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ほかの誰にも聞こえない不思議な「声」が聞こえる中学生・九ノ瀬宙太（ここのせ　ちゅうた）は、無意識にその「声」と会話してしまうせいで、まわりから独り言が多い変人と思われてきた。今日も独り言にせいでクラスメイトの美少女・其方美鈴（そのかた　みすず）に軽蔑された宙太は気を落とすが、そんな中、ふいに不思議な光を目にする。そして気づくと「宇宙警察・エルドライブ　太陽系方面署」の中にいて……!?　そこでは署長のレイン・ブリックを中心に、さまざまなエイリアンたちが、日夜、宇宙の平和を守るために働いていた。

突然、宙太のからだから現れた奇妙な生命体「共生体（モニタリアン）」――。　それが宙太にだけ聞こえる「声」の主だった。個体名を持たないこのモニタリアンは、何気なく宙太が口にした「ドルー」という名前が気に入り、宙太とドルーの新たな共同生活が始まった。 宙太とドルーがエルドライブ署員として働くことになり、ふたりは美鈴と同僚になる。だが、美鈴の宙太への態度は相変わらず批判的で冷たい。そんな中、凶悪なエイリアン犯罪者が脱獄する事件が発生し……。

偶然、万引き犯と遭遇した宙太は、とっさにドルーとの共生技を発動する。だが犯人逮捕に失敗したばかりか、おばのミミを巻き込んでケガをさせてしまう。美鈴の話から万引き犯がエイリアンだと知った宙太は、独自に犯人を逮捕しようと決意。エイリアンが持つ固体特有の体臭「ＳＰＨ（スペースフェロモン）」を追跡しようと、「ＳＰＨ調査室」のメリエスに協力を頼む。ところがこの犯人は、ただの万引き犯ではないようで……。

学校での朝礼中に、突然、美鈴と奇妙なニオイを嗅いだドルーが気を失う事件が発生。さらには宇宙を股に掛ける巨大犯罪組織「デミル」所属の艦が太陽系に向かったとの報告が入り、エルドライブ太陽系方面署はにわかにあわただしくなる。時期を同じくして、宙太たちの学校に数人の転入生があったことから、宙太たちに、今回の事件と何か関係があるのかどうかを探る任務が与えられる。

小学生のとき宙太は、岩場の崩落事故で仲のよかった三人の幼なじみを亡くした――。　自分が言い出したことが原因で、幼なじみたちを事故に巻き込んでしまったことをずっと悔やみ、自身を責め続けてきた宙太だったが、そんな宙太の前に死んだはずの幼なじみ・溝口健（みぞぐち　けん）そっくりの少年が現れた！　思いがけないできごとに戸惑う宙太は、どんなに望んでも伝えられなかった謝罪の思いでいっぱいになるが……。

宙太たちに、要人を保護する任務が与えられた。保護する人物は宇宙最高の科学者のひとり、Ｄｒ.ラヴ。レイン署長から指示を受け、今回、共同作戦を行うことになった捜査５課のリーダー、ベロニカと捜査員のニノチカと合流した宙太たちは、早速Ｄｒ.ラヴと接触をはかろうとする。だが、そんな一同の前に衝撃の光景が！？

Ｄｒ．ラヴと会うはずだった場所でたたずむ謎の少年――。少年の異様な行動と言動に宙太たちは驚くが、そんな一同をさらに驚かせるできごとが起きる！　共同作戦のため、ともに行動していたはずのニノチカが、いきなり宙太たちに攻撃を仕掛けてきたのだ。しとやかな外見に似合わず高い戦闘力を持つニノチカに対抗するため、ドルーとの共生技を発動する宙太だったが、力の差は明らかで……。

苦しい戦いの中、「アップデート」を成功させたドルーと宙太。アップデートのおかげでパワーアップし、新しい力も使えるようになったふたりの反撃が始まる！ 一方、エルドライブ・太陽系方面署内では思いがけない混乱が起きていた。突如、一部の署員たちが暴動を起こし、あちらこちらで小競り合いが始まったのだ。この事態にレイン署長は、署内にいる危険人物を捕らえ混乱を収めようと「コード９」を発令する。

地球の同じ支部で仕事をするため、Ｄｒ．ラヴの事件で共同作戦を行ったベロニカたちが、宙太の学校に転入生としてやってきた。呆気にとられる宙太と美鈴だが、そんな中、宙太は、友達のタテヤンから、転入生たちや美鈴と一緒にボウリングに行こうと誘われる。レイン署長から、付近のボウリング場で観測された微弱なＳＰＨの調査を依頼された宙太たちは、捜査もかねてみんなでボウリングに行くことになり……。

エルドライブ太陽系方面署には、日々さまざまな犯罪に関する相談が持ち込まれる――。　その中に、複数の事件に同一の宇宙人がかかわっていると思われるものが!?　ところが容疑者として浮かび上がった宇宙人には、同じ顔をした別人が多数いることがわかり……。そして、またしても同じ顔をした犯人がかかわっていると思われる事件が発生。果たして犯人は、同一人物なのか？　それとも同じ顔をした別人たちなのか？

宙太が捜査４課に臨時で配属されることになった。４課の課長ヴェガ・ヴィクターは気さくな性格で、宙太とは年齢的にも近いこともあり、ふたりはすぐに親しくなる。そのふたりがタテヤンに誘われ、一緒に美術館に行くことになるが、そこで開催されていたのは何と裸婦像ばかりの絵画展で……!?　そんな中、突然宙太の警察バッジに通信が入る。 一方その頃、宇宙犯罪組織・デミルでは、地球侵略への新たな作戦が動き出していた――。

宙太の不注意とスパイの暗躍により、デミルからの攻撃を受けたエルドライブ太陽系方面署と地球は大きな混乱と被害に見舞われた。デミルは地球にさらなる攻撃を仕掛けることを宣言し、撤退の条件として「九ノ瀬宙太とモニタリアンを引き渡せ」と要求。責任を感じ一度は要求に応じようとする宙太だが、徹底抗戦の姿勢をとるレイン署長たち太陽系方面署の仲間とともに力を合わせ、巨大犯罪組織に立ち向かう決意をする。 悪の組織から宇宙の平和を守るため、エルドライブ太陽系方面署総動員の作戦が始まる！