4699年3月、密航に継ぐ密航を重ねて宇宙都市キングクーロンへやってきた少年ラッキー・ラック。ラッキーの目的は、宇宙でもっとも有名な鯨捕りであるエイハブ船長に会う事であった。羽振りの良い武器商人の跡をつけ、何とかエイハブを捜し出したラッキー。だが、鯨捕りになりたい…などと思わず言ってしまったため、テストを受ける事になってしまう。

テストに合格したラッキーは、無事エイハブ鯨捕りカンパニーの一員となった。教育係となったアトレに紹介された個性豊かな鯨捕りの面々に圧倒されてしまうラッキー。そして先日の武器商人の依頼に応える為、エイハブ・グループは漂流宇宙船、通称”鯨”を狩る鯨捕りに出漁する。普通は数十人で活動する危険な漁を、グループの鯨捕りたちはわずか8人でこなしてしまうのだった。

鯨捕りの最中、グループが見つけたのは宇宙葬にされたと思しき棺桶であった。だが、キングクーロンへ連れて帰られたホトケさんが、いきなり目を開けて暴れだした！彼は人間ではなくアンドロイドだったのだ。デュウという名前以外はすべての記憶を失ってしまったアンドロイドに、エイハブは執着する。なんとデュウをグループの一員として迎えようというのだ…。

長期戦の漁を終えたグループは、ナンタケット星雲でもっとも美しいと言われる惑星ラズ・エンジェルで休息していた。だが、他人の獲物を横取りしようという卑怯者バンキッズに、ラッキーが捕まってしまう。ムッツとデュウが乗り込み、ラッキーは救われたものの、デュウの言葉からラッキーが女の子であることが明らかになってしまう。ラッキーはついに自分の本当の目的を語りだす。

カシミール座第7銀河系に位置する惑星モアド…、そこがラッキーこと、サチコ・トキサダの生まれ育った星であった。だが、モアドは立ち退き要求を突き付ける連邦政府と独立運動が激しく争っていたのだ。連邦政府の切り札である超戦艦・白鯨。ラッキーの願いは、エイハブに白鯨を狩ってもらうことだった。意外にも、エイハブには白鯨と深い因縁が存在した。そしてデュウにも…。

若いころに叩きのめされた恐怖を乗り越え、エイハブは白鯨に立ち向かう決意を固めた。エイハブについて行く事を決意する鯨捕りたち。だが、モアド行きの準備を進めていた時、キングクーロンで連邦警察の一斉手入れが開始された。執念深く恨みを燃やすホワイトハット刑事に逮捕されてしまうエイハブ。鯨捕りたちはエイハブ奪回とキングクーロン脱出を同時に決行する…。

エイハブを首尾良く取り戻した鯨捕りたち。だが、どさくさの中、ホワイトハットまで宇宙船レディウィスカーに乗り込んでしまった。モアドに向かう旅が始まったが、エイハブたちの前に命を吸い取るという伝説の幽霊船が現れる。助けを求めて、幽霊船に逃げ込んでしまうホワイトハット。見捨てる訳にもいかず、燃料補給の必要もあるため、幽霊船探索班が編成されたが…。

結局、燃料を手に入れられなかったレディウィスカーは、惑星ケープ・ゴットへ寄港する事になった。アトレを連れて、街へ繰り出すエイハブ。ここには機関長だったアトレの亡き父親との思い出が残されているのだ。やがて、エイハブはアイリーンという女性のもとを訪れ、アトレを引き合わせた。アイリーンは機関長が愛した女性だった。エイハブは亡き友との約束を果たそうとするが…。

レディウィスカーの艦内で見つかった密航者はアイリーンの店で働いていたマリーだった。突如現れた若い女性にメロメロになった鯨捕りたちは、マリー・ファンクラブを結成してしまう。だが、エイハブに憧れるマリーは、エイハブ・ファンクラブに入会する事を自分のファンクラブを公認する条件としてしまう。かくして、嫉妬に燃えた鯨捕りたちで構成されたエイハブFCが旗揚げされた。

マリーを下したレディウィスカーは、ついに惑星モアドへ到着しようとしていた。到着記念カラオケ大会で盛り上がる中、美しい笛の音を奏でるデュウ。その頃、モアドでも同じメロディを口ずさむ者がいた。歌うためのアンドロイド・セイラであった。連邦政府による強制移住と、対抗する住民運動の激突の中、たった一つの癒しのように、セイラの歌はモアドの荒野に流れていた。

いよいよモアドの大気圏に突入したレディウィスカーだが、その眼前にいきなり白鯨が現れた。かつて白鯨に奪われたはずの、エイハブの左目と左脚がうずく。船外へ出て、白鯨に立ち向かうエイハブとデュウ。だが、白鯨の圧倒的戦闘力はレディウィスカーの船体を引き裂いた。モアドの海に沈んでいくレディウィスカーから必死に脱出する鯨捕りたち。だが、その中にデュウの姿は無かった！

第6鉱区の浜辺に流れ着いたデュウ。その姿を見つけたのは、セイラだった。セイラはデュウをハリーと呼びながら、愛しい恋人であるかのように介抱する。一方、ラッキーの案内で発見した廃バスを修理したエイハブたちは、旅を再開していた。だが、その頭上に連邦政府直属であるモアド警備隊の本部が現れた。ついに警備隊隊長ムラトによる攻撃がエイハブたちに向けられた。

エイハブたちを導いたのは、ラッキーの兄シロー・トキサダのマインドパワーによる超空間通信であった。荒野を越え、シローとの合流を目指すエイハブたち。だが、その視界に映るのは草木一本生えぬ死の世界だ。長年に渡って鉱油を掘り続けられたモアドの大地は、公害で瀕死状態にあったのだ。だが、そんなモアドにまだ愛着を抱く者はいた。元鉱夫であるコバ・ガルシアもそんな１人だった。

コバ爺さんの飼犬だったキヨシを仲間に加えたエイハブたちは、かつてのモアドの首都ラサーラシティへ到着した。ラサーラ駅で住民運動の指導者でもあるシローと合流する予定なのだ。だが、その可能性を予測していた警備隊は、グループを迎えにきた超特急を捕捉する。病に苦しむシローを中心に、警備隊に反撃する活動家たち。そんな中、エイハブはムトラと対面していた。

モアドに着任した連邦政府の特別補佐官オハラは、ムラトに新たな指令を下す。それはデュウを捕獲せよ…というものだった。そのデュウは、セイラからハリーの話を聞かされていた。かつて、強制移住に抵抗し、犯罪者となってしまったハリー。自分の過去が思い出せずに苦しむデュウは、ついにムラトの手に落ちてしまう。一方、エイハブは地下深いシローの本拠地に迎えられていた。

連行されてきたデュウに対し、オハラは衝撃的な事実を語る。デュウの生命維持装置内には白鯨の起爆装置が組み込まれているというのだ。苦しむデュウ。その感情に応えるかのように現れた白鯨によって、オハラの宇宙船は撃墜されてしまう。美しかった顔に火傷を負ってしまうオハラ。一方、エイハブたちはシローが主催する全モアド住民運動グループによる大集会への出席を決意していた。

希望が丘の赤い風車に、モアド中の住民運動活動家たちが集まっていた。連邦政府からの独立を人々に訴えるシロー。その姿には、エイハブさえも心を動かされつつあった、そんなエイハブのもとにセイラが現れた。ムラトに囚われたデュウを救い出してほしいというのだ。デュウが生きていたという話しに驚きつつも喜ぶエイハブ。だが、集会の会場へムラト率いる警備隊の総攻撃が開始された。

住民運動の激化に対し、ムラトの絶対回路に修正が加えられた。殺人許可のプログラムが与えられたのだ。一方、エイハブはセイラの案内を受け、単身で警備隊本部へ潜入していた。そこへ現れるムラト。だが、意外にもエイハブにはムラトの前身について覚えがあった。かつて、宇宙刑務所でともに服役していた４０人殺しのチャンピオン・ジェイコブス…それがアンドロイド化される前の姿だった。

宇宙刑務所時代、ムラトにはエイハブに救われた過去があった、借りを返すため、モアドから立ち去る事を提案するムラト。後を追ってきた仲間たちも捕えられ、選択の余地はないかと思われたが、エイハブは自分のこぶしでムラトを叩きのめす道を選ぶ。だが、殴り合いの中で、ムラトは殺人鬼に戻りつつあった。エイハブを救うために割って入る仲間たち。そしてついにババがムラトに倒された…。

特別房棟はムラトの隊長権限によって閉鎖されていた。無理に解錠すれば、本部の自爆装置が作動するというのだ。閉鎖された環境下でオハラの殺人命令を受けたムラトは幼少期のつらい記憶を思い出す。そして、暴走したムラトが扉をこじ開けたことにより、本部施設は自爆してしまう。爆炎の中から脱出してくるエイハブだち。だが、彼らの肩には物言わぬババの巨体がかつがれていた…

エイハブたちを追ってモアドにやってきたマリーが、デュウと巡り合う。一方、地下の共同墓地に、ババは埋葬されようとしていた。つらい現実を受け入れなければならないスピードキング。だが、エイハブは心の中にひっかかるものを感じていた。かつて、タトウ族の末裔であるババは、自分が何度でも蘇ると言っていたのだ。タトウ族の伝説に従って、儀式を行うエイハブたちの祈りは、ついに通じた！

ババの復活に喜ぶエイハブたち。だが、連邦政府はモアドへ第７艦隊を送り込んできていた。司令長官ホー将軍から職権をはく奪されるオハラ。だが、再生されたムラトがオハラの命を受け、将軍を殺害してしまう。２人は連邦政府から追われる身となったのだ。一方、エイハブのものにはデュウとマリーが合流していた。しかし、起爆装置であることを知られたデュウは、活動家たちに襲われてしまう。

連邦政府のスパイと疑われた逃避行の中、デュウはハリーではなかったのかもしれない…、とセイラは感じ始めていた。デュウがエナジーを探しに行った後、残されたセイラはハリーではなく、デュウに会いたい…と願いながら永遠の眠りにつく。深い悲しみに包まれたデュウの前に、ムラトとオハラが現れる。一方、連邦政府の新大統領は第７艦隊へモアドへの総攻撃を指令していた…

第７艦隊による攻撃の中、エイハブは白鯨と戦うため、レディウィスカーを引き上げることを思いつく。そんなグループに合流する、セイラの身体を抱いたデュウ。そして、ムラトとオハラ。だがその頃、本部への空爆によってシローがその命を落としていた。シローの最期の声を聞いたラッキーの気持ちに応えるため、エイハブたちも本部へ帰還する。そして、彼らの伝説が始まった…

シローの死を確認した連邦政府は、モアド問題の終結と勝利を宣言する。だが、シローの心は生き続けていた。ラッキーの口を借り、白鯨を倒す事を願うシロー。エイハブはそれに応えることを誓う。一方、死の床にあるオハラは最後の息で、デュウと白鯨が元はアベルカイン博士というひとつの存在であったことを語った。そして、最後の戦いを前に、白鯨がまたも現れた…

白鯨が引き起こした大波は、海中に沈んだはずのレディウィスカーを浜辺に打ち上げる。それは、追ってこい…という白鯨のメッセージなのか？起爆装置作動を翌日に控えたその日、エイハブたちは修理を終えたレディウィスカーで漁に出た。獲物はもちろん白鯨。だが、エイハブはデュウと２人だけで決着をつける道を選んだ。果たして、これがエイハブの最後の漁になるのだろうか……？