「宇宙人は、実はいました」――西暦2070年、政府がとんでもない発表をした朝、天網市・御統中学に奇妙な転校生（ムリョウ）がやってくる。学ラン詰襟という時代錯誤な格好のムリョウに学級委員・村田始は興味津々。 しかも前日の宇宙人侵略兵器と地球を守る正義の味方（？）との謎の戦いに、ムリョウは何か関係があるらしく……？

ムリョウと生徒会副会長・守口京一との超能力戦を目撃してしまった始。一体生徒会とムリョウ、そして宇宙人騒動との関係は……？ ムリョウの姉・瀬津名が天網市そのものに隠された秘密を語ろうとしたとき、上空に宇宙からの浮遊物体が出現。撃退したのはやはり正義の味方・白い巨人だった。 その夜、謎の白装束が始を襲う――。

女子更衣室から生徒会副会長・森山那由多の服が盗まれる。京一は「一匹紛れ込んでいる。注意しろ」と那由多に警告。 その頃、生徒会書記・守機瞬はムリョウに近づき、ひそひそ話。何かすっきりしない気分の始は、男子便所で黒ずくめの男に襲われる。そこに昨夜の白装束までもが現れ――。いよいよ白い巨人の正体が明らかに……？

天網の民が隠し続けてきた白い巨人・シングウの秘密を目撃してしまった始。その記憶を消そうとする那由多に狙われるが、危ういところで瀬津名に救われる。 そして、真守家当主・百恵の元へ連れて行かれた始が見せられたものは――。さらに町には銀河連邦お墨付き第一級外交官を名乗る宇宙人・ジルトーシュまでが現れ……？

銀河連邦の存在。宇宙人との関わり。天網の民の役割。百恵が施した術によって、様々な謎が一気に始に降り注ぐ。といっても始の悩みは寝不足なことくらい。学園は体育祭準備で活気を増し、町では宇宙人外交官が賑やかに酒盛り、始の妹・双葉はムリョウにひと目惚れ、といたって呑気な日々が続く。 が、危機は確実に迫っている――。

体育祭当日。応援団長・ムリョウ率いる白組と、ムリョウに対抗心を燃やす京一率いる赤組の闘いは白熱。生徒も保護者も誰もが競技の行方に熱中するなか、一人冷静に校内を見回る体育教師・磯崎公美は、宇宙人の偵察ロボットと遭遇する。 磯崎先生の意外な正体。そして宇宙人が狙っているのは、地球に眠るという伝説の……？

体育祭の余韻冷めやらぬ学園では、瞬が特別編集した体育祭映像を校内放送中。ムリョウや京一、生徒会書記・峯尾晴美、そして那由多らの極めつけの赤面映像に、生徒は再び拍手喝采。複雑な思いの晴美と那由多。 一方、町ではザイグル星人・ウェンヌルが政治的亡命を要求、ジルトーシュと同居を始めるという事件が起こり――。

次の文化祭では天網市に伝わる「神輿下ろし」の復活を目論む生徒会長・津守八葉は、始とムリョウを担ぎ出し「祭りクラブ」設立へと動き出す。が、「神輿下ろし」に隠された真の意味を知る那由多は強固に反対。実は、那由多ら生徒会の面々それぞれが不思議な力と使命をもつようになったのには「神輿下ろし」と深い関わりが……？

天網海岸にザイグル星人が上陸。待ち受けていた御統中学教師・山本忠一らに対し、宇宙艦隊ジルトン号艦長・ヴェロッシュはある交渉をもちかける。やはり狙いは、シングウ。 が、意外な告白によって地球の危機は一時的に回避されたかのように見えたが――。一方、「祭りクラブ」の文化祭参加申請書を提出する始に那由多は――。

ザイグル星への帰還途上、爆破されるジルトン号。艦長ヴェロッシュは新たなる敵の来襲を伝える言葉を地球に残す。その脅威を回避するには「空蝉の秘儀」を使うしかない。真守一族の下した決定によって、那由多らは一度は封印した危険な秘儀を行うことに。 そして理由もわからぬまま、儀式の場・天網神社へと導かれて行く始――。

『心を空に飛ばしシングウと成し、螺旋の力によってさらに無限へと飛ばす』――空蝉の秘儀により心を宇宙へ飛ばした那由多。螺旋を支える京一、八葉、瞬。抜け殻となった那由多の手を握り締める始に、晴美は十一年前の空蝉の秘儀の際の悲劇を語り始める。遠く宇宙ではシングウとサナドンとの闘いが激しさを増していた――。

サナドンは何とか撃退したものの、宇宙での戦いの場に生身で現れたムリョウの存在に浮かない表情を浮かべる那由多。が、百年前、シングウとしての力を一人で受け継いだ百恵が謎の少年との間に交わした約束の話を聞いた那由多は、ある決意をする。 一方、天網の民の使命を世界に知らしめるべきか否か、人々の意見はまっ二つに――。

ムリョウ、瀬津名と共に、二人のふるさと「星降る里」を訪れることになった始、那由多、瞬。そして五人を尾行する怪しい人影――。が、「星降る里」は天網の民誕生の謎を秘めた場所。時間と空間を歪ませた特殊な磁場が他者の進入を阻んでいる。 そして、ムリョウの祖父・阿僧祇は那由多に不思議な光景を見せる。

京一と晴美は浜辺で海水浴。始とムリョウ、八葉たちは「祭りクラブ」第一回会合を開催。瀬津名と瞬は宗谷岬までの駆けっこ競争。誰もが夏休み最後の日を楽しむなか、那由多だけは沈んだ表情でシングウの力について思いを馳せる。 夜、浜辺で顔を合わせた瀬津名とジルトーシュには何かいわくありげな雰囲気が……？

「我々は宇宙人と交流しています」――新学期を迎えた朝、またもや政府が突然の発表。政府の宇宙外交については何も知らなかった真守一族はとまどいと憤りを隠せない。一方、ムリョウの元には「新たなる脅威来る。注意」との阿僧祇からの警告文が。 そして始が部活にいそしんでいる間、家には突然の来訪者が――。

阿僧祇と瀬津名の家を襲う連夜の襲撃。業を煮やした瀬津名は敵の正体を掴むための証拠物件をジルトーシュへと突きつけ、知っていることを白状するように迫る。 一方、種子島宇宙開発センター。声明発表会見を控えた官房長官が宇宙人に襲われ、記者会見場に宇宙外交の中心人物として姿を現したのはなんと……？

メディア委員長・稲垣ひかるから「祭りクラブ」についての取材を受ける始。その様子をうかがいにきた那由多は、始の目的が「神輿下ろし」にはないことを知り、ある申し出をする。が、始らが天網神社に集まったとき、種子島に宇宙人が来襲し那由多は――。 そして始が父から譲り受けた携帯電話はとてつもない映像を受信する――。

今や「祭りクラブ」の活動を仕切っている那由多。この日は祭りの記録映像を見せようと大張り切りだったが、画面に映し出されたのは意外にも――。 それでも能天気な始に那由多は「神輿下ろし」がもつ真実の意味を口にし始める。その頃、晴美は京一を十一年前「空蝉の秘儀」のときに悲劇が起こった場所へと誘い――。

九州山地に宇宙人の一団が出現、山づたいに天網市へと向かってくる。これを阻止しようとする西日本のマモリビトはほぼ壊滅。援護に向かった晴美の父も命を奪われ、晴美は宇宙人の狙い、シングウの要である京一を囮に連れ出す。タタカイビトでありながら何もできない那由多たち。そして学園から姿を消したムリョウは――。

ボロボロに傷ついた姿で現れたムリョウ。その謎を百恵たちによって解き明かされ、愕然とする那由多。学園ではムリョウに関する勝手な噂が撒き散らされ、登校したムリョウの周りでまたひと騒動が起こる。一週間後、小学校の文化祭で模範演技を披露する「祭りクラブ」。見学に行こうとする途中の那由多を晴美が引き止め――。

晴美に連れて行かれた銀河連邦の宇宙船の中で、那由多は傷ついたマモリビトたちの壮絶な光景を目にする――。 一方、ムリョウは運動部部長たちの半ば因縁めいた脅迫を受け、宮ノ森中学との対抗戦に柔道部助っ人として出場することを約束。試合当日、敵方の助っ人として現れた妙見彼方という人物にはどこか謎の雰囲気が――。

突然京一に呼び出された始。なぜ那由多やムリョウと平然とつき合っていられるのかと問われ、とまどう。が、京一の心の中にある思いを知り――。 一方、妙見の正体が百恵の元へともたらされていたころ、当の妙見はムリョウと共に海の彼方のある一点を見つめていた。人間の目では捉えられないはるか沖合い、そこには――。

天網市上空に巨大宇宙船が出現。それは政府と共に銀河連邦への加盟を共謀する者が呼び寄せたものだった。真守家当主として決断を迫られる百恵。が、すでにその動きを察知していた百恵は、宇宙連盟の船を呼び寄せる。 対峙する二つの巨大宇宙船。連邦、連盟、政府、そして真守一族が一堂に会し、いよいよ地球の運命が決する――。

マモリビトである天網の民だけでなく、転入組の面々までもが続々と登校。とまどう生徒会の面々。意を決した八葉は、天網市にまつわるすべての秘密を打ち明ける。 一方、磯崎先生は地球の運命を左右する真の存在「判定者」の正体を突き止める。シングウが地球に眠り始めたはるか昔から地球を見つめ続けた「判定者」とは――。

宇宙に出現したサナドンの存在を感じ取った那由多は、生身のまま宇宙へと向かう。 シングウの戦いを見守る全世界の人々。サナドンにとりこまれていくシングウの哀しい嗚咽が宇宙に響き渡る。が、やがて蘇ってくるシングウの本来の姿。それはもはやシングウではなく、太古の戦いにおける「勇者」の一人、「ムゲン」――。

シングウを再び封じ込めるために宇宙に向かう「判定者」。明らかになるすべての因縁。太古の三勇者のうち一人はシングウとなり、もう一人は判定者となり、残る一人は――。そして瀬津名の正体――。 「ムゲン」に呑み込まれた那由多を救うため、始はムリョウと全生徒の力を借りて闘いの場・宇宙へと飛び立つ。そして――。