ゴーレムが蔓延る終末世界で、仲間の死や響（竹内涼真）との別れを経て、人類最後の希望の都市「ユートピア」に辿り着いた明日葉（玉城ティナ）と佳奈恵（飯豊まりえ）。ユートピア創設者の娘である明日葉は、元婚約者の冬馬（柿澤勇人）にタワーの上層部へ招かれ、かつての文明を取り戻した理想郷の姿に感激する。 一方アンダーと呼ばれる地下へと連行された佳奈恵と加州（溝端淳平）が目撃したのは、劣悪な環境で奴隷のように暮らす人々。実はユートピアの真の姿は、人間の価値によって選別される絶対的な上下世界だったのだ――。そんな中、反乱軍「レジスタンス」の奇襲によりタワーとアンダーは一触即発の危機に陥る。 さらには激しい戦闘の中で、かつての仲間が【敵】として立ちふさがり――⁉ シリーズ史上最大の人類総力・最終決戦が、今幕を開ける！
響 (竹内涼真) と別れ、人類最後の希望の都市･ユートピア。もう一つの“タワー”内部に辿り着いた明日葉 (玉城ティナ) と佳奈恵 (飯豊まりえ)、加州 (溝端淳平)、海斗 (前田公輝) ら生存者たち。そのタワーでは政治家らが集結して、法の整備や秩序を作り、かつての文明を取り戻そうと奮闘していた—。
地下エリア【アンダー】でのレジスタンスの反乱によって、混乱が生じた【タワー】。明日葉 (玉城ティナ) は、【アンダー】にいる仲間を心配するが、元婚約者の冬馬 (柿澤勇人) によって軟禁状態に置かれてしまう。一方、混乱に乗じて行動を起こした加州 (溝端淳平) は、その報いを受けようとしていた。そんな中、佳奈恵 (飯豊まりえ) は、意外な人物との再会を果たす—。
明日葉 (玉城ティナ) は仲間の命を救うために【タワー】に革命を起こそうと決意する。そんな明日葉に影響を受け始めていた冬馬 (柿澤勇人) だったが、父 (尾美としのり) の意向を受けて、【アンダー】でレジスタンス狩りを始めていた。一方、【タワー】の権力者たちによる体制の転覆を狙うレジスタンスも新たな行動を起こそうとしていた—。
【アンダー】の悲惨な現状と〈ある企て〉を知った明日葉 (玉城ティナ) が、【タワー】を変えるために動き出す。しかし、明日葉を待っていたのは、新たな悲劇だった―。そして、外の世界から新たな脅威が迫ろうとしていた―!
【シーズン5 最終話】終末世界を仲間たちと生きてきた、明日葉（玉城ティナ）、佳奈恵（飯豊まりえ）、それぞれが〈大きな選択〉をする。その時、【タワー】と【アンダー】の争いに終止符が打たれ、新たな指導者が誕生するー!
