ゾイド -ZOIDS-のアニメ情報・感想・評価・動画配信

惑星Zi・エレミア砂漠。バンは、たまたま出くわした野良ゾイド「ガイサック」を操る盗賊に、格好の餌食となって襲われていた。必死に逃げるバンは、朽ち果てた遺跡へと逃げ込む。遺跡の崩れた壁の向こうに、偶然隠し部屋を発見したバン。そこには、カプセルが2つ並んでいた。しつこい襲撃から身を守るため、バンは祈るような気持ちでそのスイッチを押す。そこから生まれてきたのは、見たこともないT-Rex型ゾイド。バンはそのゾイドをジークと名付け、一緒に盗賊を撃退しようとするのだが・・・

ジークの不思議な力で壊れたシールドライガーが甦り、盗賊を追い払うことが出来たバン。ジークと、もう一つのカプセルから出てきたフィーネを自分のコロニーに連れて帰り、家に置いてもらえるよう姉のマリアに頼み込む。ところが、ジークの能力に眼を付けた盗賊達はコロニーを襲い、ジークを差し出すよう村人達を脅す。止めようとしたマリアは、盗賊に人質としてさらわれてしまう。マリアを助けに村を飛び出そうとするバンだが、危険過ぎると皆に引き止められ、ジークは長老に連れられていく。「ジークを、あいつらに渡しちゃいけない！」やっとの思いで皆を振り切り、フィーネとともにシールドライガーに飛び乗り砂漠に向かうバン。そこには、盗賊に攻撃を受けるマリア達と、電気鞭を受けて倒れたジークの姿があった。

ジーク、フィーネと共に旅に出たバン。フィーネが底なしの蟻地獄にはまってしまった時、間一髪のところで、コマンドウルフを操る青年アーバインに助けられる。彼は砂漠で捜し物をしているのだという。アーバインと別れ、まるでジャングルのように植物が生い茂る、風化した遺跡にたどり着いたバン達。踏み込もうとしたとき、一匹のホワイトゴルドスが彼らを襲う。どうやら遺跡に入らせないようにしているらしいが、コクピットには人の姿がない。何とか遺跡内に入り込んだバンは、この遺跡が50年前に捨てられたかつての要塞であることに気付く。「なんてこった・・・あいつは50年もの間、たった一匹でこの砦を守ってたんだ。」その時、大きな爆発音とともにホワイトゴルドスの咆哮が聞こえた。闘っている相手は、昨日フィーネを助けてくれたコマンドウルフ。実はアーバインもまた、ジークの能力を狙う一人だったのだ。

砂漠を、水を求めてさまようバン達。「あっちに水の香りがする」と、またも不思議なことを言い出すフィーネ。ついていくと、本当に牧草地のレイクコロニーを発見。大喜びで湖に飛び込むバンだが、アーバインが現れ一瞬身構える。しかし彼は、今はこのオアシスを盗賊から守るために村人に雇われた用心棒だという。バンは水のお礼に自分も手伝うと言い出し、アーバインは渋々承知する。村長の話では、かつて村はもっと栄えていた。しかし、営利を目的に水脈を乱掘した者達がいたため地盤沈下が起こり、村の一部は廃墟となってしまったという。気配に気付いたジークが吠えると同時に、盗賊の一団の姿が砂塵の中に現れた。盗賊達を相手に、息のあった攻撃を見せるバンとアーバインだが、バンのシールドライガーはついに敵に囲まれてしまう。絶体絶命の瞬間、バンは村長の水脈の話とフィーネの自然を感じる不思議な力を思いだし、ある戦略に出るのだった。

バン達は、偶然、荒野の「運び屋」のムンベイに出会う。彼女のゾイドは頑丈な装甲のグスタフ。「届けられなかった荷物はない」というのが彼女の自慢だが、ずいぶんと今まで危険な橋を渡ってきているようだ。いきなり野良ゾイドのガイサックに襲われるバン達とムンベイ。シールドライガーが集中攻撃を受け、バンはジークと合体出来ずにやられる一方。グスタフの操縦席にガイサックの一撃が、という瞬間ガイサックが吹っ飛び、コマンドウルフが現れる。またもアーバインに助けられたバンだが、ムンベイとアーバインは知り合いの様子。2人は、さっきのガイサックが野良ゾイドではないことに気付いていた。奴らはムンベイの荷物、帝国軍側の爆薬を狙った共和国軍のスリーパーゾイドだったのだ。

一緒に旅することになったバン達とムンベイ。レッドリバーの畔、ひと休みしていると、ゴルドスに乗った共和国軍大尉のロブ・ハーマンの一行が現れ、ムンベイの積み荷を調べさせろと言う。遺跡で起こった大爆破と、軍のガイサックを粉々にした犯人を探しているのだ。しかも爆薬が帝国軍側のものと分かって、スパイの疑いまでかけられていた。ジークだけは何とか逃がしたものの、全員基地に連行され、投獄されてしまう。ジークは、バン達を助けようと基地へ向かい、シールドライガーと合体する。突然暴れ出すシールドライガーに基地内は大混乱し、その隙にバンとアーバインは牢から脱出する。しかし、バンもアーバインもプテラスの空からの攻撃になす術がなく、アーバインはもう逃げるしかないと指示する。

共和国軍を退けたバンとジークはムンベイ達を救出に向かう。だが、計算高いムンベイはすでに共和国軍に荷担することに決めてしまっていた……。共和国、帝国が互いに睨みをきかせる最前線、レッドリバーをはさみ、長い停戦を破らんと着々と進軍の準備を進める帝国軍摂政、プロイツェンから前線基地を守り抜くため、共和国軍大尉・ハーマンはバン達を使って守りを固めようとしていたのだ。完全に共和国に味方したかに見えたムンベイは、レッドリバーにかかる橋を爆破することで、実は両軍をともに出し抜こうとしていた。そんな中で、両部隊は対峙する。互いに動きのとれない両軍。その裏で、プロイツェンに利用されたデザルト・アルバコレーノの面々が帝国軍復帰のために暗躍する。

バンたちはレッドリバーを離れ、ゾイドイヴの手がかりをつかむために共和国の首都にある国立考古学研究所を目指すことになった。再び旅を始めて一週間後、一行は城壁に囲まれた砂漠の街、サンドコロニーにたどり着く。市場をのぞいて旅の準備をしながら、つかの間の休息を楽しむ一行。しかし、バンは今でもアーバインが隙あらばジークを自分の物にしようと思っていることを知り、いつか自分はジークに見捨てられる時が来るのでは……という不安にかられる。一方、ジークの融合したシールドライガー相手のゾイド戦は不利と見たデザルト・アルコバレーノたちは、帝国軍復帰の最後の手段として何が何でもジークを奪うため、サンドコロニーの中で丸腰のバンたちを急襲した。街を必死で逃げまどったバンとムンベイだったが、2人は捕らえられてしまう。

移動中に突如、帝国軍モルガ部隊の急襲を受けてしまったバン一行。共和国首都へ向かうゾイドは、全て帝国軍の敵と見なされてしまうのだ。何とかモルガ部隊をかわした4人だったが、戦闘の中で、シールドライガーの照準が思いきり狂っていることに気付く。その原因は、何の前触れもなく発生してはゾイドの制御系を狂わせて暴走させてしまうという、謎のパルス「レアヘルツ」によるものだった。前に進めばレアヘルツ地帯、後ろには帝国軍……進退窮まってしまうバンたち。そして、レアヘルツは確実にジークにも悪影響を及ぼしていた。恐れていた事態が起こり、とうとうジークも暴走を始めてしまう。シールドライガーに融合して暴れまくるジークになすすべもなかったバンは、走り去ったシールドライガーの足跡をひたすらに追い続ける。何とかジークに追いつき、元に戻って欲しい一心で、必死でジークに想いを伝えようとするバンだったが……。

ゾイドイヴの手がかりを得るため、バンたちはかつて共和国軍で活躍していたという科学者、ドクター・ディの隠居先を訪ねた。世捨て人のディは、相当の変わり者。ゾイドイヴのことを何か知ってはいるらしいのだが、なかなか喋ろうとしないディに、バンとアーバインはすっかり翻弄され、やがては共和国軍の補給基地破りにまで荷担させられる羽目になってしまう。ディは、実はゾイドイヴのことなど何も知ってはいなかった。それどころか、かつてたった一度見たきりの雪を何とかもう一度見たい、との願いがつのるあまりに、すっかり降雪ミサイルの研究にとりつかれてしまっていたのである。基地破りは、そのために必要なパーツを手に入れるための犯行だったのだ。バンとアーバインは、自分たちが単に利用されたにすぎなかったことを知るが、実験が上手くいかずに弱気になってしまったディを責めることはできず、ミサイル作りを手伝うことになる。

共和国を目前にしてバン達は、魔物が潜むというイセリナ山を越えることとなった。ところが、霧に行く手を阻まれた上、食い気に負けてしまったバンのせいで、バン＆ムンベイはフィーネ＆アーバインとはぐれてしまう。途方に暮れる2人を見つけてくれたのは、ゴドスに乗った少女、ローザだった。ローザは自分の住むコロニーに2人を案内する。ローザは外の世界を知らない少女だった。バンの話す外の世界の話にローザは興味を示す。そんな彼女の誇りは、帝国軍の兵士となって平和のために戦っているという姉だった。隠れ里であるはずのコロニーにいるバン達をも、デザルト・アルコバレーノはめざとく発見する。なぜかイセリナ山の特異な地形を熟知しているヴィオーラのプテラスに苦戦を強いられるシールドライガー。あわややられそうになるバン。それを救ったのはやはり地形を利用したローザの機転だった。

共和国軍のスリーパー・ガイサック一個中隊が何者かに一網打尽にされ、にわかに開戦の機運は高まっていた。バンたちもとある村で共和国軍に捕えられそうになり、バンとフィーネだけがかろうじて逃げだす。2人は共和国の兵士に追われるが、突如現れた謎の少年が、兵士達をなんとたった1人で倒してしまった。少年の名前はレイヴン。彼はバン同様、シャドーという黒いオーガノイドゾイドと共に行動していた。なぜか執拗にゾイドを憎む彼こそが、シャドーと融合するゾイド『セイバータイガー』によって、ガイサックの墓場を作り上げた張本人だったのだ。レイヴンが危険な存在だと知ったアーバイン、そして共和国軍のゴドス中隊がバンのもとにかけつけた。レイヴンはセイバータイガーを駆り、躊躇することなく次々とゴドスを潰しにかかっていく。見かねてそれを遮るバンのシールドライガー。バンとレイヴン、2人の宿命の対決の火蓋がここに切って落とされた。

レイヴンに屈辱的な負け方をしたバンは悔しくてたまらず、なんとかレイヴンの居場所を突き止めようとひたすら粘っていた。そんなバンに手を焼くムンベイたち。一方、レイヴンを支援する役目を負った帝国軍・マルクス部隊は、共和国軍の要所、クロノス砦を陥落させようとしていた。マルクス部隊の中にレイヴンのセイバータイガーを見つけたとの情報をアーバインから得たバンは、すかさずレイヴンを見つけに走り、2人は再びゾイド戦で激突する。シールドライガーのシールドをフルに展開し、研究を重ねた新戦法で何とかセイバータイガーをはじき飛ばそうとするバンだったが……。そして、ついにマルクス部隊の進軍も始まった！

レイヴンのセイバータイガーによってシールドライガーが受けたダメージは大きかった。ジークも瀕死の重傷を負ってしまう。ジークを戦いに巻き込んでいってしまったことに、バンは責任を感じる。かたや、クロノス砦を自爆させるという荒技で帝国軍を退けた共和国軍は、次なる要所、マウントオッサ要塞の守りを固めていた。戦火はしだいに激しさを増していく。そんな時、4人は偶然ドクター・ディと再会した。ジークを蘇らせるには、マウントオッサ火山にある特殊な鉱石『ゾイマグナイト』が必要、とディから聞いたバンは、ムンベイと火山に向かう。ディは、密かにレイヴンのセイバータイガーを倒さんと機会をうかがっていたアーバインにもアドバイスを与えた。それに従い、コマンドウルフに多弾装追撃ミサイルを装備したアーバインは、1人、レイヴンとの対決に向かう。

雨の中、小屋に待機するバン達。ジークは意識を取り戻したが、未だ回復できずにいた。そんな中、共和国軍のクルーガーは、整備中のZGで戦闘に出ようとする。その頃、セイバータイガーに敗れたアーバインは、強力な武器を求めて、共和国に忍び込んでいた。そこで巨大なゾイド、ゴジュラスを目の当たりにするアーバイン。クルーガーはアーバインに、「ゾイドは人間の気持ちを素直にその能力へ反映させる」と語る。戦いが始まり、ゴジュラスに乗ろうとしたその瞬間、爆風に吹き飛ばされてしまうクルーガー。代わりにハーマンがゴジュラスで戦闘に出る。遂にその全貌を現したゴジュラスを崖上から見下ろすレイヴンとシャドー…。一方、ジークのいないシールドライガーでアーバインを探していたバンは、危機に瀕しているアーバインを発見する。アーバインを救おうとするバンは、ジークのいないシールドライガーの力を引きだそうとするが…。

共和国の首都、ニューヘリックシティは、首都陥落の危機を乗り越えたお祝いで賑わっていた。大混雑から人気のない路地裏へと抜け出たバンとジークは、帝国軍人のロカイと出会う。ロカイは捕虜で、脱走したところを共和国の軍人に追われているのだった。共和国軍人に襲われそうになったロカイを逃がしてやるバン。だが、そんなバンに「余計な事を」と言うアーバイン。そこへ、捕虜を逃がしたバンを追って共和国の軍人達が現れる。間一髪、ディに助けられたバン達は、国立考古学研究所に連れていかれる。研究所内の展示場にはなぜかディにそっくりの肖像画が…。ガリル遺跡を目にしたフィーネにも異変が起こる。だが、安心したのもつかの間、バン達は再び共和国軍の手に。牢に入れられたバン達の前に現れた共和国大統領は、何とハーマン大尉の母親だった！

バンはフィーネの記憶を取り戻すため、ガリル遺跡に向かおうとする。帝国軍もゾイドイヴに興味を持っていることを知ったムンベイとアーバインもバンに同行する。一方、ハーマンは、氷山が帝国軍の偽装艦隊であることを見抜き、共和国軍に知らせようと、必死で海を渡ろうとする。共和国軍は連絡の途絶えたハーマンの身を案じ、捜索隊を出そうとするが、大統領に却下される。その話を聞いたムンベイ達は、共和国の基地を襲ってプテラスを盗み、ハーマン捜索に出かける。そこで自力で岸に辿り着いたハーマンを見つけたバン達。ムンベイに軍への伝言を頼み、ハーマンはバンらと共に沿岸基地まで戻るが、その途中、レイヴンと遭遇する…！

ハーマンのおかげでレイヴンに勝てたバン。だが、このまま帝国軍隊共和国軍の戦争に巻き込まれていいものかどうか迷っていた。そんな中、帝国軍は共和国軍に無条件降伏を要求する。一方クルーガー大佐は、マウントオッサ要塞に爆弾を仕掛け、遠隔操作で爆発するようにセット、プテラスで脱出を計る。だが、爆弾は爆発せず、がっかりするクルーガー。今度は火山を爆発させ、帝国軍を撤退させようと試みる。同じ頃、バンたちも火山を爆発させようとしていた。帝国軍と共和国軍の緊張が高まる中、帝国軍のツェッペリン皇帝が息を引き取る。涙するルドルフ。その頃、火山を爆発させようと奮闘するムンベイ達をレイヴンが襲っていた。そこへ到着したバン。レイヴンとバンの戦いが再び…。

フィーネの記憶を取り戻すため、ガリル遺跡に向かうバン達。その頃、刑務所に入れられていたロッソが、仲間の助けで脱走した。ヴィオーラたちが盗んできたアイアンコングを使って、ロッソ達は皇太子ルドルフを誘拐しようと計画する。 一方、摂政に任命されたプロイツェンは、再び戦争を起こそうと、ルドルフを殺害する計画を秘密裏に進めていた…。

ようやくガリル高原にたどり着いたバン一行。フィーネの記憶への期待が高まる。一方、ロッソらに拉致されたルドルフは脱走を試みるが、砂漠で1人逃げ延びることが不可能と悟り、再び囚われの身となる。その頃、ガリル遺跡を訪れたバンは、隠し部屋を探そうと試みる。しかし、遺跡には帝国軍の罠が仕掛けられていた…！帝国軍のレブラプターから何とか逃れるバン達。だが、遺跡の何かが既に盗まれていた後だった…。そこで残された石碑のかけらに手を触れたフィーネは、「デスザウラー」という言葉を残し、気を失ってしまう…。

帝国軍がゾイド因子から作ったジェノザウラー。プロイツェンはそのジェノザウラーをレイヴンに与える。ジェノザウラーを操り、ルドルフを探しに出かけるレイヴン。一方、フィーネの言う「デスザウラー」について思いを巡らしているバン達は、偶然ルドルフと出会う。ルドルフは自分を助けてくれたロッソとヴィオーラの為に、食料を探しているのだった。そんなルドルフに食料を分け与えるバン達。帰り道が分からないというルドルフを送っていくことにする。だがその時、フィーネがジェノザウラーの接近を察知し、気を失ってしまう。訳が分からぬバン達の前に現れるレイヴン。バンは必死で戦おうとするが、ジェノザウラーの強力な力に太刀打ちできない。そこへルドルフを助けに現れるロッソとヴィオーラ。2人は身を挺してルドルフを逃がそうとする。「オレ達の代わりにルドルフを守れ」ロッソの言葉に、バンはルドルフを連れて逃げる道を選ぶ…。

レイヴンにロッソとヴィオーラを倒されたルドルフは、バン達に帝国の首都、ガイガロスに連れて行って欲しいと頼む。さらにゾイドの操縦も教えて欲しいと願い出る。ゾイド訓練の最中、バン達は帝国軍ゾイドの無惨な残骸を発見する。そこではディが、帝国軍ゾイドを全滅させたと思われる怪物の足跡を追っていた。ガリル遺跡に到着した時の様子を見せられたディは、遺跡の壁に作られたゾイドのオブジェを見て「デスザウラー」と呟く。デスザウラーとは、太古の昔に存在した伝説のゾイドだった。レイヴンの操っていたゾイドがデスザウラーなのか…？バン達の心に不安がよぎる。一方、帝国軍ゾイドの残骸を見て胸を痛めたルドルフは自らの正体をバン達に明かす。だがその時、シャドーが現れ、ルドルフをさらってしまう…！

ジェノザウラーの荷電粒子砲に貫かれ、石化したシールドライガー。何とか脱出できたバン達だったが、体が受けたダメージは相当なものだった。一方、プロイツェンの部下、メッテルニヒに引き渡されたルドルフは、皇太子の証である指輪がバンたちの元にあることを悟られてしまう。バン達に及ぶ被害を案じ、焦るルドルフ。メッテルニヒはルドルフと指輪の交換を申し出る。バンとアーバインは、ルドルフを取り戻すため、早速メッテルニヒの元に行く。何とかルドルフを取り戻すバンを執拗に追いかけるメッテルニヒ。その頃、バン達の帰りを待つフィーネとジークに異変が起きていた…。

フィーネとジークが内部に入り込んだ結果、光の繭と化したシールドライガー。光の繭は、近づくものを弾き飛ばすため、誰も指1本触れることが出来ない。「ジークはフィーネと共にライガーを復活させようとしているのかも知れない」ディの言葉に、バンは疎外感を覚え、その場を飛び出してしまう。その姿を目撃した極悪非道の賞金稼ぎ屋、スティンガーが、メッテルニヒの助っ人を買って出る。スティンガーは、キャンプに1人残ったムンベイの元を訪れる。一方、アーバイン達の元を飛び出したバンは、追ってきたルドルフに叱咤される。そのまま眠り込んでしまうバンだが、夢の中でフィーネの声を聞く。アーバイン達の所に戻る事に決めたバンだが、ガイサックに襲われる。その頃、アーバイン達は、スティンガーに盛られたしびれ薬のせいで身動きがとれないでいた。間一髪逃げ出したルドルフの前に現れるメッテルニヒ。ルドルフの悲痛な叫びがこだまするー。

スティンガーに捕らえられたアーバイン達。バンは、デリスからガイサックを奪い、アーバイン達の元へ向かう。じわじわとアーバイン達をいたぶるスティンガー。だが、その目的は、繭の中にいるジークだった。スティンガーは、ジークが友情という感情を理解していることを逆手に取って、アーバイン達にジークを出てこさせようとする。間一髪、何故か繭の中から現れたディに救出されたアーバインとムンベイ。そこへバンが助けに現れた！スティンガーもセイバータイガーに乗り込み、戦闘を開始する。ガイサックがセイバータイガーに破壊され、ピンチに陥るバン。その時、光の繭が圧倒的な輝きを増す…！

シールドライガーが生まれ変わったブレードライガーは圧倒的な力により、何とか仲間を救うことができたバン。だが、ルドルフの指輪はプロイツェンの手に渡ってしまう。プロイツェンはこの指輪を使って皇帝の地位に就こうとしていた。次に狙われるのはルドルフの命だ。ルドルフは、プロイツェンの野望を阻止しようと、ガイガロスに戻ることを決意する。ガイガロスへ向かう途中、バン達は賞金稼ぎにジークを狙われ、一瞬の隙にジークを奪われてしまう。一方、レイヴンはプロイツェンの命により、ある目的のため、ゾイドコアを集めていた…。

指輪を奪われたルドルフは、プロイツェンの策略により、死亡したことにされてしまう。バン達は、ルドルフが信頼できるというホマレフ宰相に助けを求める為、ガイガロスに乗り込むことを計画する。プロイツェンの張った非常線を突破するために、ムンベイとフィーネがグスタフでゾイドを運び、バン達は徒歩でリヒトの町を越えることにする。だがバン達は山を越える途中で帝国軍の兵士達に囲まれ、牢に入れられてしまう。そこに偶然、以前バンが助けたロカイが居合わせて…。

ガイガロスに向かう途中の町。兵隊崩れの盗賊と間違われたアーバインとムンベイは、間一髪の所、エリーナというシスターに助けられる。だが、エリーナ自身もアーバイン達を盗賊と勘違いし、修道院に連れていく。そこには、警備兵に追われた少年、ペーターを助けたバン達の姿もあった。ペーターは、はやりの熱病に冒された子ども達のために、果物を盗んで追われていたのだった。盗賊達のせいで、町に食料が補給されず、病に倒れた子ども達の看病が思うようにいかない現状を知るアーバイン。奪われたワクチンが必要だと言うエレーナ。幼い頃、妹を病気で亡くしたアーバインは、「ワクチンは必ず俺が持って帰る」と言って出て行くが…。

帝都ガイガロスに向かうバン達一行。行き方を巡って対立するバンとアーバイン。結局、アーバインは安全な山道を、バン達は多少のリスクを覚悟で近道を選ぶ。バン達が選んだ近道は、帝国軍の空軍基地を突破するというもの。「レドラーが5、6機配備されているだけ」というルドルフの言葉を鵜呑みにしたバンだったが、実際には大部隊が配置されていた…！帝国軍に見つかってしまったバン達。ルドルフは帝国軍と交信し、軍に向かう意志を伝える。その言葉を聞き、ルドルフの生存に喜ぶシュバルツ。だが、プロイツェンに心酔するラルフは、ルドルフ攻撃を命じる…。そのルドルフを、謎の2人組が援護するが…。

帝国のパトロールに出くわしたバン達は危機一髪の所をマクマーンという男に救われる。マクマーンは食料から武器弾薬まで扱う貿易商で、ムンベイの元恋人だった。帝国軍のシーパースは、マクマーンの屋敷にバン達がいることを察知し屋敷を訪れ、マクマーンに銃を向けるが、逆に睨み付けられ退散する。そんなマクマーンに「もし、撃たれていたら…」と怒るムンベイ。ムンベイは未だにマクマーンに惹かれていたのだ。そんな気持ちを察するバン達。「ここに残った方があいつのためだ」アーバインの言葉に、「一緒に旅を続けたい」というバンは、ムンベイに気持ちを確かめに行くが…。

ガイガロスへ向けて勇者の谷を通りかかったバン一行。だがそこで、1つの村が焼き払われた後を目撃し、愕然とする。自分の不甲斐なさを責めるルドルフ。一方、プロイツェンはルドルフが現れたとの報告を聞き、伝説の三銃士に討伐を命じる。プロイツェンの命を受け、バン達の前に立ちはだかる三銃士は、一対一の勝負を申し出る。だが、ルドルフは三銃士の正体を見抜き、バンを引き留めようとする。「最高だぜ」バンは強いゾイド戦士と戦えるチャンスに、逆に大喜びだ。だが、一番手のアーバインも相打ちに持ち込むのがやっとだった。果たしてバンに勝ち目はあるのか！？

帝都ガイガロスを目前に、帝国軍に囲まれてしまうバン達。だが、彼らはルドルフの味方、ホマレフ宰相達だった！だが、バン達の動きはハーディン准将を通じてプロイツェンに伝わっていた。バンの生存をレイヴンに伝えるプロイツェン。レイヴンはバンに勝負を挑むため、ガイガロスに戻る。一方、バン達はホマレフからプロイツェンもゾイドイヴを狙っているという話を聞く。手がかりを求め、バン、フィーネ、ジークはルドルフ達に黙って、プロイツェンが発掘したという古代遺跡に向かう。だがそこは、遺跡などではなく、巨大な研究所だった…。研究所を前に恐怖に怯えるフィーネ。そんなバン達の前にプロイツェンが現れる。対峙するバンとプロイツェン。プロイツェンに対し怒りを露わにしたフィーネがブレードライガーを降りたまさにその時、デスザウラーが覚醒を始めた…！！

フィーネが古代ゾイド人と知ったプロイツェンは、フィーネを手に入れようとレイヴンにバン達を追わせる。一方バン達は、ハーディン准将達にとらわれたルドルフ達を救おうとするが、途中、レイヴンに行く手を阻まれる。ジェノザウラーの荷電粒子砲の炎に包まれ、身動きの取れないバン。レイヴンと戦わずしてルドルフの元に駆けつけられないと悟ったバンは、ジェノザウラーと必死で戦うが、ブレードを折られてしまう。レイヴンの攻撃に耐えられず、ついにブレードライガーから飛び出るジークとフィーネ。ブレードライガーも動きを停止してしまう…！一方、ハーディン准将等に囲まれたルドルフ達は、バンの帰りを待ちながら必死に応戦していた。だが、戴冠式まで時間の無いことを悟ったルドルフ達は、城を出て強行突破を決意する。

間一髪、ロッソとヴィオーラに救われたルドルフは、ストームソーダーで帝都ガイガロスへと向かう。帝国軍に囲まれたアーバイン達もディ率いる共和国軍ルイーズ大統領の応援部隊に助けられる。その頃、戴冠式場では、プロイツェンが演説を行っていた。プロイツェンの野望を阻止しようと現れるルドルフ。ルドルフの援護に現れたシュバルツらに、プロイツェンは復活したデスザウラーで攻防する。デスザウラーの荷電粒子砲で、みるみる炎に包まれていく帝都。そこへシュバルツの援護に現れる共和国軍のハーマン部隊。激しい攻防の中、遂にブレードライガーが現れる…！デスザウラーと戦うバンにプロイツェンは衝撃の事実を告げる。バンの父親は、プロイツェンによって殺されたのだった…。怒りに燃えるバン。プロイツェンの魔の手から帝国を救うことはできるのか！？

共和国軍と帝国軍の戦争が集結して2年。逞しく成長したバンは、共和国軍のクルーガー大佐の元でゾイド乗りとしての訓練を受けていた。一方、フィーネはドクター・ディの教育を受け、優秀な助手として働きながらゾイドイヴの謎を追いつづけていた。そんなある日、共和国ルイーズ大統領の元に、帝国皇帝ルドルフから緊急通信が入る。地中を高速移動する未確認物体に帝国軍の軍事施設が攻撃されたという。その未確認物体が共和国に進入したと聞き、驚く大統領。共和国軍のシミュレーション・テストに合格したバンは、ジークを連れて故郷のウインドコロニーに戻る。父親の墓参りに行ったバンは、そこでヒルツという謎の少年と出会う。家に戻ったバンは、遺跡調査中のフィーネ達と偶然出会い合流するが、そこに正体不明のステルスバイパーが襲いかかってきた。

砂漠の町、ジェロームタウンを訪れたバン達一行は、共和国の爆弾処理部隊を率いるカニンガムと出会う。カニンガムと別れ、町を後にしたバンは、共和国軍警察特別捜査官ドーセットからカニンガム達の真の目的を聞かされる。爆弾処理と偽って、砂漠に埋もれた軍資金を手に入れようとしているのだという。カニンガム逮捕に協力して欲しいと頼まれたバンは快く手助けすることになる。翌日、バンは見学と偽ってカニンガム部隊の作業場を訪れる。一方、ドーセットは岩陰に隠れ、部隊の行動を見守っていた。やがて地中からコンテナが吊り上げられたとき、岩陰からガンスナイパーに乗ったドーセットが現れた！ドーセットはカニンガム部隊を次々となぎ倒し、コンテナと共に1人逃げたカニンガムを追う。カニンガムに追いつきニヤリとするドーセット。実はこの計画は、2人が共謀したものだったのだ…！追い詰めるバンだが…！

共和国辺境の町、サントコンクで古代遺跡が発掘された。オコーネル大尉達は、ゾイドイヴの手がかりなるのではと、期待に胸を膨らませる。だが、その夜、サントコンクにいる全てのものが正体不明の黒い影に襲われてしまう…！一方、サントコンクに向かうバン達は、オコーネル大尉と連絡が取れず、困惑していた。「町に人の姿が見えない…」双眼鏡を覗くフィーネの前に不意に現れたゴドス！フィーネはゴドスに片腕を捕らえられてしまう。フィーネを助けようとするバンの脳裏に、バンの打った弾丸が逸れ、フィーネもろともゴドスが炎に包まれる映像が入り込んでくる。躊躇してトリガーを引けずにいるバンに代わって、ジークがフィーネを救出する。チャンスを逃さずゴドスを倒すバン。だが、バンの心に不安が過ぎる。「どうして無人のゾイドが…それにあの映像は…？」慄然とするバンを古代遺跡から見つめる影の人物と、その隣には青いオーガノイドが…。

青いオーガノイド、スペキュラーと、人の心に入り込む不思議な能力を持ったリーゼからサントコンクを救ったバン。共和国を名乗り、町を襲う謎のゾイドを調査し、町を防衛する任務に就く事になった。オコーネル大尉からの命令で帝国側に行くことになり、そこで偶然シュバルツの弟、トーマと出会う。赤いペンキをかぶったジークを見ていきなり発砲してくるトーマ。赤いオーガノイド使いが国境を荒らしていると聞いたトーマは、その国境荒らしがバンだと誤解したのだ。ジークのペンキが落ち、バンが共和国荒らしでないことが分かった後もバン本人だと認めないトーマだが、町を戦場にさせないため、バンと協力して戦うことに。敵の陣地に向かうバン達。だが、バン達が放った砲弾は、屈折して命中しない。敵は帝国でも開発されていない磁力誘導兵器を使用していたのだ！バンは磁場を作り出す支柱を倒そうと試みるが…。

盗賊退治の命を受け、国境沿いの町に訪れたバン達はトーマと偶然再会し、またしてもコンビを組むことに。町外れの山に盗賊が出没するようになって、町の生命線が絶たれてしまったのだ。早速森林に偵察に出たバン達は見えない敵に襲われる。見えない敵の正体はヘルキャット。熱放射を極限まで抑え、その足音さえ消せる、最高の音隠密性を誇るゾイドだったのだ。ヘルキャットの後を追い、巨大な坑道の前で敵のアジトを突き止めたバン達。敵陣に乗り込んでいったバンとトーマは赤いオーガノイド、アンビエントを連れたヒルツに捕らえられる。銃で撃たれようとしたまさにその時、フィーネの援護（？）でその場を逃げるバン達。そのバン達を追うヘルキャット。だが、坑道に残ったヒルツはアンビエントを使ってあるものを発掘させていた…。

戦争中に仕掛けられたスリーパーゾイドが共和国・帝国両軍以外の物に回収されているという。新たなる戦いの始まりを危惧したバンは、スリーパーゾイドを回収している一味のホエールキングに忍び込む。船長に見つかり、船の中を逃げるバンの前に突然現れたのは…アーバインだった！だが、アーバインはバンを殴って気絶させる。バンを救うためにやむなくとった行動だった。アーバインは賞金稼ぎのため、ゾイド狩りの船長を追っていたのだが、船長の背後に影の支配者がいることを感じ取り、そのまま様子を見ていたと言う。バン達は回収されたゾイド達の行方を追って船の中を調べるが、廃物処理場にはゾイドコアを抜かれたゾイドの抜け殻が積まれていた。船長はゾイドコアのゾイド因子を操作して、究極のゾイドを誕生させようとしていたのだ。

戦時中に作られた破壊兵器を処分する帝国領の要塞が何者かに占拠された。早速要塞に向かうバン達。要塞から送られてきた通信記録から、青いオーガノイドを持つリーゼの仕業だと判断するバンとフィーネ。要塞では動力炉の冷却バルブが閉じられており、このまま温度上昇が続けば、大爆発を起こす危険性を備えていた。爆発が起これば何十万人もの人間が死ぬことになる。爆発までのタイムリミットは2時間…！思い詰めた風のトーマ。要塞の中にはトーマの兄、カール・シュバルツが捕らわれていたのだ。二手に分かれて要塞に潜り込むトーマとバン。闇の中を進むトーマの前にリーゼに精神を操られたカールが現れた！カールのアイアンコングＭＫ-Ⅱとトーマのディバイソンが壮絶な戦いを繰り広げる。

共和国軍の要塞が何者かに襲われた。現地に向かったバンは、傷を負った兵士の口から「黒いオーガノイド」という言葉を聞き愕然とする。レイヴンが生きていたのだ！確実な方法でレイヴンを倒そうと考えるバンは、トーマに協力を頼む。だが一方のレイヴンは、バンとの死闘の後、魂が抜けたようになっていたのだった…。炎上する基地の中でのバンとレイヴンの再会。バンと視線を合わせたレイヴンに表情が戻ったその時、それに呼応するかのようにジェノザウラーが覚醒する…！

砂漠の中にあるオアシス。ルドルフはお忍びでバン達と休暇を過ごしに来ていた。そこへ現れたのはルドルフの許嫁、メリーアン。メリーアンはトーマのフィーネへの気持ちを察し、2人をくっつけようと画策する。一方、その陰では、2年前バンにやられた賞金稼ぎ、スティンガーが、クロスボウ兄弟を従えてルドルフ誘拐を企てていた…。あっけなくバンにやられるスティンガー達。一方、恋に破れ1人荒野を行くトーマの前にレイヴンのジェノザウラーが現れ、ディバイソンを攻撃する。

レイヴンの出現に言いしれぬ不安を抱くバンはひたすらシミュレーションに没頭する。そんなバンの前に突然アーバインが現れ、実戦訓練を買って出る。レイヴンの噂を聞きつけたアーバインはバンを助けに来たのだった。そこへドクター・ディがブレードライガーのシールド強化の為に駆けつける。さらにレイヴンに攻撃されて意識不明のトーマを連れ、ムンベイもバン達の元を訪れた。仲間との再会を喜ぶバン達。だがジェノザウラーが復活したことを知り、バンはディにシールドの強化を頼む。翌日、砂漠を走るバン達の前に、レイヴンがジェノザウラーを操って現れる…！ブレードライガーとの激しい戦いの最中、シャドーはジェノザウラーを戦いから離脱させ、ジェノザウラーを繭にしてしまう…！

ジェノザウラーに破壊されたグスタフをレッドリバー基地へと運ぶバン達。レイヴンとの戦いに対する緊張や不安も、ムンベイやアーバインの存在によって和らげられるバン。一方、共和国からの技術提供で作られた、帝国のストームソーダー・ステルスタイプ、通称ＳＳＳ（スリーエス）を狙うラルフとミューラー。彼らはヒルツの支配下に下り、その命によりＳＳＳを盗みに来たのだった。作戦通り、ＳＳＳを奪うラルフとミューラー。ハーマンから知らせを聞いたバン達は、ストームソーダーのコマンドオプションを狙ってヒルツが基地を襲うことを予測し、迎撃に備える。予想通り、基地を襲ってきたＳＳＳ。応戦するバン達だが、ステルス機能を持つストームソーダ―に苦戦する。そこへロッソとヴィオーラが駆け付け、激しい空中戦が展開される。

レムリア島にいるドクター・ディに呼び出されたバンは、フィーネと共に水上型グスタフを操って海を渡る。島に着いたフィーネは、初めて訪れたこの島に、懐かしさを感じていた…。ドクター・ディの元へ訪れたバンは、南の島でくつろいでいるディを見て唖然とする。すぐさま帰ろうとするバンに「心の余裕を取り戻せ」と諭すディ。その言葉に従い、バンはジークやフィーネと共に童心に帰って島でくつろぐのだった…。夜、バンやジークとはぐれたフィーネの元にリーゼが現れる。リーゼは「お前は呪われた存在だ」と囁き、フィーネに恐ろしい未来の映像を送り込む。一方、フィーネを探しに出かけたバンは、洞窟でディに出くわす。ディは、この洞窟の中で海底にある古代ゾイド人の町の遺跡について調べていたのだった。数十年に一度、天空の二つの月が一つに重なる時、海底より古代遺跡が浮上すると語るディ。「その現象が起こるのは今夜だ」…！

ジェノザウラーの赤い繭。その横に佇むレイヴンの元にシュバルツが帝国軍を率いて現れた。手錠を掛けられ、呆気なく連行されるレイヴンに警戒の色を隠さないバン。ジェノザウラーの入手方法を問いただすシュバルツを全く相手にしないレイヴン。ジェノザウラーの復活が間近に迫っている。焦るバン達は、ジェノザウラーが繭から出てくる前に何とか手を打たねば…思案するバンの元にアーバイン、ムンベイ、ディらが駆けつける。親友の登場に喜ぶバン。帝国軍と共和国軍は協力して繭を燃やすことに。ジェノザウラーを進化させないための実力行使だ。だが、ロケットと砲弾と攻撃を受けても、繭はビクともしない。「繭が解ける瞬間を狙ってジェノザウラーを直接攻撃するしかない」判断を下すバン。攻撃態勢で待機する中、繭が解け、ジェノブレイカーが現れる…！

遂に覚醒したジェノブレイカー。軍は壊滅し、アーバインも負傷してしまう。ゾイドコアを破壊され、部分的に石化したコマンドウルフは、為す術もなく、最期の時を迎えようとしていた。アーバインは、コマンドウルフの最期を見届けようと、病院を抜け出す。その頃、帝国軍の下、ディが密かに開発を進めていたライトニングサイクスが完成する。その性能は未知数だというライトニングサイクス。その能力は、操縦士をも気絶させる程のものだった。一方、共和国大統領、ルイーズがヒルツにさらわれる。ルドルフからその事を知らされたバンは、トーマと共に大統領捜索に赴く。最期の時が迫ったコマンドウルフを見つめるアーバインの元に、ディがやって来る。メモリーバンクの故障で戦闘データを失ったライトニングサイクスに、コマンドウルフのそれを移植しようというのだ。

対ジェノブレイカーの戦術分析の専門家、ハルフォードが共和国より派遣されてきた。ハルフォードはジェノブレイカーの弱点がフットロックにあると判断し、ここを狙う事を目的としたフォーメーションを考案する。デルタフォーメーションと命名されるその戦略は、ブレードライガーで荷電粒子砲の第一波を逃れるというものだった。早速訓練を開始するバン、トーマ、アーバイン。ムンベイのグスタフをジェノブレイカーに見立て、熱心にシミュレーションを試みるバン達の様子を、リーゼが偵察していた。バン達の作戦を読んだリーゼは、ジェノブレイカーのゾイド因子を培養してサイコジェノザウラーを作る。サイコジェノザウラーから放たれた幻影はまさしくバン達のデルタフォーメーションだった…！レイヴンは難なくこのシミュレーションを終えるが、シャドーが限界を迎えてしまう…。

対ジェノブレイカーのシミュレーションを終えたバン達。そんな折、帝国領のライトニングサイクス開発工場が攻撃されたという知らせが入る。レイヴンはそのまま、バン達のいる基地に向かっているという…！迫りくる戦いに備えるバン。その頃、フィーネはハルフォードによって任務の配置換えを言い渡される。夕日を背に現れたジェノブレイカー。バンとレイヴンの死闘が始まろうとしていた・・・。

戦闘不能となったトーマとアーバインを守る為、ジェノブレイカーの攻撃を受けたバンは、谷底へと落ちていく。フィーネ達は必死に捜索活動を続けていた。フィーネの言葉に導かれ、谷底へ降りていくアーバインとトーマは、ブレードライガーとジークを発見するが、バンの姿はどこにも見当たらなかった。一方、川の支流に流されたバンは、負傷した体でとある村にたどり着き、そこで意識を失ってしまう。奇怪な夢から目覚めたバンは洞窟にいた。闇の中から白いヘルキャットと共に現れた少年、ニコルによって助けられたのだ。その頃、下流全域にバン救出の命が出されていた。連絡を受けたシーパースは無視を決め込むが、リーゼに「バンを殺せ」とそそのかされる。

対ジェノブレイカー戦によって受けた傷を回復したブレードライガー。だが、検査の結果と異なり、ライガーの動きが芳しくない。「もう一度検査をしてくれ」バンはディに注文をつける。フィーネは何だか元気のないジークの様子が気に掛かる。再検査の結果、ライガーは完全に回復していると聞き、尚も納得のいかないバンに、ディは原因がバンにあると告げる。バンの操縦能力がライガーのポテンシャルを越えてしまったとういのだ。ディはライガーの能力を上げるため、ブースターを取り付ける。バンは「ジークの様子がおかしい」というフィーネの言葉を聞き流し、早速走行テストに出かけてしまう。だが、ブースターはどれもこれも使い物にならない。その頃、ジークを心配して様子を見に行ったフィーネは、ジークの身に起きている変化に気付く。だが、その変化は、想像を絶するほどに強力なものだった…！

帝国主催の伝統行事、ガイロスグランプリの開催が近付いていた。だが、このレースに乗じてルドルフ暗殺を狙うものがいた…。謀反人達は逮捕されるが、彼らがルドルフ暗殺を依頼したスナイパー、ファントムは行方不明に。暗殺計画を防ぐため、ファントム逮捕に全力を尽くすバンとトーマ。だが、ファントムはつかまらないまま、レース当日を迎える…。

ドラゴンヘッド要塞にて、ガーディアンフォースの報告会議が開かれる。帝国・共和国を問わず攻撃を仕掛けてくる謎の敵、ヒルツ、リーゼ、レイヴンについての考察と分析、そして今後の戦いに備えての対策が練られていた。その頃バンは、自ら対策を練っていた。ブースターの出力を上げ、どんどん加速していくブレードライガー。だが、普通のゾイド乗りの限界を遥かに超えたスピードを目の当たりにし、バンの身を案じるアーバインとムンベイ。だがそこに、ホエールキングに乗ったヒルツが要塞に攻撃を仕掛けてきた…！

ライトニングサイクスを操縦中、積荷を散乱させた民間グスタフに遭遇したアーバイン。積荷を目撃したアーバインは、いきなり殴られ、意識を失ってしまう。その頃、バン達は、帝国と共和国がそれぞれ開発した強化パーツが流出している事を察知し、そのルートを突き止めようとしていた。一方、目を覚ましたアーバインは、突然共和国兵士達に取り囲まれる。なんと、兵器密売の容疑がかけられていたのだ！軍情報部のエージェント、キャロルに手錠をかけられ、連行されるアーバイン。しかも、ライトニングサイクスまで跡形も無く消えていた…！何者かに陥れられたと察知したアーバインは、ヘッリクシティに連行される途中で脱走する。雪山に降りたアーバインは、眼帯に録画された映像から、犯人がガース将軍だと突き止め、無実を証明しようと、キャロルと共に立ち向かう。遂にガース将軍の元にたどり着いたアーバイン。だが、キャロルもガースの仲間だった…！

帝国警備隊に所属するゾイド乗りばかりが、トリニティ・ゴーストと名乗る正体不明の連中に襲撃されるという事件が続発した。彼等は襲撃する相手に対して必ず『判決文』と題したデータ通信を送っていた。軍事用通信網を利用し、犯行予告を行っていたのだ。ゲーム感覚で犯行を行う犯人達を許せないと息巻くトーマ本人に予告状が届く…！呼び出された場所に向かうトーマ。だが、巨大なケルベロスにやられてしまう。「3体のセイバータイガーが合体して巨大化した」というトーマの言葉に、フィーネは「ヒルツの仕業では…」と思案するが、バンは別の奴等の仕業と考える。そして、バン当人にも判決状が送られてくる。バンはトーマの母校であるアカデミーに向かい、そこで、ハインツ、クルト、アレキサンダーの3人に出会う。

共和国イエローレイク基地で対ジェノブレイカー戦に備え、ブレードライガーの調整をしているバン達。準備万端と息巻くバン達をよそに、フィーネを襲う言い知れぬ不安…。デスザウラーが現れた時でさえ感じなかった不吉な予感に怯えるフィーネは、何か異変が起こっているはずと、地域データを検索する。原因を探り当てたフィーネはバンの不在を知り、1人プテラスで出動する。基地に戻り、フィーネの出動を知ったバンは、フィーネを追おうとするが、そこへジェノブレイカーに乗ったレイヴンが現れる…！一方、基地を飛び出したフィーネは、荒野でゾイドコアの特異反応を探知する。太陽並のエネルギーを持つゾイドの出現に驚異するフィーネ。現れたゾイド、デススティンガーは、古代ゾイド人の遺跡にあった2つのサソリ型ゾイドを、ヒルツが合体させ生まれたものだった。

デススティンガーの荷電粒子砲に飲み込まれたブレードライガー、ジェノブレイカー、ライトニングサイクス、ディバイソン、共和国軍部隊。ヒルツは共和国に宣戦布告し、町を破壊し始める。早速デススティンガーを追うために動き始めたバン達。だが、ヒルツの命により集中攻撃を受けるバンは、自ら囮になり、アーバイン達を先に進ませる。アーバインとトーマは補助ブースターを付けたストームソーダーでデススティンガーを追撃。残ったバンは満身創痍のブレードライガーを連れ、リーゼの青いジェノザウラーと対峙する。一方、レイヴンはデススティンガーの荷電粒子砲を受け石化したシャドーを自分が育った家に連れて行く…。

大混乱の共和国。ハーマン達はデススティンガーをマグマに沈めて焼き尽くす計画を立てる。マウントオッサに移動するデススティンガー。しかし、デススティンガーは自らマグマに向かって進路を取る。火口から出てきた所を一斉に攻撃する準備を整える共和国軍にヒルツは不敵に微笑む。「お前達を滅ぼす」ヒルツの命令が下ると共に、デススティンガーが荷電粒子砲をマグマに放つ。大噴火を起こすマウントオッサ。一方、自分の家に辿り着いたレイヴンは、両親が殺されたいきさつを動かなくなったシャドーに語り始める。「ひとりはいやだ…」涙をこぼすレイヴン。と、不意にシャドーの体が強烈な光を放ち、消えてしまう…！シャドーの復讐の為、レイヴンはジェノブレイカーに乗ってデススティンガーに立ち向かう。バンと戦うリーゼは、ヒルツの行動に疑問を感じ、心ここにあらずの状態。ついにバンとの戦いを放棄し、リーゼはヒルツの元に向かう…。

デススティンガーの攻撃により、廃墟と化した共和国首都・ニューへリックシティ。デススティンガーは再びマグマへと潜って行く。ウインディーヌレイクに避難したルイーズ大統領。そこでは共和国の最終兵器、ウルトラザウルスが隠されていた。ウルトラザウルスには独立した７つのコア が存在し、その全てが正常に機能した時に覚醒するというものだった。だが、現在は、1つが仮死状態にあるという。勝利への不安が消えないまま、デススティンガー襲撃の情報が入る。デススティンガーが到着するまで3時間。ゾイドコア復旧までは2時間。安心するのもつかの間、デススティンガーが周囲の山々を攻撃し始める。ヒルツは全ての障害物を排除し、直接バン達を狙うつもりなのだ！デススティンガーの襲撃にウルトラザウルスは間に合わない。何とか対応策に乗り出すバン達。果たしてウルトラザウルスは覚醒するのか…！

ウルトラザウスが覚醒するまでの間、何とかデススティンガーの襲撃に耐えようとするバンとアーバイン。デススティンガーが荷電粒子砲を発射した危機一髪のその瞬間、ストームソーダーがブレードライガーとライトニングサイクスを掴み、上空へと飛び上がる。ストームソーダーに連れられ、航海中のウルトラザウルスに向かうバンとアーバイン。バン達はそこでハーマン達と作戦会議を練る。敵の襲撃に対し、ほぼ丸腰状態のウルトラザウルスの武装強化の為、帝国軍の秘密工場へと向かうというハーマン。帝国軍は共和国軍の依頼で、史上最大、最強を誇る巨砲、グラヴィティカノンを開発していたのだ。この重力砲がウルトラザウルスに装備されれば、最強のゾイドが誕生する。一同の期待はグラヴィティカノンに集まる。

デススティンガーの攻撃を回避する為、敢えて魔の海域を選んだハーマン。間一髪で逃げ切る事に成功し、帝国軍秘密工場のあるピレムデン諸島へと向かい、グラヴィティカノンの装着に取り掛かる。グラヴィティカノンの威力の説明を受け、感嘆する一同。だが、フィーネだけは1人浮かぬ顔だ。その頃、レイヴンとリーゼはレイヴンの家に居た。ヒルツに対し怒りを顕にするリーゼ。そんなリーゼを黙って見詰めるレイヴン。一方、バン達はグラヴィティカノンのテスト射撃に成功するのもつかの間、シンカー部隊の襲撃を受ける。応戦するバン達だが…。

シンカー部隊の襲撃に耐え、新たに作戦会議を開くバン達。グラヴィティカノンは2発までしか使えない。作戦決行の場所を話し合うバン達。その頃、デススティンガーが共和国領に現れる。サンドコロニーを破壊したデススティンガーは、なおもイセリナ山へと向かう。すぐに救援に向かうロッソとヴィオーラ。だが、デススティンガーは容赦なく村を滅ぼす。怒りに燃えるバン達は、デススティンガーに対抗する為、再びデルタフォーメーションを組むことに。ゴジュラス・ジ・オーガで実戦に挑むバン達。実弾を使った、訓練という名の、命を掛けた死闘に挑むバン達。その訓練に成功した頃、デススティンガーはクロノス城塞刑務所に現れる。ヒルツの目的を察したバンは、次にデススティンガーの現れる場所を予測し、ヒルツを迎え撃つ態勢に入る…！その頃、リーゼとレイヴンは、シャドーを探して、ゾイドイヴの元へ向かっていた…。

グラヴィティカノンの砲撃を受け、倒れたデススティンガー。だが、バンの心に一抹の不安が残る。その頃、ゾイドイヴを求めてレアヘルツの谷を訪れたレイヴンとリーゼは、かつてのプロイツェン、ダークカイザーと対面する。シャドーを発見するレイヴン。だが、シャドーはかつてのシャドーではなかった…。一方、デススティンガーに破壊されたディバイソンの回収を始めたバン達。だが、そこにアンビエントが現れ、石化したデススティンガーと合体する。蘇るデススティンガーに愕然とするバン達。再びバン達に襲いかかるデススティンガー。パニックのウルトラザウルス。出撃ハッチが開かなくなり、戦えるゾイドはブレードライガーとライトニングサイクスのみ。壮絶な死闘が繰り広げられる。一同総攻撃の中、ヒルツは「ゾイドイヴの発動と共に、人類は消滅する」と言い放つ。その言葉を聞いた瞬間、フィーネは自身の呪われた過去を思い出す…。

デススティンガーと共に消滅してしまうフィーネ。フィーネの名を叫ぶバン―――。その頃、ダークカイザーの元でシャドーに襲われるレイヴン。苦しみの中、「お前が生きてて良かった…」と涙を流すレイヴン。そのレイヴンの涙がシャドーに伝わり、シャドーの中の邪悪さが消えて行く。そのダークカイザーの前に現れる意識を失ったままのフィーネ。消えたフィーネの行方が分からず途方に暮れるバン達は、ジークに導かれるまま、ブレードライガーを走らせる。デスザウラーのゾイドコアと融合したプロイツェン＝ダークカイザーは、フィーネにゾイドイヴへの扉を開くよう、命令する。レアヘルツの谷と呼ばれるその場所は、古代都市イヴポリスへの入り口だったのだ…！ダークカイザーに言われるまま、古代都市イヴポリスへの扉を開けるキーワードを口にするフィーネ。かくして扉は開かれ、イヴポリスが現れる…！！

ゾイドイヴの停止に苦悩するフィーネ。それをあざ笑うダークカイザーの前にレイヴンとリーゼが現れる。ジェノブレイカーで立ち向かうレイヴンだったが、3機のジェノザウラーに囲まれ、進退を阻まれる…！決断を迫られるフィーネ。だが、フィーネの気持ちをよそに、ゾイドイヴは全てのエネルギーを開放、デスザウラーが目覚めるのだった…。一方、バンと戦っているヒルツにも異変が起こる。ヒルツ自身がデススティンガーに取り込まれていったのだ。デススティンガーと融合したヒルツはダークカイザーの元へ向かう。デススティンガーをデスザウラーに融合させろというダークカイザーに「お前はデスザウラーのコアを守る殻に過ぎない」と語るヒルツ。ヒルツはフィーネと同じ、古代ゾイド人だったのだ。消滅していくダークカイザー。デスザウラーと融合しようとしたまさにその時、ヒルツの野望を阻止しようとバンが現れる…！

デスザウラーを倒す為にウルトラザウルスで駆けつけたムンベイ達。だがデススティンガーを取り込んだデスザウラーの破壊力は計り知れないものだった。デスザウラーを追うバンに力を貸すレイヴン。ゾイドイヴを停止させようと言うリーゼに「戦って勝つ」と言い放つレイヴン。ヒルツはバン、レイヴンをデスザウラーに取り込もうとする。一方、ジークと共にイヴ・コンソールに向かったフィーネ。フィーネはジークとイヴ・コンソールを繋ぎ、ゾイドイヴを停止させようとするが、バンに止められる。「デスザウラーは俺が倒す」その言葉を信じるフィーネ。バンはグラヴィティカノンでブレードライガーを放出し、デスザウラーの装甲を破る決意をする。それに対抗し、Eシールドを張るデスザウラー。レイヴンはEシールドを破ろうと荷電粒子砲を打ち続ける。皆が力を合わせる中、グラヴィティカノンから放出されるブレードライガー。皆の思いは届くのか…！？