かつて、幾度となく地球の危機を救った戦士・孫悟空は、妻のチチや息子の悟飯とともに平和に暮らしていた。そんなある日、悟空は悟飯を連れて師匠の亀仙人のもとを訪れる。

悟空の前に突如現れた男は、自らを兄・ラディッツだと名乗った！任務のために、仲間になるよう強要するが、悟空は拒否！怒りのラディッツに悟飯を連れ去られてしまう！

悟飯救出のため、悟空はライバルのピッコロと共闘し、ラディッツに攻撃を仕掛けるが、圧倒的な攻撃を前にまったく太刀打ちができない！万事休すかと思われたそのとき・・・。

ラディッツ戦で天国へ行った悟空は、界王さまのもとで修行を積むため、閻魔大王のもとから蛇の道を走り出す！一方、ピッコロはサイヤ人襲来に備え、悟飯を育てる特訓を開始する。

ピッコロが悟飯に課した最初の修行は、6ヶ月間を生き延びること。荒野での厳しい生活に弱音を吐く悟飯だったが、夜中に満月を目撃して、凶暴な大猿へと変身してしまう！

蛇の道を走り抜けて界王星にたどり着いた悟空は、界王様をギャグで笑わせるテストに合格！まずは重力が地球の10倍もある界王の星の環境を克服する修行をスタートする。

悟飯たちが修行に励んでいる頃、悟空はついにバブルス君を捕まえる課題に成功！二つ目の課題も見事クリアして、いよいよ界王様から直接修行をつけてもらうことになった。

孫悟空がついに復活！界王の星で修行を終え、元気玉をも完成させた悟空はドラゴンボールで生き返り、下界へ急ぐ。だが悟空よりも先にサイヤ人たちのポッドが地球に迫る！

地球に降り立ったサイヤ人は、高い戦闘力を求めてピッコロのもとへ。そこへクリリンたちも現れ、栽培マンを相手に戦闘開始！奮闘するヤムチャに栽培マンの意外な反撃が・・・。

クリリンたちは修行の成果を発揮し、見事に栽培マンを全滅させた。しかし、次の敵ナッパには餃子の捨て身の攻撃も通用しない。怒った天津飯は、命がけで気功砲を放つ！

ベジータは悟空の存在が気になり、戦闘を3時間ほど中断。しかし戦闘再開の時が来ても悟空は現れない・・・。ピッコロたちは何とか持ちこたえようと、巧みな作戦で戦い続ける。

予想外の苦戦に激怒したナッパが、悟飯に襲いかかる・・・！ピッコロは悟飯をかばうが力及ばず、悟飯もトドメをさされようかというその時、筋斗雲に乗った悟空がやって来た！

界王拳でナッパを仕留めた悟空は、場所を移してベジータとの一騎打ちに挑む！しかし、2倍界王拳でもベジータにはかなわず、界王拳を3倍へと引き上げることを決意する。

悟空は体の限界を超え界王拳を3倍から4倍へと強化し、ベジータのギャリック砲をかめはめ波で押し返した。だが、プライドを砕かれたベジータは大猿へと変身してしまう！

ベジータの猛攻を受け、悟空は大ピンチ。そのとき大猿の尻尾を切り、ベジータの変身を解いたのはヤジロベーだった。悟空は最後の力を振り絞り、元気玉をクリリンに託す。

運命をかけた元気玉が直撃し勝利を喜ぶ悟空たち！だが、その喜びも束の間、ベジータはボロボロになりながらも命をとりとめていた。絶体絶命と思われたその時、悟飯が・・・！

悟空たちは死闘の末、ベジータを撃退した。だが、ピッコロの死でドラゴンボールが消滅。二度と仲間を復活させられない。そんな中クリリンは、ある可能性を語り始める・・・。

ドラゴンボールのあるナメック星に行くため、ユンザビット高地に宇宙船を探しに来たブルマとミスター・ポポ。そこで二人は、地球の神を運んできた宇宙船を発見する。

一ヶ月の旅を終え、ブルマたちは無事ナメック星に到着する。しかし、そこには宿敵・ベジータ、さらには宇宙を力で支配する組織の親玉・フリーザまでもやって来ていた！

フリーザは、ナメック星の村々から強引にドラゴンボールを奪い、願いを叶えようとしていた。一方ベジータは、フリーザの部下・キュイを粉砕。ボール集めに取りかかる！

フリーザ一味は、ドラゴンボールを渡さないナメック星人をいたぶり、倒し、圧倒的な戦力差を見せつける。様子を見ていた悟飯とクリリンだが、一味の強さに手を出せず・・・。

ドラゴンボールを脅し取ったフリーザは、残った村人たちまで襲いはじめる！それを見ていた悟飯は、彼らの非道なやり口に逆上！逃げ惑う子供を救うために飛び出すが・・・。

クリリンは、救出した子供・デンデの案内で、星を治める最長老のもとへ向かう。一方ベジータは、ナメック星人の村を強襲！一つ目のドラゴンボールを手に入れてしまう。

サイヤ人との闘いで敗れたピッコロたちが、界王の星に到着。界王のもとで修行を開始する！一方ナメック星では、ドラゴンボール探しをしていたザーボンにベジータが襲いかかる！

最長老の家に到着したクリリンは、最後のドラゴンボールを託される。一方、フリーザはベジータに隠されたドラゴンボールのありかを吐かせようと画策。ベジータの探索に乗り出す。

フリーザの宇宙船で治療を受けたベジータは、不意をついて、フリーザの持つドラゴンボールをすべて奪って逃走する！フリーザは激怒し、ザーボンを向かわせるのだが・・・。

ザーボンを倒したベジータは、ボールをすべて手に入れたと歓喜する。しかし、悟飯がベジータの隠したボールを発見。持ち帰ろうとしていたところ、ベジータと遭遇して・・・。

最長老のもとへと向かう悟飯とクリリンは、急ぐあまりベジータに居場所を発見されてしまう。一方、宇宙からはフリーザ直属のエリート部隊・ギニュー特戦隊が接近し・・・。

悟飯たちは、ナメック星に到着したギニュー特戦隊に、すべてのドラゴンボールを強奪されてしまう。強敵を前にベジータと共闘することを決意するクリリンだが・・・。

不意を突いた攻撃でグルドを倒したベジータは、リクームとの戦いに挑む！先制攻撃をしかけるベジータだったが、頑丈な体と超絶パワーを持つリクームには通用しない・・・！

ついに悟空がナメック星に到着した！悟飯たちに仙豆を与え、3人の命をつなぎとめた悟空は、特戦隊をひとりで片付けると豪語！宣言通り、リクームを一撃で倒してしまう。

悟空たちは、まだフリーザが願いを叶えていないと推察。ボール奪還への希望を見出す。一方、ジースの報告を受けたギニューは、悟空を倒すため闘いの場へと戻ることに！

ギニューは自らの戦闘力を遙かに上回る悟空の力を前に、驚きを隠せない。一方、フリーザはついに最長老のもとへ到着！ドラゴンボールの使い方を聞き出そうとするが・・・。

ギニューのボディチェンジが炸裂し、悟空はギニューと体が入れ替わってしまう！一方、悟飯たちはフリーザの隠したドラゴンボールを発見。願いを叶えようとするのだが・・・。

ギニューは悟空と体を入れ替えたが、精神と肉体が一致しないため、本来の力を引き出すことができない。窮地に陥ったギニューは、今度はベジータの体を奪おうとする。

ついにナメック星の神龍が出現する。さっそく3つの願いを叶えようとする悟飯たちだが、1つの願いで生き返らせることが出来るのは1人だけ。迷う悟飯の心に、ピッコロが語りかける。

甦ったピッコロは、悟飯たちのもとへ向かう途中、瀕死のネイルを発見！ネイルと同化してパワーアップを果たす。一方の悟飯たちは、フリーザの強大な気に圧倒されていた。

フリーザの凶刃にクリリンが貫かれた・・・。その光景に怒りを爆発させた悟飯は、フリーザに猛攻をしかける。だが、攻撃は通用せず、さらにフリーザの怒りを買ってしまう！

ついに到着したピッコロがフリーザと対決！悟飯たちは、フリーザと互角の闘いを繰り広げるピッコロの姿に希望を見出すが、フリーザは依然として余裕の態度を崩さない。

二度目の変身を遂げたフリーザが、ピッコロを窮地に追い込んでいく・・・。怒った悟飯が渾身の気功波を放つものの、フリーザには通用せず、簡単に跳ね返されてしまう！

デンデの力で復活し、自分は超サイヤ人になったと確信したベジータは意気揚々とフリーザに闘いを挑む。だが、フリーザとの実力差に絶望。完全に戦意を喪失してしまう。

フリーザがベジータに止めを刺そうとしたそのとき、傷を完治させた悟空がついに到着する。復活を喜ぶ仲間たちに、悟空はたったひとりでフリーザと闘うことを宣言する！

宇宙の命運を賭けた悟空とフリーザの最終決戦がついに始まった！自分と互角の闘いをする悟空の実力を認めたフリーザは、金縛りを使って一気に勝負を決めようとする！

悟空との闘いに余裕の笑みを見せるフリーザは、手を使わずに闘うと宣言！悟空は自らにハンデを課すフリーザに先制攻撃を仕掛ける。しかし、その攻撃はほとんど通用せず・・・。

悟空とフリーザ・・・互いに隠していた実力に差がありすぎた。悟空は、フルパワーの50％しか出していないフリーザに一気に劣勢へと追い詰められる。悟空に勝機はあるのか・・・？

絶体絶命の悟空は、最後の切り札として元気玉にすべてを賭ける！悟空はフリーザの猛攻に耐え、決死の覚悟で元気を集めるのだが、完成直前でフリーザに気付かれてしまう。

悟空の特大元気玉を食らってもなお、フリーザは生きていた！フリーザになすすべもなく倒されていく仲間たち・・・。その光景を目の当たりにし、悟空の怒りは限界を突破する！

悟空はついに伝説の戦士・超サイヤ人へと覚醒した！悟飯にピッコロを連れて地球へ戻るように促すと、驚異の力でフリーザを圧倒する！だが、フリーザはその自信を崩さず・・・。

フリーザの放ったエネルギー弾は、ナメック星の中枢を破壊！ナメック星の爆発まで、残り5分となってしまう。悟空は残り時間でフリーザとの決着をつけるべく、最後の闘いに挑む！

ナメック星の爆発が迫る中、フリーザと悟空の闘いは熾烈を極める！その頃、地球では、ヤムチャたちを生き返らせるため、ミスター・ポポがドラゴンボールを集めていた。

フリーザの攻撃を受け、悟空の気が消えたことを察した悟飯は、ブルマの制止を振り切ってフリーザのもとへ向かう。悟飯は決死の覚悟で、フリーザに闘いを挑むのだが・・・。

ポルンガへの願いが叶い、ナメック星には悟空とフリーザのみが残された。闘いはさらに激化していくかと思われたがフルパワーの反動でフリーザの気が徐々に減りはじめ・・・。

自らの技で自滅し、瀕死となったフリーザは、悟空に命乞いをしてかろうじて命を繋ぎ止める。だが、フリーザは敗北を認めず、立ち去ろうとする悟空に最期の一撃を放つ。

悟空はナメック星の爆発とともに、宇宙へ散った・・・。界王からその事実を聞いたヤムチャは、悲しみをこらえながらも地球にいるブルマに、一連の出来事を伝えるのだが・・・。

ナメック星での激闘の末、悟空によって倒されたフリーザが、機械の体を手に入れて復活！悟空へ復讐するため、父であるコルド大王とともに、宇宙船で地球へ襲来する！

地球滅亡を企むフリーザ一味の前に、突如として謎の少年が現れる。少年はフリーザの部下を一瞬で倒すと、超サイヤ人へと変身！さらに、フリーザまでも一撃で倒してしまう！

謎の少年の言葉通り、悟空が地球へ帰還！トランクスと名乗る少年は、自分が20年後の未来から来たベジータの息子であることを悟空に告げ、さらに衝撃の事実を語り出す・・・。

悟空は、ナメック星脱出時の出来事を語るとともに新ワザの瞬間移動を披露。その能力に仲間達は驚く。そして戦士たちは未来を変えるため、3年後の再会を誓い合う。

修行を終え、約束の場所に集合した悟空たちだったが、トランクスが予告した時間を過ぎても、敵の気配は感じられない。すると突然、ヤジロベーのスカイカーが爆発する！

悟空は姿を現した人造人間に、ヤムチャを傷つけられて激昂！決着をつけるべく闘いを挑む。超サイヤ人になった悟空は一時的に19号を圧倒するが、徐々に防戦一方となり・・・。

悟空は心臓病で本来の力が出せず、19号にパワーを吸い取られてしまう。絶体絶命かと思われたその時、ベジータが悟空を救出！超サイヤ人に変身し、19号に猛攻をしかける。

ベジータの圧倒的なパワーを見た20号は、荒野へ逃走！戦士たちのパワーを吸い取り、自分のものにしようと画策する。20号はまず、近くにいたピッコロの背後に近づき・・・。

ピッコロの猛攻から逃れた20号は、人造人間17号と18号を起動するため研究所へ向かう。戦士たちは、20号より先に研究所を探し、人造人間を破壊するため再び追撃を始める。

研究所へ到着したピッコロたちだったが、時遅く17号と18号が目覚めてしまう。17号は生みの親であるドクターゲロを破壊！眠っていた人造人間16号を起動させてしまう。

悟空抹殺のため行動を開始した人造人間に、ベジータが闘いを挑む。単身18号と闘うベジータは互角の勝負を続けていたが、無限のスタミナを持つ18号に徐々に押され始め・・・。

あまりにも強大な人造人間の力に、なす術なく敗れた戦士たち。ピッコロは悟空を安全な場所に移すようクリリンに伝えると、ある決意を固め、ひとり神様の神殿に向かう。

人造人間から逃れるため、クリリンたちは悟空をカメハウスに運ぶことに。するとブルマから、トランクスが乗ってきたタイムマシンに似た乗り物を発見したと連絡が入る。

タイムマシンの中で、不気味な卵を発見した悟飯たちは、さらに奇妙な生物の抜け殻を見つける。その頃、ジンジャータウンという町で、住民が忽然と消える事件が発生する。

神様と合体し、ジンジャータウンへ向かったピッコロは、町の人々を襲う怪物と遭遇！悟空やフリーザの気を持つ怪物は、ピッコロの生体エキスを奪うため闘いを仕掛けてくる！

ピッコロは、セルと名乗る怪物の生い立ちと目的を聞き出すことに成功！クリリンとトランクスが現場に駆けつけたため、不利だと判断したセルは、太陽拳を使い逃亡する。

ピッコロたちと別れ、ドクター・ゲロの研究所を訪れたクリリンとトランクスは、幼体のセルを発見し、破壊する。その際入手した17号の設計図は、ブルマに届けることに。

復活した悟空は悟飯たちを連れて、1日で1年分の修行ができる「精神と時の部屋」に入ることを決意する。一方人造人間たちは、悟空を追ってカメハウスへと向かっていた。

激闘を続けるピッコロと17号は、強大なパワーが仇となり、セルに居場所を発見されてしまう。その頃カメハウスには、人造人間を停止させるコントローラーが完成したとの連絡が！

ピッコロと17号の前に、人間の生体エネルギーを吸収して急激にパワーアップしたセルが姿を現した！ピッコロは人造人間の吸収を阻止するため、セルに攻撃を試みるが・・・。

ピッコロを倒したセルは、17号に攻撃開始！17号を吸収しようとした時、16号が17号の窮地を救う。16号は一時はセルを食い止めたものの、隙をついたセルが17号を吸収して・・・。

天津飯は18号を逃すため、パワーアップしたセルに新気功砲を放ち続けるが、ついに力尽きてしまう。その頃、ベジータ親子が修行を終え、精神と時の部屋から戻ってくる。

悟空と悟飯が精神と時の部屋に入る。その頃、18号を探して島を破壊するセルの前にベジータ親子が登場！余裕の表情を見せるベジータは、驚異的なパワーでセルを圧倒する。

ベジータとの実力差にセルはショックを隠せない。だが、18号を吸収すれば勝てるはずだ・・・。一方、クリリンはセルの野望を阻止するため、18号を破壊しようと画策する。

強い相手と闘いたいベジータは、セルを完全体に進化させようとする。最悪の事態を恐れたトランクスたちは全力で抵抗するが、セルは隙をついて18号を吸収してしまう！

完全体となったセルは、あっという間にクリリンを倒し、次のターゲットをベジータに定める。セルの挑発的な態度に冷静さを失ったベジータは、怒りの攻撃を繰り出すが・・・。

ベジータは渾身の必殺技を放つものの、セルには通用せずついに敗北してしまう。倒れたベジータの姿を見たトランクスは、秘めていた力を解放してセルに立ち向かう！

力を解放したトランクスはセルに全力で攻撃をしかける！しかしその攻撃は、ことごとくセルにかわされてしまう。それどころか、セルに致命的なミスを指摘されてしまい・・・。

セルは自分の力を誇示するため、武道大会・セルゲームを開くことを思い立つ。そしてテレビ局を乗っ取り、自分が勝ったら人類すべての生命を奪うことを全世界に宣言する。

セルゲームに向けて修行をするため、ベジータたちは天界に到着。そこに、精神と時の部屋での修行を終えた悟空と悟飯が現れる。悟空はセルに会うため、会場へ降り立つ。

悟空たちは闘いまでのわずかな間、休息を楽しむ。その最中、防衛軍がセルに攻撃したことを知った悟空は、セルに殺された人々を甦らせるべくドラゴンボール復活を考える。

地球の新たな神様を探す悟空は、界王様の協力を得てナメック星に瞬間移動する。神様になる素質を持ったデンデを連れて地球に戻り、ドラゴンボールを復活させてもらう！

ついにセルゲームが開幕！悟空たちの制止も聞かず、格闘技の世界チャンピオンであるミスター・サタンが無謀にもセルに挑む！すると突然、会場上空にヘリコプターが現れ・・・。

サタンが敗れ、いよいよ悟空とセルの闘いが始まる！二人は開始直後から凄まじいバトルを繰り広げる。セルの強さを確認した悟空は、ついに真の力を解放することに！

悟空とセルの闘いはさらに激しさを増していく。闘いに場外負けは不要だと考えたセルはリングを破壊！熾烈を極めるバトルの中、悟空は渾身のかめはめ波を放つ。

ここまで全力の闘いを続けていた悟空に、徐々に疲れの色が見え始める。すると悟空は突然降参を宣言！仲間たちが驚きを隠せない中、次の挑戦者になんと悟飯を指名する。

ついに悟飯とセルの闘いが始まる！自分の秘めた力でセルを殺したくないと闘いを拒否する悟飯に対し、セルは容赦ない攻撃を続ける。するとセルの虚をつき16号が現れ・・・。

セルに抱きつき16号は自爆を試みるが、爆弾は外されており失敗してしまう。そしてセルは16号を粉砕し、セルジュニアを生み出すと、闘いを見守る悟空たちを襲わせる。

16号の最期の言葉を聞き、怒りが頂点に達した悟飯はついに真の力を解放する。瞬く間にセルから仙豆を奪い返すと、悟空ですら苦戦したセルジュニアたちを瞬殺していく！

セルジュニアを撃破した悟飯は、フルパワーのセルをも圧倒。絶え間なく攻撃をヒットさせていく。すると防戦一方になったセルは、なんと18号を吐き出してしまう！

第2形態へと戻り、勝ち目がないことを悟ったセルは、身体を膨らませて自爆しようとする。ピッコロたちが絶望する中、なんと悟空はセルを連れ、界王星へと瞬間移動する。

自爆から復活したセルは、闘いに終止符を打つため、超巨大なかめはめ波を撃とうとする。凄まじい気に圧倒される悟飯だが、悟空の声に励まされ超かめはめ波で対抗する！

セルは消滅し、闘いは終わった。悟飯たちはドラゴンボールで悟空を復活させようとするが、その願いは叶えられない・・・。すると、あの世の悟空からメッセージが届いて・・・。

悟飯たちと別れ、未来の世界へと戻ってきたトランクスは、破壊を尽くす17号や18号と闘う。トランクスは過去での修行の成果により、人造人間を難なく倒すことに成功する。

セルとの激闘から7年、人々は平和な日々を過ごしていた。孫悟空の息子、孫悟飯も16歳となり、今日からサタンシティのハイスクールに通うことになった。通学の途中、悟飯は強盗事件を目撃し、この事件を解決！その活躍から、正義の味方「金色の戦士」の噂が、街じゅうに広がってしまう。

サーカス団に捕まり見世物になっていた怪獣チビを悟飯はグレートサイヤマンに変身して救出するが、泥棒扱いされ、ビーデルと闘うはめに・・・。そこへチビの親が現れ、ビーデルを急襲。グレートサイヤマンは身を挺して助けるが・・・！？

天下一武道会に向け、修行にはげむドラゴンチームの面々。悟飯は弟の悟天との修行中に悟天が超サイヤ人に変身できるのを知り、ビックリ！修行中の悟飯の元へ、ビーデルが空の飛び方を教わりに押しかけてきた。一方、べジータも目の前でトランクスが超サイヤ人に変身するのを見て驚愕する！

悟飯から舞空術の指導を受けたビーデルはすっかり上達し、自由自在に空を飛べるようになった。いよいよ天下一武道会当日を迎える。べジータ、ピッコロ、クリリンなどドラゴンチームの面々が会場に集合する。そこへあの世から悟空も帰ってきた！再会の余韻に浸る間もなく、大人の部の予選が始まり・・・。

天下一武道会・少年の部が始まり、登場する。トランクス、悟天は順調に決勝戦へと駒を進め、決勝戦が始まるとふたりの常識破りの強さに観客はただただ驚くばかり。トランクスは気功波を撃ち、悟天も負けじとかめはめ波を放つ。接戦を繰り広げていたが、悟天が勢いあまり観客席に足を着いてしまい・・・。

少年の部優勝者トランクスがアトラクションでミスター・サタンと対戦。サタン思わぬピンチに頭を悩ます。一方、悟空達は謎の人物シンと遭遇する。悟天とトランクスは大人の部に参加しようと、こっそり覆面選手マイティマスクにすり替わる。本選トーナメントで悟空の対戦相手は何とべジータに決定する！

天下一武道会、大人の部が開幕。第一試合はクリリン対プンター戦で、クリリンはあっさりと撃破した。続くピッコロは謎の人物シンに対して何と試合を棄権！そして第三試合はビーデル対スポポビッチ。ビーデルが次々と技を決めていくが、ダメージを受けないスポポビッチに次第に追い詰められていく。

スポポビッチの容赦ない攻撃でビーデルはボロボロに。悟飯が救出のため乱入しようとするが、寸前でビーデルは場外負けとなる。続く第四試合で悟飯は対戦相手のキビトから超サイヤ人になれと言われ変身する。そこへヤムーとスポポビッチが乱入。吸引器で悟飯のエネルギーを吸収したヤムーたちは逃亡する！

悟空達は界王神から「ブウ」というとてつもなく恐ろしい魔人を復活させようと企む魔導師バビディの存在を聞かされる。バビディは封印された魔人ブウを復活させるために巨大なエネルギーを集めていたのだ。そうこうするうちに、悟空達はバビディの宇宙船を発見！気配を殺して岩陰から様子を窺っていたが・・・。

岩陰から様子を窺っていた悟空達をダーブラが急襲。クリリンとピッコロは石にされてしまう。石になった二人を元に戻すため、悟空達はバビディの宇宙船に侵入。船内の階層ごとのバトルステージ戦士達を倒さなければ、最下層で待つ彼らのもとには辿り着けない。第1ステージでべジータはプイプイに挑む！

第1ステージでべジータの圧倒的な強さに驚いたバビディは魔法で舞台をプイプイが得意とする重力が地球の10倍もある惑星ズンに変えてしまうが、べジータはあっさりとプイプイを片付ける。第2ステージに送り込まれた魔獣ヤコンの対戦相手は悟空。光を食べるヤコンに対し、悟空は超サイヤ人となって・・・。

悟空たちがいなくなった天下一武道会。残った選手5人全員がリング上で闘うバトルロイヤルで勝者を決めることになった。試合開始後すぐにマイティマスクがキーラを、18号がジュエールを瞬時に倒してしまう。マイティマスクと18号は残ったミスター・サタンを無視して、激しい一騎打ちを始め？！

天下一武道会場ではマイティマスクと18号が激しいバトルを繰り広げる。マイティマスクに変装している悟天とトランクスは超サイヤ人に変身するが、それがきっかけで正体がバレてしまう。18号は気円斬を放ち、マイティマスクを真っ二つに！悟天とトランクスが二人で戦っていたのがバレて失格に！？

天下一武道会の優勝は18号とミスター・サタンのふたりに絞り込まれた。18号は2千万ゼニーで負けてやると話を持ちかけ、サタンはその取り引きに応じる。こうして天下一は、またもやサタンに手中に。一方、宇宙船ではダーブラが第3ステージに現れ、悟飯との闘いが始まるが、意外な苦戦を強いられる。

バビディたちとの闘いを早く終わらせ、悟空との決着を心待ちにしているべジータはダーブラに苦戦する悟飯に対して怒りをあらわに。ダーブラはそのやりとりにべジータの邪心を感じ取る。ダーブラはバビディの魔術で悟空たちと同士討ちをさせ、そのエネルギーで魔人ブウを復活させるという策を思いつく。

悟空を本気にさせるため、べジータはわざとバビディの術にかかり、天下一武道会の観客席に向けてエネルギー弾を撃つ。悟空はそれを見てべジータと闘うことを決意する。バビディはべジータに界王神を片付けるよう命令するが、べジータはそれを跳ねのけ、悟空との闘いを望み、宿命の対決が今、始まる！

ついに始まった悟空とべジータの闘い。お互いに一歩も譲らない激しいバトルに。一方、ブウが封印されている玉の前で対峙する悟飯、界王神とバビディ、ダーブラ。闘おうとした正にその時、悟空とべジータの激しい力のぶつかり合いで、魔人ブウ復活のためのエネルギーが満タンになってしまい・・・！

悟空とベジータの闘いは激しさを増す。一方、ブウの封印されている玉から猛烈な勢いで煙が噴出！復活寸前のブウの玉に悟飯はかめはめ波を撃ち続けるが、封印は解け、玉が割れてしまう。しかし、中身は空っぽ。界王神がそれを見てよろこぶが、悟飯は凄まじい気が膨れ上がっていることを感じ取る。

復活した魔人ブウは、自分をバカにしたダーブラを簡単に倒してしまう。その頃、ベジータと激しいバトルを展開していた悟空もブウの気を感じ、共に闘おうとベジータを説得するが、ベジータは、ブウを復活させてしまった責任を果たそうと、隙をついて悟空を気絶させ、独りで魔人のもとへ向かう。

魔人ブウの力は悟飯にも止められない。バビディがブウに界王神を殺すよう命令した直後、倒されたはずのダーブラの攻撃がブウの体を貫いた！それでもブウはダメージを全く受けない。ブウはダーブラをクッキーにして食べてしまう。それと同時に、石にされていたピッコロたちは無事、再生するが・・・。

魔人ブウが界王神にとどめをさそうとした正にその時、バビディの宇宙船を破壊し、ベジータが現れる。ベジータは凄まじい連続攻撃でブウを圧倒！ブウの腹に大穴を開ける。しかしブウはすぐに元通りになり、エネルギーを極限まで高め、ベジータに大怪我を負わせる・・・！不死身の魔人ブウを倒す方法は？

大ダメージを負ったべジータを、ブウはさらに拘束し、めった打ちにする。みかねたトランクスと悟天は飛び出し、べジータを救い出す。べジータは何かを思いつめたようにトランクスを抱きしめた後、悟天ともども気絶させる。そして、2人を連れて遠くへ離れるようピッコロに依頼する。

自爆して自らの命と引き換えに魔人ブウを粉砕したべジータは灰のように散った。だが、ブウの肉片は集結し、再生してしまう。悟飯の生死が定かではない今、希望の星は悟天とトランクスの二人だけとなった。地上が危険だと悟ったピッコロは、悟天とトランクスを神殿に連れて行くことにする。

ブルマ達がドラゴンボールを7つ集める一方で、神殿ではピッコロとクリリンが魔人ブウ対策に頭を悩ませていた。悟空は自分ではブウを倒せないが、実力・体格の近い二人の合体技・フュージョンを使えば何とかなるかもしれないと提案する。今、その条件を満たすのは悟天とトランクスの二人だけだが・・・。

悟空は悟天達のフュージョン完成までの間に出た死者を神龍に復活させてもらおうと考えていた。だが、ブルマ達がドラゴンボールで人々を生き返らせてしまう・・・。蘇ったキビトは界王神を救出し、さらに悟飯を探し出す。一方、バビディは全人類にテレパシーを発信。復讐を開始するつもりなのだ。

ピッコロ、悟天、トランクスの3人が出てこなければ、次々と街を破壊するというバビディのメッセージで人々はパニックに・・・。その頃、界王神界に連れて来られた悟飯はキビトの力により復活！界王神は魔人ブウを倒すため、悟飯に岩山に突き刺さっている伝説の剣「ゼットソード」を引き抜くよう促す。

神殿で訃報を聞いたブルマ達が悲しみに暮れる一方、界王神界では悟飯が伝説の剣・ゼットソードを引き抜くことに成功する。しかし、剣は異常に重く振ることも難しい。一方、バビディとブウが街を無差別に破壊していることを知り、悟天とトランクスはフュージョンをマスターすることを決意する。

トランクスの家が、西の都にあることを突き止めたバビディは、トランクス達が現れないと西の都を破壊すると言う。悟空はトランクスに急いで家にドラゴンレーダーを取りに行かせる。悟空は、トランクスが戻るまでの時間稼ぎのために超サイヤ人3へと変身！ブウと対決し互角の闘いを繰り広げる。

トランクスは西の都の家に到着し、ドラゴンレーダーを探し始める。一方、超サイヤ人3に変身した悟空はブウと互角に渡りあうが、ブウはほとんどダメージがない。トランクスが西の都を出たため悟空は神殿に戻る。悟空を逃したことでバビディはブウをとがめるが、その態度に怒ったブウは反逆し・・・！

バビディを殺し、命令する者がいなくなったブウは、好き放題に次々と街を破壊していく。悟空は神殿に戻ってくるが、残された時間はわずか30分しかない。そこへドラゴンレーダーを携えてトランクスが帰還。早速、悟空は悟天とトランクスにフュージョンをマスターさせるために特訓を始めるが・・・。

悟空とピッコロが悟天とトランクスにフュージョンの特訓を行っている頃、地上ではブウが大暴れし、人々を粘土に変えて家を造っていた。一方、この世で超サイヤ人3に二度も変身した悟空はエネルギーを大きく使い果たしてしまい、予定よりも早くあの世に帰ることになってしまう。

悟飯の気をキャッチした悟空は瞬間移動し、界王神界で修業中の悟飯と再会！悟空は一日でゼットソードを使いこなせるようになった悟飯とふたりでこの伝説の剣の切れ味を試すことにする。宇宙で一番堅い金属カッチン鋼に挑戦するが、なんと剣が折れてしまう！！そこへ突如15代前の界王神と名乗る老人が登場するのだが・・・！？

ピッコロによる厳しい特訓を終えた悟天とトランクスはフュージョンに挑戦する。だが、トランクスのポーズが微妙にずれるなど、二度失敗。三度目の正直でようやくフュージョンに成功し、合体超戦士・ゴテンクスが誕生！自信家のゴテンクスは、超サイヤ人にならなくても魔人ブウを倒せると、神殿を飛び出してしまうが・・・！？

悟天とトランクスはフュージョンを完成させ、ゴテンクスに変身。調子に乗ったゴテンクスは魔人ブウに闘いを挑むが、ボコボコにされ、あえなく帰還・・・。一方、ブウにより絶滅の危機に瀕した人類は、ミスター・サタンに最後の望みを託す。ブウの住家に辿り着いたサタンは、ブウに取り入り、二人で生活を始めることに・・・。

悟飯のパワーアップにはまだ時間を要する。一方、悟天とトランクスは超サイヤ人のフュージョンに成功！超ゴテンクスとなるが、ブウの家に到着するやいなや合体が解けてしまい退散・・・。ブウはサタンの説得で、もう人を殺したり街を破壊したりしないと誓うが、懐いた子犬が心無い男による凶弾で倒れるのを目の当たりにし・・・。

ブウに懐いた子犬が、悪党に撃たれ、怒ったサタンは鉄拳で悪党をこらしめる！子犬は瀕死の状態であったが、ブウの不思議な力で元気な姿を取り戻す。平和な日常が戻った矢先に、今度はサタンが悪党に撃たれてしまう！ブウはサタンを治療するが、突然煙を吹き出して苦しみだし、その煙からもう一人の魔人が出現する！

魔人ブウが二人に分裂！無邪気なブウは一方の純粋悪のブウに闘いを挑むが、力及ばず、最後の手段で相手をチョコにする光線を放つ！だが、はね返されて逆にチョコにされ、無邪気なブウは食べられてしまう。純粋悪のブウはパワーを取り込み、悪の魔人ブウへと変化！そして、ピッコロたちがいる神殿に乱入する！

ピッコロは悟天とトランクスが修業する時間を稼ぐため、ブウが地球人を全員殺した後で戦うことを提案するが、ブウは無数の気弾であっという間に人類を駆逐してしまう。打つ手なしのピッコロは、ブウに１時間の猶予をもらい、悟天たちに精神と時の部屋で修業するように指示。だが、ブウが待ち切れずに暴れだしてしまい・・・。

ピッコロは悟天とトランクスの特訓のため、精神と時の部屋へ遠回りしながらブウを案内。いよいよ二人の特訓の成果が試される時がやってきた。悟天とトランクスは、完璧なフュージョンでゴテンクスに変身するが、繰り出す技がブウに効かない！そこでゴテンクスは、超サイヤ人に変身し、「超ゴテンクス」に！

ギャラクティカドーナツをやぶられた超ゴテンクスは、必殺技「スーパーゴーストカミカゼアタック」をブウに仕掛ける！触れると大爆発を起こすオバケを口から出し、相手を攻撃する大技だ！ブウはオバケに触れて大爆発！だが、飛び散ったブウの肉片から煙が湧き上がり、ブウは再生。勝ち目がないと悟ったピッコロは・・・！？

ピッコロは、ブウを異次元に閉じ込める為、精神と時の部屋の出入り口を爆破！ゴテンクス、ピッコロと共に閉じ込められたブウは、お菓子が手に入らないと知り、大激怒。怒りの大声で精神と時の部屋の空間に穴を空けて脱出に成功する。取り残されたゴテンクスとピッコロは、ブウと同じく大声を出して脱出にトライするが・・・。

ブウに続き、ゴテンクス達も精神と時の部屋から脱出！だが、ひとあし遅く、ブウに仲間達を食べられてしまっていた。怒ったゴテンクスは、ブウをボールにし、ピッコロと協力してブウをバレーボールのように地上に叩きつける。勢いに乗ったゴテンクスは強烈なエネルギー弾を連続発射！弱ったブウに止めを刺そうするが・・・！？

ゴテンクスが弱ったブウに止めを刺そうとした正にその時、時間切れで超サイヤ人3から通常のゴテンクスに戻ってしまった。さらにフュージョンまで解けてしまい、悟天とトランクスは大ピンチ！その頃、界王神界では老界王神による悟飯のパワーアップが完了。想像を絶するパワーを携えた新生悟飯は地球へ向かう！

パワーアップした悟飯は、驚異的な強さでブウを圧倒する。追い詰められたブウは不気味な笑みを浮かべて大爆発！間一髪、悟飯は悟天達を引き連れて避難したが、ブウはそのまま姿をくらましてしまう。ブウがいない間に、悟飯達はデンデとミスター・サタンを見つけるが、ブウは悟飯の前に再び現れ・・・。

再び悟飯たちの前に現れた魔人ブウは、悟飯ではなく、悟天とトランクスを闘う相手に指名する。ブウに挑発された悟天とトランクスは再び超サイヤ人3に変身。ゴテンクスがブウを攻撃しようとしたその時、アメーバ状になったブウの体の一部がゴテンクスとピッコロを吸収してしまう！パワーアップしたブウに、悟飯は・・・！？

ゴテンクスとピッコロを吸収し、二人のパワーを手に入れた魔人ブウは悟飯を徹底的に傷めつける。これを見ていた老界王神は、歴代界王神のとっておきのお宝「ポタラ」で悟空と悟飯を合体させ、最強の戦士を誕生させることを思いつく！老界王神の命で復活する悟空。一方その頃、べジータが閻魔大王に呼び出されて・・・。

悟空は間一髪、悟飯を救出し、悟飯と合体するためポタラを投げ渡すが、悟飯は受け損ね、隙をつかれてブウに吸収されてしまう！ピンチの悟空は合体相手を探すが、適当な者がいない。その時、閻魔大王から呼び出されたべジータが地球に到着。悟空と共にブウと闘うが、力及ばない。そこで最後の手段「ポタラ」で合体し・・・！

悟空とべジータが合体し、究極戦士ベジットが誕生した。ブウの強力なエネルギー弾をベジットは余裕ではね返し、完全に圧倒する。強がるブウの前でベジットは更に進化し、超ベジットとなる。ベジットのビッグバンアタックを受け、瀕死となったブウ。ベジットの体内に入り、内部から破壊しようとするが・・・！？

ブウはスーパーゴーストカミカゼアタックを駆使してかめはめ波と魔閃光のダブル攻撃を仕掛けるが、ベジットは余裕で回避！窮地のブウはベジットをキャンディーに変えてしまう！だが、「宇宙一強いアメ玉」のベジットにブウはボコボコにやられてしまう。ブウは堪らずベジットを元に戻し、ベジットを吸収しようとするが・・・！？

ブウはベジットを吸収。しかし、これは先にブウに吸収されてしまった悟飯たちを救出するためのベジットの作戦だったのだ！だが、ブウの体内でポタラによる合体が解け、悟空とべジータは元の姿に。さらにベジータが「合体なんてもう二度とごめんだ」と、ポタラを破壊。二人はブウの体内を捜索し、悟飯たちを発見するが・・・！？

ブウの体内に入った悟空たちは、現れたブウの分身に苦戦を強いられる。焦った悟空はエネルギー弾を乱射する。だがその流れ弾が、吸収され繭に包まれた太っちょのブウに当たりそうになったとき、ブウの分身が慌ててさえぎった！それに気づいたベジータは、ブウの制止を無視して繭を引きちぎる！するとブウは苦しみ出し・・・！？

はるか昔、魔人ブウは邪悪そのもので創造者・ビビディにも制御できなかった。だがブウが大界王神を吸収したことで、彼の優しい性格と体型を受け継ぎ、ビビディの言うことを聞くようになった。そして、体内の太っちょのブウが引きちぎられたことで、再び最初の凶悪な魔人に戻り、いきなり地球を破壊してしまう！！

宇宙の惑星を破壊し続けるブウに対し、悟空は決着をつけようと気を高め、あえてブウを界王神界に呼び込む。悟空とべジータはジャンケンでブウと闘う順番を決めてしまう。戦闘民族サイヤ人の誇りが、二対一の闘いもポタラによる合体も許さない。ジャンケンで勝ったのは悟空。全宇宙の命運をかけた闘いが遂に始まる！！

宇宙を賭けて激突する魔人ブウと超サイヤ人3孫悟空。力尽きた悟空を休ませるため出撃するベジータだが、力の差は歴然・・・。ピンチに陥ったべジータを救うべく再び悟空が割って入る。べジータは“絶対負けないために限界を極め続け戦う”悟空の姿を目の当たりにし、「カカロット・・・お前がNo.1だ！！」と悟空の強さを認める。

どんなダメージも回復してしまうブウを倒すには、悟空がめいっぱいにためた気で消し去るしかない。気をためるのに必要な時間は1分間。べジータはブウを引きつけてその時間を稼ぐと飛び出すが、ブウの速く重い攻撃に防戦一方。約束の1分が経過したが、悟空の気はなぜか十分にたまらない。そこにサタンが登場し・・・！？

ブウはサタンを見るなり苦しみだし、吸収していた太っちょのブウを外へ吐き出す。太っちょのブウが邪悪なブウを食い止める中、悟空は気をためるどころか力が抜け、超サイヤ人3の変身が解けてしまう。そこでべジータはナメック星のドラゴンボールで地球を復活させ、人々を生き返らせようとする。べジータの真の狙いとは！？

ポルンガの力で地球が復活し、死んだ人々も蘇った。べジータは悟空に元気玉を作らせ、復活した地球人たちにブウを倒すために力を貸せとメッセージを送る。悟飯達の気が集まり、元気玉が膨れ上がるが、悟空の仲間達以外はほとんど元気を分けてくれないため、元気玉が大きくならない・・・！！人々の信用を得られないのだ。

べジータの呼び掛けを信用しない地球人だったが、英雄ミスター・サタンの一喝で人々が手をかざして気を送り始める！地球の元気が悟空に届き、元気玉が完成！！悟空は元気玉をブウに放とうとするが、べジータが近くに倒れていて放てない！そこで、太っちょのブウが邪悪なブウを食い止め、サタンがべジータを救出して・・・！！

悟空はブウめがけ元気玉を放つが、体力が消耗しているため押し戻されてしまう！！悟空のピンチにべジータが機転を利かせ、ポルンガへの3つ目の願いで悟空の体力を回復させる。悟空は渾身の力で元気玉をブウにぶつけ、ついに魔人ブウは完全に消滅した・・・！そして悟空達に再び平和な日々が訪れるのだった。

魔人ブウとの壮絶な闘いから10年・・・。悟飯とビーデルが結婚し、娘のパン4歳に。悟空は天下一武道会に参加することを決意。べジータ、悟天、トランクスはもちろん、パンも武道会に出場することに。予選後のクジ引きで、悟空は、ウーブという少年と闘いたいと太っちょのブウにクジを操作してもらう。

天下一武道会。第一試合にパンは勝利する。続く第二試合は悟空対ブウの生まれ変わりである10歳の少年ウーブ。ウーブは会場の雰囲気に呑まれ緊張状態に・・・。悟空は、緊張をほぐすために彼を挑発！怒ったウーブは何と悟空と互角に渡り合う。その力を認めた悟空は、ウーブを鍛え上げて再戦するために、二人で修行の旅に！！