未曾有の緊急事態によりフェアバンクスが封鎖された。フランクはあらゆる資源を動員し、総力を挙げて事態に対応する。

ハヴロックを追う捜索が激化する中、ルークは家へ戻ろうと試みる。一方、フランクは、ある要求に応じるべきか判断を迫られる。

サラの失踪により、フランクの捜索は緊急性を増す。ハヴロックの綿密な計画は予期せぬ展開を迎え、人質が増える事態となる。

州警察官が行方不明になり、フランクの捜査範囲が広がる。武装した地元住民も捜索に加わる。サラはルークの安否を案じる。

フランクはルークの行方を追うことに注力する。ハヴロックの計画が新局面を迎えるにつれ、CIAの介入が本格化する。

フェアバンクスで大規模な停電が発生する。サラは病院で怪しい人物に気づく。一方、シドニーは鍵となる証拠を押さえようとする。

新たな謎の容疑者が尋問される。フランクの隠された過去が明らかになる一方、ハヴロックはハードディスクの中身を取り戻そうとする。

シドニーは、父親の過去、アトウォーター作戦、そしてアーカイブ６に隠された機密情報について知ることになる。