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一年生ながら、箱庭学園の生徒会長に就任した黒神めだか。 選挙戦における公約だった「目安箱」に投書された第一号の依頼は、 「剣道場を溜まり場にしている不良たちを追い出してください」 というものだった。 生徒会を執行すべく、幼なじみの善吉と共にめだかは剣道場へ向かうが？

目安箱に、新たな投書が届いた。 有明先輩からの依頼は、レギュラー争いが激しい陸上部内にいるいやがらせの犯人を突きとめる事だった。 めだかの推理力に呆れながらも、善吉は生徒会を執行すべく、不知火の情報をもとに二人で放課後の運動場へ赴くのだが？

連日、格闘技系の部活に体験入部を繰り返す善吉は、「生徒会の部活荒らし」と噂されていた。 そんな中、鹿屋先輩から「黒神めだか襲撃計画」の誘いを受ける。 その計画を聞いていためだかは、「下克上を受けて立つのも、王の務めだ！」というのだが、善吉の行動は？

柔道部部長の鍋島猫美から、阿久根高貴と善吉を取り替えっこしよう！という申し出を受けるめだか。 はたして、善吉は特待生の阿久根に柔道で勝てるのか？ 「人吉善吉、私は貴様に負けるなとは言わん。しかし、逃げることは許さんぞ！」

各部から集まる部費予算増額の陳情書の数々。 そんな折り、目安箱に「新設された50メートルプール」を活用した学校行事の開催リクエストが届く。 生徒会は、部費の増額予算総取りをかけて「部活動対抗水中運動会」を執行する。生徒会執行部に立ちはだかる「競泳部」トビウオ三人衆の実力とは？

恐るべき能力を見せたトビウオ三人衆。 増額部費争奪！「部活動対抗水中運動会」は第二種目以降へと続く。 各部の意地とプライドが絡むなか、生徒会執行部VSトビウオ三人衆の対決の行方は？

競泳部との兼任を条件に、一年十一組所属の喜界島もがなは生徒会執行部の会計に就任した。 喜界島の会計就任初日に、善吉と二人きりの生徒会室に流れる気まずい空気。 お互い、この重い空気を打破しようとする中、不知火の乱入により、善吉＆喜界島の二人に更なる試練が襲いかかるのだが？

生徒会執行部前に現れた、箱庭学園の治安維持を守る風紀委員会の鬼瀬針金。 鬼瀬は、生徒会のメンバーへ対して服装の乱れを指摘するも、めだかとは面白いほど会話がかみ合わない。 そんな鬼瀬は、一つの秘策を思いつく。 はたして、鬼瀬とめだかの対決の行方は？

風紀委員会委員長、雲仙冥利が動き出した。 若干９歳にして、十三組に選抜された雲仙は、めだかの「上から目線性善説」と対極の「見下し性悪説」を持つモンスターチャイルド。 そんな雲仙は、オーケストラ部への苦情を処理する為、音楽室に赴くめだかとついに対峙するのだが？

そっくりだが相容れない、黒神めだかと雲仙冥利。 生徒会室で繰り広げられる二人の戦いの最中、「黒神めだかの真骨頂その④」が発動する。 雲仙風紀委員長の前に立ちはだかる、「乱神モード」のめだかとは？

箱庭学園校舎を破壊しながら続くめだかと雲仙の戦い。 善吉、阿久根、喜界島の三人は、その戦いを見守ることしかできない。 善吉は、二人に問いかける。 「あいつにこれ以上巻き込まれたくないんだったら、あいつの言うとおり確かに今が生徒会の辞め時だ」 その言葉に驚く、阿久根と喜界島二人の決断は？

風紀委員長・雲仙冥利との戦いに辛勝しためだかは、向かった病院でそのまま入院することになった。 そんな中、目安箱に将棋部の新部長・餅原沙小枝より、新たな投書があった。 生徒会長・黒神めだか不在の3人で、無事に生徒会を執行する事が出来るのか？