時は未来。１６歳の少年・星渡ゴローは、行方不明の父親の目撃情報を頼りに、怪しげな弱小宇宙旅行会社ＹＡＴの「ゴールド星ツアー」に申し込みます。そこでゴローは添乗員の美少女・天上院桂に一目ぼれ。「安い・早い・安心」の宣伝文句とは裏腹にトラブルばかりのツアー先で、誤って宇宙船を壊してしまったゴローは、修理費の返済と父親探しを続けるため、ＹＡＴのスタッフとして働くことになります。

時は未来。ひょんなことから怪しげな宇宙旅行会社ＹＡＴで働くことになったゴローは、ヤマモト社長や先輩社員たちにこき使われ、多忙な毎日を送っていました。風呂にも入れないゴローを見たヤマモトは、温泉がわく惑星へのツアーを発案。到着した星で偶然見つけたのは、つかるものを巨大化させる不思議な温泉でした。そこにつかったヤマモトたちはみるみる巨大化。大事な食料がつぶされてしまい、一行は食べ物調達に奔走します。

今回、お客さんを連れてゴローたちがツアーで向かったのは海のリゾート惑星。ところが、進路をまちがえたのか、到着した星は氷に包まれた厳寒の地でした。お客さんの怒りを沈めるため、四苦八苦するＹＡＴの面々。ところが、暖房全開で燃料を使いすぎた宇宙船は、出発不能になっていました。

ツアーで宇宙船が次元トンネルを航行中のことです。添乗員の桂が「ゴローが暗闇に吸い込まれる」と突然つぶやきました。桂の予言はしばしば当たるのだそうです。さて、今回組まれたのは「秘境ツアー」。その宇宙船には１０歳の少女が無賃で乗船していました。少女はその持ち前の賢さで、ＹＡＴの面々を次々と術中にはめていきます。

大不評に終わった惑星ツアーからの帰りの道中、お客とゴローたちを乗せた宇宙船は、巨大な宇宙クルージング船と接触事故を起こします。巨大船の持ち主は、宇宙旅行業界最大手のコスモロード社の令嬢カネア・マリーゴールドでした。宇宙船を壊されたＹＡＴの面々は、弁償を求めようとクルージング船に乗り込んで行きます。

宇宙船どうしの接触事故をきっかけに、宇宙旅行業界最大手のコスモロード社の令嬢カネアと出会ったゴローは、カネアから求婚されるようになっていました。そんな中、ＹＡＴのヤマモト社長とけんかをして、会社を出て行こうとしていたゴローは、コスモロード社の女社長でカネアの母・アンから、コスモロードへの入社を勧められます。

ある日、ＹＡＴのツアーがまるごと買収されてしまいます。ゴローに求婚している大金持ちの令嬢カネアの仕業でした。「ふたりきりになれる惑星」をツアー先に希望するカネア。そこで訪れたのは、多くの野獣が生息するサバイバルの星でした。密林を進むゴローとカネアに巨大な鳥が襲いかかり、カネア一人がさらわれてしまいます。

ＹＡＴ社の隣には、ラーメンとギョーザがおいしい料理店があり、その店主・岩さんは宇宙へ行ったことがありませんでした。それを知ったヤマモト社長は、岩さんを「宇宙一の料理人」に仕立て上げ、岩さんの料理を目玉にした「食材の星へのグルメツアー」を企画します。そんなツアーに有名な料理人たちが参加していました。

砂漠の惑星へのツアーを企画したＹＡＴ。そこで宇宙船はイナゴの大群と出くわして運行不能に。火災事故用の放水でイナゴは退散し、一時は難を逃れますが、今度は水のまきすぎでツアーは遭難寸前の状態になってしまいます。ＹＡＴの従業員ウッチーとカナビーは、事態の責任をとって水探しのため砂漠へと出発することに…。

ある星雲系の小さな太陽がすい星と衝突して消滅するのを見物に行くという、とんでもなく危険なツアーを企画したＹＡＴ。ほかの旅行会社がやっていないため、宇宙船は珍しく満席。そんな船を、手配中の宇宙海賊ロックの海賊船シャレコベック号が襲撃。ＹＡＴのヤマモト社長一人がロックたちに連れて行かれてしまいます。

今回、ＹＡＴが企画したのは「宇宙最強王者決定戦」の観戦ツアー。チケット代だけでも高額なこのイベントを格安で観戦できるのにはからくりがありました。出場選手の関係者として設けられている無料招待枠を、ツアー客に転用するというのがヤマモト社長のアイデア。そして、選手として登録されていたのはなんとゴローだったのです。

今回ＹＡＴが企画したのは、気温マイナス１００度の厳寒の星ダイキョクテンへのツアー。大規模な地殻変動が起き、気温が急上昇。今後、居住も可能に…というニュースを耳にしたヤマモト社長が先走りしてお客を募集したのです。機内整備で残ったゴロー以外の全員が温帯化した惑星に降り立ちますが、やがて彼らはこつ然と失そうして…。

今回ツアーで訪れたのは秘境の星グリーン。新参のゴローを除いて、ＹＡＴの面々は皆、この星に以前来た記憶がありましたが、不思議なことに、誰の企画で来ることになったのかをどうしても思い出すことができません。そんな彼らの前に、この星の住人と思われる謎の男が現れます。彼はなぜかＹＡＴのことなら何でも知っているのでした。

謎の老人がＹＡＴを訪問し、コーデリアという女性を指定の日時までにベル星まで送り届けるよう仕事を依頼します。成功報酬を見て引き受けるヤマモト社長。暗殺者に妨害されながらも、なんとか振り切り、彼女とＹＡＴの面々は宇宙へ出発。そんな船内のテレビに、別の場所にいる「もう一人のコーデリア」の姿が映し出されていました。

ＹＡＴに宇宙海賊ロックの部下ナナコがやってきました。ロックが捕まり、刑務所のある惑星に収監されたので、脱出のために力を貸してほしいというのです。訳があってヤマモト社長は海賊船シャレコベック号で救出に出発。ところが、刑務所への侵入には成功したものの、面々はあえなく拘束。単身逃れたゴローが救出作戦を決行します。

ツアーで航行中のＹＡＴの宇宙船に救難信号が入りました。発信源には小さな漂流船があり、収容したところ、中には意識不明の乗組員の男が一人。そして積み荷には豪華な宝飾が施された棺おけがあり、ふたを開くとそこにはトカゲ人間のミイラが横たわっていました。その時から船内には怪現象が続出します。

無人の惑星での静寂体験を売りにしたツアーを企画したＹＡＴ。ところが応募者はなく、中止を検討していたところ、進学予備校の講師と名乗る男がツアー地を予備校の合宿場所に使いたいと言いだしてきました。生徒たちを宇宙船に乗せ、一路目的の惑星へ出発。やがて生徒たちとＹＡＴの面々の両者の間にさまざまな不満が広がります。

宇宙船とナビゲーションロボットが故障したため、臨時休業することになったＹＡＴ。社長が釣りに出かけているのをいいことに、添乗員の桂とのデートを考えていたゴローの目の前に、大金持ちの令嬢でゴローに求婚しているカネアが現れます。一方ドックでは、メンテナンス中のロボットがミスで誤作動を起こし、暴走し始めていました。

行方不明のゴローの父親がいたという情報を頼りに、ＹＡＴの宇宙船は開拓途中の惑星へ向かって出発します。すぐにでも父親を探しに行きたいゴローを尻目に、ヤマモト社長と情報提供者のムサシはギャンブルマシンに夢中。何とかムサシを連れだし、案内された家に向かったゴローの目の前には、怪しい行動をとる謎の男の姿がありました。

キャプテン・キッドの秘宝のありかを示す時計を手に入れたヤマモト社長は、ＹＡＴの面々と宝探しに出発します。偶然に遭遇した海賊ロックと行動をともにすることになり、ついに目的の小惑星へ到着。ところが、そこは宇宙旅行業界最大手のコスモロード社がリゾート開発中の工事現場でした。

ツアー帰りのＹＡＴの宇宙船が警備船に拘束され、ヤマモト社長は逮捕。理由は次元トンネルの通行料の踏み倒しでした。経理担当はヤマモトの横領を疑います。ＹＡＴ社に戻ったゴローたちメンバーは途方に暮れて、それぞれの行く末について話し合っていました。一方、留置場のヤマモトに反省の色はまったく見られません。

８人の客を乗せて、辺境の惑星に出発したＹＡＴの宇宙船。その中には心臓を患い、看護師を同伴した子どもがいました。航行中、その子どもの薬を入れたバッグが紛失していることが判明。薬のある近くの星へ進路変更することを承諾したヤマモト社長でしたが、乗り合わせたほかの客たちの多くはそれを拒否してきます。

ツアー帰りのＹＡＴの宇宙船に、大金持ちの令嬢カネアが乗る「クイーンマリーゴールド号」から助けを求める通信が入ります。船に爆弾が仕掛けられ、犯人からのメッセージによれば、減速して一定のスピードになると爆発するというのです。ＹＡＴのメンバーたちが爆破阻止のための作戦を展開します。

「ピチピチギャルと遊ぶツアー」に出発直前のＹＡＴの宇宙船。そこに横付けしてきた超大型トラックから降りてきたのは、なんとゴローの母親のハルカでした。ハルカは休みがとれたので、息子の働く旅行会社のツアーに参加してみようと思い立ったらしいのです。実はゴローは、会社のことで母親に、あるうそをついていました。

ＹＡＴのヤマモト社長が、突然、ゴローの行方不明の父親探しのためだけに宇宙船を出発させるという不可解な行動に出ます。目的地は立ち入り禁止のバーチャル星。この星は望んだものが現実に現れる不思議な磁力線を持っていました。実はヤマモトはゴローの父親のことを知っていて、この星に連れてきたのには理由があったのです。

以前からつきあいのあるムサシ老人から、行方不明のゴローの父親の居場所がわかったという情報が入り、惑星ゴールドに向かうＹＡＴの面々。ムサシの話では土偶の姿をした占い師が居所を教えてくれるといいます。しかし、百発百中のはずの占いの結果は「何も見えない」でした。ゴローの父親は死んでしまったのでしょうか。

悲しい思い出のこもった品をブラックホールに捨てるというスケールの大きな失恋ツアーを企画したＹＡＴ。集まった客の中には、財産目当ての女にだまされて落ち込んでいるという大会社の二枚目御曹司がいました。彼の素性を知ってアピールし始める女性参加者たち。そこにゴローが慕っている添乗員の桂もかかわってきて…。

ある日、ゴローが自分の部屋に入ると、室内が少女趣味に模様替えされていました。ゴローに求愛している大金持ちの令嬢カネアの仕業でした。カネアは母親のアンとけんかをして家出してきたのです。ＹＡＴのことを気に入らないアンは、お金がなければ何もできないだろうと考え、カネアの資金源を断って娘を懲らしめようとします。

数が少なく保護動物指定も受けている、子どもに人気の生き物メゲの観賞ツアーに出発したＹＡＴの宇宙船。しかし向かったのは、メゲの生息する星ではありませんでした。実はヤマモト社長はゴローに着ぐるみを着せてメゲのマネをさせ、客たちをだまそうとしていたのです。ところが、そこに本物のメゲが出現します。

かつて女性だけが住んでいた惑星に到着したＹＡＴの宇宙船。そこではマッド・サイエンティストの博士が、男性を女性に変える性別転換装置の実験の真っ最中。たまたま、研究室を訪ねたヤマモト社長が実験台にされ、なんと「カオルちゃん」と名のる女性になってしまいます。はたして社長は元どおりになれるのでしょうか。

ある惑星の特産物の果実狩りツアーを計画したＹＡＴ。果実園には無断で強行潜入して果実を収穫するというのがヤマモト社長のアイデアでした。そんな中、ＹＡＴのペット、ブッキーが、果実を食べてから人間のことばをしゃべり始めます。ブッキーはメンバーたちに日ごろの不満を爆発させました。

宇宙海賊ロックからＹＡＴに緊急連絡が入りました。海賊船の修理のために訪れた惑星の、違法改造業者の仲間が宇宙警察に捕まり、ヤマモトが元海賊だったことがばれてしまうかもしれないというのです。違法改造業者の留守を預かっていた女性型ロボットからの願いに、ＹＡＴのロボット、カナビーは救出成功を約束します。

ツアーの出発直前にＹＡＴ社を訪れたのは、ゴローに求愛している大金持ちの令嬢カネアのお目付け役ダニエル。カネアがまた失そうしたので、ＹＡＴが怪しいとにらんだのです。そんな時、ゴローたちを尻目に、ツアー客の一人が大きなバッグを宇宙船に運び込んでいました。その中には誘拐されたカネアが入っていたのです。

ＹＡＴの宇宙船は、カップルが愛を誓うと永遠に結ばれるという伝説の泉がある惑星に向かっていました。カップルの客にまぎれてツアーに参加していたのは、ＹＡＴのパイロット、ウッチーの母親でした。彼女はウッチーのお見合い相手をこのツアーに同行させていたのです。

とある惑星でのツアー中、怪しい光が落下するのを目撃したＹＡＴの面々は、金もうけにつながるかもしれないと考え、捜索に向かいます。落下物は未知の惑星から飛来した宇宙船のようでした。ゴロー一人が内部に潜入することになりますが、船内にはわなが仕掛けられ、ゴローは捕らえられてしまいます。

ツアー帰りのＹＡＴの宇宙船が、次元トンネルで立往生してしまいます。現場の修理担当者の話では、ダイゴシステムと呼ばれる中枢機関の一部が壊れており、大事故が起こる可能性があるのだそうです。ゴローは、そのシステムが行方不明の父親の名前と同じであることに興味を持ち、修理作業が進行中の管制室に向かいます。

ＹＡＴの面々が遭遇した次元トンネルの大事故が、ニュースで報じられますが、内容は小規模の事故と偽られていました。次元トンネルのネットワークを独占事業として展開している、コスモロード社のアン・マリーゴールド社長の仕業です。さらに事故は海賊ロック一味の犯行に仕立てられていました。やがてさまざまな謎が明らかになります。

桂と買い物にやってきたゴロー、その様子をダニエルが見ていました。コスモロード社の令嬢カネアの気をゴローからそらそうとするダニエルは、桂とゴローが一緒になれば良いと考え、手を貸すことに。しかし、桂になかなか言い出せないゴロー、ダニエルはあの手この手を考えますが…。

ツアーに出かけたＹＡＴの飛行船が故障し、ＭＪ１１星に不時着します。早速、飛行船の修理を始めますが、なかなか直りません。そんな時、常連客の二人が森の中に入り込み、探しに行った桂もこの星の軍人に捕まり、体を調べられることに…。ゴローやウッチーたちは、森の中に軍事基地を見つけ、助けに向かいます。

ゴローが入った料理店で料理人見習いとして働いていたのは、これまで幾度となく冒険をともにした宇宙海賊ロックでした。つまらないことから解散状態になってしまったロック海賊団を再集結させるべく、ひと肌脱いだのはヤマモト社長。海賊団のメンバーたちを訪ねるため、ＹＡＴのメンバーは宇宙へ出発します。

これまで何度もＹＡＴのツアーに参加してきた常連客の老夫婦が、別れのあいさつをするためＹＡＴを訪れました。子どもといっしょに暮らすことになり、新しい銀河系に引っ越すのだそうです。未払いの追加料金を受け取るため、ヤマモト社長の命令でゴローたちは老夫婦の家を訪ねますが、そこで昔のＹＡＴの話を聞かされることに…。

宇宙に指名手配中のキルロイに捕まえられたゴローを助けようとして、桂も一緒に捕まってしまいます。すぐに、ヤマモト社長たちは桂とゴローを探しに出発します。キルロイの狙いはゴローの父親を探し出し、新型次元トンネルを作ることでした。キルロイはロボットを使って、ゴローの父親の居所を聞き出そうとしますが、そこへ桂が…。

ＹＡＴの面々は謎の古代遺跡を発見します。そこに現れたのはゴローを慕う大富豪の令嬢カネアの宇宙船でした。添乗員の桂とゴローの関係にしっとしているカネア、そして財産目当てにカネアと結婚をもくろんでいるお目付け役ダニエルの４人の間でラブ・ウォーズが展開。そんな渦中、遺跡に異変が起きていました。

行方不明のゴローの父親とＹＡＴのヤマモト社長の間に過去、何らかの関係があったということが偶然わかり、ゴローはヤマモトに説明を求めます。社長は１５年前にプロトタイプ次元トンネルの建設現場で起きた出来事を話し始めました。現在は大金持ちのアン・マリーゴールドや、添乗員の桂の過去もしだいに明らかになっていきます。

ゴローはプロトタイプ次元トンネルへ父親を探しに行きます。マザー次元トンネルの開通の日がやってきました。社長のアン・マリーゴールドがシステムのスイッチを入れますが、トラブルが発生...。その時、ゴローがいるプロトタイプ次元トンネルでも異変が起きていました。そして、アン・マリーゴールドの過去が明らかに…。

次元トンネルの事故をきっかけに、ゴローは引き込まれた異空間で父親ダイゴと巡り会うことができました。その一方で事故はますます大きな災害を引き寄せていました。システムの構造上、マザー次元トンネルが暴走するのは時間の問題だったのです。さらにゴローたちのいる異空間のシステムも爆発の危機にさらされていました。

ゴローは行方不明だった父親ダイゴに会うことができましたが、いまだ暴走を続ける次元トンネルのシステムを止めることはできません。ダイゴはプロトタイプ次元トンネルで一体何が起こったか、語り始めます。そして、ダイゴはマザー次元トンネルの暴走を食い止めるために向かいます。

暴走事故を起こしたマザー次元トンネルは、すべてのものを飲み込みながら地球方面に移動していました。ＹＡＴの面々とゴローの父親ダイゴは、システムのパワーダウンを試みるため、宇宙船でマザー次元トンネルに向かいます。アン・マリーゴールドは救助されますが、ダイゴはマザーに残ることに…。

暴走したマザー次元トンネルは地球に向かっていました。事態は悪化の一方、マザーに残ったダイゴを助けようとゴローがひとりで向かいます。ダイゴはプロトタイプの事故を終息させたのと同じ方法で事故を終息させようと考え、それを実行。ＹＡＴの面々は、わずかな可能性に賭け、ダイゴとゴローの救出作戦を展開します。

マザーの暴走事故は、ダイゴやゴロー、ＹＡＴの仲間の協力で無事、解決しました。１５年前の次元トンネル・プロトタイプの事故にノア星の宇宙船が巻き込まれていたことがわかりました。その時、カプセルに乗っていて助けられた幼い子どもとペット、それが桂だったのです。そして、桂はノア星に行くことに…。