荒れ果てた植民惑星メシラス。少年・物野正はキャプテン・ハーロックにかけられた莫大な賞金を狙って、ハーロックを撃とうと酒場にやってきた。そんな正に、謎の女性は居場所を教える。アルカディア号の補給のためにデスバレーに降り立ったハーロックに、正は銃を向けるが…。

髑髏の旗を掲げ星の海を行く、勇気と希望の船・アルカディア号。しかしその行く手に立ちふさがる、惑星レーズの女、レオタード。罠を仕掛けるレオタードの目的は何か？ハーロックとレオタード、対決の時！

アルカディア号の前方に、不気味な戦闘艦が出現した。それはかつてハーロックと部下たちがともに戦い、血で染めた戦艦デスシャドウ号だった。その激しい戦闘の中で、引き裂かれた親と子の悲しい愛が、今よみがえる…。

「宇宙の宝島伝説」を伝える、美しいコロニーに降り立ったアルカディア号。しかしそこは、すでにイルミダスの魔の手が伸びていた。ハーロックが出会った、伝説の謎を解く鍵を握る美少女・有紀蛍。いま、重力サーベルの銃声が宇宙に響く！

宇宙の海で、アルカディア号は幽霊船と遭遇した。霧の中に怪しく漂うその船には、謎の美少女がたった一人乗っていた。次々と起こる奇怪な出来事。数年前に消息を立ったはずのこの船が、どうして今姿を現したのか？

相次ぐイルミダス艦隊との戦闘で、アルカディア号はエネルギーを使い果たしてしまった。そこへ現れたイルミダスの追跡振動艦の攻撃にアルカディア号は大破し、宇宙気流に飲み込まれてしまった。絶体絶命のアルカディア号。トチローはついに最後の手段に踏み切った！

イルミダスが「SSX」として全宇宙に指名手配したうちの一人、女海賊クイーン・エメラルダス。女ながらもハーロックたちとともに戦う彼女が、イルミダスに卑怯な罠で捕らえられた。それを知ったトチローが、彼女の救出作戦に立ち上がった！

航海中のアルカディア号の給水タンクが爆破された。補給と修理のため、キャプテンの友人がいる鋼鉄惑星に行くことになったハーロックたちだったが、惑星はもうイルミダスに占領されていた。正とハーロックがその星から脱出しようとしたとき、一人の少年が現れる…。脱出不能に陥ったアルカディア号の運命は！

アルカディア号の乗組員の中にイルミダスのスパイがいる！スパイによって機関部コンピューター室が爆破され、エンジンが停止してしまう。しかもアルカディアは600万度の熱ですべてを焼き尽くす超太陽星の引力に引っ張られてしまった。外から中から、アルカディア号に新たな危機が迫る！

クリスマスの飾り付けをしていた正とレビ。だがレビは長旅の疲れからか倒れてしまう。そんな最中に突如現れたのは、レビの父親・ベンツェルが指揮を取っていたあの船だった…。かつてハーロックが乗っていたデスシャドウ号が、今再びアルカディア号に迫る！

新型装甲艦がミストラル星を攻撃しているとの知らせを受けた。誰もが自由に立ち寄れる星を無差別に蹂躙するイルミダス軍にミストラルの軍隊はなすすべもなかった。平和な星を救うため、ハーロックの海賊戦法が冴える！

正がゾーンに捕まってしまった。正を返して欲しければ私と戦えと、ゾーン自ら操る光子戦闘艦がアルカディア号に接近してきた。抜群な頭脳を駆使してハーロックに迫る、ミスター・ゾーン。その理由は何か？ハーロック、危うし！

ラ・ミーメを突如襲った謎の光。光に包まれて現れた「黄金の女神」は、敵か、味方か？緊急着陸したレスト星で、アルカディア号に降りかかる意外な事件の数々。そしてイルミダスの艦隊がレスト星を強襲する！

遂にイルミダスの第4方面軍司令官にまで上り詰めたミスター・ゾーン。大艦隊を率いて、アルカディア号を襲撃する。業火に包まれたアルカディア号の脱出作戦なるか？そんな最中、あの光が再び近づいてきた…。

死の海。美しく見えたその海は、超硫酸の海であった。ハーロックは海に潜ってゾーンの艦隊から逃れようと考えるが、アルカディア号がこの海の水圧に耐えられるのは80分が限度。すべての物音を消して、超硫酸の海に潜むアルカディア号。刻々と息詰る時が経つ。

補給で立ち寄ったグリーン星でレビが猫を拾ってきた。星を離れたアルカディア号は突然イルミダス軍の襲撃を受ける。それはまるで先回りされているかのようだった。イルミダス艦隊は、なぜアルカディア号の行く先を知っているのか？

ひょんなことからハーロックと喧嘩になり、ひとり砂漠の星に降りてしまったトチロー。正たちが探しに出るが、突然大竜巻に巻き込まれてスペースウルフが壊れてしまう。なんとかトチローと再会するも、今度はアルカディア号と連絡が取れなくなってしまった…。

僚友エメラルダスがイルミダス軍に囚われた！イルミダスの罠と知りつつ、エメラルダス救出に飛び出そうとするトチロー。友情か、愛か？エメラルダスの危機を見て、トチローの男気が爆発する！

謎の惑星から流れる、美しい女の歌声。歌声に魅入られ、惑星に輸送船が次々と墜落する事件が多発。その正体はマイコン惑星だった。ハーロックたちは活動を止めようとマイコン惑星に近づくが、逆に歌声に魅入られてしまう。影響を受けなかった正は一人惑星に乗り込むが…。

遂にアルカディアの入り口を見つけたハーロックたち。だがその頃、トチローが宇宙病にかかっていることが判明する。そのことを知った蛍は、薬を手に入れるためにイルミダスの目を盗んで宇宙ステーションに向かってしまう。

アルカディアを目前にして、トチローに死期が迫る。そして遂に現れた光の女神。だが、たどり着くべき場所を目の前にして、アルカディア号は迷路に彷徨いこんでしまった。トチローの死が、アルカディアの最後の難関を下すか？

光の女神は、真の平和を求めるものに希望の光を与えるという。しかし、ゾーンもその「光」を手に入れてしまった。宇宙を手に入れようとするゾーン、そしてイルミダスとの総力を上げた決戦のときが迫る！