No.1ヒーローのエンデヴァーとNo.2のホークスがタッグを組み、脳無・ハイエンドと繰り広げた激戦を熱く語る雄英高校ヒーロー科１年Ａ組の面々。そこに相澤がやってきてＨＲが始まろうとしたその瞬間、教室内に警報が鳴り響く！雄英高校敷地内に敵（ヴィラン）が侵入したとの知らせとともに出動要請が出され、グラウンドβに急行すると、そこには黒い煙が立ちのぼっていた。状況把握に努める偵察班からビルの爆発で火災が発生したとの報が入り、消火班＆救助班が出動する。それぞれが“個性”を駆使して事件を解決へと導いている中、姿を現した敵（ヴィラン）とは――!?

今までの脳無とは次元が違う、すさまじい強さを持っていたハイエンドとの激戦を終えたエンデヴァーとホークスの前に、敵＜ヴィラン＞連合の荼毘が突如現れる。果たして瀕死状態の2人はこのピンチを脱することができるのか…!?一方、基礎体力訓練と“個性”の修業を行っていたデクは、疲れから体操着のままベッドに倒れこみ不思議な夢を見る。しゃべることも動くこともできないデクの隣には“ワン・フォー・オール”歴代継承者が並び、視線の先にはオール・フォー・ワンと思しき男と、オール・フォー・ワンに「弟」と呼ばれる男が…。

夢の中で初代ワン・フォー・オールと邂逅したデク。二人の手が触れた瞬間に自室の窓が衝撃で吹き飛び、デクの右腕には変化が起きていた。そんな昨夜起きた事の顛末をオールマイトに話すと、それは“面影”だと伝えられる…。そして、午後から始まる演習のため運動場γに集合したヒーロー科１年Ａ組とＢ組の面々。敵＜ヴィラン＞グループを包囲し確保に動くヒーローという状況が設定された合同訓練、「対抗戦」がスタートする！ランダムに決められた４人組を１チームとする本演習には、なんとヒーロー科への編入を希望している普通科１年Ｃ組の心操人使も参加することに――。

1年A組とB組それぞれで４人組のチームを作り「敵＜ヴィラン＞グループを包囲し確保に動くヒーロー」という設定による対抗戦がスタート！第１戦は梅雨ちゃん・切島・上鳴・口田に普通科C組の心操を加えたA組チームと、塩崎・宍田・円場・鱗のB組チームが対決！初っ端から塩崎を囮とした奇襲を仕掛け、さらに宍田のパワーを生かしたラッシュを仕掛けるＢ組。一方、Ａ組も心操の新技「ペルソナコード」を駆使した作戦で対抗。互いがそれぞれの“個性”とチームワークを見せつけ白熱する対抗戦の初戦、先手を取るのはどちらなのか…!?

A組とB組の対抗戦第1セットに勝利したＡ組チーム。しかしそこには、勝者であるものの試合内容を反省する5人の姿があった…。続く第２戦は、職場体験を共に過ごし、以来それぞれがどこかでその存在を意識し合う八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士で宿命の存在（？）である常闇と黒色がそれぞれ激突！常闇が“個性”黒影(ダークシャドウ)を使ってＢ組チームの居場所を探る中、常闇の元へと戻ってきた黒影から、突如黒色が出現!?常闇はインターン先であるホークスの助言から編み出した新技で受けて立つことに。そこから因縁の対決の幕が上がる――!!

A組とB組のチーム対抗戦は第2試合に突入！八百万立案の作戦により一旦はA組チームが優位に立つが、B組チームもプランを変更して反撃開始！小森のキノコを発生させる“個性”と吹出のオノマトペを具現化する“個性”で、試合会場を分断し、A組チームの司令塔である八百万を孤立させることに成功する。小森＆吹出が繰り出す遠距離攻撃に翻弄されるA組チーム……そして、リーダー同士による頭脳戦は一転、拳藤から近接攻撃で一騎討ちを仕掛けられ、防戦一方の八百万。しかし、八百万にはこの窮地を脱する策が…。実力伯仲の第2試合、果たして勝敗は――!?

第2試合はB組がA組に勝利し、1勝1敗の五分に。拮抗した戦いが繰り広げている対抗戦の第３試合は、飯田、障子、轟、尾白の索敵や範囲攻撃などオールマイティに活躍が見込めるＡ組チームと、鉄哲を筆頭に、回原、骨抜、角取の索敵能力は欠けるが真っ向勝負に向いているＢ組チームの戦いに。初動から鉄哲が周囲を破壊して視界を広げ、ガチンコ勝負を狙っていくが、工場群の間から轟の“個性”で作った氷塊がＢ組の面々を包み込む！そこから、轟vs鉄哲、尾白vs回原、障子vs角取、飯田vs骨抜と次々マッチアップする怒涛の展開へ――！

対抗戦第3試合、A組は轟の氷結でB組の身動きを封じようとするが、骨抜を起点とした個々の“個性”でＢ組チームも反撃を仕掛けていく。骨抜の“個性”に対し、飯田は自身のスピードをさらに高めた新技「レシプロターボ」で応戦！すぐさま飯田は回原との戦いに苦戦している尾白の助太刀へと向かい、捕まえることに成功する。A組チームが優位に立つ中、氷塊の盾を砕きながらその発生源である轟に迫る鉄哲。轟は氷結から炎熱に切り替えるが身体を鋼質化する鉄哲に効かず、圧倒的な近接攻撃に手も足も出ない。果たして轟はこの戦況を変えられるのか…!?

3戦を終えた時点でお互いに1勝1敗1引き分け。第4試合は、負ければクラスの勝利がなくなってしまうという緊迫した状況で迎えることになり、爆豪・耳郎・瀬呂・砂藤のＡ組チームと、取蔭・凡戸・泡瀬・鎌切のB組チームがぶつかり合う！A組は大方の予想通り爆豪が先陣を切り、耳郎たちは後方からのサポートに回る。B組は推薦入学者である取蔭が中心となり戦略を組み立てる。爆豪の動きを警戒しつつ彼にストレスを与えることでA組チームを後手に回そうと企てるB組チーム。それに対して爆豪は…？果たして注目カードの勝敗の行方は――!?

Ａ組とＢ組による対抗戦もいよいよ最終戦。Ａ組はデク、お茶子、芦戸、峰田。対するＢ組は物間、柳、庄田、小大に心操を加え、両チームは相対する。A組はチーム内で最もスピードのあるデクが囮となり相手の居場所を割り出す作戦に出る。そこで物間の挑発を受けたデクは怒りのままに「ワン・フォー・オール」で技を繰り出そうとするが、その瞬間、デクの体から黒い“何か”が吹き出す！周囲を破壊しながら苦しむデク。そんな彼を助けようと駆け出すお茶子。すると突如デクは前日と同じ不思議な空間に足を踏み入れ、見知らぬ男と出会う。

デクの体から発現した黒い“何か”は、「ワン・フォー・オール」の中に宿っているとされる複数の“個性”のひとつである「黒鞭」だった。お茶子と心操の助けでデクが我に返ると、試合はそのまま乱戦へと突入！B組の柳＆庄田＆小大の連携攻撃に対し、A組も芦戸と峰田も「酸」と「もぎもぎ」の“個性”を駆使し、拮抗した戦いが繰り広げられる。そして物間はデクの“個性”の「コピー」を狙う！さらに、デクと心操の体育祭以来の直接対決が迫る。予期せぬアクシデントから始まった対抗戦の決着の行方はどうなるのか――!?

Ａ組の勝利で幕を下ろした対抗戦。この対抗戦を通してヒーロー科の凄さを実感したという心操に、ヒーロー科の面々と遜色ないくらいに状況判断や動きが凄かったと伝えるデク。相澤から心操が2年進級と同時にヒーロー科編入することが発表され、対抗戦は幕を閉じた。そしてその日の夜、デクは対抗戦中に発現した“個性”の「黒鞭」を知るため、オールマイトと爆豪と共に訓練を始めるが…。そして、Ａ組のメンバーが積雪に心躍る日曜日。爆豪と轟はついにプロヒーロー仮免補講の最終日に臨み、まさにその夜、事件現場に遭遇する。

２学期終業まであと数日に迫る頃、プロヒーローのMt.レディを特別講師として招いたメディア講習が行われることに。校庭のお立ち台前に集合し、インタビュー練習開始！生徒らは自身の必殺技やヒーローネームについて次々答えていき、インタビューもそれぞれの“個性”全開に。一方、敵（ヴィラン）の暴動で壊滅に追い込まれた泥花市の事件。死傷者は抑えられていたものの被害規模は神野事件以上であった。そんな中、ヒーローインターン活動が公安の要請を受け再開が決定。そして、雄英高校の寮ではクリスマスパーティーが催される！

新年を迎え、轟からの誘いを受けたデクと爆豪は、No.1ヒーロー・エンデヴァー事務所でのインターンをスタート！しかし、轟1人だけと考えていたエンデヴァーは、デクと爆豪に対しては苦い顔…。そんな中、早速暴れている敵（ヴィラン）・星のしもべと遭遇！事件解決に向けて翔るエンデヴァーを、デク、爆豪、轟は必死に追う。エンデヴァーに襲い掛かろうとした敵ヴィランの一味を3人が取り押さえようとした瞬間、そこに現れたのはホークスだった。するとホークスは、突然エンデヴァーに『異能解放戦線』の本を薦める。その真意とは――!?

「異能解放」を謳う謎の敵（ヴィラン）組織にスパイとして入り込んだホークス。その組織の会議の場には、なんと敵（ヴィラン）連合メンバーの姿が…!? 一方、ホークスから受け取った「異能解放戦線」の本に隠された暗号を読み解き、敵（ヴィラン）が勢力を拡大していることを知ったエンデヴァーは、デク、爆豪、轟を自ら鍛え始める。そして3人は指導を受ける中で、各々の課題と向き合う。そして、このインターン中でクリアすべき、エンデヴァーから下された指令はただひとつ。「この冬の間に一回でも、俺より速く敵（ヴィラン）を退治して見せろ！」。

デクたちだけでなく、雄英高校ヒーロー科の生徒たちはそれぞれインターンへ！お茶子と梅雨ちゃんはねじれとともに、ドラグーンヒーロー・リューキュウの事務所へと再び赴く。初日を終え催された歓迎会の最中、違法薬物《トリガー》の秘密工場爆発が原因とされるカフリン国で起こった山火事のニュースが流れ、トリガーを生成する薬品類が無くなっていたという。そこに突如舞い込んできた海難ヒーロー・セルキーから密輸船探索のチームアップ要請！梅雨ちゃんにとっては職場体験以来のセルキーやシリウスとの再会だが、果たして、密輸船を見つけ出すことはできるのか――!?

エンデヴァーの事務所でのインターン活動中のデク、爆豪、轟は、トップヒーローの圧倒的な実力を目の当たりにする日々。最高峰の現場で必死にエンデヴァーの背中を追い、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後にデクと爆豪、轟がエンデヴァーに連れられ向かった場所は、なんと轟家…!?弟の友達に会いたいと、姉・冬美が夕飯を一緒にと呼んだのだ。みんなで食卓を囲むが、兄・夏雄とエンデヴァーの間に走る緊張感などから、デクと爆豪は、轟家がいまだ色々な問題を抱えていると改めて知る。過去を深く反省し、家族の団欒を取り戻そうとするエンデヴァーだったが――。

轟の姉・冬美が主催した轟家での夕食会を終え、エンデヴァーがデク・爆豪・轟を学校まで送り帰す道中、彼らの前に敵（ヴィラン）が立ちはだかる。しかも敵（ヴィラン）の傍らには、先に帰路へついたはずの夏雄が捕らえられている…！自らを“エンディング”と名乗るその敵（ヴィラン）は過去にエンデヴァーが捕らえた男でありながら、そのエンデヴァーに強い憧れを抱いていた。夏雄を人質にとり、エンデヴァーにある要求を突きつけるエンディング。エンデヴァーに続き、デク、爆豪、轟も駆け出す！果たして、無事に夏雄を救い出すことができるのか――!?

インターン三昧だった冬休みを終え、新学期を迎えたデクたち１年Ａ組。新年最初の授業は、冬休みの間に得られた成果や、新たに見えた課題などを共有する「実践報告会」！しかし、そこについさっき教室を訪れた相澤の姿はなく…!?その相澤はといえば、緊急連絡を受け、プレゼント・マイクとともに敵（ヴィラン）犯罪者を収監する特殊施設・タルタロスへと向かっていた。タルタロスで塚内、グラントリノと合流した相澤とマイクは、そこに収監されているある人物と、衝撃の再会を果たす。その人物に隠された秘密とは…？そして、その人物に相澤とマイクは語り掛ける―！

時は遡り10月頃。死柄木たち敵（ヴィラン）連合の前に、謎の巨人が突如現れる。その男こそ、オール・フォー・ワンの忠実なしもべ・ギガントマキアだった。死柄木がオール・フォー・ワンの後継者に相応しいか見極めるためと、襲い掛かるギガントマキア。圧倒的なパワーの前に苦戦を強いられる敵（ヴィラン）連合だったが、そこへオール・フォー・ワンの側近のドクターから連絡が入り、突如彼のもとへ転送される。死柄木に対し、これから何を見せてくれるのかを問うドクター。そして、協力の条件として死柄木が突きつけられたのは、ギガントマキアを屈服させること――!?

ギガントマキアとの戦いの最中、義爛を人質にとった「異能解放軍」最高指導者、リ・デストロから宣戦布告され、敵（ヴィラン）連合一同は泥花市へと赴く。泥花市は、異能解放軍に属する「解放戦士」の解放区となっており、異能解放軍幹部・トランペットの宣言とともに《再臨祭》が開始される！突如、足元が爆発して敵（ヴィラン）連合の面々と引き離されてしまったトガの目の前には、もう一人の幹部・キュリオスの姿が。取材対象としてトガに興味津々で元記者の血が疼く気月は、トガに攻撃と“取材”を仕掛ける。過去を回想しながら、トガの中で爆発する想いとは―!?

敵（ヴィラン）連合と異能解放軍の総力戦が繰り広げられる泥花市。蒼い炎を操る“個性”の荼毘と、氷を操る“異能”の外典が対峙。一方、重傷のトガを見つけたトゥワイスだったが、そこに無数の偽トゥワイスが襲い掛かる！その偽物たちは異能解放軍幹部・スケプティックが“異能”で作り出した操り人形だった。トゥワイスのマスクを剥がしつつ、精神を刺激するため目の前でトガの首を捻り始める。窮地に陥る中、トガを助けたい一心のトゥワイスに変化が…!? そして死柄木は、襲い来る解放戦士たちを“個性”崩壊でこなごなに壊しながら、リ・デストロを目指す。

トゥワイスの「二倍」の“個性”を囮にし、ついにリ・デストロを地上へと下ろした死柄木。いよいよ２人の直接対決が始まる！すると、リデストロは自身にストレスを溜め込んだぶん巨体に変化し強烈なパワーを発揮できる“異能”で死柄木を圧倒する。すると、連合と解放軍の戦闘でひどい惨状となった泥花市の街に、巨大な足音が近づいてくるのだった…！そんな中、リ・デストロに身体を傷つけられていく死柄木の頭に、忘れていた幼い頃の記憶がよみがえっていく。両親、姉、祖父母、飼い犬に囲まれた幼い自分。それがある日、崩れ落ちていく―。

リ・デストロとの死闘の中、死柄木には過去がフラッシュバックしていた。自身と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、溢れ出る破壊衝動、「死柄木弔」の名…すべてを思い出し、覚醒する死柄木！その姿を見たリ・デストロは、不思議な感覚に陥る。死柄木を中心に泥花市の住宅街が次々と崩壊していき、デトネラット社特製のスーツに身を包んだリ・デストロさえも追い詰めていく。眠りから覚め、解放戦士を弾き飛ばしながら死柄木の元へ向かっていたギガントマキアが見たものとは――。敵（ヴィラン）連合VS異能解放軍、全面戦争ついに終結！

最高峰の現場であるエンデヴァー事務所でのインターンに明け暮れた冬休みを終え、雄英高校１年生としての３学期を迎えたデク。オールマイトにその成長ぶりを披露し、その後オールマイトと爆豪と共に歴代のワン・フォー・オール継承者の秘密に迫る。 覚醒し、リ・デストロを屈服させ、10万以上の数を誇る異能解放軍を掌握した死柄木は、「超常解放戦線」を束ねる存在として君臨。全てを壊すための更なる力を得るため、ドクターの用意した“地獄の４か月”の眠りに入る。 ヒーローと敵（ヴィラン）の戦いは、新たな、そして壮絶なるステージへ――。