19世紀半ばの欧州。コンラート少年の前にべフォールの子供たちと呼ばれる六人の少年少女が現れる。同行を促されたコンラートは強く拒絶。駆けつけた母親に優しく抱かれる少年を寂しく見つつ彼らは立ち去るのだった。時は経ち20世紀。依然としてなぜか子供の姿のままの彼らは、一人の女性を捜し求めて東南諸島にある療養施設を訪ねるが、運悪く女性は息を引き取った後だった。しかも彼らを追ってそこに現れたデュマ少年に子供たちの一人、メルが捕まってしまう…。そして21世紀になり、東南諸島のパパン島で少年トーマはヘルガという名の少女と不思議な出会いをする。

べフォールの子供たちはとある図書館の地下に隠しておいた自分たちの記憶のクリスタルを回収するが、その時に彼らが「やつら」と呼ぶ謎の闇の塊に襲撃される。辛くも撃退したものの、残された自分たちの時間に焦りを覚えた五人は、デュマの存在を脅威に感じながらも再びクレルモンへと向かうのだった。一方、パパン島から児童施設に連れ戻されたヘルガは、チットに導かれ再び施設を抜け出す。そんなヘルガの事がトーマは何故か気懸かりでならない。ナツナ島まで仕事をする母を送ったトーマは繁華街でヘルガの姿を探すが…。

チットと共に児童施設を抜け出して列車に乗ったヘルガ。ヘルガがスケッチブックに描く風景を求めての旅だったが、それがどこにあるのか、ヘルガにも分からないのだ。実は隣の車両にはべフォールの子供たちが乗っていたが、互いに気付くことはなかった。だが、いよいよ列車が西本土へという所で、ヘルガとチットは追って来た施設のスタッフに捕まり、連れ戻され軟禁されてしまう…。その頃、クックスという名の刑事が子供の失踪事件を調査していた。

トーマとチットはチカオ島の児童施設にヘルガを助け出しに向かう。島は脱走犯を探すヘリコプターが飛び回るなど慌しい様子で、トーマはその混乱を利用してヘルガを助け出そうと考える。事実、施設の職員は政府の機関から外出しないよう命じられていたのだ。ヘルガが軟禁されている反省室の前では職員が見張っていたが、死んだと思っていたチットが現れたので油断、トーマのキックであえなく気絶してしまう。チットが生きていたことに喜ぶヘルガだったが、トーマに対しては言葉も交わさず表情も変えないのだった…。

トーマはヘルガとチットをパパン島のそばにある、コックリ島という密林に覆われた小さな島へ連れて行く。そこは施設の人間にもきっと見つけられない、トーマの秘密の島なのだ。家から食料を持ち出したりして二人の世話をするトーマだが、相変わらず心を開かないヘルガにだんだん苛立っていくのだった。同じ頃、パパン島から遠く離れた東本土のとある住宅地のある家を一人の老人が訪れた。老人は３年前にテスト飛行で亡くなったはずのパイロット、グラスの名を名乗ったが、警察に保護されてすぐ死んでしまう。

トーマが島を離れている間に、ヘルガのためにと果物を探しに森へ入ったままチットが戻って来ない。そんなことにも気付かないヘルガに怒りを覚えつつ、雨の中トーマはチットを探しに行く。やがてチットが窪地で気絶しているのが見つかるが、チットの倒れている上の木に巨大な『ぶっ殺し蜂』の巣があり、トーマも近寄れない。ところがヘルガは近寄ってくる多数の蜂も気にせずにチットを助けるのだった。翌日、島に一人の少年が現れた。トーマがクレルモンで出会い頭でぶつかった、べフォールの子供の一人、タルラントだった…。

五人の子供の失踪事件を調べている刑事クックスは、連邦警察の監査報告員アリスに、刑事であった自分の祖父ボブ・クックスの友人、ラドクリフ博士の記録を聞かせる。それによると、1901年のクレルモンで行方不明になっていた白髪の五人の少年達の死体をボブが発見、その側に後に『フラグメント』と呼ばれるようになる黒い石が落ちていたという。フラグメントにＸ線を照射すると刻々と形を変える模様が現れたので、それを研究する王立科学省の機関『ファントム・ゲド』が設置された。機関の一員として博士は研究を続けつつ、少年達の事も調べてみると、何と五百年の間に少なくとも13回も同じような失踪事件が起きていたのだ。最初の事件はベルギーのべフォールという町で1489年に起きていた…。

コックリ島でヘルガとチットが暮らしていることがトーマの母親に知られてしまうが、トーマの母親は二人にパパン島の自分の家に来るよう促す。意外な歓迎に戸惑いつつ、ヘルガとチットはトーマの家で楽しく過ごすのだった。ヘルガが描く絵をどこかで見たことがあると主張するトーマは、占いを商売にしている母親に占ってもらうことにした。だが、占いの結果出てきたのは、場所ではなく、ヘルガには強い兄弟がおり、しかも強い思いをヘルガに向けているという事だった。ヘルガは孤児で、兄弟はいないはず…。一方、べフォールの子供の一人、ソレトはセラフィーヌの絵を持って人探しをしていた。

ソレトがとうとう探していた人物の手掛かりを見つけた。セラフィーヌの絵とよく似た絵を描く11歳の少女。それはヘルガのことだった。すぐに彼女を探しに行こうとしたべフォールの子供たちであったが、その時近くで空間を裂くような雷が落ち、光が広がっていくのを見る。それは地球上ではあるはずのない、彼らがよく知っている光であった。とある家に暴漢が侵入し、盲目の少女シベールを誘拐、その際に雷が落ちたという。犯人はシベールの兄、キルヒナーの名を名乗っているが、27歳のキルヒナーとは似ても似つかない70歳を越える姿であり、第一キルヒナーは３年前の軍の飛行テストで死んでいるのだった…。

ゲド機関のゲルタ所長は逃亡したキルヒナーたち３人のパイロットの報告のため、東本土の本部を訪れる。ゲルタは妹を利用して、姿を消したキルヒナーを誘き出そうと考えていた。そこへ王室保安局所属で、ゲド次元の実証と航法を成功させるというプロジェクトの影の実力者であるデミアンが現れる。デミアンの姿を見たゲルタの顔色が変わった。デミアンと名乗る男、それはデュマだったのだ。その頃、クックスとアリスはケトプラック島にあるゲルタ・ホークスビー研究所に忍び込んでいた。一方、アギたちべフォールの子供は、デュマよりも早くヘルガに会わねばとクレーメルへ向かう…。

幸せそうに暮らすトーマの一家のことを考え、ヘルガはチットと共に密かにボートでパパン島から離れる。ヘルガの力になってやりたいというトーマの決意を知り、トーマの母は二人を追いかけていくことをトーマに許すのだった。一方、アギたちはとうとうチカオ島の児童施設までたどり着くが、そこにもヘルガはおらず落胆する。それでも施設で資料を探すうちに、数日前にタルラントがトーマたちに会った時にそばにいた少女こそヘルガであったことに気付く。急いでワンダーと共にコックリ島へ向かうべフォールの子供たち。その頃、ゲルタはナツナ諸島近海でキルヒナーを誘き出そうとしていた…。

ヘルガとチットがゲド機関の船に救出されたことを知り、トーマはべフォールの子供たちと共に二人のもとへと向かうのだった。一方、船ではキルヒナー捕獲のための作戦が進行中だったが、ゲルタ達の予想を超えてキルヒナーは易々と船に進入、ゲルタに迫る。ゲルタはキルヒナーに自分たちの下で治療を受けるよう説得を試みるが、全てを失ったキルヒナーには思いは届かない。船に到着したアギたちも説得に加わるが、体からオエセルを放出するキルヒナーは次々と閻魔を呼び寄せてしまう…。その頃、別な船室でヘルガはキルヒナーの妹シベールと出会う。

ついにヘルガと会うことが出来たアギらべフォールの子供たち。ヘルガとトーマ、チットは、ゲド機関の船をワンダーに乗って離れ、とある島で何故彼らがヘルガを追っていたのか話を聞く。アギたちの故郷は二億光年かなたの超銀河の外れ、地球のように青く輝く水の惑星ギリシアだという。途方もない話にトーマらは言葉を失うのだった。しかもアギたちの言葉を信じると、ヘルガは死ななければならないのだ。それでもヘルガはアギたちの話をもっと聞きたいと言う。その夜、トーマは夢を見る。トーマの足元に血だらけの青年が倒れているのだ…。

アギたち七人の『べフォールの子供たち』は百年ごとに転生を繰り返す一人の女性を探す旅を続けていたが、1853年に仲間の一人、パルザを失うことになった。それはその後、彼らに大きな影響を及ぼすことになる。時は流れ、2012年、パパン島のトーマは孤児のヘルガと出会う。まるで何かに引き寄せられるように。死後の世界の研究・開発をするゲド機関を率いるゲルタ。べフォールの子供たちを捜査する刑事クックスとアリス。アギたちと敵対するデュマ。バラバラに見えた出来事が一つにつながっていく…。

ゲルタは２７年前のことを思い出す。当時フラグメントの研究を国から依頼されていた彼女は研究に行き詰まり、フラグメントが発見されたクレルモンを訪れた。そしてセラフィーヌが描いた絵が展示されている古い建物の中で白髪の少年に出会い、フラグメントの解読の答えが書かれた紙片を渡される。少年は今でもほとんど変わらぬ姿のデミアンだった…。その頃、前世を辿る決心をしたヘルガはアギやトーマたちとクレルモンに行き、セラフィーヌが病に倒れてから亡くなるまでいた施設を訪れる。そこにはヘルガが描く絵と同じものがあった。

１９世紀にセラフィーヌという画家であった自分、そして更にはクリスティーナという１８世紀のスペインで小学校の教師であった自分を思い出したヘルガ。両方の前世で彼女は大切な人間を亡くしていた。しかもそれは彼女のために死んでいったのだ。悲しい記憶に動揺するヘルガは、やがて更にさかのぼり、５歳の時のティナの記憶にたどりつく。深い霧の中で迷子になった彼女は一人の少年に出会い助けられる。少年は異様な外見をしていたが、ティナは少年のことがすっかり気に入る。それから１０年が過ぎ・・・。

ティナとソランは愛し合うようになり、ティナの婚約者であったセスも二人を祝福するのであった。だが、ティナが父王タイタスにこのことを話そうと思っていた時、王の仇敵ゲオルカの陰謀で王宮の王の間が爆破され、タイタスは無事だったものの、ティナが瀕死の重傷を負ってしまう。医師の手にも負えなくなり命の火が尽きようとするティナ。絶望したタイタスはアギたち７人の科学者に、ゾーンを開いてティナを助けるように命令する。人体の再生は未知の領域だと拒むアギたちだったが、狂わんばかりの王の姿に動かされ命令に従う…。

死んだと聞かされていた母と森の外れの屋敷で会見するティナ。そこへ現れたゲオルカは、今のティナは人工物質で甦った人形で、しかも兵器が埋め込まれた化け物だと告げる。その言葉とゲオルカが連れて来たヒースマの姿を見て愕然とするティナは、やがてオエセルの光を発し始める。タナトルームから持ち出した装置でヒースマはティナを制御しようとするが、ティナの兵器としての力を知りたいゲオルカに止められてしまう。一方、ゾーンが開かれたことを知り、アギたちもティナの身に異変が起きたことに気付く。ソランはティナを救いにゲオルカの屋敷へ向かうが…。

暴走するティナだったが、ソランの必死の呼び掛けに意識を取り戻し、ティナを包んでいたものも消滅する。ソランはティナを助けてもらうおうと、アギたち科学者の元へと向かうが、アギたちが調べてみると驚くべきことに、ティナの左肺の下に組み込んでいた最終兵器の起動装置は肉体と完全に同化し、取り外すことは不可能になっていた。もはやティナの命を絶つしか方法はないのか。そんな時にゲオルカの兵が宮廷を攻めてくるのだった。一方、自分の声は届かなかったのに、ソランにはティナを助ける力があった事実に愕然としたセスも、虚ろな表情で王宮へと向かっていた…。

惑星ギリシアでの出来事をはっきりと思い出したヘルガ。髪はアギたちのように白くなり、瞳もブルーになったヘルガの姿にトーマとチットは驚愕するのだった。過ちを犯した自分たちに唯一できる償いは、ティナの魂を故郷ギリシアの空へ返す事と話すアギたちに、ヘルガは自分の意思を伝える…。その頃、一人仲間の下を離れてゲルタ研究所に忍び込んだヒースマは、ゲルタにパイロットの実験データを要求する。そこに現れたデュマは、同体間の転生を行うとギリシアに戻っても二ヶ月程度しか生きられないとヒースマに告げる。

ゲド機関が開発した転生装置を破壊するためゲルタ研究所に忍び込んだアギとソレトだったが、捜査中のクックスとアリスに見つかってしまう。イアンとフロー、今の体の地球人としての名前で呼ばれ、動きが止まる二人。百年前に撮られた写真を見たアギはかすかに微笑むのだった。一方、デュマにさらわれたヘルガを助けるため、トーマたちはワンダーに乗って飛行艇を追うが、途中で見失ってしまった。海底に隠してある宇宙船に向かったのではとタルラントは推測する。その頃、デュマはヘルガに自分たちの母レダの思い出を語り始めた。

アメリカや中国などの軍関係の要人が次々と到着するクリル島の実験場。そのコントロールセンターのとある一室で、アギとソレトは実験を中止すべく、ゲルタ博士が持っていたフラグメントを破壊した。アギたちはそれがアウトゾーンのかけら、自分たちの転生装置の一部であったことを教えてその場を去る。だがゲルタはフラグメントがコンラート・ルーゲンが持っていた黒い石と酷似していることに気付くのだった…。一方、トーマたちは通気口からデュマの宇宙船に侵入するが、宇宙船が動き始めてほどなくロボット兵に発見され、激しい戦闘が始まる。

ゲドリングの初動運動が始まってしまった。回転するリングの動きを止めようとするアギとソレトだったが、ゲオルカの宇宙船から現れた多数のロボット兵に阻まれてしまう。一方、宇宙船の中ではデュマがギリシアの科学者たちへの復讐を果たすべく、トーマやヒースマたちのいる保存ルームを宇宙船から切り離すのだった。トーマたちと合流したアギ、ソレトは、ギリシアへはもう戻れない事実とヒースマの死に動揺するが、転生装置を完成させたゲルタ博士こそメルの生まれ変わりであることを知り、トーマたちと再び転生装置と宇宙船へと向かう…。

ゲオルカの宇宙船に侵入したトーマ、チット、タルラント、アギ、ハスモダイは、デュマと共に浮遊装置で移動中のヘルガを発見する。トーマが助けようとした瞬間、ヘルガはデュマによりどこかへ転移させられてしまった。トーマへの怒りをむき出しにしてデュマはトーマを襲う。パパン拳法で応酬するも敵わないトーマ。デュマが姿を消した後、再びヘルガを探すトーマ達は、とある部屋でティナの本体を見つけるのだった。トーマの中で甦ってくる記憶。ギリシアの王宮にゲオルカの部隊がなだれ込んできた。ソランがティナを転生しようとする。その時…。

デュマは気絶したままのヘルガを腕に抱いて、宇宙船からクリル島のゲドリングへと降下する。ヘルガを転生装置のカプセルに寝かせた後、ロボット兵と共にコントロールセンターに現れたデュマは、ゲルタに装置のパスワードを入れるよう迫るが、ソレトによりメルとしての記憶を取り戻していたゲルタはデュマの要求を拒むのであった。一方、ゾーンが開かれたことを知ったトーマたち。ティナの復活を阻むべくティナの保存カプセルを破壊しようとするが、カプセルはシールドされていて手が出せない。トーマ、アギたちは転生を止めようとゲドリングへ向かう…。

デュマ自らの手で転生装置は止められるが、ヘルガは仮死状態に陥ったままだった。ゾーンには入っていないものの、ヘルガの魂は狭間、この物質世界とゾーンとの間にある次元にいるのだ。ヘルガを救うために、べフォールの子供たち、そしてデュマの手助けで転生装置を使い狭間に向かったトーマは、やがて神秘的な浜辺に横たわるヘルガを発見するのだった。意識を取り戻したヘルガに、トーマはギリシアでの記憶を告白する。だが、そこへ数多くの閻魔が現れ迫ってきた。狭間から立ち去り生きるのだと言われたヘルガだったが…。