アーチー･アンドリュースは、すべてを持ち合わせたようなティーンエイジャー。だが、町で起こった悲劇によって、様々なことを考えさせられるようになる。ジャグヘッド･ジョーンズとの友情に入った亀裂も、そんな彼の心に重くのしかかる。一方、ベティ･クーパーはアーチーに想いを寄せているが、その気持ちをまだ本人に伝えられていない。そんな中、ニューヨークから転校生のヴェロニカ･ロッジがやって来る。

ジェイソンの死について新たな事実が明らかになり始め、アーチーはグランディ先生に、あの日聞いた銃声について警察に話すべきだと言う。ベティはアーチーとの関係を修復しようとし、ヴェロニカはベティとの関係を修復しようとする。一方、ジャグヘッドはアーチーが隠そうとしていた秘密を知ってしまう。そして毎秋恒例の壮行会の計画が進められる。

双子の兄の死について新たな事実が明らかになり、周りから疑いの目を向けられていたシェリルは、最後に兄に会ったときの様子を語る。アーチーがある決断を下したことで、グランディ先生との関係に大きなひずみが生じてしまう。一方ベティは学校新聞を復活させようと決心し、ジェイソンの死について調査するためジャグヘッドに協力を求める。

近くのドライブイン･シアターが匿名の買い手によって取り壊されると知ったジャグヘッドは、シアターを存続させようと奮闘していた。一方、グランディ先生の過去に関する事実が発覚し、ベティとアーチーの関係が脅かされる。ヴェロニカは母親に、ギャングのサウスサイド･サーペントと会っていたことを問い詰め、アリスは人気者であるアーチーのイメージを崩壊させようとする。

ジェイソンの葬儀の準備を進めるブロッサム家は、秘密の計画を実行しようとしていた。アーチーはアメフトに集中しようとするが、新たな音楽指導者が彼の前に現れる。ベティとヴェロニカはそれぞれ家族の秘密を知ることになり、ヴェロニカはシェリルと不思議な友情関係を結ぶ。そしてハーマイオニーはサウスサイド･サーペントから不可解なメッセージを受け取り、フレッドに助けを求める。

毎年恒例のタレント･ショーが間近に迫り、ヴァレリーはアーチーの演目の準備を手伝おうとするが、そのせいでジョシーと仲たがいしてしまう。ジェイソンの死について調査するベティとジャグヘッドは、問題を抱えた青少年のための施設にたどりつき、ポリーと対面する。一方、母親と良好な関係を築いていたヴェロニカは、想定外の裏切り行為を受けて窮地に立たされてしまう。

ジェイソンの事件に関する重要な証拠が知らぬ間に処分されていた。これを受けて、ジェイソンを殺害した犯人について新たなうわさが出回る。ジャグヘッドの父親が、フレッドともめていたことが明らかになる一方、母親と衝突したヴェロニカは、自分のやり方で物事を進めようと決意する。そしてシェリルから意外な提案を持ちかけられたベティは、ひどく苦しんでいた。

フレッドが工事を始めようとしていたときに、作業員の何人かが引き抜かれ、工事は行き詰まる。父親の会社が危ないことを知ったアーチーは、友達と一緒に手伝うと申し出る。だが友達の１人が何者かに襲われ、彼らはサウスサイド･サーペントの縄張りに足を踏み入れることになる。ジャグヘッドは、自分の秘密を知った友達がどう反応するかを心配していた。

アーチーは将来の援助をしてもらうため、ブロッサム家がおこなうメープルの収穫儀式に、シェリルの付き添い役としてしぶしぶ行くことにする。ブロッサム家が自分を援助する本当の理由について不審に思ったアーチーだったが、シェリルからベティの姉に関する有力な情報を得る。ハーマイオニーがフレッドに真実を告げるかどうかで葛藤する一方、アリスはブロッサム家への復讐をいつでもおこなえるよう準備していた。

フレッドはアーチーの母親メアリーとの離婚手続きを進めるため、別居中の妻に会いに行く。ベティはジャグヘッドのために、誕生日のサプライズ・パーティーを計画する。アーチーは、ヴァレリーとよりを戻そうとするが一蹴される。シェリルはパーティーを面白くしようとするが、手に負えない事態に陥ってしまう。一方ヴェロニカは、父親を釈放させるために証言するかどうか思い悩む。

アリスはジェイソン･ブロッサム事件を捜査するベティを手伝おうとし、アーチー、ヴェロニカにも協力を依頼する。ジャグヘッドは、父親が更生している様子を見て、彼にもう一度チャンスを与えようかと思い始める。一方、メアリーとホームカミングデーのダンスパーティーに出席することになったフレッドは、離婚について考え直そうとする。

アーチーとヴェロニカは、自分たちが発見したことについて両親に打ち明けなければならないと分かっていた。友人たちに裏切られ傷ついているジャグヘッドは、誰を信用したらいいのか判断できないでいたが、アーチー、ヴェロニカと一緒に真実を探求することにする。一方シェリルは、自分がなぜジェイソンとは違ってひどい扱いをされるのか、母親を問い詰めていた。

アーチーとヴェロニカの距離がどんどん縮まっていく。ベティは何事もなかったかのように振る舞う家族に嫌気が差し、母親を問い詰める。ジャグヘッドは予想もしなかった状況に陥り、ハーマイオニーはフレッドに出来すぎた提案を持ちかける。一方、ブロッサム家の事業の実態が明らかになり、シェリルは自分で何とかしようとしていた。驚きの連続、シーズン･フィナーレ。