父親との再会をよろこぶケンジは、昔とは違う自分になったことを証明しようとする。ブルックリンと力を合わせて自分の家族がどうなったかを調べ始めるサミー。

秘密の手がかりをきっかけに、コンの真の目的を暴こうとするブルックリン、ダリウス、ベン。父親にパーティーの準備を任されたケンジは、ブルックリンとのデートを計画する。

こそこそかぎ回ったり、父親のジャマをしたりするのをやめるよう仲間に告げるケンジ。だが恐竜を救いたいダリウスたちは、ケンジを裏切ることになるかもしれないと知りながらも行動を起こす。

思わぬ裏切りによって捕らわれの身となった仲間たちは、ショックを隠し切れないまま脱出計画を立てる。父親とともにイスラ・ヌブラルに向かうケンジ。

不穏な動きを感じて騒ぎ始める恐竜たち。問題を解決するため全力を注ぐダリウスとブルックリン。どちらの味方をするか、心を決めるケンジ。

重要な任務を与えられたケンジは、大きな危険の中に飛び込んでいく。一方マンタ社の島では、仲間たちがコンの計画を食い止めるために奮闘する。

恐竜を守るためのアイデアを思いつく仲間たち。とりのこされたサミーは、自分一人の力で計画を成功させようとする。ベンに悩みを相談するヤズ。

だんだんと疑いを強めるようになったケンジは、父親の行動を調べ始める。コンの支配を逃れ、自分が正しいと思う行動を取ろうとするメイ。

サミーに本心を告げる決意をしたヤズだが、島では予想外の出来事が次々と起こる。ジレンマに苦しむダリウスは、自分が道に迷っているような気持ちになる。

コンとその仲間たちの裏をかくため、急いで作戦を考えなければならないダリウスたち。かつての友達を救い出す決心をしたベンは、思いがけない人物に助けられる。

マンタ社の島の支配権をめぐり、激しい戦いが繰り広げられる。仲間のもとに戻りたいケンジだが、ダリウスはケンジをすぐに許すことができない。

島の未来、そして本当に大切なものを守りぬくため、力を合わせて敵に立ち向かう仲間たち。互いを結ぶきずなを武器に、最後まで戦い抜く決意をする。