19世紀半ばの欧州。コンラート少年の前にべフォールの子供たちと呼ばれる六人の少年少女が現れる。同行を促されたコンラートは強く拒絶。駆けつけた母親に優しく抱かれる少年を寂しく見つつ彼らは立ち去るのだった。時は経ち20世紀。依然としてなぜか子供の姿のままの彼らは、一人の女性を捜し求めて東南諸島にある療養施設を訪ねるが、運悪く女性は息を引き取った後だった。しかも彼らを追ってそこに現れたデュマ少年に子供たちの一人、メルが捕まってしまう…。そして21世紀になり、東南諸島のパパン島で少年トーマはヘルガという名の少女と不思議な出会いをする。

べフォールの子供たちはとある図書館の地下に隠しておいた自分たちの記憶のクリスタルを回収するが、その時に彼らが「やつら」と呼ぶ謎の闇の塊に襲撃される。辛くも撃退したものの、残された自分たちの時間に焦りを覚えた五人は、デュマの存在を脅威に感じながらも再びクレルモンへと向かうのだった。一方、パパン島から児童施設に連れ戻されたヘルガは、チットに導かれ再び施設を抜け出す。そんなヘルガの事がトーマは何故か気懸かりでならない。ナツナ島まで仕事をする母を送ったトーマは繁華街でヘルガの姿を探すが…。

チットと共に児童施設を抜け出して列車に乗ったヘルガ。ヘルガがスケッチブックに描く風景を求めての旅だったが、それがどこにあるのか、ヘルガにも分からないのだ。実は隣の車両にはべフォールの子供たちが乗っていたが、互いに気付くことはなかった。だが、いよいよ列車が西本土へという所で、ヘルガとチットは追って来た施設のスタッフに捕まり、連れ戻され軟禁されてしまう…。その頃、クックスという名の刑事が子供の失踪事件を調査していた。

トーマとチットはチカオ島の児童施設にヘルガを助け出しに向かう。島は脱走犯を探すヘリコプターが飛び回るなど慌しい様子で、トーマはその混乱を利用してヘルガを助け出そうと考える。事実、施設の職員は政府の機関から外出しないよう命じられていたのだ。ヘルガが軟禁されている反省室の前では職員が見張っていたが、死んだと思っていたチットが現れたので油断、トーマのキックであえなく気絶してしまう。チットが生きていたことに喜ぶヘルガだったが、トーマに対しては言葉も交わさず表情も変えないのだった…。

トーマはヘルガとチットをパパン島のそばにある、コックリ島という密林に覆われた小さな島へ連れて行く。そこは施設の人間にもきっと見つけられない、トーマの秘密の島なのだ。家から食料を持ち出したりして二人の世話をするトーマだが、相変わらず心を開かないヘルガにだんだん苛立っていくのだった。同じ頃、パパン島から遠く離れた東本土のとある住宅地のある家を一人の老人が訪れた。老人は３年前にテスト飛行で亡くなったはずのパイロット、グラスの名を名乗ったが、警察に保護されてすぐ死んでしまう。

トーマが島を離れている間に、ヘルガのためにと果物を探しに森へ入ったままチットが戻って来ない。そんなことにも気付かないヘルガに怒りを覚えつつ、雨の中トーマはチットを探しに行く。やがてチットが窪地で気絶しているのが見つかるが、チットの倒れている上の木に巨大な『ぶっ殺し蜂』の巣があり、トーマも近寄れない。ところがヘルガは近寄ってくる多数の蜂も気にせずにチットを助けるのだった。翌日、島に一人の少年が現れた。トーマがクレルモンで出会い頭でぶつかった、べフォールの子供の一人、タルラントだった…。

五人の子供の失踪事件を調べている刑事クックスは、連邦警察の監査報告員アリスに、刑事であった自分の祖父ボブ・クックスの友人、ラドクリフ博士の記録を聞かせる。それによると、1901年のクレルモンで行方不明になっていた白髪の五人の少年達の死体をボブが発見、その側に後に『フラグメント』と呼ばれるようになる黒い石が落ちていたという。フラグメントにＸ線を照射すると刻々と形を変える模様が現れたので、それを研究する王立科学省の機関『ファントム・ゲド』が設置された。機関の一員として博士は研究を続けつつ、少年達の事も調べてみると、何と五百年の間に少なくとも13回も同じような失踪事件が起きていたのだ。最初の事件はベルギーのべフォールという町で1489年に起きていた…。

コックリ島でヘルガとチットが暮らしていることがトーマの母親に知られてしまうが、トーマの母親は二人にパパン島の自分の家に来るよう促す。意外な歓迎に戸惑いつつ、ヘルガとチットはトーマの家で楽しく過ごすのだった。ヘルガが描く絵をどこかで見たことがあると主張するトーマは、占いを商売にしている母親に占ってもらうことにした。だが、占いの結果出てきたのは、場所ではなく、ヘルガには強い兄弟がおり、しかも強い思いをヘルガに向けているという事だった。ヘルガは孤児で、兄弟はいないはず…。一方、べフォールの子供の一人、ソレトはセラフィーヌの絵を持って人探しをしていた。

ソレトがとうとう探していた人物の手掛かりを見つけた。セラフィーヌの絵とよく似た絵を描く11歳の少女。それはヘルガのことだった。すぐに彼女を探しに行こうとしたべフォールの子供たちであったが、その時近くで空間を裂くような雷が落ち、光が広がっていくのを見る。それは地球上ではあるはずのない、彼らがよく知っている光であった。とある家に暴漢が侵入し、盲目の少女シベールを誘拐、その際に雷が落ちたという。犯人はシベールの兄、キルヒナーの名を名乗っているが、27歳のキルヒナーとは似ても似つかない70歳を越える姿であり、第一キルヒナーは３年前の軍の飛行テストで死んでいるのだった…。

ゲド機関のゲルタ所長は逃亡したキルヒナーたち３人のパイロットの報告のため、東本土の本部を訪れる。ゲルタは妹を利用して、姿を消したキルヒナーを誘き出そうと考えていた。そこへ王室保安局所属で、ゲド次元の実証と航法を成功させるというプロジェクトの影の実力者であるデミアンが現れる。デミアンの姿を見たゲルタの顔色が変わった。デミアンと名乗る男、それはデュマだったのだ。その頃、クックスとアリスはケトプラック島にあるゲルタ・ホークスビー研究所に忍び込んでいた。一方、アギたちべフォールの子供は、デュマよりも早くヘルガに会わねばとクレーメルへ向かう…。