出会いは高校1年の秋。他人に無関心な優等生の水無瀬仁（本島純政）は、偶然、破天荒な学年の問題児・蛭川晴喜（上村謙信）が校舎裏で教師の首を絞めている瞬間を目撃してしまう。あんなヤツとは関わりたくない、そう思っていた…。 2年に進級した水無瀬は蛭川と同じクラスになるが、気の合う友人の柴（今井悠貴）や根本（宮地樹）と一緒に過ごし、蛭川とは関わらないようにしていた。 しかしある日、塾の帰りに道端で男性の怒鳴り声を聞いた水無瀬が恐る恐る近づくと、そこには父親に殴られて倒れこむ蛭川の姿が。「誰にも言うなよ」――思いがけず秘密を知ってしまい勉強が手につかない水無瀬は、これまでどおり距離を置こうとするが、反対に蛭川は学校でも水無瀬との距離を詰めてくる。 秘密を共有した2人の、決して交わることのないはずだった世界が動き出した――。

蛭川（上村謙信）の秘密を知った水無瀬（本島純政）は、周りから「付き合う友達は選べ」と言われるも、脳裏には蛭川が浮かんでしまう。 ある放課後、すれ違った蛭川を無視した水無瀬だったが、蛭川の方から声をかけられ、一緒に帰ることに。話の中で水無瀬が口にした『水の音』という映画のタイトルに驚いた蛭川は、初めて水無瀬を自宅に招く。

傷だらけの蛭川（上村謙信）から突然キスをされた水無瀬（本島純政）は勉強に身が入らないでいたが、一方で何も気にしていない様子の蛭川は、あの日から水無瀬の家に頻繁に来るようになっていた。 ある日、映画監督の父・義人（結城貴士）から新作の試写会に誘われた水無瀬は、父の大ファンだという蛭川の顔が浮かぶが―――。

傷だらけの蛭川（上村謙信）を自宅に迎え入れた水無瀬（本島純政）は、蛭川が好きな映画監督の父・義人（結城貴史）の試写会に蛭川を“友達”として誘う。 後日、宿泊学習中に風邪を引いた水無瀬のもとに駆けつけた蛭川は、キスをする。 水無瀬が宿泊学習から帰宅すると、「大事な話があります」と母・沙紀（加藤貴子）からの書置きが―――

親が離婚し、留学する話が突如浮上した水無瀬（本島純政）。一方、蛭川（上村謙信）は、父・正彦（オクイシュージ）に殴られる日々が続く中、水無瀬に対して“好き”という感情に気付き始めていた。 ある日、水無瀬の父・義人（結城貴史）の新作映画の試写会に二人で参加していると、蛭川のもとに、離れて暮らす母・晴華（西原亜希）から連絡が来る。

蛭川（上村謙信）は水無瀬（本島純政）を連れて、母・晴華（西原亜希）と異父妹のひなたが暮らす家を訪れる。ピクニックで母親との和やかな時間を過ごした後、水無瀬と二人になった蛭川は、自分も父・正彦（オクイシュージ）のように暴力をふるう人間になることを恐れていると話す。それを聞いた水無瀬は「俺が見張る」と抱きしめ、二人は初めて一夜を共に過ごすことに。翌日、帰る途中で立ち寄った海辺で蛭川は「俺、殴られっぱなし、やめる」と父に向き合う決心を語り、水無瀬も蛭川の支えになることを同時に決意するのだった。 ある日、買い物の帰り道に蛭川と電話をしながら歩いていた水無瀬は、真島（堀家一希）の万引きを偶然目撃してしまう。慌てて蛭川にその事実を伝えるが、蛭川からの連絡はそれ以降途絶えてしまうのだった。

水無瀬（本島純政）は停学処分になった蛭川（上村謙信）の潔白を教師に訴えるも相手にしてもらえない。一方、蛭川は父・正彦（オクイシュージ）からの暴力に耐えながらも反抗し、家を抜け出す。その夜、偶然会った二人はまた一緒に映画を観る約束をしてその場を後にするが、深夜に突然蛭川から電話がかかってきて―――。

蛭川（上村謙信）の父・正彦（オクイシュージ）が亡くなり、勉強にも手が付かないでいた水無瀬（本島純政）のもとに姿を見せた蛭川は、自身の転校を打ち明け、もう連絡はしないと一方的に別れを告げてしまう。月日は流れ、高校を卒業した水無瀬が空っぽになった蛭川の家を訪れると、そこには「水無瀬へ」と書かれた1通の手紙が―――。

法央大学の映画研究会に入った蛭川（上村謙信）は、上映会の準備中に栞（古田愛理）に恋愛について尋ねられてもはぐらかしていた。一方で水無瀬（本島純政）は蛭川のSNSを探すが見つからず消沈し、自身の小説を書き進める。そんな中、根本（宮地樹）に誘われ、柴（今井悠貴）とともに法央大学映画研究会の上映会に向かった水無瀬だったが―――。

泥酔した様子の水無瀬（本島純政）から着信を受けて駆け付けた蛭川（上村謙信）。介抱しながら、二人はそのまま水無瀬の家へと足を運ぶ。 あの上映会の日に観られなかった蛭川の監督作『月を浮かべる』のパンフレットを読んだ水無瀬は、蛭川が新しい恋を歩んでいると思い込んでいた。そのことを聞いた蛭川は水無瀬に―――。