フィオーレ一番のギルドを決める魔導士達の祭典『大魔闘演武』。その四日目の戦いでタッグバトルをナツが制し、フェアリーテイルはついに首位に躍り出る。その夜、チームの快進撃を祝い、ギルドのメンバー達は盛大な宴会を催していた。そんな祝勝ムードの彼らの元に、闘技場の地下で、あるモノを見つけたというガジルがやってくる。彼が発見したモノ、それはおびただしい竜の骨で埋め尽くされた『ドラゴンの墓場』だった。

竜の幽霊ジルコニスから、ドラゴンスレイヤーが生まれた理由を聞かされたナツ達は、その衝撃の事実に戦慄する。そこへ、王国を救う為のある計画を遂行するべく、王宮の騎士団長アルカディオスが接触。彼はナツ達をメルクリアス城に案内し、星霊魔道士であるルーシィに協力を願い出る。しかし、そのすぐ後ろには、アルカディオスの計画を快く思わない、王国の大臣ダートンと兵達が迫っていた。

ついに始まった大魔闘演武最終戦。そのバトル形式は、クロッカスの街を丸ごと舞台にしたチーム全員参加のサバイバルゲームであった。街の至るところで激戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達。目まぐるしく戦況が変化する中、フェアリーテイルチームは、何故か一歩も動こうとしない。果たして、彼らの真意は？ 一方、別働隊のナツ達は、囚われてしまったルーシィを救出するべく、再びメルクリアス城内へと向かう。

大魔闘演武の最終戦で、記憶の造形魔法を使うセイバートゥースの魔導道士・ルーファスと対決するグレイ。大会初日に彼に敗れた事もあり、グレイは何とかその雪辱を晴らそうと奮闘するが、またもや苦戦を強いられ、次第に追い込まれていってしまう。しかし、それでも彼の勝利を信じて見守るフェアリーテイルのメンバー達。果たしてこの圧倒的不利な状況のグレイに、打開する策はあるのか。

セイバートゥースのルーファスを相手に、辛くも勝ち星を上げるグレイ。勝利に沸き立つ、フェアリーテイルのメンバー達。一方、王宮メルクリアスの地下にある「奈落宮」へ落とされたナツ達は、出口を探しさ迷っていたところ、重傷を負ったアルカディオスを発見する。事情を聞こうとするナツ達だが、そこへ謎の集団が襲いかかる。それはフィオーレ王国に仇なす者を始末する、王国最強の処刑人「餓狼騎士団」だった。

奈落宮で餓狼騎士団との激闘に、苦戦を強いられるナツ達は、戦闘の最中、魔力のぶつかり合う衝撃でバラバラに弾き飛ばされてしまう。はぐれた後も、各所で戦いを続ける仲間達。その一角、ルーシィとユキノは騎士団の一人・ウオスケと戦うことになる。重力変化の魔法で二人を翻弄するウオスケ。一方、星霊を召喚する「星霊の鍵」が奪われている為、ルーシィとユキノはまともに戦う事が出来ない。果たして、彼女たちに反撃のチャンスはあるのか。

ウオスケの攻撃でマグマの中に落とされそうになり、大ピンチのルーシィとユキノだが、アルカディオスの決死の覚悟により、何とか脱出に成功する。しかし一方で、二人を助け出したアルカディオスは力尽きてしまう。「エクリプス計画が正しいかどうか、自分たちで決めればいい」とルーシィたちに伝え、マグマに沈むアルカディオス。は最早絶体絶命！ しかし、その窮地を救うため、ルーシィの星霊が突如現れるのだった。星霊の鍵を取り戻したルーシィとユキノは、ついに反撃に出る！

奈落宮での餓狼騎士団との攻防も大詰め。ミラジェーンと戦う騎士団のカミカは、多彩な効果を持つ紙を操る魔法で攻撃するが、サタンソウルで悪魔の力を接収(テイクオーバー)したミラジェーンには敵わない。同じ頃、各所で餓狼騎士団と激闘を繰り広げていたナツ達他のメンバーも、次々と敵を蹴散らしていく。仲間を想い、本気になったフェアリーテイル達には、王国最強の処刑人達も圧倒されてしまうのだった。

フィオーレ王国の影の処刑人・餓狼騎士団との闘いを制したナツ達は、奈落宮の出口と思しき扉へとたどり着く。しかし、いざ先へ進もうとすると、扉の向こう側から「マント姿の少女」が現れるのだった！ ジェラールたちがかねてから追っていた「ゼレフに似た謎の魔力」を持つという少女の正体が、ついに明かされる！？ 一方、地上の大魔闘演武決勝戦では、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが激闘の火花を散らすが、そこへ乱入する人物が現れて！？

大魔闘演武と時を同じくして、秘密裏に進められているエクリプス計画。人類存亡を懸けて計画を遂行するヒスイ姫の苦悩が、徐々に明かされる。一方、演武場では、囚われたミリアーナを救うべく、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが剣咬の虎(セイバートゥース)のミネルバと対峙する！ しかし、ミネルバに卑劣な技で翻弄され、三つ巴の戦いは思わぬ展開に！！ しかも、ジェラールを仇と狙うカグラは、彼を擁護するエルザに対しても激しい憎しみを抱き････！？

カグラとエルザは、互いに必殺技をぶつけ合いながら激闘を続けていた。傷だらけになりながらも、かつて自分を生かすために倒れていった仲間たちを想い、立ち上がるエルザ。戦いの中、エルザが語りはじめた過去の真実とは････！？ 一方、王国の運命を左右する未来からの予言をどう受け止めるか、王宮で戦いを見守るヒスイ姫の胸中は揺れ動いていた。エクリプスの扉を開くべきか否か、決断の時が迫る････！ 全ての答えは、大魔闘演武の結末次第････！！

未来から来たルーシィの口から、驚くべき体験を伝えられたナツたちに衝撃が走る！ どうすれば絶望的な未来を回避することができるのか････！？ 自らの力不足に未来ルーシィは涙するが、そんな彼女にナツは、温かい言葉をかけるのだった。その頃、大魔闘演武の決勝戦が続くクロッカスの街の一角では、鉄竜の魔法を駆使するガジルが、剣咬の虎(セイバートゥース)のローグを圧倒していた。ガジルの強さに「仲間」の意味を感じるローグ。だがそこへ謎の声が届き、ローグの身に異変が起きる････！！

大魔闘演武決勝戦で、黒い影に憑依された剣咬の虎（セイバートゥース）のローグはガジルを追い詰めていた。だがガジルは影の属性を自らも吸収し、反撃に転じる！ 猛烈な勢いでローグを翻弄するガジルの影。型破りの戦いで、勝利を手にするのはどちらなのか････！？ 王宮では、行く手を阻む王国軍兵士の魔法部隊と交戦していたナツたちの前に、またしてもあの強敵が立ちはだかっていた。悲惨な未来を変えようと奮闘するナツたちの想いと、罪人を決して許さない敵の理念がぶつかり合う！

大勢の敵に取り囲まれながら、ナツたちがなんとか突破口を開こうとしている頃、蛇姫の鱗(ラミアスケイル)のジュラとラクサスは、力の限りに激突していた。全身全霊のぶつかり合いに、胸の内が熱くたぎるのを感じる二人。エルザは己の怒りの全てをミネルバへの攻撃に込め、同様にクロッカスのあちこちでは、グレイやジュビア、ガジルたちも皆、最後の力を振り絞っていた。戦いの中で輝く若者たちの姿をメイビスが見つめる。そして今、ついに大魔闘演武････決着！！

大魔闘演武のフィナーレにクロッカスの街は盛り上がるが、ナツたちは未だ王宮の地下で餓狼騎士団に足止めを食らっていた。ところが、いきなり敵勢である王国軍兵士の「影」が動き出して････！？ 一方、ドラゴンの大群が国を襲うという予言を真実だと結論づけ、エクリプス計画の第2段階を宣言するヒスイに、地下から戻ったアルカディオスはある疑念を唱えた。時を同じくしてジェラールは、察知した謎の魔力の正体に気づき、誰もが見過ごしていた恐るべき事実に辿りつく！

影から姿を現したのは、未来のローグだった！ ドラゴンに対抗する唯一の手段を今後ルーシィが邪魔する、という理由で、未来ローグは現在のルーシィを亡き者にしようとしていたのだ。。未来ローグの攻撃を自ら身代わりとなって受けた未来ルーシィは、全てをナツに託して倒れた。自分たちのやり方で未来を守ると語るナツは、炎をまとい未来ローグの闇に立ち向かう！ だが、地上ではヒスイの指示のもと、着々と「エクリプス・キャノン」の発射準備は進んでいて･･。重々しい音を立て、エクリプスの扉が、開く。

月蝕が支配する夜空の下、ついにエクリプスの扉が開いた！ だが、ルーシィは扉を閉めなくてはならないと言い出し、扉に歩み寄っていく。襲い来る一万のドラゴンに対抗できる唯一の兵器だと未来ローグが語ったエクリプスの、真の姿とは････！？ 開いた扉の向こうに待っていたのは、誰もが予想だにしないものだった。現れた巨竜マザーグレアは大地を切り裂き、その咆哮が人々を絶望に陥れる。ナツは、そしてルーシィは、未来を守ることができるのか･･！？

未来ローグの策略も加わり、人類は４００年の過去からドラゴンの群れを招き寄せてしまった！ 操竜魔法でドラゴンを意のままに動かす未来ローグと戦うナツ。一方、グレイたち妖精の尻尾(フェアリーテイル)の仲間や他のギルドのメンバーは、街を破壊するドラゴンたちを止めるべく、それぞれに戦闘を開始していた。魔導士たちによる、人類の生き残りをかけた総力戦が始まる！ そんな中、ジェラールの手引きで、評議院に捕えられていたある男が呼び寄せられ…。

ドラゴンの群れと魔導士たちの戦いが続く中、マザーグレアから大量の卵が街に降り注ぐ！　卵から生まれた小型のドラゴンが魔導士たちにさらなる苦戦を強いるが、この時のためにドラゴンスレイヤーがいるのだというナツの言葉が、スティングたちに仲間を守る勇気を与えていた。そこに六魔将軍（オラシオンセイス）の毒の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・コブラも参戦！ 　戦況が人類に有利になったかに見えたその時、以前ナツたちがドラゴンの墓場で出会ったジルコニスが、思わぬ攻撃に出て…！？

７人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）と７体の巨竜、さらに無数の小型ドラゴンや魔導士たちが入り乱れる戦場で、ルーシィは未来の自分が残したメモを発見、そこに記された内容に驚く。一方、炎のドラゴン・アトラスフレイムを利用してパワーアップしようとするナツ。抵抗するアトラスフレイムは、必死にしがみつくナツの中に炎竜王イグニールの存在を感じとって…。果たして世界は、新たな竜の王となった未来ローグによって支配されてしまうのか…！？

世界を元に戻す為とはいえ、罪のない“現代のローグ”を短絡的に殺そうと考えたウルティアは、自分の罪深さを知り一人愕然とする。その頃、ドラゴンとの局地戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達は、ドラゴンの圧倒的なパワーに苦戦しながらも何とか踏みとどまっていた。その一角、リオンとグレイ、ジュビアは、共闘して子型ドラゴンの一掃を試みる！ しかし、死角から現れた子型ドラゴンにエネルギー弾を放たれて・・・！？

激戦虚しく、街のいたるところで魔導士の命が奪われていく。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達も苦戦を強いられ、徐々に絶望の色が濃くなる中、ナツとルーシィは、未来を守ることができるのか・・・！？ 一方ウルティアは、かつて悪魔の心臓（グリモアハート）のマスターハデスが使用を禁じた、時魔法・「ラストエイジス」について考えていた。それは、時間を戻す代わりに、術者に大きな代償を払わせる魔法だというが・・・・・・！？

エクリプスの扉を破壊すれば未来が変わる！？ 未来ルーシィの残したメモ帳から一筋の光明を見出したルーシィ達は、ありったけの魔力で扉を壊そうとする。一方、ドラゴン・マザーグレアの上では、ナツと未来ローグの激闘が続いていた。凶気によって、過去を絶望に変えることすら厭わない未来ローグに対し、ナツの怒りが爆発！ アトラスフレイムの炎を纏い、ナツ渾身の一撃が、炎の弾丸となって炸裂するのだった！！ 人と人、竜と竜、人と竜との前代未聞の闘いが、いよいよ決着の時を迎える！！！

ドラゴンとの死闘から数日後、王宮では「大魔闘演武打ち上げパーティ」が開かれることに。招待された各ギルドの魔導士たちも各々着飾って参加し、宴は大いに盛り上がるのだった。そんな中、会場の一角では、セイバートゥースのスティングたちと、かつてのギルドメンバーであるユキノが鉢合わせ！ 気まずい雰囲気に、ユキノはその場を去ろうとするが！？ さらにヒスイ姫は、エクリプス計画の責任を取る為、国王の御前に自ら進み出て！？

ジェラールとメルディは、姿を消したウルティアを探し街中を彷徨っていた。すると一人の老婆が現れ、ある女性から預かったという１通の手紙を差し出す。ウルティアからの手紙だとメルディは喜ぶが、そこには思いもかけない言葉が記されているのだった。一方、馬車でマグノリアへ帰るナツたち一行の中で、グレイは一人、浮かない顔をしていた。子型ドラゴンと戦った時の、予知のような不思議な感覚を忘れられずにいたのだ。しかもそれは、子供の頃に感じた、ある感覚にも通じるものがあって･･･！？

大魔闘演武で優勝し、マグノリアに凱旋帰京を果たしたフェアリーテイル一同は、街の人々から盛大な祝福を受け、嬉しい記念品の贈呈を受けるのだった。王国最強になったことで、その後ギルドには沢山の依頼が来てみんな大忙し。ナツ・ルーシィ・ハッピーは“モグラ退治”の仕事に出かけることにする。しかし、依頼先のドロマーズの村へ着いてみると、地面はドロドロの泥沼状態で、巨大モグラ(？)が現れる！ グレイ、エルザ、ウェンディ、シャルルにも手伝ってもらいつつ、果たして“モグラ退治”は成功するのか！？

スティングがマスターとなった新生セイバートゥースに、フロッシュと買い物に出かけていたレクターが、大声を上げて戻ってきた。フロッシュが行方不明！？ スティング・ローグ・ユキノは、レクターと共にフロッシュを探しに出る。途中、通りすがりのガジルやウェンディ達に聞き込みをしながら、ようやくフロッシュを発見！ するとフロッシュは、自力でギルドに帰ろうとしていた。ローグの発案で、フロッシュの様子を影から見守ることにするのだが･･･？ フロッシュ初めての単独行動は、珍道中で･･･！？

ギルドの地下酒場は、グレイとジュビアが依頼主から貰ってきたビリヤード台で盛り上がっていた。そこへやってきたエルザは、ビリヤードの球を見て、ある懐かしい記憶を思い起こす。それは、ルーシィがフェアリーテイルに加入する前のお話。とある街のビリヤード店に来たエルザは、フェアリーテイルの所属だと嘘をついて悪事を働く、「ムーランルージュ」という女盗賊のことを知る。ギルドの名を汚されて怒り心頭のエルザは、隣のスイーツ店にいたムーランルージュに即時対決を挑むのだが････!?

「エクリプスの扉」の件で力を貸してくれた星霊たちに、お礼をしようと考えたルーシィとユキノは、空が開けた見晴らしの良い『星の丘』にやって来た。「みんなのやってみたいと思っていることを実現させてあげよう！」と、ルーシィ達は黄道十二門の星霊を順番に呼び出していく。ナツとハッピーにも手伝ってもらって、星霊たちのおもてなしは順調!!･･･のはずが、彼らの願いは、思いもよらない個性豊かなものばかりで･･･!?

フィオーレ王国では、最近各地で異常気象や自然災害が続いており、それらが天体の異常によるものではないかと、星霊魔導士に原因調査の依頼を出した村があった。自分にぴったりの仕事だと張り切るルーシィは、ナツ・ハッピーと共に、依頼主の村へ向かう。しかし、到着してみるとそこに村はなく、いきなり巨大ウミウシが襲ってきた!! しかも、応戦しようとルーシィが黄道十二門の星霊を呼び出そうとしても、全く反応がない!? やっとのことで召喚できたホロロギウムに尋ねると、星霊界に大変なコトが起きていると告げるのだった!!

ルーシィ達の前に現れた、姿も性格も豹変し、過去の記憶もないという黄道十二門の星霊達。彼らは、「完全なる自由」を手に入れるための儀式・“リベラム”を行おうとしていた。その後、ユキノが持ち込んだ古文書によって、リベラムには“天球儀”が必要なことが分かり、ギルドの面々は、チームに分かれて情報収集に当たることに。しかしそんな中、ナツは勢い込んで、単身星霊界に乗り込んでしまう！一方、魔導図書館に着いたルーシィ達の前には、「おしおき」をしたがるバルゴが現れ、猛攻撃を仕掛けてくる!!

ルーシィ達は、リベラムという儀式で自由を手に入れた星霊達が、「12日間の命」となってしまうという驚愕の事実を知る。そこで、星霊達を守るために、儀式が行われるという“アストラル・スピリタス”の場所を探す旅に出た一同は、道中ヒスイ姫とアルカディオスに偶然出会うのだった。星霊の異変は自分のせいだと言うヒスイは、なんと彼らを「強制閉門」できる鍵を持っていた!! これで戦わずに星霊を星霊界に送り返すことができる！と喜ぶルーシィ達。しかし、そこへユキノの星霊・ピスケスが現れ、鍵を奪ってしまい･･･!?

亜空間・「アストラル・スピリタス」では、黄道十二門の日蝕星霊たちが儀式･「リベラム」を行おうとしていた。ルーシィたちも、ようやくアストラル・スピリタスへたどり着き、「儀式が成功しても、与えられる自由は12日間だけ」という事実を彼らに伝える。 後を追って来たエルザらも加わり、儀式を中断させることには成功するが、レオたちは、各星霊の宮へと繋がる12の門の中へ、それぞれ姿を消すのだった。そこでナツたちは、「強制閉門」の鍵を手に、それぞれの日蝕星霊たちの元へ向かう!!

「強制閉門」をするため、日蝕星霊を追うフェアリーテイルメンバー。ナツはレオのいる獅子宮の世界、ルーシィはバルゴのいる処女宮の世界へ。 そんな中、宝瓶宮の世界に向かったウェンディとシャルルは、遊園地のような建造物に驚いていると、「あそぼー！」と言って無邪気に攻撃を仕掛けてくる子供姿のアクエリアスに遭遇！ しかも、言葉とはうらはらにアクエリアスの攻撃は圧倒的なパワーで、ウェンディたちはあっという間にピンチになってしまい･･･!?

双魚宮の世界でピスケスと戦うミラジェーン。日蝕星霊となり水の弱点を克服したピスケス母子との、水中バトルが繰り広げられる!! 一方、磨羯宮の世界で行われていたのは…カプリコーンとレビィによる、クイズ番組形式の「カルトクイズバトル」だった!! そして、天蠍宮の世界で行われていたのは

磨羯宮の世界でカプリコーンとクイズバトルをしているレビィは、予期せぬ問題に苦戦中。一方、宝瓶宮の世界で合流したナツ、ハッピー、ウェンディ、シャルルは、レオを匂いを辿って、いつの間にか獅子宮の世界へと移動していた。処女宮の世界では、バルゴのエスカレートする

日蝕星霊との局地戦はますます白熱していく。磨羯宮でクイズ対決を繰り広げるレビィとカプリコーンは大接戦。勝負を決める最終問題は、レビィも驚く珍問が出題される！処女宮にいるルーシィは、一旦建物の外に出て、形勢を立て直そうとするのだが･･･。そして、一面砂漠の白羊宮の世界では、体中の水分を奪われ絶不調のジュビアの元に、魔導四輪に乗ったアリエスが襲いかかる！！さらに、レオを探すナツやウェンディの前に、突如不審な人物が現れて･･･！？

双児宮の世界では、ジェミニに捕らわれたガジルとリリーがリスの姿に変えられてしまっていた！リリーのサポートを得て、ガジルは小屋からの脱出を図るが･･･。同じ頃、人馬宮の世界では、エルザとサジタリウスによる流鏑馬の３本勝負が始まっていた。エルザも換装を駆使してサジタリウスに応戦。しかし、地中の障害物を上手く察知することができずに苦戦してしまう。さらに、レオを追っていたナツたちの前に現れた、黄道十二門十三番目の星霊・オフィウクスが、恐るべき真の姿を見せる！！

日蝕星霊の強制閉門に成功したエルザ達は、新たに現れたダンジョンで合流することができた。未だ戻らない仲間を心配していたところ、つい先程まではなかったはずの扉が、ダンジョンの中に現れる！一方、処女宮ではルーシィとバルゴ、天秤宮ではユキノとライブラの対決が続いていた。そして、蛇遣い座・オフィウクスによって真の姿を現したアストラル・スピリタスでは、自由になるための儀式・リベラムを再び行おうとするレオと、阻止するナツの激闘が始まる！！

ルーシィとユキノは、それぞれ処女宮と天秤宮で苦戦を強いられていた。また、ナツの勝利でレオの強制閉門を果たしたにもかかわらず、なぜか儀式・リベラムは止まらない！バトルのダメージでナツは高熱でフラフラになりながらも、オフィウクスに立ち向かう！！そんな中、ハッピーの機転でオフィウクスに攻撃を仕掛けると、アストラル・スピリタスに異変が起こり･･･！？一方、ナツ達の元へ駆けつけたヒスイは、オフィウクスの企てる真の目的に気付く！！

黄道十二門の日蝕星霊たち全員の強制閉門を果たしたナツたち。しかし、リベラムは止まらず、ついに蛇遣い座・オフィウクスの真の目的が明らかになる！ さらにナツは、オフィウクスの笛の音・“死の舞踏”により、体の自由を奪われ攻撃すらままならないピンチに陥ってしまう!! 一方、ダンジョン内のエルザたちは、古文書に記されていた“トリニタス”という言葉の意味に気付き、連携した破壊活動を始める。そして、ルーシィ、ユキノ、ヒスイは、天球儀を壊すべく、古の超魔法『ゴットフリート』の発動を試みるのだった！

リベラムの赤い光が止まった!! これでやっと星霊たちを救えると、安堵するルーシィたち。しかし、金の鍵は未だ何の反応も示さない。アストラル・スピリタスが崩壊し始めたため、一同がとりあえずの脱出を図ろうとしていたところ、突然地の底から響くような激しい雄叫びが耳をつんざく。リベラムの阻止が間に合わなかったのだ！ 助けを求めて来たホロロギウムに導かれ、ナツたちは覚悟を決めて星霊界へ。到着した一同が目にしたのは、荒廃し強風吹きすさぶ世界。そして、雄叫びの主は、星霊獣と化した日蝕星霊王だった!!

星霊獣に外側から攻撃を続けるエルザたち。一方、勢いを付けて星霊獣の体内へ飛び込んだナツとハッピーは、ロキの匂いを追って先を急ぐが、辺りは混沌とした暗闇で、隕石の攻撃も受けて苦戦を余儀なくされてしまう。しかし、遂にナツたちは、星霊獣の体の中心にたどり着き、今回の危機の起因ともなる恐るべき現象を目の当たりにするのだった！ 星霊界は、星霊獣によって最早崩壊寸前。絶体絶命の瞬間(とき)に試される、仲間との絆！ ナツやルーシィたちは、星霊たちを救うことができるのか！？ 日蝕星霊編、いよいよ完結。

フェアリーテイルに平和な日常が戻って来た。アルザックとビスカに頼まれ、彼らの一人娘・アスカを１日預かることになったナツ。ジュースを奢ったりして面倒見の良いナツ…のはずが、射的ゲームでアスカに負けて、彼女の頼みを１日何でも聞いてあげることになってしまう！ 「仕事がしたい」というアスカの願いに応えるため、ナツ・ルーシィ・ハッピーは、アスカと共にギルドの依頼をこなすことに…。一方、ケーキを食べたいアスカのために、エルザやウェンディが一役買った末、何故か「フィオーレ一」のケーキ作りが始まってしまう。

朝から上機嫌でシャワーを浴びるジュビア。なぜなら今日は、ジュビアがグレイと出会って「413日目の記念日」だから！ 記念日なら贈り物をしてはどうか、というエルザの提案で、ジュビアは早速プレゼント選びを始める。しかし、グレイが喜びそうなものが何かを、ギルドの仲間たちに相談しても、ジュビアに返ってくる答えはどれも個性的なものばかり･･･。気付けば、外は今にも雪が降りそうな空模様。紆余曲折を経て用意したプレゼントを、ジュビアはグレイに渡そうと頑張るのだが･･･！？

料理を美味しくしたり、万能薬にもなるという魔法の氷・ハコベアイスを見つけて取ってくる依頼を請けたナツ・ルーシィ・ハッピーは、極寒のハコベ山へやってきた。簡単な仕事だから楽勝！と、張り切るルーシィだったが、急な雪崩と猛吹雪で３人は身動きが取れなくなってしまう！！しかも、偶然見つけた洞窟に入って吹雪が止むのを待とうとするが、なんとそこは、世にも恐ろしい「生きた洞窟」で、３人はいとも簡単に閉じ込められてしまい･･･！？

たくさんの依頼をこなすために、もっといろんな魔法を覚えたいと考えたルーシィは、ミラジェーンに頼んで「変身魔法」を教えてもらうことに。興味を持ったナツとハッピーも、ルーシィと一緒に変身魔法のお勉強。そして、彼らから少し離れたところにも、変身魔法を隠れて練習する人たちがいた･･･。一方その頃、エルザ・ウェンディ・エバーグリーン、そして何故かガジルとパンサーリリーは、街のとある洋服店でショッピングをしていた。エルザとガジル、リリーは、その店である「スーツ」に目が留まり･･･！？

ある日空から大きな卵が降ってきた！ ナツの顔面に直撃した卵･･･孵化させてみると、なんと黒い謎の生き物が誕生した。ナツはそれに「ケモケモ」と名付けて、新しい家族として可愛がる。同じ頃、魔法評議院の図らいで、大魔闘演武上位６ギルド間での交換留学制度が始まる事に。ナツは、ケモケモを知っている人を探すため、いつものメンバーと共に留学先のギルドへ向かう。しかし、お騒がせのナツたちが行く先々では、当然のように（？）珍騒動が発生！ しかもケモケモは、その間どんどん体が大きくなっていき・・・！？

魔法評議院の要請で、セイバートゥースと共に、謎の島を探索することになったナツたち。数日前に近海に現れたというこの島は、なぜか木々が青々と茂っていて、正体不明の生体反応もあるという。島に上陸し分散して探索を始めると、突如海の魔物・シーサーペントが襲来し、一同は早々にピンチに陥ってしまう！！急ぎ遺跡の中へ逃げ込み、難を逃れることが出来たナツたちは、遺跡内部でとある壁画を見つけるのだった。しかしその頃から、これまでナツと行動を共にしていたケモケモにも更なる異変が起こり始めて・・・！？

フェアリーテイルのリクエストボードに１枚だけ掲出されている依頼書、それはラクサスを指名するものだった。ラクサスは雷神衆のフリード、エバーグリーン、ビックスローと共に雷被害に悩まされている依頼先の町・ボルナットへ向かう。町に到着すると落ちてくる雷を次々と受け止めるラクサス。そんな姿を見た町の人々は、ラクサスをヒーローとして歓迎し、依頼人である町長もラクサスを称えるのだった。しかし、その後町長が言うには、この町の雷騒ぎの原因は、実はラクサス本人であるということで・・・！？

フェアリーテイルのあるマグノリアの街に、ヤジマが経営するレストラン２号店がオープンされることになった。ルーシィやエルザ達は、ウェイトレス姿や着ぐるみ姿で手伝いをし、店はにぎわいを見せていた。そんな平和なマグノリアに、世にも恐ろしい魔の手が忍び寄る・・・！！ 街の片隅から始まった、あまりにも突然に訪れた恐怖。何やらブルーペガサスの一夜に関わりがあるのでは、と推測されるが、原因を突き止める間もなく、街には悲鳴がこだまするのみであった・・・。

大魔闘演武優勝の功績により、フェアリーテイルには連日依頼が殺到。ギルドに新しく建設された大浴場では、日々の疲れを癒すメンバーたちが、それぞれ会話に華を咲かせていた。そんな中、女湯ではルーシィの前に突如珍客が現れるのだった！！ それから数日後、ギルドではナツとグレイが大喧嘩をしていた。そこへ、彼ら2人を指名する緊急の依頼書が舞い込む。依頼内容を見たマカロフは驚愕。依頼者は、聖十大魔道の一人で、イシュガルの四天王と呼ばれる偉人からのものだったのだ！！

聖十大魔道でイシュガルの四天王の一人、ウォーロッド・シーケンの依頼を請け、ナツ達は「太陽の村」に到着する。建物・生き物すべてが凍り付くこの村は、驚くべきことに巨人の村だった！しかも、村を覆う氷は、ナツの炎でも溶かすことのできない、不思議な魔力を帯びている。そんな中、村の秘宝「永遠の炎」を狙うトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）が現れた！なんと彼らは、村の氷を溶かすことができるという「月の雫（ムーンドリップ）」を持っており、ナツたちは交戦を余儀なくされるのだが･･･。

凍った村を元に戻す手がかりをさがすため、ひとり別行動をしていたエルザは、何の因果か、突然子供の姿になってしまった！！一方、月の雫（ムーンドリップ）を持つトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）を追いかけるナツたちは、意外と強い彼らに苦戦気味。そんな折、一部だけ氷が溶けた地面から、ナツはとある声を感じ取る。どこかで聞いたことのある声、聞こえてくる声の元を目指して走り出すナツ！しかし、その先でナツも何故か子どもの姿になってしまい･･････！？

風精の迷宮（シルフラビリンス）と対峙するルーシィ・ウェンディの下に、元・大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のフレアが加わった！ 彼女は、凍りついてしまったこの「太陽の村」と何か関わりがあるらしいのだが･･･。一方、突如子供の姿になってしまったエルザの前には、闇ギルドに身を落とした元・剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが現れ、執拗に襲いかかるのだった！！ そして更に同じ頃、別行動をしていたグレイの前にも、新たな敵の陰が近づいてきて･･･！？

闇ギルド・夢魔の眼（サキュバス・アイ）のドリアーテが使う魔法「退化ノ法」により、それぞれ子供の姿に変えられてしまったナツ・グレイ・エルザ。体格が変わり、力や速度、耐久力、魔力が低下し圧倒的不利な中、グレイは造形魔法と持ち前の機転によって、臆することなく眼前のドリアーテに対抗する。善戦の甲斐あり、ドリアーテの魔法が解けて、元の姿に戻ることができたグレイ達。しかしそれも束の間、戦況は一変する！ なんとドリアーテが激しい息遣いと共に巨大化し、異形の姿へと変化してしまうのだった！！

凍りついた”永遠の炎”を溶かす方法に心当たりがあるというグレイ。その言葉を信じたナツは、一行をしつこく追い回す怪鳥と戦う役を一人で引き受ける。ナツが怪鳥と激闘を繰り広げる間に、グレイは永遠の炎に直接触れる。山ほどの大きさの氷を溶かす方法とは、魔力を通して「自分の氷に作り替える」こと。グレイの魔力によって氷は見事に溶けおちたが、その跡には肝心の”炎”も残っていなかった。全員が動揺する中、ウェンディだけが何かの気配を感じ取っていて……？

復活した”永遠の炎”によって、村の氷は溶けおちた。ナツたちは、炎の残留思念から、ゼレフ書最凶最悪の悪魔”END”の名を知らされる。一方、氷漬けから解放された巨人たちは、祝いの宴を行う。しかし、その席にフレアの姿がない。かつてこの村を捨てて出て行ったことが後ろめたくて宴に参加するのをためらっていたのだ。そんなフレアを、巨人たちは体と同じくらい大きな心で、再び迎え入れるのだった。すべてが落着したと思われたその裏で、しかし闇ギルド「冥府の門（タルタロス）」はすでに暗躍をはじめており……？

冥府の門への対策会議が行われていた魔法評議院ＥＲＡが、何者かによって襲撃、爆破されてしまう。９人の評議員は全員死亡。生き残っていたドランバルトの前にあらわれたのは、犯人を自称する半獣の男。男は自らを、冥府の門・九鬼門の一人、ジャッカルと名乗った。一方、妖精の尻尾（フェアリーテイル）へ帰ってきたナツたちは、ゼレフ書の悪魔・ＥＮＤの正体を調べていたが……。

レストラン・８アイランドを急襲した九鬼門・テンペスター。居合わせたフリード、ビックスロー、エバーグリーンが応戦するも歯が立たない。そこへラクサスが参戦、テンペスターとの激闘が始まる。三人を圧倒したテンペスターだったが、ラクサスの凄まじい戦闘力の前に敗北。勝利を諦めたテンペスターは、自らの命と引き換えに、全身を「魔障粒子」という物質に変え、町中を汚染してしまう。次々と倒れていく住人たちを救うためにラスサスがとった手段は……？

元評議員たちを狙い始めたタルタロスに対し、フェアリーテイルはチームに分かれ、それぞれ護衛の任に就く。ナツたちが訪れたのは、元評議員・ミケロの家。そこを九鬼門・ジャッカルが強襲、ナツとの激しい戦闘が始まる。関係のない町の人々を巻き込んで爆発を引き起こすジャッカルに対し、猛攻を仕掛けるナツ。はじめはナツがジャッカルを圧倒するが、ジャッカルにはまだ奥の手があり……？

ナツとジャッカルの激戦は続く。触れたものを爆弾に変えるジャッカルの呪法に、苦戦を強いられるナツ。しかし、ナツが爆発を「食う」コツを摑んだことで、形成は逆転。追い詰められたジャッカルはついに本性を現し、悪魔の姿となってナツに襲い掛かる！　ジャッカルの変身に動揺しながらも、ナツはその拳に「戦う理由」を宿し、強敵に真っ向から立ち向かう！

タルタロスが狙う白き遺産<フェイス>。その正体は、大陸中の魔力を消滅させる兵器、魔導パルス爆弾だった。魔法評議院の元議長・クロフォードの家へ向かったエルザとミラジェーンは、<フェイス>の保管場所を尋ねる。その時、クロフォードの家をタルタロス兵が襲撃！ エルザとミラジェーンの共闘がはじまる。一方、ドランバルトとの取引で牢から脱出したオラシオンセイスたちの前には、ジェラールが現れ……？

タルタロスに捕らえられたエルザとミラジェーンを救出するため、敵の本拠地へと乗り込んだナツとハッピー。出くわした九鬼門のひとり・フランマルスが２人に襲い掛かる！　仲間を奪われた怒りを力に変え、ナツはフランマルスに対して優勢な戦いを続けるが、その時、敵に増援が現れる。同じく九鬼門のひとり“絶対零度のシルバー”。その男の匂いに、ナツはある違和感を感じ取るが……。

牢に囚われたナツとリサーナ。セイラに操られ、不審な行動を取るエルフマン。そして元議長・クロフォードとフランマルスは、フェイスの封印を解くためにジェラールの行方を探す。そんな時、自分がタルタロスの標的になっていることを知らないジェラールは、荒野でオラシオンセイスとの激闘を続けていた。たったひとりで４人を相手に奮戦を続けるジェラールだったが、思いがけない窮地が彼を襲い……？

セイラの呪法に操られたエルフマンによって爆破されてしまったフェアリーテイル。ギルドは粉々になってしまったものの、メンバーたちは危機一髪、カナの魔法によってカード化され、難を逃れていた。一方、タルタロスのアジトでは、捕らわれていたナツ、リサーナ、エルザ、ミラジェーンたちがそれぞれ自由の身に。フェアリーテイルの反撃がはじまる！！

仲間たちを探してタルタロスのアジト内を駆けまわるナツの前に現れたのは、黒魔導士ゼレフ！　挑みかかるナツを軽くいなしたゼレフは、意味深な言葉だけを残し、再び姿を消してしまう。その頃、管制室らしき部屋にたどり着いたルーシィたちは、すでに魔導パルス爆弾・フェイスが起動してしまっていることを知る。そして、フェイスの発動を阻止しようと行動を起こそうとした彼女たちの前に、２人の九鬼門・フランマルスとキースが立ちはだかるのだった！

キューブ内でナツたちの前に立ちはだかるフランマルスは、自身の持つ「最強の魂」に変身する。その魂とは、かつてナツたちを追い詰めた悪魔の心臓(グリモアハート)のマスター、ハデスだった！　一方、ミラジェーンはセイラと、エルザはキョウカと、グレイはキースと、それぞれ激闘を繰り広げていた。そして動き出したフェイスを止めるため、出現場所に急行するウェンディとシャルルを、九鬼門・エゼルが襲う！

フェイス発動を止めるため、九鬼門・エゼルに立ち向かうウェンディ。苦戦しつつも、ドラゴンフォースを手に入れ、反撃をはじめる！　しかし、エゼルもまた九鬼門としての意地を見せ、戦いは拮抗状態へ。フェイス発動の瞬間が刻一刻と迫る中、全力を出しつくしたウェンディの一撃がついにエゼルを倒し、背後にそびえていたフェイスまでも破壊する。しかし、発動までのカウントダウンは依然止まらず……？

フェイス発動のカウントダウンが完了したのに魔力がなくならない!? ウェンディとシャルルが見事「フェイス」を破壊したことを感じ、勢いを取り戻すナツたち「フェアリーテイル」のメンバー。想定外の事態に困惑するタルタロス・九鬼門だったが、それも束の間。ハデスの魔を吸収したフランマルスはさらなる強力な呪法でナツ・ルーシィ・ハッピーに襲い掛かり、エルザの前には、悪魔として転生した「ネオミネルバ」が現れる…!!

「フェアリーテイル」と「タルタロス」の激闘は加熱の一途をたどる。そんな中ジェラールは「六魔将軍(オラシオンセイス)」を伴い、山深い廃墟でその身体を休めていた。六魔との闘いで深刻なダメージを負ったジェラール。ホットアイはメルディとともにジェラールを介抱していたが、他の者たちはいまだジェラールへの態度を決めかねていた。そこへ現れた「悪魔の心臓(グリモアハート)」のラスティローズ！ 思いがけないラスティの出現が、全員の運命を大きく動かす…!!

悪魔の本性を表し、ミラジェーンに襲いかかる九鬼門のセイラ。その圧倒的なパワーと、暴走とさえ言える攻撃性に、シュトリとなったミラには抗うすべが見つからない。絶体絶命の時、ミラの脳裏に浮かんできたのは、ある思い出…。命にかえても家族を守らなければいけない！ ミラの心に秘められた、ストラウス家の過去が明かされる。一方、冥界島(キューブ)では、いよいよ“冥王”マルド･ギールが姿を現し、戦局を大きく変動させるのだった…!!

突如鳴動を始めた冥界島（キューブ）は、その姿を“冥王獣（プルトグリム）”に変え、フェアリーテイルやタルタロス兵を吸収してしまった!! プルトグリムの体内で、壁や地面に取り込まれ石のように動かないナツやハッピーたち。ただ一人難を逃れたルーシィだったが、九鬼門、そして残ったすべてのタルタロス兵から狙われてしまう。ギルドのみんなを取り戻すため、ルーシィは持てる魔力を振り絞り、星霊三体同時開門を試みるが･･･。

マルド・ギールが発動させた大呪法・アレグリアにより、冥王獣(プルトグリム)に取り込まれてしまった“妖精の尻尾（フェアリーテイル）”の面々。その中でただ一人難を逃れたルーシィは、大切な星霊の鍵を壊すという最大の犠牲を払い、星霊王を召喚する！ 星霊王とマルド・ギールのバトルがド派手に始まり、と同時に、悲しみにうつむいたままのルーシィに襲いかかるジャッカルの爆撃！ ルーシィはこの危機を乗り越えることができるのか!?

フェイスは止めた！ 空飛ぶ本部も落っこちた！ “冥府の門（タルタロス）”壊滅に向け、一気呵成に攻めかかる“フェアリーテイル”。しかし、九鬼門は誰一人劣勢を意に介すことなく、その攻撃を撃ち返してくる。まだ…終わってはいない…？ 死を覚悟して一機のフェイスの起動を止めたウェンディとシャルルが知ったのは、すべてをふりだしに戻し、さらに状況を“二千倍”悪化させる衝撃の事実だった!!

大陸中の魔法を消滅させてしまう魔導パルス爆弾・フェイス。それは一機だけではなかった。今や大陸には確認されているだけでも二千機のフェイスが出現し、起動までのカウントダウンを進めている！ 絶望的な状況にあっても、前を向き明日をつかむための戦いを続けるナツたち。「剣咬の虎（セイバートゥース）」のスティング＆ローグも加わり、今も戦況は刻一刻と変化する。そんな中、シルバーと相対するグレイは、同じ氷の属性を持つシルバーに、自身の人生を変えるほどの告白を聞かされて……!?

シルバーの肉体はすでに亡くなっていたグレイの父のもの。その肉体を操っているのは、師匠・ウルがその生命をもって封印したはずの悪魔・デリオラ！ 父の身体と師の思い、グレイにとって最大級に大切なものが踏みにじられているこの状況。その上同じ属性を持つシルバーにグレイの魔法は効かないが、シルバーの“滅悪魔法”はグレイの身体を切り刻むことができる。絶望に絶望が重なる中で、グレイが見出した勝機とは!?

「アンタはデリオラじゃねえ…オレの…親父だろ…」ついにシルバーを打ち倒したグレイの口から絞り出された衝撃の真実！ その問いに答えるように、シルバーは自分がここへとたどり着いた道のり、グレイと戦わなければいけなくなった悲しみの過去を語る。父と子といえど、今は「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」。グレイは、実の父にとどめを刺すことができるのか…!? そんな中、突然ジュビアに届いたシルバーの声。そこで頼まれたある願いとは…!?

フランマルスから制御室の場所を聞き出したエルザたちは、魔導パルス爆弾・フェイスを止めるため、瓦礫となったプルトグリムの中を急ぐ！ 同じ頃ついにジュビアがキースを倒し、ナツとガジルの前に残ったのはトラフザーとテンペスター。滅竜魔導士(ドラゴンスレイヤー)達はそれそれ“雷炎竜”と“鉄影竜”にモードを切り替え、悪魔たちもエーテリアスフォームとなってそれに対抗する!! しかし、その後トラフザーの呪力により、ナツたちの周りには黒い液体が溢れだして…!?

トラフザーが作り出した冥界の黒い水の中で動けなくなってしまったナツ、ルーシィたち。体を鉄へと変化させて、悪魔の攻撃にかろうじて意識を保ち対抗するガジルだったが、このままでは呼吸がもたない。限界寸前のガジルのもとに、間一髪レビィの救いの手が届いた！ さらにレビィの魔法のサポートも受けて、ガジルの反撃が始まる。今回の「冥府の門(タルタロス)」との戦いで、ある特別な思いを抱えていたガジル…。初めて明かされる、ガジルの胸に秘められていた悔恨とは…!!

力を使い果たしたガジルを襲うテンペスターの前に立ちはだかったのは…ラクサス！ 魔障粒子に侵された身体に鞭打ってテンペスターと戦うラクサスだったが、その気力もついに限界を迎える…。“家族”を背負って戦うラクサスが、最後にとった反撃の手段とは!? そして、さまざまな場所で同時に進行する「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の戦い。制御室にたどり着いたエルザたちの前にも、またもや敵が現れて!? 「フェイス計画」を阻止し大陸を守るため、戦いはいよいよ最終局面に突入する!!

全フェイス発動まで、残り３２分。発動を阻止するため、エルザは最後に残った九鬼門・キョウカと対峙する。互角以上の戦いを繰り広げるが、決着をつけるには至らない。一方、ナツたちも意識を取り戻し、最終局面に臨もうと意気込んでいた。そのとき、突如としてウェンディが昏倒。時を同じくして、辺りに轟音が響き渡る。聞く者すべてを震撼させたそれは、絶望のはじまりを告げる咆哮だった

「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の激闘に呼び寄せられたかのように、突如として姿を現したアクノロギア。そのアクノロギアに立ち向かうべく、ナツがずっと探し続けていた火竜・イグニールが、突如眼前に現れた！ 二頭のドラゴンは上空で死闘に突入するが、気持の整理がつかないナツは、その争いに割って入る。口論の末、イグニールはナツに一つの依頼を出すのだった。「マルド・ギールの持つ本を奪え」と！　イグニール vs.アクノロギア、ナツ vs.マルド・ギール。決着、近づく!!

フェイスと生体リンクを行い、エーテリアスフォームとなったキョウカ。これまで互角の戦いを続けていたエルザだったが、一秒ごとに魔力を増していくキョウカの前に、成すすべもなく倒れてしまう。痛覚を剥き出しにされ、五感すべてを奪われ、嘲笑され、罵倒され、それでもエルザは傷だらけになって立ち上がる。エルザの道を照らすもの——それは、仲間を想う、強い気持ち！

空中ではアクノロギアとイグニール、地上ではナツとマルド・ギールの戦いが続いていた。マルド・ギールに押されつつあったナツのもとに、「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜、スティングとローグが駆けつける！　共闘する３人のドラゴンスレイヤーを前に、防戦を強いられるマルド・ギール。やがて、その顔から余裕が失せ、ひとつの表情が現れる。それはまぎれもない、怒りの形相——!!

フェイスを止めるために、ルーメン・イストワールを解き放つことを決心したマカロフ。一方、余裕を取り戻したマルド・ギールは、ナツたちに「ゼレフ書の悪魔」について語りはじめるのだった。ゼレフは何故悪魔を創造したのか、そして、彼らの最終目的・願いとは!? 明かされた、身勝手とも言える理屈に怒りを覚えつつも、攻勢へ転じることができないナツたち。しかしそこへ、絶大な“魔力”を手にした人物が現れて!?

ナツ＆グレイ vs.マルド・ギール、スティング＆ローグ vs. ジエンマ！「冥府の門(タルタロス)」との激闘は最終局面に突入する。悪魔に転生したかつてのマスターの前に、苦戦を強いられるスティングとローグ。しかし、今度こそ本当の意味で強いギルドになるため、「フェアリーテイル」のようになるため、２人は死力を振り絞る。その強い思いが届いた時、ナツとグレイによる、マルド・ギール・タルタロスへの反撃がはじまるのだった！

マルド・ギールの放った究極の呪法「メメント・モリ」によって、力尽きたかと思われたナツとグレイ。しかし、半身を悪魔の力で覆ったグレイが、わが身を盾にしてナツを守っていた。グレイの決死の想いを受け取ったナツが、ドランゴンフォースを纏って反撃に出る！ 圧倒的な攻撃を仕掛けるナツだったが、紅蓮鳳凰劍を喰らってなお、マルド・ギールは倒れない。しかし、そこに追撃の矢が！　同時に、フェイス発動のカウントダウンがついに00:00を指し示し――!?

ついに発動してしまったフェイス！ しかし、大陸を絶望に陥れるはずだったその兵器は、ドラゴンたちによって一掃されるのだった。勝利の喜びに沸く一同、しかしそこに水を差すようにアクノロギアが攻撃を再開。炎竜王イグニール vs. 闇の翼アクノロギアの、最後の激闘がはじまる。時を同じくして、、ENDの書をめぐり対立するナツとグレイ。しかし、本は突然現れた男によって奪われてしまう。その男こそは、悪魔たちの生みの親、黒魔導士ゼレフ——!!

イグニールの命と引き換えに、片腕を失ったアクノロギアはいずこかへ姿を消し、長きにわたった激闘についに終止符が打たれた。同じく、グランディーネ、メタリカーナ、バイスロギア、スキアドラムにも永遠の別れの時が訪れる。悲しみの涙を流すナツの心に響いたのは、イグニールの最後の言葉だった……。多くの傷跡を残しながら「ひとつの時代」が終わり、新たなる物語が幕を開ける——！

魔導士ギルド「妖精の尻尾」。その創設秘話がついに語られる。ナツたちの時代から約100年前、初代マスター・メイビスは、まだ魔法も使えない少女だった。幼くして両親を亡くしたメイビスは、魔導士ギルド「赤い蜥蜴」で働いていた。厳しい環境にありながら、いつか妖精に会うことを夢見るメイビス。しかし、その夢をあざ笑うかのように、ギルドは突然の襲撃を受ける……。

魔導士ギルド「赤い蜥蜴」が「青い髑髏」に襲われてから７年後のx686年。唯一生き残ったメイビスとゼーラは、天狼島で暮らしていた。図書室の片付けをしている２人の前に現れたのは、島の宝である天狼玉を探しに来たトレジャーハンターのユーリ。ユーリは天狼玉の在り処を聞き出すため、メイビスに「相手の真実を当てるゲーム」を仕掛ける。この出会いが、すべての冒険のはじまりだった！

盗まれた天狼玉を探すため、ユーリたちとともに島を出たメイビスとゼーラ。生まれてはじめて島から出たメイビスは、見るもの触れるものすべてに興味津々。ユーリの仲間であるプレヒトやウォーロッドとも親睦を深めようとするが、いまいち上手くいかない。そんな航海の途中、ひょんなことから海底神殿を見つけたメイビスは、新たな仲間のために、財宝を探しに行くことに。けれども、その神殿には、罠や怪物がいっぱいで!?

天狼島を出たメイビスとゼーラがはじめてたどり着いた地「港町ハルジオン」。人の多さに圧倒されるゼーラと、はじめて触れる町にはしゃぐメイビス。子連れの旅にまだ納得していないプレヒトは、“青い髑髏(ブルースカル)”の情報を集めるために、ひとり聞き込みへ行こうとするが、そこにメイビスがついてきてしまう。チグハグなふたりが足を踏み入れたのは、町はずれにある、怪しい雰囲気の酒場だった。

魔法の力を使って“青い髑髏(ブルースカル)”の情報を聞き出すことができたメイビスは、ユーリたちと共に敵ブルースカルの本拠地があるというマグノリアへ向かう。途中、森でキャンプをすることになった一行。森を探索する中で、不自然に枯れている植物や動物の死骸があることに気付く。似た光景を見たことがあるというトレジャーハンターの３人は過去の遺跡での出来事を思い出すのだが、そこからユーリとウォーロッドの口喧嘩が始まって…パーティーは解散の危機！？

商業都市マグノリア。ようやく目的地にたどり着いたメイビスたちが目にしたのは、荒れ果てた街の姿だった。辺りの様子を見てみることにした一行は、「青い髑髏(ブルースカル)」の紋章をつけた魔導士が、か弱い親子に向けて魔法弾を撃っていている場面に遭遇。助けた親子から、「ブルースカル」の市民に対する圧政の実情を知らされるのだった。その後再び市民を襲うブルースカルの魔導士に対し、魔法を使って応戦するメイビスたち。しかし、そこへブルースカルのマスター、“ジョフリー”が現れて･･･！？

判断ミスによりユーリに怪我を負わせてしまったと落ち込むメイビスは、潜伏先の森の奥で、謎の青年と出会う。「自分に近づく者は皆死んでいく」という青年にかけられた呪いが、「アンクセラムの黒魔術」だと看破したメイビスは、自分達に魔法を教えて欲しいと青年に頼み込む。名を名乗らず、メイビスたちと距離を置こうとする青年。彼こそは伝説の黒魔導士・ゼレフ！ かくして、数奇な運命の巡り合わせにより、メイビスたちはゼレフから直々の魔法指南を受けるのだった。

ゼレフの教えによって魔法の力を身につけたメイビスたちは、圧制に苦しむマグノリアの街を救おうと立ち上がる。反撃の時は来た！ 青い髑髏(ブルースカル)へ不満を持つ市民を集めることに成功し、彼らと共にブルースカルのギルドへと向かう。しかし、いくら黒魔導士直伝の魔法が使えても、正面から戦って魔導士ギルドのマスターであるジョフリーには勝つことはできない･･･。そう判断したメイビスは、とある作戦を立てるのだった。

青い髑髏(ブルースカル)の本拠地・カルディア大聖堂で、ついに天狼玉を発見したユーリとプレヒトだったが、天狼玉にはメイビスたちの知らない危険な秘密があった！ 天狼玉に支配され、青い髑髏(ブルースカル)の「骨の竜」と一体化し暴走するユーリ。圧倒的な力で街を破壊し続けるユーリに、絶望の色を隠せない仲間たち・・・。しかしその中で唯一、メイビスは「古代の超魔法」でユーリを助けようと立ち上がるのだった！

青い髑髏(ブルースカル)の支配から解放されたマグノリアの街は、ギルドがなくなったことで経済が混乱していた。一方、メイビスが自身の犠牲を払ったことで助けられたユーリは、彼女のためにある重大な真実を告げる！ それは、メイビスにとってはあまりにも衝撃的で、信じられない内容なのだが、ゼーラはメイビスが歩き出せるよう、励ましの言葉を贈る。天狼島から始まった物語は、ここに一つの終焉を迎える。メイビスは前に進むため、大いなる決断をするのだった！

「冥府の門(タルタロス)」との激闘の果て、「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」のギルド解散を告げられてから１年後、ルーシィはフィオーレ王国の首都クロッカスで暮らしていた。今年の大魔闘演武を取材するルーシィの今の職業は、なんと「週刊ソーサラー」の記者！ その目的は、ギルドが解散してから各自の道を進み始めたフェアリーテイルのメンバーの情報を集めるためなのだが･･･。

修行の旅に出ていたナツは、１年前とは比べ物にならないほどの魔力を宿して帰ってきた！ しかし、帰還早々大魔闘演武でひと暴れして、ハッピー共々捕られてしまうのだった！！ その後ようやく解放された２人が聞いたのは、あまりにも意外な妖精の尻尾(フェアリーテイル)解散の事実。解散を受け入れているかのように話すルーシィに、ナツは怒りをぶつける。しかしその晩、ルーシィの家で彼女の本当の気持ちを感じ取り、ナツは新たな決意をするのだった。