深海に沈む謎の遺跡オルファンは、実は巨大な生命体だった。オルファン飛翔のため組織されたリクレイマーの一員、伊佐未勇と相棒のカナンは、ブレンパワードのリバイバルに立ち会い乗り込んだ比瑪と出会う。一年後、17歳の誕生日を迎えた勇は、リクレイマーの野望阻止のため、両親に銃を向け、ブレンパワードで脱出する。

リクレイマーを裏切った勇の行動を理解し始めたカナンは追撃に躊躇する。海上に浮上した勇は、ノヴィス・ノアから発進してきた比瑪のブレンパワードと接触。しかし、独りで戦う意志を持つ勇は、比瑪と別れてツクバ大学西東京分校へ向かう。ビー・プレートを調査していた勇は、研究員源野にブレンパワードに乗り込まれ、西東京に移動する。

ノヴィス・ノアで、勇の祖母、直子が比瑪の報告を聞く。比瑪が育った孤児院近くで、グランチャーの追跡部隊と遭遇した勇は、桑原の協力で即席の武器で牽制、比瑪の仲間、ラッセとナンガの協力を得て撃退に成功する。勇は、比瑪の想いを受け入れ、内陸を襲った津波から孤児院をブレンパワードのチャクラ・シールドで守る。

比瑪の誘いを断って単独で飛び立った勇は、幼い頃育った実家で、翠に頼まれた資料を取りに来たカナンと再会する。自分の居場所を求めるカナンだが、見張り役のケィディが居るためにままならず、勇の誘いを断る。比瑪たちの協力でグランチャーとの戦闘を切り抜けた勇は、祖母、直子と再会、自分のやるべきことを考え直す。

パイロット候補としてノヴィス・ノアにヒギンズ・サスが転属。アノーア艦長は勇が敵か味方か疑問を持つ。しかし、医療担当のアイリーンの検査を勇は無事パスする。ノヴィス・ノアへの攻撃隊に加わったカナンは、比瑪に会ってから、ずっと迷いを持っていた。戦闘中にグランチャーに拒絶されたカナンは、比瑪に助けられる。

木曾山中から出現したオーガニック・プレートは、理化研が一度回収するが、コモドたちの前で、ジョナサン率いるグランチャー隊に奪われる。比瑪の作戦で取り戻した一枚は、突然リバイバルの光を放つ。カナンとヒギンズ立ち会ったのも影響し、プレートから、双子のブレンチャイルドが誕生した。

渥美半島でリバイバルに立ち会ったカナンとヒギンズは、それぞれのブレンチャイルドに乗り込んだ。だが、ジョナサンたちに奪われたプレートの一枚が突然リバイバルを始め、凶悪なグランチャーとなる。襲われたカナンとヒギンズは翻弄されるが、双子のブレンは本能的に合体技で敵を葬った。

重要会議のため、呉港に寄港したノヴィス・ノア。会議では、桑原博士の意見に、勇が食ってかかるが相手にされない。一方、カナンは輸送員に化けて潜入したケィディを見破り、ラッセに信頼され、居場所を得る。ノヴィス・ノアには比瑪、ラッセ、ナンガ、勇、カナン、ヒギンズのブレン隊が揃う。

世界的大富豪でアラブ経済界の重鎮ミスター・モハマドが、ノヴィス・ノアの指揮権を買い取りたいとやって来る。その付き人に化けて潜入したジョナサンは、アノーア艦長の息子だった。母に激しい憎悪をぶつけ、クマゾーを人質にしたジョナサンだが、クマゾーの勇気ある態度に敬意を払い、シラーに回収された。

アノーア艦長の息子がリクレイマーだったという衝撃は大きい。佐世保港でエンジン修理と補給をしなければならないノヴィス・ノアは、特殊なプレートを探知し、追尾隊を派遣する。グランチャー隊との戦闘中に、単身プレートを回収しようと出撃したアノーアは、勇の目前でリバイバルに巻き込まれ行方不明となった。

寄港中のノヴィス・ノアでは、アイリーンが新艦長となる。オルファン対策会議には、リクレイマー側から勇の父、研作も出席していた。天才児カントは鋭い質問をするが、結論は出ない。クインシィ隊の攻撃があり、勇と姉は言い争う。ブレン隊の連携で撃退するが、勇はノヴィス・ノアを下りてしまう。

ノヴィス・ノアを下りた勇は、怪しげな男たちに同道する父の研作を見て追跡する。研作と取引をしようとした男たちは失敗し、オルファンに戻る研作を追った勇はクマゾーと共に潜入する。未整備区域に潜入した勇は、迷子になったクマゾーを保護してくれたシラーに追われて脱出。勇はノヴィス・ノアに戻った。

オルファンは、頭頂部が海上に浮上し、監視衛星を全て破壊する。陸地が高波に襲われる中、ノヴィス・ノアではオルファン静止計画が動き出した。勇は、全面的な協力の証しに皆と同じフリュイドスーツを着る。ノヴィス・ノアの出力上昇で、オルファンの浮上速度は低下するが、計画を阻止すべく敵の攻撃が始まる。

勇ブレンに乗り出撃する勇。オルファン停止を知ったグランチャー隊の攻撃が激化する。ジョナサンに傷つけられるラッセ。母、翠や姉のクインシィと関係したというジョナサンの言葉に逆上する勇。ノヴィス・ノアの作戦でオルファンを押し戻せると桑原が確信した時、国連軍から作戦中止命令が入った。勇は改めてオルファン情報を提供する。

ラッセの病状は深刻だったが、カミカゼ特攻に燃えていた。ラッセブレンの意志も汲み、勇はラッセと共にでオルファンに特攻をかける。勇が頭頂部を攻撃した隙に、ラッセがカナンの援護を受け、ミサイルの威力を一点に集中させる。ラッセブレンは任務を果たして消滅するが、ラッセだけは生き延びさせて、カナンに届けた。

ノヴィス・ノアには、難民のほか、乗り込んだマスコミが溢れかえる。再びモハマドが現れ、華僑連合とアラブ連合の援助で補給が可能になったと告げる。アイリーンは、艦を孤児院化するアイデアを出す。複数のアンチボディを連れナッキィが参加。人々の救助作業中に勇は、バイタル・ネットにかかって何処かへ飛ばされてしまう。

勇ブレンは、バイタル・ネットの結界に包まれた北欧に飛ばされた。異形のグランチャー、バロン・ズゥに乗ったジョナサンに襲われるが、ネリーと彼女のブレンに助けられる。謎の人物、バロンに従うジョナサンから逃れた勇は、ネリーの手当を受ける。戦いで勇ブレンは片腕を失っていた。そして再びジョナサンが来た。

ゲイブリッジは上層部との話し合いに出発。ラッセはナッキィのブレンを口説いて自分のブレンにする。一方、バロン・ズゥから逃げ回るうちに勇はブレンと意思疎通が出来るようになった。傷ついた勇ブレンは、ネリーブレンとの再リバイバルで融合。ジョナサンは撤退する。だが、ネリーは消え、残されたネリーのブレスレットを握りしめる勇。

新生したネリーブレンに乗った勇は、北欧の地から中国大陸に飛ばされる。遠くに山脈のようにオルファンが見えた。盗賊を生業とする村人に捕らえられた勇は、ナッキィと比瑪に救助される。オルファンは米国の53番目の州になり、米軍に管理されてしまう。アンチボディの墓場を見た勇は、比瑪の前でネリーの思い出を封印する。

オルファンを世界中が神と崇め、ノヴィス・ノアは敵と見なされる。孤児院化が進んだノヴィス・ノアに帰還した勇たちは、暴走したカントブレンを追って再びオルファンに向かう。オルファンの総責任者であるカバナーは、ゲイブリッジ司令だった。勇たちは太平洋艦隊に包囲されたノヴィス・ノアに向かうグランチャーを撃退する。

テロリスト集団として米軍からの攻撃を受けるノヴィ・ノア。比瑪にオルファンと話し合わせる為に、勇がジョナサンたちを牽制する。突然米軍から発射された核ミサイルは、バイタル・ネットに乗りオルファンに飛ぶ。ブレンとグランチャーの協力で全ミサイル無力化されたが、比瑪ブレンが暴走して、消息不明になる。

勇とクインシィはノヴィス・ノアに帰還した。苛立ちが消えた姉を見て安心する勇だったが、依衣子の心はまだ不安定だった。艦内に化け物が現れる。正体はクインシィのグランチャーの一部。クインシィはグランチャーを逃がしてくれるように勇に頼む。ノヴィス・ノアから脱出したグランチャーがオルファンに逃げると信じ、ヒギンズが追う。

クインシィのグランチャーは、オルファンに帰還する。オルファンに飛ばされていた比瑪は直子に介抱され、潜入したヒギンズと合流する。ブレンパワードの進入のせいか、オルファンは乗員全員に一番辛かった過去を幻視させる。比瑪はオルファンの心を見て、グランチャーとブレンの母親が違う事を知る。オルファンは宇宙へ飛ぼうとしていた。

オルファンから脱出した比瑪とヒギンズを救助し、４体のブレンがノヴィス・ノアに戻るが、クインシィは、比瑪ブレンで逃げ出す。比瑪ブレンは上の村に到着した。後を追ってきた比瑪と勇の前で、オルファンから来たクインシィのグランチャーが再リバイバルを始めた。依衣子はその光の中で祖母、直子の人生を体験する。

オルファンは、人間の存在を求めていると感じる比瑪。十分な休息をした７体のブレンはオルファンに向かう。中核の女性型フィギュアにたどり着いたブレン隊は、クインシィに阻まれる。フィギュアが光り輝く中、オルファンの抗体を願うクインシィは、その光に導かれて取り込まれてしまう。

力尽きた勇と勇ブレンは、比瑪の元気を分けてもらい復活する。バロンの激しい憎悪を撃破した時、正体がアノーアと判明する。人々の願いを集結した比瑪と勇は、オルファンと話し合い、依衣子を取り戻す。人間との共存を受け入れたオルファンは、内部の人間を解放し、地球を見守る衛星軌道に上がった。