帝愛グループ兵藤会長とのギャンブルに破れ、1000万近い借金だけが残ったカイジ。あれから数ヶ月、カイジは気づけば、地の底の底、帝愛の強制労働施設に放り込まれていた。そこはシャバと隔絶された、自由とは無縁の地の獄。借金1000万円を完済するには、この地獄で15年間働き続けなければならない。脱出する唯一の希望は「1日外出券」。

1日外出券を目指し、復活をかけた地下チンチロに挑むカイジ！ カイジは流れがくるのを待ちながら小さく張り続け、三好が親の時、初めて動く！ 3000の大張り。三好の1投目は出目1!! 圧倒的有利なこの状況で、カイジまさかの1・2・3!!! 悔しい！ 悔しい!! 悔しすぎるカイジ!!! だがこれによりカイジのギャンブラーの本能に火がつく。その姿を見て大槻は微笑むのだった。

地下チンチロ。初めて親を受けたカイジを潰しにかかる大槻と腹心の1人、石和。上限の2万ペリカずつを張り、計4万の大勝負！ 天賦の強運でカイジの1回目の親は全勝をおさめる。勢いに乗りカイジ2回目の親へ突入するが、またしても大槻・石和は計4万の大張り!! 一気に賭場が熱くなる…

石和の456、大槻の5ゾロ目という驚異的な出目により、一気に借金地獄へ突き落とされたカイジ。しかし、カイジは賭場の出目を記録した三好の手帳から、班長・大槻の疑惑に気付く。カイジは自分と同じ境遇の男達、通称「45組」の5人を説得し、打倒大槻のために立ち上がる。

打倒大槻を旗印に結束したカイジら45組。次々に仕掛けられる大槻のいやがらせ、いじめ。命の危険さえもがカイジを襲う！ しかし3か月間の筆舌に尽くし難い仕打ちを耐え忍び、ついに45組は地下チンチロで抱えた借金を完済し、各々正規の給料9万1千ペリカを手にする。そして再び、あの悪魔の賭場が開かれる。

3ヶ月ぶりに地下チンチロの賭場へ帰ってきたカイジ。2万ぺリカの上限解除、青天井張りを求め、大槻はその要求に応じる。しかし、自らの発言に反し、小さな張りに終始するカイジ。何かの策略か、はたまた怖気付いたか。賭場は一気にしらける。だがしかし、ここからカイジら45組の本当の大勝負が始まる…。

45組、MAX張りの50万7000張りに一気に賭場が沸く!! 常軌を逸した賭けにカイジを疑う班長・大槻。しかし大槻には絶対の勝算があった。それは、4・5・6の目のみで出来たイカサマサイコロ……456賽!! 大槻VSカイジ!! 究極の心理戦!! 血が逆流するほどのスリルの中、カイジは勝負のときをじっと待つ･･･。

班長・大槻のイカサマ456賽を見破ったカイジ！ 回る賽を押さえ、ついに大槻の偽りの強運、そのからくりが、白日のもとに晒される。ここで大槻、最後の抵抗!!「カイジくんが丼をとった時サイコロはまだ回っていた！ 目は出てなかった！ つまりこの勝負はまだ未確定！ ノーカウントだ！」この訴えにカイジは…。

大槻との大勝負に勝ち、大金を手にした45組。その額1800万ペリカ。カイジの博才に賭け、その全額をカイジに託し、シャバへと送り出す。地獄からの生還を遂げたカイジが、シャバで許された滞在時間20日間、元金80万円。地下に残る45組5人の分を含めた借金6075万円を返済する金を作るべく、金を増やす起死回生の方法を探し求めるカイジの前にある男が現れる。そして…

坂崎に連れられ入った裏カジノ。カイジがそこで出会ったのは、帝愛の息のかかった究極のモンスターマシーン…1玉4000円のパチンコ、『沼』!! 1日で6億という一攫千金目指し、坂崎の策に乗り協力者となる。そして決行の日！『沼』攻略の秘策を手に坂崎と共にカイジ、いざ勝負!!

『沼』を打つ坂崎。秘策・磁石入り缶ビールを左手に奇跡を起こしにかかる。しかし、従業員と主任との会話を盗み聞きしたカイジの耳に衝撃の事実が!! 坂崎へ撤収を勧めるカイジであったが…

カイジの忠告を無視し、『沼』攻略の秘密兵器・磁石入り缶ビールを手に『沼』を打ち続ける坂崎！ しかし、打てども打てども当たりは出ず。その裏で一条の策略、『沼』大当たりへの防御策は厳しさを増すのであった。そしてついに、坂崎は最後の1000万に手をかける。

『沼』との勝負に惨敗し軍資金5000万のうち4362万を失った坂崎とカイジ。カイジにとっては限られたシャバでの滞在時間が刻一刻と減っていく。だがしかし、カイジに『沼』攻略の光明が差す!! クギの森突破の策、3段クルーン前の玉を弾く役物突破の策、そして遂に、最終関門3段クルーン攻略の策をひらめくのだった!! そしてカイジは『沼』攻略に必要な最後の鍵、ある男を仲間に引き入れるため動き出す!!

地の底の底、帝愛の強制労働施設に放り込まれたカイジ。そこで出会ったのは、極悪班長大槻!! 負け犬集団45組全員の運命を背負い、地獄の賭場「地下チンチロ」にて前代未聞の大勝負にでる。そして、勝利!! カイジは期限付きでシャバでの滞在を許される。カイジは自らを、そして45組を地下生活から救うべく、許された20日間、シャバで大金を得る術を探す。そして出会った1玉4000円のモンスターパチンコ、『沼』!! シャバでの滞在時間が刻一刻と減る中、坂崎、遠藤と共にカイジは『沼』攻略へ動き出す。

『沼』攻略の仲間として選んだのは、事もあろうか帝愛グループの1人、遠藤！ そしてカイジは逆転勝利をつかむべく、秘策を実行に移す…。裏カジノへと現れた虚無僧姿の坂崎。最後の勝負と称し、600万円で勝負に出る。しかし、散財！ 暴れる坂崎。その騒ぎの中、一条の部屋に忍び込むカイジだったが…

血のマニキュアの制裁を浴びたカイジ。だがしかし、シャバでの最終日、再びカジノに現れる。そして遂にカイジvs一条の大勝負が始まる！『沼』の第一関門「クギの森」突破の秘策を持っていたカイジ。対する一条も完全無欠、究極の最強マシン『沼』でカイジを潰すべく動き出す…。

カイジはゲージ棒のすり替えで第1関門のクギの森を突破！ すかさず一条は第2関門のブロックを発動し、玉はただただクルーン前の役物に弾かれる状態に…。しかし、中央突破を狙い、カイジはひたすら打ち続ける!!

第一関門クギの森は突破したものの、第二関門、3段クルーン前の役物に玉を弾かれ続けるカイジ！ 進路は絶たれたかに見えた。だがしかし、カイジに光明がさす!! 第二関門突破の秘策が遂に実をなす!! その秘策とは…

猛攻、カイジ！ 必死の防御、一条！ 命を賭けた決死の攻防！ 狂気の限界を超え、闘いは続く。第一関門、第二関門を突破したカイジは、遂に3段クルーンへ辿り着く。それは一条が絶対的に自信を持つ、『沼』最大難関、難攻不落の砦!! だがしかし、立ち向かうカイジには空前絶後、奇想天外な奇策があった…

究極のギャンブルマシーン『沼』！ その本丸、魔の3段クルーン！ 絶妙な傾斜によって玉を拒むこの砦を破るため、カイジはビル自体を『沼』と逆方向に傾ける、奇想天外、空前絶後の奇策で猛攻を見せる。この奇策に対し、必死の抵抗を見せる一条。互いに絶対負けることの出来ない勝負が続く。

追い詰められたカイジ！ 残金は100万、玉にして250発。クルーンには行くものの、外れ穴へ落ち続ける玉。しかし、最後の最後、土壇場でカイジは勝ちへの確実な道を見つける。だが！ 遂に尽きる、軍資金5000万!! カイジ、どうする!?

遠藤の逃亡資金、1000万を借り、再び戦いの場に戻ったカイジ。カイジ、一条、それぞれの勝利への確信が交叉する、最終決戦がはじまる。カイジは「最後の最後に見せてやる！ オレの飛びっきりの秘術…魔法を！」と言い、パチンコ台のクルーンの前にセロテープで万札を貼る。そこには誰もが想像しえなかった、計算外の現象、勝負のアヤが!!!

ビル、台の傾斜により、クルーンの外れ玉の排出口が詰まるという偶然から、一気に満願成就と思われたカイジたち。しかし、圧倒的な致命傷に気づく。まるで意志を持つかのように、破ろうとするモノを拒む、悪魔のマシーン『沼』！ 最終決戦、勝負の行方やいかに!!

打ち続けるカイジ！ そして奇跡の偶然！ 天恵！ 僥倖！ 1段目2段目に続き、3段目クルーンのハズレ穴の排出口が詰まる！ だがしかし!! またしても悪魔のマシーン『沼』の壁がカイジの行く手を阻む。

クルーン内に溢れかえる玉。しかし、風の鉄壁を敗れず、カイジついに玉切れ、万事休す。一条の合図で黒服たちに取り囲まれるカイジと遠藤。だがしかし!! またしてもカイジに光が差す!! そこに現れた男、坂崎!!!

しぶとく抗い続けた裏カジノの主『沼』も最後には力尽き、放出！ 見たことも想像したこともない大金、7億2910万を手にしたカイジたち。純益を坂崎、遠藤と三等分しても一人頭1億8937万。これにより、45組、奇跡の救出を成し遂げたカイジだったが、更にあることを黒服に要求する。果たして、カイジの願いは受け入れられるのか!? カイジ、45組、感動の再会！