地球の少年リンの元に、タコのような宇宙人タコローがやってきた。彼はタコ星の保安官見習いで、悪党クロダコブラザーズを追ってきたのだという。地球征服作戦を開始したクロダコブラザーズを捕まえるため、タコローはリンを無敵のヒーロー・ムテキングに変身させる。

地球人は様々なモノにぶら下がるのが好きだと分析したクロダコブラザーズ。強力な磁力光線を発していい気分になるつり革を作り、町中にバラまくという作戦を実行。街のあちこちで人々が好きなところにぶら下がり、ケガ人が続出してしまう。

人間に一日中昼ご飯を食べさせて太らせる作戦を決行するクロダコブラザーズ。手の生えた奇妙なイスで人々を捕まえて、ムリヤリご飯を食べさせる。学校ではちょうど給食の時間で、リンも捕まってしまった。

クロダコブラザーズは狼少年の話を参考にして、嘘をついて人々をだます作戦を立てる。ＴＶ局やラジオ局、警察署や消防署を同時に占領し、大地震が起きると嘘の放送を流したため、街中が大混乱に。

人々は海水浴に行くと、童心にかえって若返る。それを子供になることと勘違いしたクロダコブラザーズは、街中を海にしてしまう作戦を立てた。海水浴場から盗んだ水で街中を水浸しにして、波までおこして上機嫌。街の危機にリンとタコローは魚型メカ・メデタインで出動する。

リンはクラスメートのサユリが好きなのだが、サユリはムテキングに憧れているという。自分がムテキングだと名乗り出るリンだが、信じてもらえない。流行っている占いに行くが、そこは嘘の占いで人々を混乱させて地球を征服しようとたくらむ、クロダコブラザーズが開いたインチキ予言道場だった。

ヨンフランシスコでは野球のドリームシリーズが大人気。遊木一家も観戦に行く。しかし、延長２０回を超えてもまだ試合は０対０のまま。それは得点が入らずに延長を続ければ、人々は野球に釘付けと考えた、クロダコブラザーズの作戦だった。

街全体をジャングルに変えれば人は猿に戻る。いつも通り変な思い込みをしたクロダコブラザーズは、タコ星のオーキという種を街中にばらまく。オーキは地球ではすごいスピードで育ち、あっという間に街中を緑に変えてしまった。

朝起きると、街中が遊園地になっていた。大喜びでジェットコースターに乗り、遊ぶリンやタコローたち。地下鉄はコースター、車はウォータースライダー、警察署までメリーゴーランドにされている。街中を遊園地にしたら、みんな遊びほうけてしまう。それに乗じて地球を征服しようと考えたクロダコブラザーズの作戦だ。

「太陽系惑星が一列に並んだとき、恐怖の魔王が…」。ベストセラーの大予言本にヒントを得て、地球滅亡見せかけ大作戦を決行するクロダコブラザーズ。ヨンフランシスコ上空に惑星型の風船を浮かべ、ナマズメカで地震を起こし、スクリーンに映ったニセ津波や花火を使ったメテオ作戦などでパニックを招く。

SFを読んで学習したクロダコブラザーズは、人間よりロボットの方が頭がいいからと、ロボットで地球を支配してしまう作戦を立案。セールスマンに扮して、電波受信機を仕込んだロボットを売りまくる。

クロダコブラザーズがアジトにしている洋館は、なんと怪物たちのすみかだった。驚いて逃げ出すクロダコたち。街のボーリング場で気晴らしをするつもりだったが、リンとタコローに見つかってしまった。

怪物が怖くて小声で作戦会議をするクロダコブラザーズ。ヨンフランシスコの宝探しブームに乗じて、宝の地図を上空からばらまく。その地図を信じた人々はところ構わず掘り返し、地球を穴だらけにしてしまおうという計画だ。

クロダコブラザーズは怪物らに睡眠薬を飲ませ手下にする。一方、誕生日のサユリちゃんを誘い、恐怖映画を見に来ていたリンとタコロー。すると、スクリーンを破って本物の怪物が出てきた。街中が大パニックに陥りヘロヘロのタコローは、リンと間違えうっかりサユリちゃんを変身させてしまった。

製氷会社や魚市場、酒場から家庭の冷蔵庫に至るまで、あちこちから氷が盗まれる。それは、人間を冬眠させようとするクロダコブラザーズの仕業だ。リンがミッチーたちと遊んでいると、ここ１０年降ったことのない雪が降ってくる。しかし、色つきの雪が降ってきたことで、遊木博士はクロダコの仕業だと見抜く。

雨に濡れて縮んだアフロヘアに、人間は雨で縮むと勘違いしたクロダコブラザーズは、一度つかんだら離せない傘を街中にばらまく。風船のようにふくらむ仕掛けがしてある傘が、人々を宙づりにして雨ざらしに。

街中で車が大流行。人々は車の中で暮らし、家にもベットにも何でもタイヤをつけて車にしてしまう。楽をさせて人間を歩けなくさせようとするクロダコブラザーズの作戦は、見事に成功したかに見えたが……。

タコサクはムテキングに勝てないのはメカのせいだと思い、妙案を立てる。お祭りが大好きな人間を、踊らせて疲れさせるお祭り大作戦を決行。クロダコダンス教室を開いたり、人々に踊りたくなる靴を履かせたり、ノミメカをばらまいて無理やり踊らせる。

成績の悪いリンは大好きなサユリにフラレてしまう。だが、校門前で配られていた百点満点確実ヘルメットをかぶってテストを受けると、なんと百点が取れてしまった。だがそれは、クロダコブラザーズによる地球征服のための道具だった。

ミッチーは人気絶頂のロックバンド、ギンギラーズに夢中。クロダコブラザーズは自分たちもアイドルになって地球を征服しようと、演奏の特訓を始める。だがその腕前は怪物たちも気絶するほど。それでも本人たちはその気になって、街の上空でコンサートを開く。スピーカーから流れるタコ音波に地上は大パニック。

サーカスに浮かれる人々を見て、またまた変な勘違い作戦を立てるクロダコブラザーズ。サーカス一座を乗っ取り、街中でおかしなサーカスを始めて、都市機能をマヒさせてしまう。一方、リンたちはサーカスから抜け出した少女ミキを助ける。

クロダコブラザーズは人間の帰巣本能を惑わせて、迷子にして疲れさせる作戦を立てる。夜のうちに家の位置を変えたり壁を作ったり、標識をでたらめに立て、番地交換に信号さえもメチャクチャに。

タコ星の両親から、タコローに幸運を呼ぶ石が送られてきた。ミッチーにプレゼントするタコロー。それをつけていると、立て続けに幸運なことが起こる。失敗続きのクロダコブラザーズは一世一代の大作戦、幸運を呼ぶ石取り大作戦を決行する。

日曜日の全市民参加のマラソン大会の練習をしているリンたち。クロダコブラザーズは大会でタコローに恥をかかせようと作戦を立てる。マラソン大会当日。クロダコの数々の邪魔にもめげずに走り続けるタコローだったが。

強くなりたいタコローは、イーグル山に住むサユリのおじいちゃんに弟子入りすることになった。クロダコブラザーズは、武術の達人であるおじいちゃんの虎の巻を盗もうと企て、一方でタコローの修行の邪魔をする。タコ極拳の使い手というタコマロは、タコローに一対一の試合を申し込む。

タコローを機械嫌いにさせようと、クロダコブラザーズは噴水を誤作動させたり、自販機に細工したりと大忙し。努力の甲斐あって機械嫌いになったタコローは、ホットケソーサーとケンカしてしまう。そして、メカなしで戦おうというクロダコの果たし状に乗せられて、一人で出かけてしまう。

南の島を買い占めてパラダイスにしようと、不動産屋にやってくるクロダコブラザーズ。遊木博士も新しい研究所を建てたくて島を買うが、そこはとんでもない悪徳業者だった。自分たちの島だと思ってのびのび暮らすクロダコたちだが、島の人の怒りを買ってしまう。

遊木一家は家族旅行で海に来ていた。ママに甘えるリンを見て、ホームシックになったタコローが一人海を散策していると竜宮城が見つかった。そこはクロダコ竜宮城。今までの悪事を反省してタコローと仲良くしたいと言うクロダコブラザーズに、仲良し協定を結んでしまうタコロー。

「将来宇宙飛行士と結婚しようかな」というサユリの言葉に一念発起。スペースカンパニーへテストを受けに行くリンとタコロー。インチキくさいテストに合格し、オンボロロケットで月に行くことになるが、それはありもしない宝石探しと銘打った、詐欺に近い月旅行だった。

ミッチーのママ、イブは考古学者。ピラミッドに発掘へ行くため、ミッチーを迎えに来る。別れるのがつらいタコローは、一緒について行ってしまう。死ぬほど好きなミッチーがいなくなったらタコローは死んでしまうだろうと考えたクロダコブラザーズは、ミッチーをさらおうとする。

悪事に嫌気がさしたタコミは、ムテキング会いたさに家出をする。そして、街で倒れているところを助けられ、遊木家に来ることになった。タコローはその正体を見破るが、改心した証に体がピンク色になってきたので、様子を見ることに。一方、クロダコブラザーズはタコミを探していた。

クロダコブラザーズはタコローに近づくため、宇宙人に扮して遊木博士の研究所を襲う計画を立てる。宇宙人とコンタクトをとれたことを喜ぶ遊木博士を利用して、ウル星星雲の大使と偽って、遊木家でもてなしを受けるクロダコたち。

タコローのもとに、クロダコブラザーズからタコ星へ返るとのビデオレターが届いた。実はロケットに乗ったふりをしてタコローのいない日本に行こうというのだ。東京の荒れ寺をアジトに決めたクロダコブラザーズ。しかし、小春の転勤で遊木一家も東京に引っ越してくることに。

東京で検挙率を上げた小春は市民栄誉賞をもらう。副賞の日本アルプスの招待券で、雪山に来た遊木一家は、スノーモービルのレースに参加する。すると、そのレースにクロダコブラザーズも出場していた。

リンのクラスメートのセイコに会うため、タコローは那須高原にある牧場まで出かける。セイコの父親の営む牧場では、おにくま一味に牛を盗まれていた。セイコのために一肌脱ぐタコロー。おにくまのＫＯ牧場に行くと、クロダコブラザーズがおにくまと手を組んでいた。

人助けしたことを小春にほめられ、その気になるタコロー。トラック運転手のクマさんを手伝うことに。それを見てタコローを失敗させる作戦を決行するクロダコブラザーズ。だが、荷物の中身にはニトログリセリンの疑いが。揺らさないように急ぐタコローたちを、クロダコの嫌がらせが次々と襲う。

小春が足をくじいて仕事を休んでいる間、代わりにタコロー警察を開くタコロー。おやつ１ヶ月を条件にヌーボンも巻き込むが失敗ばかり。同じく失敗続きのクロダコブラザーズは、怪盗二面相の仕事を見学し勉強する。

タコローのママが地球にやってくる。ママが恐怖のスダコ銃を持っていることを知ったクロダコブラザーズは、タコローに会わせずにタコ星に帰らせる作戦を立てる。友達だと偽ってママに近づき、地球を平和にしたのはタコローのおかげとおだて、銃を奪う隙をうかがうクロダコたち。

リンとタコロー、ミッチーとヌーボンは、セイコと一緒に閑古鳥に悩む辰さんの遊覧を宣伝することになった。おかげでたくさんの人が船に乗りに来てくれて、辰さんも大喜び。その様子を見て、遊覧船で金儲けをたくらむクロダコブラザーズ。

セイコに子供神輿を見せてもらうタコローだったが、北町の主力・ヒロシに怪我をさせてしまう。自分の代わりにリンにお神輿の担ぎ手を頼むタコロー。だが、クロダコブラザーズは幸せを運ぶお神輿を盗む作戦を練っていた。

下町商店街で気球レースが開かれる。かわいい犬のプープルにいいところを見せたいヌーボンのために、リンたちもレースに参加することにした。ところが、賞金目的で参加したクロダコブラザーズのおかげで、レースはめちゃめちゃに。

公園で紙芝居を見るリンとタコロー。タコミのために、落とし穴を掘って水アメをせしめるクロダコブラザーズ。そのせいで紙芝居をやっていたケンジは足をくじいてしまう。タコローは自分が代わりに紙芝居をやりたいと弟子入りし、特訓をしてもらうことに。

今夜は花火大会。セイコと一緒に花火職人の吾作じいちゃんのところに行く、リンとタコロー。リウマチが痛む吾作を助ける三人だが、花火をクロダコブラザーズに奪われてしまう。その花火が会心の出来だったため、吾作は寝込んでしまった。

今住んでいる荒れ寺にタコミは不満。家を探すが高くて手が出ない。かわいいタコミのため、空き地に段ボールでマンションをつくり、格安で売り出す。研究所が欲しい遊木博士は、クロダコマンションとは知らずに部屋を買って引っ越ししてしまう。

リンとタコローは、セイコたちと下町電車に乗ってお出かけ。だが、その下町電車も明日で引退だと言う。タコローは何とかしてあげようと思い立つ。速く走れば人気が出ると思い、ホットケソーサーで後ろから電車を押すタコローだったが。

リンたちはアカーギ山のヒョウタン池の怪獣を捕まえようと、子供だけでキャンプに来る。ちょうど避暑に訪れていたクロダコブラザーズは、タコローの姿を見て脅かしてやろうと企み、オバケになって怖がらせる。

遊木一家とセイコ、内気な同級生の一夫は辰さんの船で釣りに出かける。居合わせたクロダコブラザーズは、タコローの釣りのジャマをしはじめ、一行を海に落としてご満悦。そこへ幽霊船が現れ、リンたちは探検に向かう。

リンたちが訪れた動物園では、パンダが大人気。一方、息抜きに動物園に来ていたクロダコブラザーズはタコローが持っている透明マントを盗もうと、ライオンが逃げたと嘘をつき、その混乱に乗じてマントを奪う。次の日、動物園からパンダがいなくなり、檻の中にはタコローのネクタイが落ちていた。

下町座の花形スター・ミカは、映画スターにならないかとスカウトされる。父の反対を押し切って、スターになるために出ていってしまうミカ。だが、待っていたのは付き人同然のつらい生活だった。耐えているミカを見て、タコローは何とかしてあげようと考える。

クロダコブラザーズのパパが地球にやってきた。タコミにはメロメロだが、息子たちには厳しく、その上ワガママ放題のパパ。さらに地球人の恋人を欲しがりだした。仕方なく美女をさらってきて、恋人コンテストをひらく兄３匹。そこにはなんと小春もいて、パパの恋人に選ばれてしまう。

日本の夏の暑さにゆでだこになりそうなクロダコブラザーズは、避暑のためにお遍路に出かけていた。巡礼先で出会った美女・カエデに一目惚れしたタコサクは、美男子に変身して彼女のもとへ。だが、カエデには吾郎という婚約者がおり、タコサクのために吾郎を排除しようと兄弟は考えるが……。

スペースコロニーを作るため、人々をだまして宇宙へ連れていって働かせる「コロニー大作戦」。クロダコブラザーズの陰謀に引っかかってしまうリンとタコロー。だが、宇宙の建設現場を３人組の男たちにハイジャックされ、タコミを人質にされてしまう。

コンピューターゲーム作りが得意なヨシオは、ムテキングをこてんぱんにやっつけるゲームをクロダコブラザーズに依頼される。ゲームの通りに、全員が別々の場所で暴れ出すクロダコブラザーズ。あっちこっちと駆け回り、疲れてしまうムテキング。

ビル火災で人命救助したタコローは、警察から表彰状をもらい、新聞にも載って下町の人気者になった。いい気になってレスキュー隊を作るタコロー。それを見たクロダコブラザーズも、人助けをして英雄になろうと黒十字レスキュー隊を結成。だが、わざと人を川に落として助けようとしたり、凶悪犯を助けてしまったりとダメな活動ばかり。

クロダコブラザーズは荒れ寺の地下に四次元の穴、テレポテチューブを開ける。たまたま荒れ寺の中に入ってきたリンとタコローを見てアジトをかぎつけられたと思い、チューブで逃げ出すクロダコたち。その穴は、ヨンフランシスコの怪物屋敷につながっていた。

一年経ってクロダコブラザーズを捕まえられなければ、タコローは保安官と交代し、タコ星に帰らなければならない。期限が迫り、タコローを迎えに来る両親。一人でクロダコを捕まえに行くタコローだが、逆に捕まってしまった。