事実を明らかにするため、特別監査を開始するが、そんな一六を内部告発する声が…!？

亡くなった仲間の意志を継ぐ勝野正己（高橋努）を助けるため、音無一六（小日向文世）を証拠隠匿で内部告発した四堂厘太郎（古川雄輝）。一六は警察庁特別調査室の元木秀章（堀部圭亮）らに身柄を拘束されてしまう。 しかし厘太郎は千住遼子（田中美佐子）や溝呂木三花（堀内敬子）から「一六は勝野を真の黒幕から守るため、監察下の名目で保護しようとしていた」と聞かされ後悔。一六の潔白を証明するため仲間と共に再捜査を開始する！