道場に鳴り響く乾いた音―。 そこには、稽古に励む幼い銀時と、それを笑顔でいなす松陽の姿があった。 松陽はこれからの銀時に対して、“あること”を楽しみにしていると告げる。 時が経ち、銀時は松陽に瓜二つの『虚』と対峙することになる。 そして―。 先の黒縄島からの真選組局長の近藤勲の奪還の件により、以前にも増してかぶき町には居づらくなった万事屋一行。そんな中、桂の計らい(?)により地下都市アキバに潜伏しアキバで支店を開くことになる。 そこに訪れた意外な来客により、『虚』の正体について語られることに―。
今井信女の口から語られたのは、『虚』がアルタナによって生まれ、不老不死の存在であり、“宇宙で最も危険な生物”であると。 そして、吉田松陽という人物は、虚と同じ存在であることも―。 信女の話を受け銀時、桂は戸惑う。しかし、桂は銀時に「お前に二度も師を斬らせるわけにはいかないからな」と告げて立ち去る。 一方、虚は元老院を失った春雨を手なずけようとしていた。勢力の拡大を目論む虚の前に一人の男が現れ、事態は思わぬ方向へと進展する。 そして、誰も居なくなった万事屋銀ちゃんの机の上には見知らぬ封筒が置かれてあった―。
神楽の後を追い、快援隊や鬼兵隊の残党らと合流をした万事屋一同。地球を出発した銀時達を待ち受けていたのは、喜々の軍勢であった。それをあっさりと撃退した銀時達の姿を見た万斉は、自ら “秘密の場所”を教える。 その場所は、捨てられた惑星『烙陽』――。 奇しくもそこは、神楽の故郷でもあった。 時を同じくして、消息不明の神威を探しに星海坊主も烙陽の地に辿り着く。 そして、決意を決めた神楽は、ある人物の墓標の前に立っていたのであった――。
神楽の故郷である烙陽に降り立って銀時達を待っていたのは、虚率いる春雨の猛攻であった。銀時、桂、坂本の奇襲により辛くも窮地は脱したが、圧倒的な兵力差に変わりはなかった。散り散りになった3人それぞれの前に立ち塞がったのが、『三凶星』と呼ばれる猛者たちであった。 桂の前に現れたのが、海王星の猩覚。猩覚の凄まじいパワーに押される桂であったが、決意を決める。 一匹の侍（えてこう）になることを――。 そして、今まで語れなかった桂の過去が明かに。
范堺に掌握されてしまった快援隊船団。坂本と陸奥は、范堺を見つけ出し操られた船員達を助けるべく、自ら快臨丸内を詮索することを決めた。2人は、操られた船員に襲われた喜々を助ける。 なぜ助けたとのかと問う喜々に対し、坂本は「一度国を背負った君主が簡単に死ねると思うな」と言い放つ。坂本らと行動を共にする中で、徐々に坂本辰馬に魅せられつつも飄々とした態度に苛立ちを感じ始めていた。 そんな中、喜々に異変が――。 果たして、范堺の狙いと一体何なのか!?
かつて攘夷戦争時代に銀時と馬董は、一度だけ戦場で刀を交えていた――。 馬董は、侍である銀時との戦いが忘れられず再び闘うことを待ちわびていた。しかし、覚えていた容姿は銀時とは言い難い姿をしていた。その人物は”パクヤサ”と言い銀時に憧れ舎弟になったものだった。コケにされたと激高する馬董に対し、銀時は坂本の仇である馬董に密かな闘志を燃やしていた。 白熱した銀時と馬董の戦いがはじまる!!
銀時、高杉、桂、坂本、かつて攘夷戦争を共に闘った4人が再び戦場に集った。劇的な再会……と思いきや、顔を合わせるなり罵声を飛ばし合うことに。そんな再会を遮る様に虚率いる奈落・春雨の軍勢が襲いかかる!! その頃、星海坊主は春雨の追撃を圧倒的な力で捻じ伏せていた。しかし、星海坊主の眼前にはさらなる春雨の増援と、第一師団長の獅嶺が立ち塞がる。 そこには、消息不明になっていたあの人物の姿が――。
神威は自らの父親である星海坊主に対し、殺意を込めた拳を振り上げた。“宇宙最強の親子喧嘩”へと発展した2人の激闘は、もはや誰にも止められないかに見えた。だが、2人の家族である神楽だけは違っていた。神楽は、身をもって闘いをいさめようとした。 しかし次の瞬間、閃光の如く現れた虚により戦況が一気に変貌した。星海坊主は義手の左腕を一瞬にして斬られてしまった。闘いの中で、星海坊主は虚がアルタナにより力を得ていることに気付く。 そして、星海坊主にとってアルタナの力を持つ人物に出会うのは初めてではなかった。 果たして、過去に出会った人物とは!?
神威は神楽に、母である江華が『アルタナの暴走を受けて生まれた変異体』であったことを告げる。そして二人の母親を殺したのが、父親である“星海坊主”であるということも――。 星海坊主と江華の間には神威と神楽が生まれ、家族4人はひっそりと生活していた。ある日、神威は、江華が徨安以外の星では生きていけない身体であることを知ってしまい、母親を苦しめているのは自分たち家族であると感じはじめる。 神威は意を決し江華を連れ出そうとするが、そこに星海坊主が現われて事態が急変する。 星海坊主、神威、神楽、江華それぞれの家族の想いとは。 そして、星海坊主対虚の戦いの行方は!?
満身創痍で倒れた星海坊主に襲いかかる神威―。その前に立ちはだかったのは、他でもない銀時であった。 銀時は、神威に対し『本当の名前』を思い出せと語り木刀を抜く。神威の圧倒的な力に押される銀時ではあったが、神威自身は違和感を持ちながら闘っていた。その違和感とは、銀時は護るものために闘い、そして自分と戦い続けて限界を越えていく戦う姿であった。 神威は、戦いに割って入った神楽の存在により、ためらってしまう。その隙に銀時は、渾身の一撃をうけてしまうのだった。 そんな戦いの最中、夜兎の血に飲まれた神威は不敵な笑みをこぼすのであった――。
妹・神楽の拳の前に倒れた神威は、銀時らとの闘いで知った己の弱さ、その先に見えた本当の「最強(つよさ)」を求め、再び海賊へと戻っていく。そして父・星海坊主もまた、自分たちはどこまで行っても家族なのだと、思い知るのであった。 一方そのころ、同じく戦線を離脱していた高杉らは、朧と対峙していた。そこで繰り広げられる闘いの中で、朧と虚の深い関係性が語られる。そしてそれは吉田松陽の弟子である、銀時たちが育った「松下村塾」にも繋がっていて・・・。
銀時たちと松陽が出会う少し前のこと。朧は松陽によってその命を救われ、「松下村塾」創設をともにした一番弟子だった。銀時たちと同じ道を歩むことのできなかった朧の悲しみや憎悪もまた、松陽の死に繋がっていた。 高杉との死闘で散った朧は、吉田松陽の過去、そして虚の恐るべき計画が進んでいることを明かす。その事実を知った銀時、桂、坂本、そして高杉は、それぞれが新たな決意をするのであった。 「虚」の目的とは何なのか。「吉田松陽」は銀時に何を託したのか。 舞台は全ての始まり「侍の国」へ―。
神楽にカレシができた！その知らせを聞いた父親の星海坊主と銀時は大慌て。神楽が大人になっていくことを中々受け入れられずにいた2人。だが、神楽が彼氏を家に連れてくることになり、「大人」として対応することを誓う。だけど、彼氏のダイちゃんには秘密があって――。
神楽の彼氏・ダイちゃんは、なんと巨人族の皇子だった！普段はヒップホップを聞かせておけばおとなしい巨人族だが、彼らには恐ろしい伝統があった―それは、皇族の花嫁に迎えられた種がいる星の遺伝子を根絶やしにし、遺伝子情報の独占を図るというもの。花嫁・神楽がいる地球を滅ぼそうとするダイちゃんと巨人族の前に、「誰にも娘を渡したくない！」という気色の悪いお父さんたちが立ちはだかる！！
幾松の夫がまだ存命だった頃、大晦日が来るたび店にやって来るみすぼらしい男がいた。なけなしの金をはたき一杯のラーメンを頼むが、「こんなにたくさん食えねーな」と言うと、お椀にラーメンをとりわけ、幾松と夫にふるまう。毎年の恒例行事だったが、夫が亡くなるとその男もぱったり姿を見せなくなり、店を継いでもその仕事を引き継げなかったことが心残りだとこぼす幾松。その話を聞いた桂は「幾松が夫と約束した一杯のラーメンを、もう一度その男に食わせてやりたい」と銀時に持ち掛け、その男を探すことにする。
男の情報を得るため、公園でホームレスたちの仲間になる桂と銀時。そこで出会ったのはなんと、桂と幾松に復讐の機会を狙っていた幾松の義弟だった！義弟から、死んだと思われていた幾松の父親を連れてこいと脅される一同。一方、新八と神楽の捜索で、かつて男が北斗心軒に忘れていった頭巾が幾松の父・松五郎のものだったと判明する。松五郎は一体誰なのか！？幾松と松五郎を守る為、万事屋と桂が立ち上がる！
・生と死のグラサン 自殺をするためビルの屋上で佇む長谷川の前に、グラサンの殺し屋・一星（イーシン）が現れる。一星は、標的である宇宙商・猪九戒がパーティを開いている高層タワーから飛び降りれば、自分が標的と一緒に長谷川もあの世に送ってやると提案する。一星の指示通り、高層タワーの屋上に向かった長谷川だが、そこにはもう一人の殺し屋・一龍（イーロン）がいた！実はこの2人にはある因縁があって――。巻き込まれた長谷川は無事死ぬことができるのか！？ ・全ての答えは現場にある 特別講習を受ける江戸の警察官一同。その中にはもちろん、真選組・見廻組もいた！仲の悪い両組は、講習中にも関わらず喧嘩になってしまう。実演講習として、最新の技術を用いたバーチャル空間で起こった殺人事件の謎を、張り合いながら推理していく一行。桃太郎っぽい被害者を殺した犯人は果たして誰なのか。暴かれる驚愕の真実とは！？
銀時、新八、神楽は、お登勢の旦那の形見刀を研ぎ直す為、鍛冶屋・鉄子の元を訪れていた。そこで、抜き身のまま床に落ちている刀を見つけた銀時。「鍛冶屋が商売道具をぞんざいに扱っていいのか」と文句を言うが、鉄子は預かった記憶はない刀だと言う。実はこの刀、妻である鞘―「鞘子」を探し出す為、鉄子の鍛冶屋へ現れた吸血妖刀エクスカリバー星人、「クサナギ」であった。居合わせた銀時の尻を一時の鞘にしたクサナギと共に、町で鞘子を探す鉄子と万事屋の前に現れたのは―。
万事屋がクサナギと共に探していた鞘子は、真選組・沖田の刀の鞘になっている事が判明！だが沖田の鞘は、自分は「鞘子」ではなく「サーヤ」で、クサナギのことなど知らないと言う…。尻に刺さったクサナギを早く抜きたい銀時は、その鞘に相応わしい刀はどちらか、真剣勝負の決闘で決めることを沖田に持ち掛ける。そんな決闘前夜、沖田の前に現れたのは、市中で頻繁に発生している辻斬りの犯人、人斬り千兵衛。彼がが手にしていたのは、人の体を乗っ取り刀を共食いする妖刀「マガナギ」だった！！
沖田は、伝説の魔剣・エクスカリバー「マガナギ」によって身体を乗っ取られてしまう！鉄子の打ち直した「クサナギ」と共に戦う銀時だが、今までの戦闘の経験値だけでなく、沖田の身体能力も手に入れたマガナギに苦戦を強いられる。そして、マガナギの口から残酷な真実が語られる。実は、サーヤはクサナギと鞘子の元に生まれた娘であり、鞘子はすでにマガナギによって壊されていた…。鞘子だけでなくサーヤをも己の鞘にしようと迫るマガナギ。銀時とクサナギは、マガナギを止めることが出来るのか！？
グループ売りアイドル全盛期到来！時の流れに乗り遅れない為、寺門通の期間限定アイドルユニット『お前の相棒〇人？プロジェクト』が始動した！お通ちゃんの相棒を探していたエージェントがスカウトしてきたのは、なんと神楽だった！！金（カネ）の匂いを嗅ぎつけた銀時プロデュースの元、お通と神楽はデビューを目指しレッスンに励む。果たして2人は、ユニットアイドルとして成功できるのか！？
お通と神楽が組んだ新ユニット、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の前に現れたのは、宇宙一のアイドル、ビチエがセンターを務める銀河系アイドル特殊部隊「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」だった。銀河中のトップアイドルが集まったGKB48の、手段を選ばない「本物の握手会」で、男たちは骨抜きにされていく。ファンを奪われ、愕然と立ち尽くすお通。さらにビチエはお通と江戸のトップアイドルの座をかけた勝負をしかけてきて！？
お通不在の中、トップアイドルの座をかけた握手会「天下一アイドル決定戦」が始まった！「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」に対抗すべく、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の隠し玉、お妙率いる銀河系最強武闘派バックバンド「ダイヤモンドバキューム」が参戦！汚い手を使いGKB48からファンを奪っていくが、メンバー同士のファンの取り合いで逆に大ピンチに。遂に寺門通親衛隊隊長、志村新八自らがGKB48センターのビチエに挑む！そんな新八をテレビで見るお通は…。
・神ゲーと糞ゲーは紙一重 発売目前の銀魂ゲームを、自分たちの力でもっと売れる商品にしよう！と決意した万事屋３人。たまを連れてゲーム制作会社に潜入し、開発室でハッキングを試みる。大ヒットを狙う為にと、ゲームのタイトルを勝手に改名してファンタジーRPGへ路線変更。余計なことはしゃべらない主人公を出してみたり、ゾンビと戦うゲームにしてみたり、好き勝手にされた銀魂ゲームの末路は！？ ・メガネは魂の一部 新しいメガネを買うため、メガネ屋を訪れた新八は、どんな真実もありのままに見えるという「ノロワ・レター・メガネ」を店主に勧められる。それを掛けた新八は、他人の守護霊がハッキリクッキリと見えるようになってしまった！外そうとしても外れないメガネを掛けたまま万事屋に戻った新八が見たものは？
呪われたメガネのせいで見えちゃいけない色々なものが見えるようになってしまった新八。そんな中、町内親睦のために企画された「かぶき町大運動会」に強制参加することとなった。紅白に分かれ、優勝賞金50万円をめぐって競争するかぶき町の面々。その背後では、見えない守護霊たちも宿主を勝たせるために死闘を繰り広げる！血で血を洗う「魔界大戦争」の開幕だ――！
アルタナを奪還するため宇宙の星々で活動してきたアルタナ解放軍が、ついに地球へ侵攻。 ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。 しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すため皆から依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。 そしてついに解放軍の蛮行は「万事屋銀ちゃん」の建物にも向けられて――。
虚の引き起こした戦争を止めるため、アルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用せよという将軍・徳川喜々。桂と坂本はその提案に乗り、喜々を連れて解放軍の戦艦に行く。 一方、地球では江戸の人々が蜂起。かぶき町四天王を中心とした民衆、柳生一門、御庭番衆や吉原の百華たちが解放軍に対抗していた。 そんな地球の様子を伝え、地球から手を引くよう伝える喜々たちの前に、解放軍中心人物の一人、艦隊提督の紫雀が現れる。強気の姿勢を崩さない喜々と紫雀、一対一の緊迫した交渉は――。
喜々と紫雀の交渉により、アルタナ解放軍は一時的に態度を軟化させたが、それは地球に駐屯する軍を引かせるまでには至らなかった。 迫る決戦の時。天導衆の行方を探っていた銀時たちを、突如町民の集団が襲う。彼らを町民ではない別物だと見抜き、窮地を救ったのは今井信女だった。 集団は解放軍も急襲する。戦いを一時停戦した責を問われる紫雀の前に現れたのは、自国を天導衆に滅ぼされた、硝煙の皇子と呼ばれる男だった。
姿を現した虚に、剣を向ける銀時。しかしその前に、奈落三羽の一人、柩が立ちはだかる。柩と戦う銀時たちの上空に現れたアルタナ解放軍の艦隊は、一斉掃射をしかけ周囲は火の海と化した。 江戸城では、亡き徳川茂茂の妹・そよ姫が、逃げろという服部全蔵の忠告を聞かず、一人で城を預かる覚悟を決める。 すべてを焼き払えとの圓翔の命令で、おびただしい数の戦艦が江戸の上空を埋め尽くす。 艦隊が江戸城に迫り、逃げる万事屋も四方を囲まれる。その絶体絶命のピンチに――！
万事屋の危機を救ったのは、江戸に戻ってきた真選組だった。今度こそ江戸を護り抜いてみせると、新・真選組の力を見せつける。 戻ってきた旧幕府軍は勢力を増し、空では松平率いる艦隊がアルタナ解放軍に対峙していた。地上では市民を避難させた御庭番衆が全蔵のもとに集結し、全てを護る戦いのため戦場に踊り出る。 そんな中、解放軍を率いる圓翔は上空から無情に江戸を狙い、地上でも荼吉尼・辰羅・夜兎の三大傭兵部族が加勢する。 ついに地球人と解放軍の総力戦が始まった――。
かぶき町に突如現れた巨大な大砲は、源外の作ったカラクリ「ネオアームストロングサイクロンジェットアームストロング源外砲」だった。ウイルスを搭載したナノマシンを放出し、敵味方問わずあらゆる機械を停止させてしまう切り札だ。金時とたまは、機械である自らも破壊される覚悟で、起動のために砲に入った。 源外砲の威力で、空を覆っていたアルタナ解放軍の艦隊はすべて墜落。地上での白兵戦が始まった。お登勢の号令で門をかたく閉じたかぶき町、そこを進軍目標として荼吉尼・辰羅・夜兎の軍勢が迫り――！
アルタナ解放軍の大群がかぶき町を目指し、万事屋もかぶき町へ急行している頃、宇宙では、解放軍に捕らえられた坂本と喜々たちが、紫雀提督と接触していた。解放軍を止められなかったと謝罪する紫雀に、倒すべき真の敵がまだ生きていると坂本が告げる。 別働隊として動いていた桂に通信をつなぐと、ハタ皇子たち央国星の船に捕まっていた。スキを見て皇子を人質にとり、地球の同盟国になれと迫る桂。首を絞められた皇子の脳裏に浮かんだのは、生き別れた兄弟のことだった。別の檻に捕まっていた長谷川も加勢したところに、銃撃が――。
九龍公子ドラゴニアが地球との同盟を央国星の面々に説く一方、地球では、かぶき町へ押し寄せてくるアルタナ解放軍と傭兵の大軍勢を、御庭番衆と真選組が前後から攻めていた。 万事屋の３人がようやく到着したかぶき町は、民衆の手によって鼠一匹入れない要塞と化していた。しかし荼吉尼の王蓋がたった一撃で、かたく閉ざされていたかぶき町の巨大な門を破壊。大軍が町内に押し寄せてくる。小手先の罠も奇策も通じない強大な敵の前に、心折れそうになるお妙。そしてついに解放軍の兵に追いつかれ、頭をつかまれた窮地に――。
傭兵に襲われたお妙の危機を救ったのは九兵衛だった。荼吉尼の軍勢に対抗するかぶき町の民衆に、柳生一門や九兵衛が集めた義勇兵も加勢。九兵衛の一撃で王蓋は急所をやられ、百華が投げるくないの集中砲火でついに倒れた。 そこに蒼達率いる辰羅の傭兵部隊が姿を見せ、ウイルスを撒き散らした大砲の開発者は名乗り出よ、と脅す。しかしお登勢を先頭に、かぶき町の民衆は怯えも見せず、我も我もと手を上げる。覚悟を決めたかぶき町の民衆に、辰羅が襲いかかり――！
危機一髪、蒼達たち辰羅の攻撃から皆を救ったのは旅から帰った泥水平子、次郎長親子だった。得意の集団戦術で襲い掛かる辰羅に対し、黒駒勝男を先頭とした溝鼠組も参戦し混戦状態となる。かつての死闘の経験から辰羅との戦い方を知っている次郎長と銀時は連携攻撃で応戦する。 一方、銀時に2本目の角を折られた満身創痍の王蓋は、かぶき町勢力が傭兵部隊を圧倒していく光景を見て、かつて自らの1本目の角を折った男を思い出していた……。
崩れかかる傭兵部隊を再び立て直した王蓋を、荼吉尼最強にして「神の角」と呼ばれた男――屁怒絽が一蹴。一瞬にして解放軍を恐怖の底に陥れた。さらに陰陽師たちが加勢、結野晴明と巳厘野道満の幻惑の術によりかぶき町を襲う解放軍の撃退に成功した。たくさんの負傷者を出しながらも、かぶき町に訪れた平和と再会を喜ぶ一同。しかし、かぶき町四天王、真選組、公儀御庭番衆、柳生陳陰流一門、百華、結野衆・巳厘野衆、そして万事屋が一堂に会す様子を遠くから見つめる影があり――。
３大傭兵部族最後の一つ、夜兎に拉致された源外を万事屋たちが探していた頃。 宇宙では紫雀提督一派と央国星を味方につけた喜々と坂本、桂がアルタナ解放軍本部・天鳥船制圧という強硬策を計画していた。しかしそれはすでに圓翔が地球を丸ごと破壊する為の破壊兵器を起動させてしまった後だった。地球滅亡の危機が迫る中、喜々は地球にいるそよに語りかける……。果たして、坂本は、桂は、そして喜々は地球を狙う破壊兵器を止めることができるのか！？
宇宙では、ハタ皇子の乗る央国星戦艦からの発射を合図に、央国星艦隊とアルタナ解放軍艦隊の交戦が始まった。桂のステルス艦が奇襲を狙うも被弾、失敗に終わるかと思われたその時、姿を見せたのは高杉だった。 かつて攘夷戦争で親を失った一人の少女が、 無実の罪で磔にされた。少女を救った攘夷志士と人斬りは投獄されてしまうが、思うところあった幕吏の協力により脱出。それが高杉とまた子、万斉、武市の出会いだった。 世界を壊すと宣言した高杉は、鬼兵隊を率いて突撃の号令を発する――！
高杉率いる鬼兵隊を加え、反撃を開始した桂、坂本たち。覚悟を決めた喜々の言葉で奮起し、高杉たちは地球を狙う破壊兵器「火之迦具土神」を止めるべく、桂・坂本たちはアルタナ解放軍を率いる圓翔を討つため、それぞれ走り出す。 一方地球では銀時たちが、敵に拉致された源外を探していた。同胞の気配を感じ取り、源外のもとにいち早くたどり着いた神楽。同じ夜兎族の軍勢を相手に一人戦い始めるも、不意を突かれ窮地に立った神楽に――！
すんでのところで神楽を救ったのは、春雨第七師団を率いた神威だった。 神楽と神威は同族同士の夜兎対決を繰り広げ、協力して老師を倒す。そこに駆け付けた銀時、新八。沖田たちも到着し、万事屋、真選組、第七師団が残りの夜兎と対峙するさなか、突如姿を現した虚。不気味な笑みとともに、暴走したアルタナが地表から噴出する。 宇宙では、春雨の援軍を受けた高杉たちだったが、火之迦具土神発射までわずか15分しかないことが判明。窮地に陥った鬼兵隊のため、武市は決死の作戦を断行する――。
火之迦具土神の制御装置まで高杉たちをたどりつかせるため、一人その場に残った万斉。思惑通り兵力を集中させたところで、自らの腰に巻いた手榴弾を使い、わが身もろとも敵を一掃する。小型艇で体当たりしてわずかな時間を稼ごうとする武市。身を投げ打って戦う鬼兵隊。一度も振り返ることなく走り続けた高杉の剣が、ついに制御装置を切り裂き大爆発を起こす。 制御装置を破壊され、沈む運命となった天鳥船の指令部に、坂本・桂・喜々がたどりつく。降伏を求める坂本に、復讐を誓う圓翔は船ごと地球に落とすと告げ――。
天鳥船を地球に落とす前に脱出しようと急ぐ解放軍。そこに春雨の軍勢を率いた高杉が現れ、最後の攻防が始まった。高杉、桂、坂本たちは多くの犠牲を払いつつも、ついに圓翔に致命傷を与える。とどめをさせという圓翔に、戦を終わらせることを持ち掛ける喜々。喜々の説得により、和睦に応じようとした圓翔であったが、それに激怒した解放軍に撃たれてしまう。その流れ弾に喜々も倒れ、解放軍と地球軍の間に再び緊張が走る。 薄れゆく意識の中、憎しみの連鎖を終わらせようと語りかける喜々の脳裏には、先代将軍茂茂の姿が浮かんでいた――。
地上では、巫女姉妹の阿音・百音が狛神の力を使い、アルタナの暴走を止めようとしていた。アルタナを操れるのは、古来より龍穴を守り続けてきた巫女一族の姉妹と狛神しかいない。験力を使い果たしかけていた姉妹に、力を貸そうともう一匹の狛神、定春が姿を見せる。 アルタナの暴走に巻き込まれた銀時たちの前に秘密兵器を持って現れたのは、神楽と神威の父、星海坊主だった。虚を倒す切り札として異星のアルタナの結晶石で作った結晶刀を「持ってけ」と銀時に渡す。 いなくなった定春を探す万事屋。虚は龍脈を制御する門を開放して、いよいよ地球に終焉を迎えさせようとする――！
コントロールを失った天鳥船の上の紫雀は、地球を護るため、弟・ハタ皇子に自分たちごと船を撃ち破壊せよと告げる。ハタは葛藤の末に、発射命令を出しかかっていたところを、長谷川泰三に殴り飛ばされる。元入国管理局局長・現無職のプライドで、船も地球もまるごと救うしかないと断言する長谷川。その宣言に共鳴した解放軍も力を貸す。 負傷した阿音・百音を残し、たった一匹で虚に立ち向かう定春。なんとか駆け付けた万事屋だったが、大地が割れ、噴き出すアルタナに定春が飲み込まれるのを止められない。強大なアルタナを背後にした虚に、切り札だった結晶刀もバラバラに壊されてしまう――。
アルタナの奔流に飲み込まれてもなお力を振り絞る定春が、龍脈を封じることに成功する。さらに銀時が投げた結晶刀の破片が虚の身体を蝕む。うまく身体再生ができなくなった虚に、ここぞとばかりに総攻撃を仕掛ける万事屋。しかしあと一歩のところで龍脈が甦り、虚は再生してしまう。もはやここまでかと思われたその時、半霊体となってなおアルタナを止めようとする定春の姿が空に浮かぶ。阿音・百音が江戸中の人々の生命力を験力に還元し、定春に与えて、再びアルタナの暴走を止めようとするのだ。いくら終わらせようとしても立ち上がる、人間という生き物に恐れを抱きながら、虚は銀時と斬り結ぶ。
江戸の人々が一丸となって、虚を追い詰める。何度倒されても立ち上がる銀時たちがついに虚を討ち果たす。敗北を悟った虚は、自らアルタナの穴へと落ちていった。 虚との激闘から二年の月日が経った。空には再び異郷の宇宙船が飛び交い、通りでは天人たちがふんぞり返り歩き、かつての江戸が戻ってきた。 二年前、宇宙から落ちてきた天鳥船はぎりぎりのところで激突を免れ、地球は救われた。ぼろぼろの廃墟と化した江戸も、復興の甲斐あって以前の姿を取り戻しつつある。 「万事屋銀ちゃん」の屋号を残し、ひとり万事屋を続ける新八。そこへ「パパ」と呼びかける子どもの声が！？
江戸を守り、新時代を切り開いた真選組は、樹立した新政府によって散り散りにさせられていた。新政府を仕切るのは、かつての攘夷志士、今やドナルド・ヅランプとして初代総理大臣に上り詰めた桂だ。 そんな元テロリストに国を任せられるかと、元警察庁長官の松平は桂の暗殺を企てる。新八を脅し、桂暗殺のための兵器を闇商人から受け取り、殺し屋と落ち合うように指示する。 埠頭についた新八を待っていたのは、海賊マークのマントに身を包む陸奥だった。最強の武器だと運んできた荷物の中から出てきたのは――！？
二年の間、江戸を離れ姿を見せなかった銀時が、松下村塾の跡地に立っていた。因縁の地で高杉と再会したところへ警察が現れ、高杉は逃亡する。捕らえられた銀時の前に現れたのは、この地に左遷されていた土方だった。 土方の事情聴取から逃げ、町へ出た銀時は何者かから襲撃を受ける。足を滑らせ川へ落ちたところへ、高杉が船に乗って再び現れる。 一方江戸では、神楽をマミーと呼ぶ少女・神流の登場に新八は驚きを隠せない。そこに現れた殺し屋は、マフィア然とした沖田が率いる元真選組の隊士たちだった。二年の成長を試すように新八に斬りかかる沖田。戦いのさなか、神流に異変が――！？
神流と名乗った少女は、定春を元に戻すため地球を飛び出し、肉体を変化させる術を得た神楽自身だった。自分のせいで万事屋がバラバラになってしまったと、責任を感じる神楽に新八が優しく諭す。 一方、奈落を振り切った銀時と高杉は船に乗り込む。銀時は懐から虚の心臓を取り出し、これを手にした経緯を思い返す。生を繰り返す虚が、またどこかで生まれているはずだと龍穴を探し回った。そして狙い通り生まれていた赤子の虚を見つけ、育てたのだ。 成長した虚から心臓を託されている銀時に、高杉は虚の肉体がまだ生かされていることを告げると、急に激しく咳き込む。その手には吐血の跡が――。
二年前、堕ちゆく天鳥船の中で、高杉は朧の遺骨を体内に取り込み、虚の持つ再生能力を手にしていた。 戦いの後、虚の不死の力は崇められるようになっていて、その信徒たちがアルタナを狙って各地でテロを起こしていた。 高杉はかつての師を呪われた因果から救い出そうと銀時を誘い、二人は江戸の町へ降り立った。そんな二人を尾行してついてきた土方と山崎。銀時に尾行がばれそうになり、二人はとっさに衣料店のマネキンになりすます。運悪くそこへお妙が買い物にやってきて、マネキンもどきに銀時も加わり――！
江戸の町に戻ってきたことを悟られたくない銀時は、マネキンに扮して何とか難を逃れることに成功する。高杉風のカツラと着物で、再び町に出ようとしたその瞬間、銀時の頭上からクナイが降り注ぐ。銀時の帰りを待つ、さっちゃんの仕業だった。 変装に気づかず、銀時の居場所を教えろと脅すさっちゃん。高杉風の気迫で押し切ろうとするも逆に気圧され、捕まってしまう銀時もとい、偽杉。連れていかれた先には、月詠、お妙、九兵衛ら江戸の女性たちが待っていた。彼女たちもまた、黙って去ってしまった銀時の帰りを待ち続けていたのだ。皆の思いを知って銀時が取る行動は――！？
(C)空知英秋／集英社・テレビ東京・電通・BNP・アニプレックス
