汎銀河大戦停戦後、地球軍の駐屯する火星にて。軍の基地で働く若者グラムは他の火星の人々同様に、明日の見えないその日暮らしの毎日を過ごしていた。そんな彼の日常を打ち破るかのようにアデナの軍倉庫を狙って、海賊“夜明けの船”がやってくる。それを迎え撃つ地球軍のＲＢ（ラウンドバックラー）部隊。その中には、数年ぶりに火星に戻ってきたベスの姿があった。夜明けの船と地球軍の戦いにまきこまれてしまい、ピンチになるグラム。そのとき彼の前に一体のＲＢが現れた…。

海賊の一人ヤガミに誘われ、夜明けの船で働くことになったグラム。しかし戦いに不慣れな彼が犯したミスにより、夜明けの船が衛星軌道上の地球軍にみつかってしまう。地球軍ＲＢ部隊の攻撃をうけ、反撃する夜明けの船。だが、夜明けの船の放った魚雷が、地球軍の妨害をうけて、民間人の居住区に向かってしまう！

夜明けの船の一員である少年ショウの夢はＲＢのパイロットになること。その気持ちが昂じたあまり、勝手にグラムのＲＢ“希望号”を持ち出してしまう。取り戻そうと、慌ててあとを追うグラム。だがショウの操る希望号が、付近の海域を潜航していたベスの地球軍ＲＢ部隊に見つかってしまう！

上官のドリトル大尉の薦めで、休日をとって数年ぶりに故郷のアデナの街を歩くベス。昔なじみのアーニャに出会い、彼女の店を手伝う事になる。その頃、グラムも近所の子供たちにしばしの別れを告げるため、同じくアデナの街中にいた。かつてと立場の違うグラムとベスは久しぶりの再会を果たす…。

火星政府代表のアンナのもとに最悪な知らせが入る。お忍びで火星に来ていた地球大統領の孫娘、エノラが誘拐されてしまったのだ。その誘拐犯人が夜明けの船らしいと思い込んだアンナは事態の収拾を図ろうと、自ら地球軍の旗艦に乗り込む。かくして夜明けの船と地球軍による氷の海の中での大戦闘が開始される…。

夜明けの船に傷をつけ逃走していった船を追いかけ、かつて大学だった廃都市船にやってきた夜明けの船。当て逃げ犯に復讐しようとやっきになっているエリザベスに命じられ、海賊たちは大学の中へと乗り込んでいく。突如やってきた荒っぽい海賊に脅える当て逃げ犯。彼らは大学の中を逃げ回っていたが、大学に隠されていた秘密兵器を発見し、反撃に出る！

補給のため海賊の街リバタリアにやってきた夜明けの船。そこでグラムたちは海賊同士の喧嘩にまきこまれてしまう。だが突如現れた謎の海賊が、彼らのピンチを救ってくれた。その男、キュベルネスに夜明けの船の場所を聞かれたグラムは、ごまかしてその場から逃げだす。しかし、キュベルネスは無理矢理、夜明けの船に乗り込んできた。彼はエノラをとりもどすために雇われた傭兵海賊だった！

豪華客船オリンポス号で大企業主催のパーティーが開催され、火星主席、軍、夜明けの船の面々らが一堂に会することに。ヤガミの紹介で、夜明けの船のスポンサーであるナイアル・ポーに引き合わされるグラム。ポーはグラムをスカウトしようとする。彼は、グラムが身につけているペンダントに目をとめていたのだ。だが、そこにキュベルネスが現れた。彼はエノラ、そしてグラムの両方を狙っていた！

軍の監視衛星の隙をつき、夜明けの船が浮上する。久しぶりに日の光を浴びたクルーたちは、戦闘を忘れ、ゆっくり露天風呂につかって日々の疲れを洗い流す。だがそこに、突如謎の巨大生物が現れる。夜明けの船にとりつき、船のエネルギーを吸いはじめる巨大生物。エステルたちは急遽、水着姿の まま巨大生物の迎撃を開始する。しかしそのとき、船内に残っていた東原は不思議な声を聞いていた…。

ポーの指令で『導きの箱』を受け取りに、火星先住移民の村にやってくるエリザベス。だが、箱の在り処を知っているガーマは留守だった。そしてそこに、箱を求め、ドウズという男の手下達がやってくる。その頃、グラムは街中で奇妙な老婆に出会っていた。老婆のペースにのせられ、博物館の中の展示品を盗む片棒を担がされてしまうグラム。だが老婆は、それらの品はもともと自分のもので、ドウズという男に騙し取られたのだという…。