「黒の騎士団」を先鋒とした日本人の一斉蜂起事件「ブラックリベリオン」から一年。決戦場となったトウキョウ租界も復興し始めていた。アッシュフォード学園に通うルルーシュ・ランペルージは体育教師ヴィレッタに補習で追い掛け回されるような日常を送りながらも、戻りつつある平穏にどこか冷めた物を感じていた。ある日、ルルーシュはそんな日常に刺激を求め、弟のロロと共にバベルタワーにある賭けチェスに赴く。その上空をタワーに近づく飛行船。それこそ卜部とC.C.が率いる黒の騎士団残存部隊、乾坤一擲のある作戦のスタートであった。

神根島で放たれた銃弾の末は？ 果たして、ルルーシュとスザクに何があったのか？ そして今、ルルーシュ変貌の秘密が明かされる…。戦場と化したバベルタワー内で激戦を繰り広げる黒の騎士団の前に出現した謎のナイトメアフレーム。その脅威の戦闘力に黒の騎士団は、絶体絶命の窮地に追い込まれて…。

バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は、脱出に成功した。さらに復活したゼロは、「合衆国日本」の再建を宣言する。それに対し、捕らえていた黒の騎士団主要メンバーの処刑を通告するブリタニア軍。その処刑までに残された時間は後わずかだが、監視の目があるために自由に動けないルルーシュは…。

窮地の中で、ロロにある取引を申し出たルルーシュ。黒の騎士団主要メンバーの処刑の時が刻一刻と迫る！ そんな絶対的に不利な状況の中、宿敵であるギルフォードの前に、ついにゼロが姿を現して…。

ナイトオブゼブンとなったスザクが、再びアッシュフォード学園に現れた。その緊張の最中、学園の生徒会長を務めるミレイが歓迎会をぶち上げる。そこに、現れるブリタニア皇帝直属の騎士「ナイトオブラウンズ」のジノ・ヴァインベルグとアーニャ・アールストレイム。そんな風雲急？を告げる学園で何が起こる…!?

エリア11に赴任する新総督を奪取すべく、黒の騎士団は太平洋上での奇襲作戦を敢行する。復活したゼロを侮った空中護衛艦隊は完全に居をつかれ、作戦は騎士団の完全勝利に終わるかに思われたその時、空戦使用のナイトメア部隊が伏兵として現れる。さらに新装備を施されたランスロット・コンクエスターも参戦！ 大混戦の中ゼロは!?

闘う意味を見失い、あて度もなく街を行くルルーシュ。このままゼロを棄ててしまうのか？ 迷い彷徨い無人のアッシュフォード学園でルルーシュが観たものは？ 同じ頃、トウキョウ湾に侵入した黒の騎士団にスザクが迫る！ ゼロも騎士団もこのまま壊滅してしまうのか…!?

新総督によって「行政特区日本」の設立が宣言された。イレブンにとってそれはブリタニアに対する怨念の一頁であったはずだが…。再び、血塗られた虐殺皇女の歴史が再現されてしまうのか？ その時、ゼロがスザクに驚愕の取引を申し出る。果たして、百万のキセキとは…？

世界戦略を進める為、中華連邦に渡ったゼロと黒の騎士団。EUがブリタニアにより弱体化しつつある今、残る大国を手中にいれる事こそ打倒ブリタニアを果たす為の大きな足がかりとなる。国の中枢である朱禁城。陰謀と策謀、様々な思惑が渦巻くその宴にゼロが姿を現した！

ブリタニアと大宦官。困窮する中華連邦の臣民達。蒼天はすでに死した如く中華連邦は混迷する。そして戦場もまた…。敵味方が入り乱れ、戦局が寸刻で逆転する大混乱の最中、数々のテストパイロットを再起不能にした脅威のナイトメア「神虎」がついに牙を剥く！ その餌食となるのは!?

中華連邦の象徴である天子を奪ったゼロと黒の騎士団であったが、予想を遥かに凌駕する戦闘能力を持った星刻、そしてブリタニア参戦により天帝八十八陵への篭城を余儀なくされていた。孤立無援の戦は徐々に、だが確実に騎士団を追い詰めていく。さらに大宦官は天子諸共、クーデターを起こした星刻抹殺も目論んでいた。果たしてゼロはこの窮地に如何なる秘策で挑むのか!!

中華連邦から学園に戻ったルルーシュは愕然としていた。留守中のフォローを任せた咲世子の行動が思わぬ波紋を巻き起こしていたのだ…。そんな最中、留年中だったミレイはついに卒業を決意！ その記念イベントとして「キューピットの日」の開催を宣言する。会長権限による強制カップル成立権を賭けた熾烈な戦いが始まった！

V.V.によって復活したジェレミア・ゴットバルト伯爵がトウキョウ租界に現れた。学園に迫る彼の目的はルルーシュの抹殺なのか!? 新たな力を得た最強の刺客を前にどうするロロ！ どうするルルーシュ！

シャーリーが死んだ。ギアスによって運命を翻弄され続けた彼女は、ギアスの為に命を落とした。ルルーシュはその仇を討つ為にギアス嚮団の壊滅を決意。ロロとジェレミアから得た情報からその中華連邦にある本拠地を突き止め突入する。対するは嚮主V.V.！ C.C.と同じく不老不死の力を持つ謎の少年との激闘が始まる！

V.V.との戦いの最中に踏み込んでしまった謎の空間「Cの世界」。ルルーシュはそこで最強であり最後の敵と対峙する！ だが想像を絶する力を得ていた敵の前にルルーシュは絶体絶命の窮地の立たされた！ その時、彼の前に現れたのは…。果たして真のギアスの秘密とは!?

終に実現した超合集国構想。合衆国日本と合衆国中華を中心に批准した国は47カ国。これによりEUは完全に弱体化し世界は超合集国とブリタニアに2分化され、世界は新たな局面を迎える。そしてその最高評議会で議決された第壱號決議とは！

戦場は再びエリア11へ。黒の騎士団とブリタニア軍の最強部隊との戦いが始まろうとしていた。だが、その最中ルルーシュは独り枢木神社へと向かう。スザクと会う為に。今、ナナリーを救えるのは彼しかいない。思い出の地で邂逅した二人。だが…、どうするルルーシュ！ どうするスザク！

キュウシュウで、そしてトウキョウ租界で戦闘が始まった。超合集国の戦力を得た黒の騎士団とナイトオブラウンズをも投入したブリタニア軍。精鋭同士の全面対決は紅蓮聖天八極式の参戦で更に激化していく。そしてその死闘の果ての結末は…。

トウキョウ租界の決戦は多くの犠牲者を出してしまった。その混乱を突くかの如く、そのイカルガにブリタニアの特使が訪れた。自ら敵艦に乗り込んできたその人物こそ!? 最凶の楔ｪ黒の騎士団に向けられた!?

ロロによって窮地を脱したルルーシュ。だが、もう彼が辿るべき道は一つしか無い…。同じ頃、ブリタニア軍、黒の騎士団双方で大きなうねりが起きようとしていた。世界は新たな局面を迎えるのか？ さらに神根島に降臨したブリタニア皇帝がついに動き出す!! そしてその時、ルルーシュは!?

大混乱するエリア11。引き返せない、いや引き返さない。硬く悲壮なまでの決意の元、スザクは戦いに挑む！ 最強の部隊を相手に彼は勝利する事が出来るのか!? そしてルルーシュもまた…。人智超越した世界で明かされる驚天動地の事実と真実は!?

世界は変貌を遂げようとしていた。超合集国とブリタニア帝国。二極化した力の激突は避けられないのか？ それとも…。多くの人間の運命が変転し絡み合い新たな物語を紡ぎ、いよいよクライマックスへと突入する!!

ナナリーは生きていた。しかも最悪の敵としてルルーシュの前に現れた。やはり恐るべきは策士シュナイゼル。苦悩するルルーシュにその時、スザクは！ 今こそ世界の覇権をかけ、天才と天才が富士の上空で激突する!! ゼロレクイエムを成就させる為に。真の最終決戦開始！ コードギアス間もなくクライマックス！

帝都ペンドラゴンを一瞬で消滅させたフレイア弾。その決戦兵器を大量装備した天空要塞ダモクレスが舞い上がる！ そのシュナイゼルの計画が完了すればもはや世界は彼の手に落ちる！ ルルーシュとナナリーが、カレンとスザクが虚空の彼方で相対する時、すべては結末に向け加速する！

ゼロレクイエム。すべてはルルーシュとスザクの約束の為に。さらばルルーシュ、ゼロ最後の日!? さよならスザク、さらば戦いの日々。そして…コードギアス最終回！ 万感の想いを胸に全力で刮目せよ！