地球爆発の危機！この星を救う方法はたった一つ。しかし、その方法は…。この星と、仲間との友情を守るために今、アトムが立ち上がる。

ポケモンを保護する施設・ポケモンヒルズを訪れたサトシたちは、人間の手で蘇ったポケモン・ゲノセクトと出会う。「家に帰りたい」というゲノセクトに協力しようとするが、そこに突然赤いゲノセクトが襲…